genome.fa.s11337.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011337.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126317, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  80561

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1074--1133	22	2.7	23	78	2	68	46	1	5	46	1.34
1989--2050	17	3.6	17	82	0	79	41	1	3	53	1.27
2779--2830	21	2.5	21	80	0	59	55	7	1	34	1.39
2803--2850	16	2.8	17	81	15	55	60	6	2	31	1.33
3803--3942	28	4.9	28	81	6	163	37	26	1	35	1.66
3793--3939	58	2.5	60	82	5	167	35	26	2	36	1.68
3941--4101	59	2.7	58	80	6	173	31	26	6	34	1.83
4000--4100	29	3.5	30	74	11	95	32	27	7	31	1.86
4116--4191	28	2.7	28	93	0	134	32	31	7	27	1.85
3967--4159	59	3.3	58	75	15	191	32	27	6	33	1.83
4421--4611	95	2.0	95	81	5	224	29	18	12	39	1.87
8729--9015	29	9.8	28	74	17	226	37	29	1	31	1.66
8729--9020	30	9.9	30	77	10	271	37	29	1	31	1.66
8732--9007	59	4.7	59	84	5	346	38	28	1	31	1.66
11901--11952	21	2.5	21	80	0	59	55	7	1	34	1.39
11925--11972	16	2.8	17	81	15	55	60	6	2	31	1.33
12925--13064	28	4.9	28	81	6	163	37	26	1	35	1.66
12915--13061	58	2.5	60	82	5	167	35	26	2	36	1.68
13063--13223	59	2.7	58	80	6	173	31	26	6	34	1.83
13122--13222	29	3.5	30	74	11	95	32	27	7	31	1.86
13238--13313	28	2.7	28	93	0	134	32	31	7	27	1.85
13089--13281	59	3.3	58	75	15	191	32	27	6	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13543--13733	95	2.0	95	81	5	224	29	18	12	39	1.87
17851--18137	29	9.8	28	74	17	226	37	29	1	31	1.66
17851--18142	30	9.9	30	77	10	271	37	29	1	31	1.66
17854--18129	59	4.7	59	84	5	346	38	28	1	31	1.66
20729--21156	205	2.1	205	95	0	757	35	21	23	20	1.96
21252--21695	204	2.2	205	92	0	728	35	20	22	21	1.96
20729--21695	409	2.4	410	63	0	865	31	18	20	19	1.90
22123--22199	17	4.5	17	79	6	84	42	1	2	53	1.23
22121--22208	23	3.6	23	68	19	61	42	2	2	53	1.26
22121--22202	6	14.3	6	69	14	57	43	1	2	52	1.22
22121--22199	34	2.3	34	84	4	106	43	1	2	53	1.22
23947--24195	30	8.4	29	76	9	191	36	24	2	35	1.71
23947--24189	58	4.1	58	80	6	247	37	25	2	34	1.71
24299--24358	28	2.1	28	90	0	93	35	26	10	28	1.89
25625--25711	31	2.8	32	79	6	99	29	13	5	50	1.65
25909--26102	59	3.3	59	82	4	223	50	11	11	26	1.73
25998--26102	31	3.5	31	69	20	80	50	10	12	26	1.72
27193--27225	17	1.9	17	88	11	50	48	21	6	24	1.72
27286--27331	23	2.0	22	83	4	56	78	4	2	15	1.01
28059--28106	8	5.7	9	80	11	57	68	2	0	29	1.01
28059--28106	17	2.8	18	78	12	57	68	2	0	29	1.01
29374--29555	97	1.9	97	88	0	274	37	17	18	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29823--30198	29	12.8	30	73	9	206	34	4	25	34	1.77
29951--30202	59	4.3	58	82	7	264	35	4	26	33	1.76
31292--31317	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
31979--32063	17	4.9	17	71	8	64	57	4	0	37	1.20
31976--32063	35	2.5	34	83	7	106	57	4	0	37	1.19
32447--33518	209	5.1	210	87	1	1459	22	22	18	36	1.95
33123--33890	372	2.1	372	90	0	1212	23	21	17	37	1.94
32915--34019	581	1.9	582	90	1	1759	23	21	17	36	1.94
33333--33679	163	2.1	161	90	1	550	23	22	17	36	1.95
33496--34021	211	2.5	209	91	1	820	23	22	17	36	1.95
35208--35240	15	2.3	14	94	5	57	60	6	12	21	1.53
35420--35516	30	3.4	28	75	14	99	35	3	25	36	1.72
35436--35810	29	12.9	29	71	14	215	35	3	25	35	1.72
35651--35815	30	5.6	29	79	5	127	32	3	26	38	1.72
37779--37856	6	13.3	6	78	5	79	57	2	0	39	1.12
37779--37853	23	3.2	23	94	1	123	58	2	0	38	1.12
37793--37894	11	9.5	11	73	16	88	56	4	0	37	1.27
37736--37886	29	5.5	29	72	19	110	54	5	1	38	1.33
37827--37870	17	2.5	17	88	3	61	59	4	2	34	1.30
38183--38574	208	1.9	208	95	0	703	22	23	18	35	1.96
38418--38708	134	2.2	134	92	1	476	24	26	16	32	1.96
50826--51255	59	7.4	58	77	9	279	36	3	26	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50803--51280	29	16.4	29	70	17	239	35	3	25	34	1.73
50827--51172	118	3.0	114	81	9	333	36	4	25	33	1.75
50896--51280	30	13.2	29	70	16	194	36	2	24	35	1.71
50944--51300	59	6.1	59	76	13	253	36	2	26	34	1.70
53021--53049	12	2.4	12	100	0	58	48	17	20	13	1.81
53253--53325	17	4.7	15	74	23	55	53	6	1	38	1.36
53281--53331	6	8.7	6	78	4	59	58	1	0	39	1.09
53282--53343	18	3.5	18	93	2	108	61	3	0	35	1.12
53324--53370	11	4.2	11	83	2	58	57	8	0	34	1.29
55426--55455	3	10.0	3	92	0	51	0	33	3	63	1.11
59537--59933	200	2.0	200	98	0	767	19	27	17	35	1.94
62506--62613	54	2.0	54	98	0	207	21	22	12	43	1.86
64797--64973	97	1.8	97	90	2	284	38	14	19	27	1.91
65262--65656	29	13.5	29	75	7	244	38	4	22	33	1.75
65317--65481	90	1.8	89	85	1	231	38	4	21	35	1.75
65407--65656	116	2.1	117	83	5	310	40	5	21	32	1.76
66491--66533	22	2.0	22	86	9	61	30	2	0	67	1.03
67185--67291	17	6.8	17	67	17	70	55	3	0	40	1.24
67202--67286	42	2.0	42	84	8	111	52	4	1	41	1.30
67331--67373	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
73937--73987	24	2.1	24	92	0	84	62	13	0	23	1.31
74249--74301	21	2.5	21	87	0	70	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75968--76014	20	2.4	20	82	3	60	55	0	4	40	1.19
76809--76868	32	1.9	31	89	3	93	28	8	11	51	1.67
76809--76894	31	2.7	32	81	3	93	23	10	15	51	1.74

Tables:   1

The End!