genome.fa.s11561.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011561.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126550, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  165996

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4040--4166	66	1.9	65	90	1	200	36	13	14	36	1.85
6822--6890	6	11.8	6	75	10	63	40	0	5	53	1.25
6808--6875	23	2.9	24	87	10	88	36	1	4	57	1.28
6826--6890	17	3.7	18	86	10	82	38	0	6	55	1.25
7365--7398	14	2.4	14	95	0	59	35	8	26	29	1.87
7697--7742	24	1.9	24	90	0	74	50	2	2	45	1.26
7714--7762	18	2.7	18	75	18	57	48	2	0	48	1.12
7697--7769	21	3.3	22	75	11	78	49	2	1	46	1.24
7714--7782	21	3.3	21	73	23	65	52	1	0	46	1.09
8804--8908	30	3.6	28	76	12	86	37	23	0	38	1.62
8800--8917	29	4.0	27	72	16	74	37	25	0	36	1.62
8800--8917	60	2.0	59	83	6	150	37	25	0	36	1.62
8824--8917	29	3.2	29	78	17	104	38	24	0	37	1.56
13928--13998	29	2.5	27	80	10	79	56	4	0	39	1.19
14924--14981	27	2.1	27	83	0	71	31	5	5	58	1.42
15691--15777	43	2.0	43	88	0	129	49	5	18	26	1.70
15853--15886	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
15829--15920	12	7.5	12	74	13	53	52	0	5	42	1.24
15939--15975	12	3.0	13	80	11	51	43	2	0	54	1.14
15971--16039	32	2.1	33	89	7	106	42	1	2	53	1.24
15971--16032	15	3.9	16	71	24	60	43	1	3	51	1.27
17276--17547	134	2.0	138	86	5	385	35	9	18	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17591--17678	30	3.0	29	74	9	72	54	10	14	20	1.69
23595--23638	5	8.8	5	85	9	63	20	0	2	77	0.88
23706--23750	20	2.2	20	88	0	63	33	2	20	44	1.63
24621--24669	21	2.3	22	82	6	66	67	4	2	26	1.19
24606--24656	26	2.0	25	92	3	84	68	3	1	25	1.17
24676--24910	30	7.8	29	80	10	213	38	2	17	41	1.63
24676--24910	60	3.9	60	81	6	235	38	2	17	41	1.63
24676--24914	90	2.6	90	83	4	284	38	2	17	41	1.64
25519--25545	13	2.1	13	100	0	54	7	0	14	77	0.97
26418--26478	19	3.3	19	70	25	67	19	13	16	50	1.77
26427--26488	21	3.2	21	70	25	73	19	14	16	50	1.79
26415--26488	36	2.1	36	100	0	148	20	13	16	50	1.78
26496--26787	39	7.4	38	75	6	278	25	17	26	30	1.97
26496--26777	79	3.6	79	89	2	442	25	18	26	30	1.98
26837--26978	50	2.8	50	84	2	160	21	22	17	38	1.94
30149--30232	44	1.9	44	97	0	159	30	16	19	33	1.94
31272--31354	24	3.5	24	89	0	121	30	24	22	22	1.99
33005--33081	38	2.0	38	97	0	145	19	27	19	33	1.96
40695--40751	21	2.8	21	77	17	57	71	7	0	21	1.08
40720--40783	5	13.0	5	86	8	62	71	3	1	23	1.08
40720--40783	16	4.3	15	75	13	62	71	3	1	23	1.08
40721--40792	30	2.4	28	78	17	83	69	4	1	25	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40712--40792	31	2.7	30	79	7	85	70	4	1	23	1.14
40808--41027	121	1.8	121	83	3	291	30	3	23	41	1.72
40794--41112	30	10.6	30	73	9	238	32	4	21	41	1.73
40795--41052	121	2.1	121	77	6	274	31	3	22	42	1.71
40794--41112	89	3.6	89	77	5	266	32	4	21	41	1.73
44202--44291	21	4.5	21	79	9	82	67	6	1	24	1.21
44225--44298	26	2.9	26	74	20	75	67	5	1	25	1.20
44217--44280	31	2.1	30	82	2	74	68	6	1	23	1.21
44299--44616	30	10.6	30	79	6	277	33	5	22	38	1.76
