Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011400.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126382, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3180
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.18, T:0.37
Found at i:167 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 115--533 Score: 420
Period size: 48 Copynumber: 8.8 Consensus size: 48
105 GGTTTTGCAA
* * * * *
115 CTTCAATCTACCTCTTTGGATTTAGTGGTATAAGATTTGATTTGGTGG
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTGGTATAAGATTGGATGTGGTAG
* * * * *
163 CTTCAATTTGCCCTTTTAGATTTAAG-GGAATAAGATAGGATGTGGTAG
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTT-AGTGGTATAAGATTGGATGTGGTAG
* * * * * *
211 CTTCAATCTACCCCTCTGGATTTA-TAGGTATAAGATTAGATATAGTGG
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTTAGT-GGTATAAGATTGGATGTGGTAG
* ** * * *
259 CTTCAATCTGTCCCTTTATATTTAG-GCGTATAATATTGGATGTAGTGG
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTG-GTATAAGATTGGATGTGGTAG
* * * *
307 CTTCAATCTACCCCTTTAGATTTAGGGGTATAAGATTGGATATGGTAG
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTGGTATAAGATTGGATGTGGTAG
* *
355 CTTCAATCTGCCCC-TTGGATTTAGGGGTATAAGATTGGATGTGGTGG
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTGGTATAAGATTGGATGTGGTAG
* * * *
402 CTTTAATATGCCACTTTGGATTTAAGT-GTATAAGATTTGATGTGGTAG
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTT-AGTGGTATAAGATTGGATGTGGTAG
* *
450 CTTTAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTGGTATAA-ATTTGGATTTGGTAG
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTGGTATAAGA-TTGGATGTGGTAG
* *
498 CTTCAATCTGCCCCTCTAGATTTAG-GGTATAAGATT
1 CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTGGTATAAGATT
534 TAGTGATGTA
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 53, Indels: 23
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
47 56 0.18
48 246 0.80
49 5 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.23, T:0.39
Consensus pattern (48 bp):
CTTCAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTGGTATAAGATTGGATGTGGTAG
Found at i:458 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 128--533 Score: 487
Period size: 143 Copynumber: 2.8 Consensus size: 143
118 CAATCTACCT
* * * * *
128 CTTTGGATTT-AGTGGTATAAGATTTGATTTGGTGGCTTCAATTTGCCCTTTTAGATTTAAGGGA
1 CTTTGGATTTAAGT-GTATAAGATTTGATGTGGTGGCTTCAATCTGCCCCTTTAGATTTAGGGGT
* * * *
192 ATAAGATAGGATGTGGTAGCTTCAATCTACCCCTCTGGATTTATAGGTATAAGATTAGATATAGT
65 ATAAGATTGGATATGGTAGCTTCAATCTGCCCCTCTGGATTTA-GGGTATAAGATTAGATATAGT
*
257 GGCTTCAATCTGTCC
129 GGCTTCAATATGTCC
** * * * * * *
272 CTTTATATTTAGGCGTATAATATTGGATGTAGTGGCTTCAATCTACCCCTTTAGATTTAGGGGTA
1 CTTTGGATTTAAGTGTATAAGATTTGATGTGGTGGCTTCAATCTGCCCCTTTAGATTTAGGGGTA
* * *
337 TAAGATTGGATATGGTAGCTTCAATCTGCCCCT-TGGATTTAGGGGTATAAGATTGGATGTGGTG
66 TAAGATTGGATATGGTAGCTTCAATCTGCCCCTCTGGATTTA-GGGTATAAGATTAGATATAGTG
*
401 GCTTTAATATG-CC
130 GCTTCAATATGTCC
* * * *
414 ACTTTGGATTTAAGTGTATAAGATTTGATGTGGTAGCTTTAATCTGCCCCTTTGGATTTAGTGGT
1 -CTTTGGATTTAAGTGTATAAGATTTGATGTGGTGGCTTCAATCTGCCCCTTTAGATTTAGGGGT
* *
479 ATAA-ATTTGGATTTGGTAGCTTCAATCTGCCCCTCTAGATTTAGGGTATAAGATT
65 ATAAGA-TTGGATATGGTAGCTTCAATCTGCCCCTCTGGATTTAGGGTATAAGATT
534 TAGTGATGTA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 37, Indels: 9
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
142 3 0.01
143 130 0.59
144 87 0.39
145 1 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.13, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (143 bp):
CTTTGGATTTAAGTGTATAAGATTTGATGTGGTGGCTTCAATCTGCCCCTTTAGATTTAGGGGTA
TAAGATTGGATATGGTAGCTTCAATCTGCCCCTCTGGATTTAGGGTATAAGATTAGATATAGTGG
CTTCAATATGTCC
Done.