genome.fa.s11388.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011388.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126370, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  405849

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 134 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
535--570	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
2979--3017	21	1.9	20	85	15	53	15	12	17	53	1.72
5333--5382	25	2.0	26	88	4	75	56	12	0	32	1.36
20600--20635	15	2.5	14	91	8	63	19	0	2	77	0.88
22241--22278	18	2.3	17	86	13	53	44	18	21	15	1.86
22250--22285	18	2.0	18	94	0	63	47	16	25	11	1.79
34532--34556	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
34759--34811	27	2.0	27	88	0	79	37	13	24	24	1.91
38149--38208	18	3.5	18	68	11	54	41	3	1	53	1.27
39003--39036	10	3.4	10	87	0	50	55	0	0	44	0.99
39086--39126	17	2.5	17	81	18	52	60	2	0	36	1.10
41328--41628	157	1.9	159	86	5	432	29	13	18	37	1.89
42540--42601	31	2.0	31	84	3	81	59	6	11	22	1.54
43994--44054	24	2.5	24	89	0	86	26	49	1	22	1.59
51299--51540	122	2.0	122	83	0	304	27	26	16	29	1.97
60723--60877	79	2.0	80	85	1	213	29	28	16	25	1.96
68645--68787	25	5.6	25	74	6	117	28	28	18	23	1.98
68650--68813	51	3.2	51	82	1	204	29	28	18	23	1.98
68645--68817	26	6.8	26	74	9	106	28	28	17	24	1.98
75861--75926	24	2.8	24	81	4	80	27	24	22	25	2.00
79126--79344	26	8.6	26	80	4	241	36	30	13	19	1.91
79126--79340	51	4.2	51	84	1	279	36	30	13	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79126--79330	76	2.7	77	82	5	254	36	31	13	18	1.90
79126--79340	102	2.1	102	89	3	326	36	30	13	19	1.91
82379--82443	30	2.2	29	78	13	69	47	10	3	38	1.54
91560--91723	68	2.4	68	86	0	220	36	14	20	28	1.92
94350--94530	29	6.2	28	72	11	96	29	6	27	36	1.82
94436--94631	59	3.4	57	79	9	225	31	2	28	38	1.68
94401--94638	29	8.1	28	74	14	162	33	2	26	36	1.72
96386--96421	17	2.1	17	89	0	54	50	0	2	47	1.15
97087--97372	123	2.3	122	78	4	315	21	21	18	38	1.93
97139--97408	123	2.2	122	80	4	303	20	22	18	38	1.93
96894--97565	331	2.0	331	84	4	872	21	22	18	37	1.94
97261--98091	209	4.0	209	84	2	1033	23	22	17	36	1.95
97271--98091	419	2.0	417	87	0	1203	23	22	17	36	1.95
97750--97916	86	2.0	86	84	3	221	25	22	14	37	1.93
98252--98334	41	2.0	42	88	2	123	30	21	18	30	1.97
99609--99686	6	13.7	6	70	14	58	1	16	2	79	0.91
99604--99689	22	3.7	23	77	13	86	1	18	2	77	0.93
99614--99689	16	4.7	16	77	16	77	1	15	2	80	0.90
100818--100957	29	4.9	29	77	11	144	32	0	29	37	1.63
100818--100946	57	2.2	57	83	6	154	31	0	28	39	1.62
100833--100979	29	5.1	27	75	17	104	31	2	29	36	1.69
102525--102622	17	5.7	17	82	1	124	54	3	3	39	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102520--102627	6	18.5	6	70	15	57	51	2	3	41	1.34
102532--102624	34	2.7	34	86	1	141	54	3	4	37	1.36
106639--107045	211	1.9	211	94	0	715	28	20	18	31	1.96
112820--112845	11	2.4	11	100	0	52	80	0	19	0	0.71
113718--113787	12	5.8	11	76	18	52	80	0	17	2	0.84
113729--113786	26	2.2	27	82	17	70	81	0	15	3	0.83
113735--113787	6	8.8	6	80	12	56	81	0	16	1	0.79
114923--115146	94	2.4	94	86	0	313	36	18	18	26	1.94
114923--115337	95	4.3	95	75	7	334	36	19	17	26	1.94
115349--115566	39	5.4	39	71	12	163	30	27	16	25	1.97
115353--115606	81	3.1	81	86	1	339	30	26	17	25	1.97
117392--117552	25	6.0	26	73	10	121	26	15	22	35	1.94
117510--117564	25	2.2	25	83	0	65	25	16	23	34	1.95
118884--119769	39	22.0	41	70	14	497	31	26	16	25	1.96
118890--119925	81	12.9	81	83	3	1175	31	26	16	25	1.96