44301--44631	90	3.7	89	77	6	310	32	5	23	38	1.77
54633--54711	31	2.5	30	79	16	81	62	1	0	36	1.04
64916--64974	28	2.2	27	82	11	68	33	5	3	57	1.37
67364--67438	38	1.9	39	86	7	109	53	6	4	36	1.46
73328--73399	4	18.0	4	88	0	90	50	41	2	5	1.40
73914--73972	30	2.0	30	89	0	91	25	30	22	22	1.99
78543--78575	16	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
84480--84544	33	2.0	33	96	0	121	18	21	13	46	1.84
85618--85658	18	2.3	18	87	4	57	34	9	4	51	1.56
86378--86422	22	2.0	22	95	0	81	28	13	6	51	1.66
86926--86965	21	1.9	21	84	0	53	42	27	10	20	1.83
86932--86971	21	1.9	21	84	0	53	42	30	7	20	1.79
86905--86974	35	2.0	35	86	5	97	40	30	10	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88143--88205	31	2.0	31	87	6	92	22	22	15	39	1.92
114590--114643	23	2.3	24	76	20	60	46	14	14	24	1.83
126602--126637	10	3.6	10	92	0	54	44	36	0	19	1.51
128866--128895	12	2.5	12	94	0	51	43	20	6	30	1.77
132783--132830	14	3.1	14	75	18	51	54	0	0	45	0.99
133109--133145	19	1.9	19	88	0	56	54	10	0	35	1.36
133980--134019	7	5.7	7	84	0	53	47	32	0	20	1.50
133977--134037	21	3.0	21	78	2	61	50	36	0	13	1.41
134001--134039	7	5.6	7	88	11	53	53	41	0	5	1.23
133994--134039	14	3.3	14	87	6	58	52	39	0	8	1.33
136929--137007	32	2.5	33	93	4	128	45	7	2	44	1.45
136934--136985	25	2.0	25	92	3	86	46	7	1	44	1.43
139395--139581	30	6.3	30	80	7	195	33	25	4	36	1.75
139395--139582	90	2.1	89	82	5	220	33	25	4	37	1.75
139395--139581	60	3.2	59	80	4	216	33	25	4	36	1.75
139412--139610	30	6.7	28	77	12	118	32	25	4	37	1.76
144938--145012	14	5.4	14	90	6	100	84	0	16	0	0.63
144948--145006	8	8.1	8	83	14	67	84	0	15	0	0.62
144925--145014	6	14.7	6	76	15	78	82	0	15	2	0.77
144940--145014	20	3.7	20	89	7	114	82	0	17	0	0.67
145829--146214	49	7.9	49	77	4	357	33	17	31	17	1.93
145845--146205	147	2.5	146	83	2	438	33	17	32	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145829--146198	196	1.9	196	84	3	503	33	16	31	17	1.93
146454--146612	41	3.9	41	82	3	185	33	18	17	30	1.94
146640--146735	39	2.5	38	80	11	113	23	29	21	25	1.99
146970--147042	37	2.0	37	89	5	112	35	19	20	24	1.95
146848--147190	159	2.2	159	86	5	471	35	17	23	23	1.95
148262--148687	30	14.4	30	78	7	345	34	22	2	40	1.67
148227--148689	59	7.8	60	75	7	315	34	23	2	39	1.68
148227--148478	117	2.2	117	78	3	265	34	24	3	37	1.71
148262--148687	89	4.8	89	77	4	378	34	22	2	40	1.67
154263--154322	21	2.9	21	80	5	68	36	13	20	30	1.90
160272--160374	17	6.3	17	76	8	106	39	14	4	40	1.67
160272--160374	32	3.2	32	85	2	125	39	14	4	40	1.67
160272--160421	81	1.9	81	88	0	228	38	14	7	40	1.73
160313--160413	32	3.2	31	81	5	105	37	11	8	41	1.73
160310--160407	17	6.0	17	78	8	96	36	11	9	42	1.73
160302--160406	49	2.1	49	87	0	147	36	12	7	43	1.71
160352--160422	32	2.2	32	84	0	88	35	11	11	42	1.77
160725--160845	36	3.4	36	79	6	131	36	26	6	30	1.82
163143--163185	16	2.6	17	81	3	52	74	4	9	11	1.20
165690--165799	36	3.1	36	81	2	116	35	24	9	30	1.87
165820--165966	72	2.0	72	100	0	294	40	26	8	24	1.83

Tables:   1

The End!