genome.fa.s11550.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011550.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126536, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  316084

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774--864	25	3.9	24	72	14	75	0	34	0	65	0.93
774--853	18	4.6	17	74	13	56	0	33	0	66	0.92
1658--1695	19	2.0	19	100	0	76	31	5	0	63	1.17
6899--6989	25	3.9	24	72	14	75	0	34	0	65	0.93
6899--6978	18	4.6	17	74	13	56	0	33	0	66	0.92
7783--7820	19	2.0	19	100	0	76	31	5	0	63	1.17
11778--12437	285	2.3	286	91	1	1076	41	11	15	30	1.84
12493--12551	28	2.1	28	80	0	64	35	0	30	33	1.58
20053--20111	23	2.6	23	80	15	68	67	0	0	32	0.91
20055--20101	12	3.9	12	78	8	51	72	0	0	27	0.85
20052--20109	25	2.3	25	78	0	71	67	0	0	32	0.91
20187--20252	29	2.3	28	81	2	78	59	1	9	30	1.38
20594--20689	28	3.5	28	69	13	81	22	4	4	68	1.24
20591--20690	19	5.4	19	64	16	57	24	4	4	68	1.24
21156--21234	30	2.8	28	83	12	90	55	2	0	41	1.13
21182--21253	8	9.2	8	73	14	53	59	0	0	40	0.97
21138--21234	29	3.3	29	77	11	101	54	2	0	43	1.11
21190--21258	24	3.0	22	80	13	77	53	0	0	46	1.00
31867--31896	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
47365--47413	12	4.4	11	82	10	55	73	2	24	0	0.94
49027--49303	83	3.3	82	84	5	342	39	15	14	31	1.86
50311--50345	6	5.8	6	87	12	54	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52068--52183	61	1.9	58	89	5	178	50	4	2	42	1.35
52159--52210	20	2.8	18	78	21	63	51	0	1	46	1.12
53361--53446	43	2.0	43	84	4	111	19	4	60	15	1.52
56849--56949	36	2.8	36	93	0	166	36	18	25	18	1.94
57726--57768	21	2.0	22	82	13	54	48	2	16	32	1.58
61527--61561	16	2.1	18	89	10	56	14	11	0	74	1.08
65725--65769	19	2.4	19	81	3	56	33	20	17	28	1.95
68047--68090	2	22.0	2	95	0	79	50	47	0	2	1.13
68641--68674	3	11.3	3	100	0	68	32	0	35	32	1.58
84862--84922	30	1.9	33	87	9	92	45	8	14	31	1.74
85316--85359	21	2.1	21	95	0	79	31	25	13	29	1.94
85697--85733	15	2.4	16	86	13	51	54	0	0	45	1.00
86827--86857	12	2.6	12	94	0	53	48	0	9	41	1.36
86797--86833	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
89255--89286	6	5.2	6	96	3	55	0	15	3	81	0.82
94321--94356	18	2.0	18	88	0	54	44	0	2	52	1.15
98836--98923	37	2.3	37	78	3	95	52	4	19	23	1.64
100818--100957	27	5.2	27	90	1	183	38	23	12	25	1.90
101932--102054	61	2.0	61	100	0	246	35	16	4	43	1.69
104736--104935	59	3.3	60	79	8	178	39	18	18	24	1.92
106463--106500	19	2.0	19	94	0	67	28	5	13	52	1.61
112679--112757	31	2.5	31	81	4	86	37	3	2	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112714--112851	57	2.4	56	80	6	161	39	5	2	52	1.37
119941--119988	20	2.6	18	78	12	51	37	0	4	58	1.18
121879--121917	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
129276--129339	30	2.2	29	83	8	76	46	3	4	45	1.39
131088--131129	19	2.2	19	83	8	50	59	7	9	23	1.53
134535--134575	17	2.4	17	87	0	64	19	17	12	51	1.76
135478--135533	23	2.4	23	78	21	64	53	7	0	39	1.28
135480--135548	20	3.2	20	75	20	59	55	7	0	37	1.28
135626--135668	20	2.2	20	83	8	52	32	2	0	65	1.06
144727--144786	23	2.7	23	75	12	61	28	3	13	55	1.54
158536--158670	67	2.0	67	98	0	261	45	17	7	30	1.75
158560--158664	32	3.2	32	65	17	88	46	17	6	29	1.73
168557--168583	9	3.0	9	100	0	54	44	0	22	33	1.53
176695--176743	25	2.0	25	84	8	64	22	18	18	40	1.91
183673--183723	24	2.1	24	96	0	93	21	11	9	56	1.63
