genome.fa.s11372.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011372.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126353, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  282964

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4548--4580	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
6859--6904	16	2.9	16	83	3	58	76	0	0	23	0.79
15852--15902	21	2.4	21	100	0	102	21	9	29	39	1.85
18029--18071	21	2.0	21	95	0	77	25	39	11	23	1.88
18764--18803	20	2.0	20	100	0	80	45	5	20	30	1.72
28427--28469	17	2.4	18	84	3	52	16	20	18	44	1.87
32267--32761	270	1.8	270	88	0	749	28	15	23	33	1.95
46387--46430	3	14.7	3	86	9	63	0	29	0	70	0.88
46387--46429	15	2.8	16	89	10	72	0	27	0	72	0.85
57295--57351	20	2.8	19	82	10	69	38	12	7	42	1.70
62548--62584	19	1.9	19	88	0	56	75	0	10	13	1.04
65116--65228	56	2.0	56	100	0	226	28	21	16	33	1.95
66604--66649	22	2.0	23	83	4	58	28	2	0	69	1.00
66944--67001	20	3.0	20	73	19	59	56	0	0	43	0.99
74211--74369	42	3.8	44	81	6	136	27	25	8	38	1.85
74262--74422	85	1.9	85	83	2	207	28	26	9	34	1.89
74228--74411	42	4.3	42	80	4	181	27	25	9	36	1.87
74263--74442	85	2.1	85	81	3	200	30	26	8	33	1.87
84250--84338	41	2.2	41	83	4	108	40	10	21	28	1.85
84295--84376	43	1.9	43	82	5	103	42	10	23	23	1.85
85017--85209	43	4.5	42	85	3	233	26	24	11	36	1.91
85002--85209	86	2.4	86	85	1	276	26	25	11	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93738--93972	43	5.6	41	76	4	157	36	11	25	26	1.90
93781--93973	43	4.5	42	78	6	201	35	11	26	26	1.90
93767--93972	85	2.4	85	85	2	254	34	11	27	26	1.90
96318--96361	9	4.9	9	85	0	61	45	18	11	25	1.82
96316--96361	18	2.6	18	96	0	83	45	17	10	26	1.81
104963--105026	32	2.0	32	100	0	128	40	15	12	31	1.85
107295--107330	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
107716--107747	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
109623--109672	22	2.3	22	82	6	66	24	0	6	70	1.10
113967--114052	28	3.1	28	84	3	102	24	2	29	44	1.66
113972--114053	7	11.7	7	78	10	87	24	2	28	45	1.66
114298--114425	45	2.8	45	90	0	184	20	21	26	31	1.98
116349--116398	16	3.3	15	73	21	50	34	0	6	60	1.21
117108--117153	21	2.2	21	92	3	76	60	13	0	26	1.32
117247--117287	22	1.9	21	85	5	55	70	9	0	19	1.14
117508--117581	9	9.0	9	76	18	65	2	39	0	58	1.13
117512--117570	16	3.7	16	82	17	86	3	37	0	59	1.14
117498--117581	32	2.6	33	83	14	122	2	39	0	58	1.11
117498--117578	16	5.1	16	74	12	78	2	39	0	58	1.12
119597--119644	18	2.6	18	83	6	51	31	4	2	62	1.26
119793--119843	18	2.9	17	81	13	59	25	1	1	70	1.08
119794--119852	18	3.4	17	81	11	57	27	1	1	69	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124823--124873	22	2.3	23	83	12	70	64	3	1	29	1.22
125234--125312	13	5.6	13	72	23	54	72	7	2	17	1.20
125254--125312	19	3.1	19	74	13	59	72	6	1	18	1.15
126304--126908	45	13.4	45	78	6	550	27	14	26	31	1.95
139621--139658	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
144842--144907	33	2.0	33	93	0	114	33	15	30	21	1.94
150927--150963	19	2.0	18	89	5	56	21	0	0	78	0.75
150927--150975	26	1.9	25	83	4	62	26	0	2	71	0.97
151659--151709	18	2.8	18	90	0	84	19	25	23	31	1.98
151655--151715	18	3.4	18	81	2	61	24	22	24	27	2.00
152599--152642	19	2.3	19	96	0	79	40	22	15	20	1.90
158567--158624	21	2.8	20	100	0	98	34	17	20	27	1.95
158690--158733	19	2.3	19	92	0	79	43	22	13	20	1.87
164281--164322	15	2.8	15	82	10	50	73	7	4	14	1.21
