Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011573.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126562, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3901
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.20, T:0.32
Warning! 5 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3369 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3323--3654 Score: 281
Period size: 29 Copynumber: 11.0 Consensus size: 30
3313 GTAGTTTTAG
** *
3323 GGAAGGTTCGAAGTTAAAAATGGGATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGGGATTTTT
*
3353 GGAA-GTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGG-GATTTTT
*
3382 GGAAGGTTC-GGGATAAAAAATGGGACTTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGT-AAAAATGGGA-TTTTT
** *
3413 GGAA-GTTCGAAGGT-AAAATGGTAATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGG-GATTTTT
* * * *
3442 TGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGAGATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGGGATTTTT
* **
3472 GGAA-GTTCGGGGGT-GAAATGATAATTTTTGNTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATG-GGA---TT--TTT
* *
3506 GGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGGGATTTTT
3536 GGAA-GTTCGGGGGTAAAAATGGGATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGGGATTTTT
3565 GGAAGGTTC-GGGGTAAAAAAATGGGATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGT--AAAAATGGGATTTTT
* *
3596 GGAA-GTTTGGGGGT-AAAATGGTAATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGG-GATTTTT
* *
3625 GGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTT
1 GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGGGATTTTT
3655 AAAATTTTAG
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 34, Indels: 48
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
28 19 0.08
29 87 0.36
30 58 0.24
31 55 0.23
32 4 0.02
34 7 0.03
35 9 0.04
36 5 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.33, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
GGAAGGTTCGGGGGTAAAAATGGGATTTTT
Found at i:3374 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 3302--3654 Score: 467
Period size: 60 Copynumber: 5.8 Consensus size: 59
3292 CGGATGCACA
* * * *
3302 GGGGCAAAATGGTAGTTTTAGGGAAGGTTCGAAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
*
3362 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGATAAAAAATGGGACTTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGG-TTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCG
** * *
3422 AAGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
* *
3481 GGGGTGAAATGATAATTTTTGNTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAA---TT--TTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
* * * *
3545 GGGGTAAAAATGG-GATTTTTGGAAGGTTCGGGGTAAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGT-TAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
3605 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTT
3655 AAAATTTTAG
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 25, Indels: 23
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
58 1 0.00
59 84 0.33
60 115 0.45
61 4 0.02
62 2 0.01
64 46 0.18
65 5 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.33, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
Found at i:3632 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 3323--3654 Score: 551
Period size: 183 Copynumber: 1.8 Consensus size: 182
3313 GTAGTTTTAG
3323 GGAAGGTTCGAAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGG
1 GGAAGGTTCGAAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGG
*
3388 TTCGGGATAAAAAATGGGACTTTTTGGAAGTTCGAAGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTCGA
66 TTCGGGATAAAAAATGGGACTTTTTGGAAGTTCGAAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGA
3453 GGTTAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTGAAATGATAATTTTTGNTTT
131 GGTTAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTGAAATGATAATTTTTG-TTT
* *
3506 GGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGG-GATTTTTGGAAG
1 GGAAGGTTCGAAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAG
* * **
3570 GTTCGGGGTAAAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
65 GTTCGGGAT-AAAAAATGGGACTTTTTGGAAGTTCGAAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
*
3634 GAGGTTAAAAATGGGATTTTT
129 GAGGTTAAAAATGAGATTTTT
3655 AAAATTTTAG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 8, Indels: 4
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
183 121 0.87
184 18 0.13
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.33, T:0.34
Consensus pattern (182 bp):
GGAAGGTTCGAAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGG
TTCGGGATAAAAAATGGGACTTTTTGGAAGTTCGAAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGA
GGTTAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTGAAATGATAATTTTTGTTT
Done.