183681--183735	24	2.3	24	90	0	83	25	14	10	49	1.76
187955--187985	15	2.0	16	93	6	55	58	0	3	38	1.15
188910--188942	16	1.9	18	88	11	52	42	18	9	30	1.81
190054--190080	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
191787--192068	141	2.0	141	100	0	564	36	9	9	44	1.70
193259--193300	10	4.2	10	81	0	57	21	0	0	78	0.75
197050--197403	40	9.0	39	72	12	251	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197111--197400	78	3.7	77	82	6	307	23	16	27	31	1.96
197629--198019	98	4.0	98	84	3	482	17	25	18	38	1.92
197629--198019	196	2.0	196	86	3	545	17	25	18	38	1.92
197629--198001	49	7.6	47	73	7	242	17	24	18	39	1.92
197974--198118	49	2.9	49	72	8	132	21	31	14	33	1.93
197629--198079	196	2.3	196	81	6	443	18	25	17	38	1.92
205958--205993	17	2.0	19	89	10	58	69	0	0	30	0.89
210612--210682	22	3.2	22	97	2	133	22	18	14	45	1.85
224463--224502	21	1.9	21	90	10	64	25	15	27	32	1.95
226554--226681	2	66.5	2	75	13	81	50	1	4	43	1.32
232968--233009	16	2.6	16	100	0	84	9	47	9	33	1.68
233729--233789	30	2.0	30	87	0	86	31	11	19	37	1.87
247757--247969	109	1.9	110	83	4	277	39	15	14	30	1.87
248190--248246	26	2.2	26	87	12	82	68	0	7	24	1.14
249999--250087	45	2.0	45	90	0	142	25	12	24	37	1.91
250022--250311	40	6.8	44	78	7	156	24	13	24	37	1.91
250119--250505	40	9.5	40	81	6	384	24	14	25	35	1.94
250116--250481	162	2.2	164	84	7	462	23	15	24	36	1.94
250182--250505	121	2.7	121	86	3	454	23	15	25	35	1.94
250692--250736	23	2.0	23	95	0	81	33	4	24	37	1.76
250712--250826	50	2.3	49	89	4	176	30	13	18	38	1.88
251681--251726	21	2.2	21	84	0	56	54	2	17	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251994--252087	17	5.9	16	73	21	74	2	15	1	79	0.87
252001--252082	11	7.9	10	73	18	62	1	17	1	79	0.86
251999--252087	43	2.1	42	85	10	119	1	15	1	80	0.81
256017--256218	108	1.9	109	82	6	257	44	17	10	27	1.82
256420--256494	28	2.6	28	89	2	105	68	1	12	18	1.28
259673--259753	36	2.3	36	93	2	137	46	7	9	35	1.65
261533--261786	66	4.0	66	84	9	323	38	10	16	33	1.84
263007--263065	29	2.0	29	93	6	102	40	8	15	35	1.77
264330--264480	43	3.6	42	78	6	146	36	12	25	25	1.91
264345--264480	41	3.2	41	79	5	121	35	13	25	25	1.93
268883--268925	14	3.0	14	82	3	50	76	6	2	13	1.08
270435--270483	9	5.2	9	77	18	55	53	0	0	46	1.00
270427--270483	20	3.0	20	78	14	66	52	0	1	45	1.11
270436--270507	29	2.4	30	93	2	119	54	0	1	44	1.08
271752--271790	19	2.0	20	85	5	53	15	2	20	61	1.45
271837--271878	19	2.2	19	86	0	57	30	2	2	64	1.19
272336--272360	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
272363--272403	16	2.6	16	85	11	50	19	7	0	73	1.07
275354--275480	27	4.7	27	84	4	159	25	17	24	33	1.96
275355--275480	52	2.4	54	85	6	159	25	17	24	32	1.97
275462--275594	24	5.5	23	85	3	158	26	23	21	28	1.99
275462--275594	48	2.8	47	82	4	176	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287550--287596	24	2.1	23	84	11	62	14	12	0	72	1.13
290094--290135	20	2.2	19	86	4	57	21	0	2	76	0.90
290820--290858	18	2.0	18	85	14	51	51	2	20	25	1.60
296328--296356	15	1.9	15	100	0	58	34	0	3	62	1.12
299507--299559	26	2.0	26	100	0	106	41	18	13	26	1.87
300049--300149	43	2.3	43	79	5	123	48	11	8	30	1.71
301493--301566	34	2.1	35	95	2	132	45	20	0	33	1.51
301542--301593	21	2.5	21	100	0	104	57	15	0	26	1.38
301951--302013	4	15.8	4	85	5	83	0	30	0	69	0.88
302892--303077	97	1.9	97	93	0	318	36	17	17	29	1.92

Tables:   1   2