genome.fa.s11494.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011494.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126479, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  307715

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14663--14716	21	2.6	21	85	5	65	27	7	31	33	1.84
18832--18955	36	3.4	36	77	8	117	27	12	24	35	1.92
23780--23819	15	2.6	16	80	11	57	52	0	2	45	1.14
24064--24089	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
24894--24931	18	2.1	19	90	5	60	52	0	2	44	1.14
40742--40811	35	2.0	35	97	0	131	38	20	15	25	1.92
46366--46429	24	2.7	24	90	0	83	51	6	3	39	1.43
48276--48310	11	3.1	11	91	4	52	88	0	2	8	0.61
51257--51304	18	2.7	18	83	0	60	77	0	20	2	0.88
51258--51304	12	3.9	12	81	10	51	76	0	21	2	0.89
51277--51306	13	2.3	13	94	0	51	83	0	16	0	0.65
52289--52438	80	1.9	80	87	0	219	30	14	19	36	1.91
66617--66687	34	2.1	32	89	0	88	23	15	23	36	1.94
69987--70160	89	2.0	89	83	4	226	29	14	21	34	1.93
81163--81206	21	2.1	21	86	0	61	56	11	29	2	1.46
84220--84384	37	4.5	37	86	1	215	33	31	20	14	1.92
87722--87760	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
88500--88533	18	1.9	17	88	5	50	26	0	5	67	1.13
90128--90199	31	2.4	31	85	2	92	33	9	11	45	1.72
93160--93208	25	1.9	26	87	4	73	34	8	16	40	1.78
97591--97677	15	5.9	15	71	6	61	45	22	5	25	1.74
97591--97677	29	2.9	29	87	3	111	45	22	5	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97604--97677	14	5.1	14	73	11	51	45	24	5	24	1.74
97604--97717	29	3.9	29	83	0	84	40	21	8	28	1.83
97667--97713	15	3.2	15	75	6	51	34	19	10	36	1.86
97816--98081	126	2.1	128	83	4	333	32	25	16	25	1.96
97816--98081	43	6.3	43	79	5	272	32	25	16	25	1.96
98303--98367	24	2.7	25	83	4	80	38	24	15	21	1.92
98763--98824	21	3.0	21	87	0	88	41	19	14	24	1.88
98754--98827	21	3.5	21	83	0	76	43	20	14	21	1.88
103533--103588	16	3.6	15	79	9	58	73	3	5	17	1.17
103533--103600	10	6.6	10	73	17	59	75	2	4	17	1.10
104173--104249	31	2.5	30	79	6	82	49	7	3	38	1.50
104381--104429	26	2.0	24	88	8	71	44	10	2	42	1.49
104762--104796	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
105775--105831	28	2.0	28	96	0	105	29	24	10	35	1.89
110213--110266	17	3.1	17	89	2	81	51	29	0	18	1.46
110332--110464	41	3.2	42	71	12	130	50	21	0	27	1.49
110304--110464	82	2.0	81	90	1	250	51	21	0	27	1.48
110297--110438	41	3.5	41	68	13	98	51	20	0	28	1.48
110975--111021	22	2.1	23	84	7	62	36	2	2	59	1.21
111317--111375	29	2.0	29	84	12	77	49	1	0	49	1.11
111332--111378	9	5.2	9	78	16	53	53	0	0	46	1.00
112437--112461	9	2.8	9	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112400--112484	38	2.2	39	85	6	109	49	1	1	48	1.16
116342--116379	20	1.9	20	88	0	58	28	10	21	39	1.86
116668--116921	76	3.4	76	85	6	358	20	28	5	45	1.74
117488--117674	76	2.4	78	90	2	299	44	3	29	21	1.70
131299--131407	50	2.2	50	85	3	139	35	22	21	21	1.96
131317--131426	50	2.2	50	81	3	132	40	19	20	20	1.92
131471--131595	40	3.2	39	75	6	110	32	27	14	26	1.95
131894--131958	29	2.2	29	86	0	85	29	13	6	50	1.66
142342--142381	19	2.1	19	85	0	53	37	17	20	25	1.94