173251--173281	14	2.2	14	94	0	53	19	3	0	77	0.90
173250--173282	5	6.8	5	89	6	50	18	3	0	78	0.87
175606--175711	36	2.9	36	74	10	117	41	21	6	30	1.79
177826--177872	24	2.0	24	83	8	60	48	6	14	29	1.69
180502--180549	10	4.5	11	78	21	50	0	33	2	64	1.05
180501--180549	20	2.3	21	83	16	66	0	32	2	65	1.04
189508--189606	35	2.7	36	84	4	128	36	13	26	24	1.92
204442--204809	79	4.6	79	85	4	436	33	26	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208255--208385	62	2.1	63	80	4	140	38	4	11	45	1.61
211437--211563	24	5.3	24	91	0	209	24	23	25	26	2.00
215797--215834	13	2.9	13	77	14	51	73	13	10	2	1.19
223189--223289	42	2.4	42	93	1	168	39	7	26	25	1.83
223164--223348	41	4.4	42	81	7	171	37	10	26	25	1.89
224005--224079	21	3.6	21	68	13	57	37	12	21	29	1.89
224571--225568	499	2.0	499	93	0	1719	33	22	14	28	1.94
229306--230828	768	2.0	768	91	1	2502	31	21	12	33	1.91
231005--231052	3	16.3	3	95	4	89	31	33	0	35	1.58
232125--232191	28	2.3	29	80	10	75	32	4	17	44	1.69
240087--240270	91	2.0	90	96	2	350	27	19	33	19	1.96
247525--247590	33	2.0	34	85	8	91	46	22	7	22	1.77
249455--249481	10	2.7	10	100	0	54	77	0	0	22	0.76
249497--249683	60	3.1	60	81	3	216	32	6	25	35	1.81
249497--249683	30	6.2	29	79	8	180	32	6	25	35	1.81
249629--249697	29	2.4	27	77	17	68	39	5	21	33	1.77
250671--250704	14	2.3	15	90	5	52	26	0	2	70	1.01
250703--250751	22	2.2	23	85	10	66	73	0	4	22	1.00
251408--251780	40	9.4	40	75	7	323	25	18	25	30	1.98
251408--251780	79	4.7	78	76	8	306	25	18	25	30	1.98
251408--251780	119	3.1	118	79	7	380	25	18	25	30	1.98
251897--252121	50	4.5	50	78	5	179	24	21	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259876--259956	29	2.8	29	83	7	92	39	2	22	35	1.67
260954--260998	21	2.1	22	84	12	58	24	0	6	68	1.13
261748--262098	79	4.4	79	81	8	277	25	18	25	30	1.98
261726--262098	40	9.4	39	72	10	222	25	17	26	30	1.98
261806--262098	119	2.5	116	75	8	261	26	18	25	29	1.98
262283--262394	50	2.2	50	85	3	145	21	25	18	34	1.96
262303--262439	50	2.7	49	83	6	143	24	22	18	35	1.96
265126--265205	43	1.9	41	82	7	99	18	0	20	61	1.35
266759--266821	31	2.0	31	93	0	108	42	22	17	17	1.89
266990--267051	21	2.9	21	75	2	61	61	3	3	32	1.28
267279--267313	9	3.9	9	88	11	54	20	2	0	77	0.90
267290--267365	27	2.7	27	74	11	73	30	3	1	64	1.20
267298--267365	28	2.4	27	78	4	73	30	4	1	63	1.23
271102--271170	3	23.3	3	97	2	131	65	0	34	0	0.93
271515--271574	29	2.0	31	87	6	88	28	11	10	50	1.71
274788--275005	45	4.8	45	92	2	366	42	17	6	33	1.75
274829--275102	36	6.9	36	79	16	226	44	16	5	33	1.71
274791--275040	90	2.9	89	87	7	347	43	17	6	33	1.74
274919--275138	72	2.8	80	79	12	258	43	15	6	35	1.72
275545--275741	29	6.9	29	80	2	193	48	10	17	23	1.77
275594--275741	28	5.2	29	83	7	115	49	10	16	22	1.77
275589--275741	57	2.7	57	81	5	177	49	11	16	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276967--277021	27	2.0	28	82	3	67	29	0	21	49	1.50
277305--277365	23	2.5	25	76	7	63	57	4	1	36	1.30
280658--280852	97	2.0	98	83	5	243	38	13	16	30	1.87
281069--281131	29	2.2	29	88	8	94	26	11	28	33	1.91
281110--281265	58	2.7	58	75	9	156	41	5	26	27	1.77
281204--281625	29	14.6	29	70	12	251	38	2	26	32	1.71
281212--281599	87	4.5	86	82	9	416	38	3	26	32	1.72
281539--281654	29	3.9	30	76	7	121	38	1	22	37	1.65
282869--282898	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92

Tables:   1

The End!