Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011508.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126493, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7704
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.38
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:803 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 777--822 Score: 58
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
767 ATTAATATTG
777 TTATGTCAT-TAATATTTAAATGA
1 TTAT-TCATATAAT-TTTAAATGA
*
800 TTATTTATATAATTTTAAATGA
1 TTATTCATATAATTTTAAATGA
822 T
1 T
823 GCCTTTTAAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.62
23 8 0.38
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.07, T:0.52
Consensus pattern (22 bp):
TTATTCATATAATTTTAAATGA
Found at i:3212 original size:264 final size:264
Alignment explanation
Indices: 1325--4982 Score: 5866
Period size: 263 Copynumber: 13.9 Consensus size: 264
1315 AATAATAATA
1325 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
* * * *
1390 AAATTGGGAGGGTGA-GCCTCTCTTGTCTTCAATGACTATCCACCTACGGAAACATGTATTTATT
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCT-TTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATT
* * * *
1454 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGTACAAGGAAAGAATGGATAAAATGATGATACTGAAATTT
130 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTT
* *
1519 TTGTCCACTACCATCCTATATTAATTTTATGTCTTATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTC
195 TTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTC
1584 AAGGG
260 AAGGG
* *
1589 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATTTGAATTTTGTTTATATAATGAAAGATATTTTAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATG-AAGATATTTTAA
* * * * *
1654 AAAATTGAGAGAGTGAGGCCCC-CT-CACTTTCAATGACTATCCACCTATGGAAACATGTATTTA
65 AAAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGC-CTTT-AATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTA
1717 TTAAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAAT
128 TTAAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAAT
*
1782 TTTTGTCCACTATCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAG
193 TTTTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAG
1847 TCAAGGG
258 TCAAGGG
* * *
1854 TGACTATAGAAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTATTTATATAGTGAAGATATTTTAA
1 TGGCTATAG-AAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAA
* * * * *
1919 AAAATTGGGAGGGTGA-GCCTCTCTTGTCTTCAATGACTGTTCACCTACGAAAACATGTATTTAT
65 AAAATTGGGAGGGTGAGGCCCCT-TTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTAT
* *
1983 TAAAATCGATTTACTTTATTTATATTGTACGAGGAAAGAATGGGTAAAAAGATGATACTGAAA-T
129 TAAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATT
* * * *
2047 TTTGTCTACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTTTCATTTGAACTCCGTGTATTTGCTTGATAAT
194 TTTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGT
*
2112 CAAAGG
259 CAAGGG
2118 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
*
2183 AAATTGGGAGGGTGAGG-ACCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
* * *
2247 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACAAGGAAAGAATTGGTAAAAAGATGATACTGAAATTTT
131 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTTT
* * *
2312 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGCCTCATTTGAATTTCGTGTATTTGCTTGATAATCA
196 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTCA
2377 AGGG
261 AGGG
* * *
2381 TAGTTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATGAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
* * * * *
2446 AAATTGGGAGGGTGA-GCCTCTCTTGTCTTCAATGACTGTTCACCTACGAAAACATGTATTTATT
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCT-TTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATT
* *
2510 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGTACGAGGAAAGAATGGGTAAAAAGATGATACTGAAA-TT
130 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTT
* * * *
2574 TTGTCTACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTTTCATTTGAACTCCGTGTATTTGCTTGATAATC
195 TTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTC
*
2639 AAAGG
260 AAGGG
2644 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
* * * *
2709 AAATTGGGAGGGTTAGG-ACCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTAAGAAAACATGTATTCATTA
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
* *
2773 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACAAGGAAAGAATTGGTAAAAGGATGATACTGAAA-TTT
131 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTTT
*
2837 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAATCA
196 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTCA
*
2902 AGGA
261 AGGG
* * *
2906 TAGTTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATGAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
2971 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
* *
3036 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGTACGAGGAAAGAATGGATAAAAGGATGATACTGAAATTTT
131 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTTT
*
3101 TGTCCACTACCATCCTATATTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTCA
196 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTCA
3166 AGGG
261 AGGG
* *
3170 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATGAATTTTGTTTATATAATGAAGATACTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
* * *
3235 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCCTTG-CTTTCAATGACTATCCACCTATGGAAACATGTATTTATT
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTT-AATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATT
* * *
3299 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGAGTAAAAGGTTAATACTGAAATTT
130 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTT
*
3364 TTGTCCACTATCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTC
195 TTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTC
3429 AAGGG
260 AAGGG
* *
3434 TGACTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTATTTATATAATGAAGATATTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
* * * *
3499 AAATTGGGAGGGTGA-GCCTCTCTTGTCTTCAATGACTATTCACCTACGAAAACATGTATTTATT
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCT-TTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATT
* *
3563 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGTACGAGGAAAGAATGGGTAAAAAGATGATACTGAAA-TT
130 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTT
* * * * *
3627 TTGTCTACTATCATCCTATCTTAATTTTATGTTTCATTTGAACTCCGTGTATTTGCTTGATAATC
195 TTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTC
*
3692 AAAGG
260 AAGGG
*
3697 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATAAAGATATTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
*
3762 AAATTGGGAGGGTGAGG-ACCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
* * *
3826 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACAAGGAAAGAATTGGTAAAAAGATGATACTGAAATTTT
131 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTTT
* * * *
3891 TGCCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGCCTCATTTGAATTCTGTGTATTTGCTTGATAATCA
196 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTCA
3956 AGGG
261 AGGG
*
3960 TAGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATA-TTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
* * * * *
4024 AAATTGGGAGGGTGAGACCCCCTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGGAAACGTGTATATATTA
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
* *
4089 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGATAAAAGGATGATATTGAAA-TTT
131 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTTT
* *
4153 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGCCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGTTTGATAGTCA
196 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTCA
4218 AGGG
261 AGGG
4222 TGGCTATAGAAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATA-TTTAA
1 TGGCTATAG-AAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAA
* *
4286 AAATTTGGGAGGGTGAGGCCCC-TTGCCTTCAATGACTATCCACCTAC-AGAAACATGTATTTAT
65 AAAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGA-AAACATGTATTTAT
* * *
4349 TAAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGTATGGATAAAAGGATGATACTAAAATT
129 TAAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATT
* **
4414 TTTGTCCACTACCATCCTATATTAATTTTATGTCTCATTTGAATTATGTGTATTTGCTTGATAGT
194 TTTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGT
4479 CAAGGG
259 CAAGGG
* *
4485 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAAATATAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
* * * *
4550 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCCTTGCCTTCAATAACTATCCACCTATGAAAACATGTATTTATTA
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
4615 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTTT
131 AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTTT
* *
4680 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTTCGTGTATTTACTTGATAGTCA
196 TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTCA
4745 AGGG
261 AGGG
*
4749 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAA-TACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATAGTTTAAA
1 TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
* * *
4813 AAATTTGGAGGGTGAGGCCCCTTTG-CTTTCAATGACTATCCACCTATGGAAACATGTATTTATT
66 AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTT-AATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATT
*
4877 AAAATCGATTTACTTTATTTAT-TTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAAGATGATACTGAAATTT
130 AAAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTT
4941 TTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAA
195 TTGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAA
4983 CTACGTAGGG
Statistics
Matches: 3152, Mismatches: 214, Indels: 58
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
262 762 0.24
263 1125 0.36
264 903 0.29
265 315 0.10
266 47 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (264 bp):
TGGCTATAGAAAAAATATAAAAATTACAAATATAAATTTTGTTTATATAATGAAGATATTTTAAA
AAATTGGGAGGGTGAGGCCCCTTTGCCTTTAATGACTATCCACCTACGAAAACATGTATTTATTA
AAATCGATTTACTTTATTTATATTGCACGAGGAAAGAATGGGTAAAAGGATGATACTGAAATTTT
TGTCCACTACCATCCTATCTTAATTTTATGTCTCATTTGAATTCCGTGTATTTGCTTGATAGTCA
AGGG
Done.