121617--121650	17	1.9	17	88	5	50	20	5	0	73	1.04
121623--121669	18	2.6	18	76	10	51	19	8	2	70	1.24
128067--128096	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
133803--133851	20	2.7	18	77	22	57	51	4	0	44	1.20
135236--135265	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
136720--136758	21	1.9	20	84	5	51	41	15	10	33	1.81
140003--140035	11	2.8	12	86	9	50	60	9	9	21	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141774--141850	21	3.6	22	81	6	88	31	25	12	29	1.93
142330--142365	3	12.0	3	87	0	54	36	0	27	36	1.57
142572--142990	193	2.2	195	81	8	480	26	25	18	29	1.98
146970--147019	21	2.4	21	86	0	64	36	8	18	38	1.80
150305--150349	23	2.0	21	83	8	54	68	17	2	11	1.29
161388--161433	21	2.1	22	84	11	60	41	2	4	52	1.33
162106--162145	14	2.6	16	78	21	50	42	5	0	52	1.23
164043--164079	11	3.5	11	88	3	58	75	13	0	10	1.04
164931--164980	24	2.1	23	85	3	64	50	2	0	48	1.12
165540--165581	3	14.0	3	85	9	59	35	33	0	30	1.58
167828--168065	52	4.6	52	87	3	320	35	21	15	26	1.94
173219--173308	46	2.0	45	100	0	171	52	15	13	17	1.74
182949--182984	12	3.2	12	85	14	51	0	38	0	61	0.96
183357--183384	12	2.3	12	100	0	56	7	35	25	32	1.83
192720--192758	17	2.1	20	86	13	57	20	5	2	71	1.17
193230--193281	14	3.5	15	82	12	63	15	0	5	78	0.92
197375--197418	18	2.4	18	85	7	54	45	2	13	38	1.56
198798--198840	18	2.4	18	76	7	52	81	2	6	9	0.95
199325--199350	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
212212--212443	126	1.8	126	90	0	374	30	12	22	34	1.92
220936--220980	24	1.9	24	86	13	67	42	0	4	53	1.21
221144--221203	32	1.9	31	89	3	93	55	8	1	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222326--222506	42	4.3	42	79	6	197	37	19	19	23	1.95
222481--222530	26	1.9	26	100	0	100	48	6	22	24	1.73
222439--222574	68	2.0	68	89	0	209	39	19	19	20	1.92
222508--223066	42	13.3	42	87	2	764	36	24	17	21	1.94
223468--223511	10	4.3	10	82	2	52	6	9	4	79	1.04
223466--223506	20	2.0	20	90	0	64	4	12	2	80	0.97
234550--234588	20	1.9	21	89	5	62	58	10	2	28	1.44
235021--235499	239	2.0	238	92	1	789	42	15	6	35	1.73
236747--236790	20	2.2	20	87	0	61	52	4	2	40	1.34
236527--237050	150	3.5	147	81	7	559	43	9	4	42	1.57
237457--237486	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
237461--237513	6	8.8	6	91	0	52	50	0	15	33	1.44
237940--237969	14	2.2	14	94	5	53	36	6	0	56	1.26
245002--245027	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
246738--246763	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
248825--248865	12	3.4	12	89	0	64	80	0	4	14	0.87
248823--248862	17	2.4	17	91	0	62	80	0	5	15	0.88
254897--254931	18	1.9	18	94	0	61	34	8	25	31	1.86
256832--256869	17	2.2	17	90	0	58	60	13	13	13	1.59
272747--272783	18	2.0	19	89	5	58	32	0	2	64	1.07
280949--280979	16	1.9	16	93	0	53	38	6	3	51	1.44
284868--284934	20	3.3	20	89	0	98	13	29	23	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289872--289928	25	2.3	25	79	8	64	61	0	7	31	1.23
289884--289924	9	5.1	8	81	18	50	63	0	4	31	1.15
291795--291883	44	2.0	44	84	0	115	24	25	15	33	1.95
302112--302192	37	2.2	36	82	6	101	46	0	2	50	1.14
304588--304618	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
308943--308981	18	2.1	19	85	4	53	0	30	2	66	1.05
320236--320272	19	1.9	19	88	0	56	27	21	40	10	1.86
324229--324278	21	2.5	20	83	3	64	24	32	10	34	1.88
325269--325335	31	2.2	31	86	5	91	46	8	16	28	1.77
331779--331817	17	2.2	18	86	4	53	30	2	15	51	1.57

Tables:   1   2