143041--143091	26	2.0	26	88	0	75	29	23	17	29	1.97
143898--143928	16	1.9	16	100	0	62	22	19	0	58	1.40
148704--148982	61	4.6	60	90	3	436	30	23	13	32	1.93
148953--149086	51	2.6	51	89	3	189	26	25	15	32	1.96
151448--151513	26	2.4	25	80	16	69	66	1	10	21	1.30
158392--158456	16	3.8	16	69	25	51	15	18	30	35	1.92
158382--158514	21	7.0	21	63	23	80	15	18	30	36	1.91
158351--158566	111	1.9	111	93	0	369	16	17	28	38	1.91
158351--158570	37	5.9	37	89	3	309	16	16	28	38	1.90
165710--165811	16	5.8	16	65	20	51	14	19	30	35	1.92
165706--165847	37	3.8	37	94	0	230	16	19	28	36	1.93
166483--166532	20	2.3	21	80	13	57	32	6	32	30	1.82
174287--174348	17	3.6	17	91	0	106	41	12	27	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203222--203271	22	2.3	21	75	3	55	18	6	2	74	1.12
203313--203362	21	2.5	20	83	6	57	30	4	0	66	1.10
203396--203445	21	2.4	20	83	6	64	20	0	6	74	1.03
203396--203437	21	2.0	22	90	4	68	21	0	4	73	1.01
203399--203462	26	2.4	28	79	12	71	21	1	6	70	1.18
203687--203738	22	2.3	23	81	12	72	26	1	5	65	1.26
208375--208824	50	9.0	50	85	1	562	40	17	20	21	1.91
210008--210045	16	2.3	17	82	17	53	21	0	2	76	0.91
210247--210360	22	5.1	22	70	15	74	17	3	6	72	1.19
210247--210301	26	2.1	26	86	6	76	18	1	7	72	1.16
210311--210360	10	4.7	11	76	16	52	18	0	4	78	0.91
210311--210358	21	2.3	21	85	7	62	18	0	4	77	0.93
210622--210672	18	2.9	17	80	8	57	23	3	5	66	1.30
213350--213383	17	2.0	17	100	0	68	35	0	35	29	1.58
221156--221221	20	3.3	19	81	10	87	42	19	25	12	1.86
233279--233322	14	3.1	14	83	3	52	36	0	13	50	1.42
234362--234798	195	2.2	193	80	6	463	28	19	26	25	1.99
236283--236321	20	2.0	20	94	0	69	43	17	15	23	1.87
243558--243609	21	2.5	21	81	6	61	25	13	30	30	1.94
252017--252044	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
254792--255224	158	2.7	158	83	0	553	29	24	23	21	1.99
256110--256148	21	1.9	20	85	15	53	41	7	0	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256515--256691	88	2.0	88	89	0	273	33	14	5	47	1.66
257460--257511	25	2.0	26	89	10	81	5	7	19	67	1.36
260240--260291	24	2.2	24	85	0	68	53	5	5	34	1.49
264009--264064	18	3.1	18	86	0	85	28	21	28	21	1.99
268198--268237	13	3.0	14	78	14	57	52	0	0	47	1.00
268193--268239	15	3.3	15	75	24	57	48	0	0	51	1.00
268645--268701	30	1.9	30	82	13	73	43	0	0	56	0.99
268860--268902	6	7.2	6	100	0	86	16	16	67	0	1.24
269569--269602	16	2.1	16	100	0	68	5	17	0	76	0.98
270608--270643	18	2.0	18	88	0	54	50	0	0	50	1.00
270608--270650	17	2.4	18	84	3	52	53	0	0	46	1.00
274775--274808	15	2.3	15	94	0	59	50	0	41	8	1.34
275754--275798	21	2.1	21	95	0	81	15	28	4	51	1.63
281000--281047	20	2.4	20	85	0	60	35	18	16	29	1.93
285095--285276	94	1.9	94	85	2	249	22	31	12	33	1.91
285496--285565	33	2.1	33	91	0	113	27	51	0	21	1.48
285550--285619	24	2.9	24	78	0	77	25	51	1	21	1.56
285553--285652	48	2.1	48	82	0	119	27	47	1	25	1.59
286471--286548	30	2.6	30	90	8	115	51	30	1	16	1.53
287136--287184	17	2.9	17	76	11	55	67	0	2	30	1.02
301194--301232	18	2.3	16	91	8	60	23	0	5	71	1.05

Tables:   1

The End!