genome.fa.s11596.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011596.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126586, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  276558

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--29	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
5861--5924	24	2.7	23	79	13	85	54	4	15	25	1.60
8150--8200	16	3.4	15	75	5	50	27	27	19	25	1.99
9412--9449	19	1.9	20	84	10	51	47	2	2	47	1.30
9490--9539	17	2.9	18	79	8	59	54	2	2	42	1.23
9544--9577	17	2.0	17	100	0	68	29	5	29	35	1.81
13863--14309	195	2.3	195	80	3	490	28	20	26	24	1.99
17712--17743	16	1.9	17	93	6	57	43	12	6	37	1.68
18319--18345	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
20854--21091	52	4.6	52	86	2	311	35	25	15	23	1.95
34347--34393	18	2.7	18	80	3	51	38	10	4	46	1.58
34623--34648	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
43914--43951	20	1.9	20	84	10	51	28	5	5	60	1.40
50171--50207	13	2.8	13	87	4	56	51	0	0	48	1.00
54068--54204	31	4.5	31	74	14	122	24	17	11	45	1.82
54068--54259	90	2.1	91	83	4	237	23	17	12	46	1.82
54435--54601	31	5.5	31	74	14	170	45	10	18	25	1.82
54430--54601	60	2.9	60	95	0	301	47	10	18	24	1.79
58006--58121	56	2.1	56	100	0	232	42	8	12	37	1.73
58204--58254	12	4.2	12	79	2	57	25	1	11	60	1.41
58181--58247	26	2.7	26	81	11	86	25	2	8	62	1.39
59413--59468	22	2.5	22	88	0	76	55	23	10	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61044--61130	38	2.2	41	85	6	117	40	2	3	54	1.30
71808--71891	42	2.0	42	90	4	134	26	14	10	48	1.76
80040--80078	17	2.3	17	83	12	53	66	5	0	28	1.12
81796--81823	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
82069--82111	22	1.9	22	85	4	59	65	9	0	25	1.22
91033--91075	22	1.9	23	86	13	63	62	2	11	23	1.40
94809--94839	15	2.1	15	100	0	62	67	0	0	32	0.91
99018--99044	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
108148--108370	30	7.5	30	82	4	227	36	5	18	39	1.74
109415--109446	12	2.6	13	90	9	50	25	0	0	75	0.81
109738--109903	50	3.3	50	76	9	194	27	21	16	34	1.95
109739--110016	100	2.8	100	88	2	389	28	18	16	35	1.93
109737--109953	50	4.3	51	71	12	155	29	19	15	35	1.93
110116--110154	21	1.9	19	85	10	51	17	17	12	51	1.76
110157--110284	40	3.2	40	79	5	118	25	15	26	32	1.95
110197--110284	40	2.2	40	87	0	122	26	14	25	34	1.94
110237--110404	78	2.1	77	85	5	221	27	11	25	35	1.91
110233--110405	39	4.4	40	74	9	158	27	11	24	35	1.90
110446--110541	50	1.9	50	84	0	129	21	22	21	33	1.97
122552--122673	52	2.4	52	87	2	176	36	23	14	25	1.93
122634--122712	39	2.0	39	92	0	131	39	17	15	27	1.90
122673--122774	52	2.0	52	98	0	195	35	24	15	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122582--122764	91	2.0	91	96	0	339	36	21	15	25	1.94
123315--123350	18	2.1	16	90	10	54	30	16	0	52	1.44
125863--126109	30	8.2	30	78	6	214	37	6	18	38	1.75
125863--126101	90	2.7	89	81	7	270	37	6	18	37	1.77
128947--128983	10	3.5	11	85	10	51	29	27	5	37	1.79
130584--130616	17	2.0	17	88	5	50	54	0	6	39	1.25
132170--132231	31	2.0	31	90	0	97	58	4	0	37	1.20
145272--145505	115	2.0	115	95	0	423	39	14	13	32	1.85
149855--151062	207	6.0	205	83	11	1547	42	9	6	41	1.64
150419--150799	180	2.1	184	91	2	619	41	10	7	40	1.68
150611--151063	210	2.2	201	89	5	701	42	10	6	40	1.65
149915--151009	385	2.8	383	89	7	1119	41	9	6	42	1.63
159400--159464	29	2.2	29	78	10	71	66	1	1	30	1.10
166743--166783	21	2.0	21	85	4	57	63	7	7	21	1.45
172744--172853	23	4.7	23	81	3	114	44	15	11	28	1.82
175383--175450	17	4.1	16	78	3	64	66	5	0	27	1.15
175416--175658	9	26.9	9	64	17	69	65	3	2	28	1.24
175571--175658	29	3.1	27	81	14	97	67	1	1	30	1.06
175504--175632	45	2.9	45	75	10	122	68	3	3	24	1.18
175554--175686	25	4.9	28	77	17	97	64	2	0	32	1.11
175617--175676	18	3.5	17	78	13	61	65	1	0	33	1.03
175598--175688	43	2.1	44	84	10	116	65	1	0	32	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175635--175701	25	2.6	26	84	11	77	64	1	1	32	1.12
175635--175706	33	2.2	33	83	14	87	65	1	1	31	1.10
175935--175986	28	1.9	26	84	7	68	36	0	1	61	1.07
175943--175982	14	2.9	14	82	17	57	35	0	0	65	0.93
192580--192634	19	2.7	19	83	11	56	20	14	10	54	1.69
193195--193238	22	2.0	23	86	4	63	77	0	15	6	0.97
201260--201614	49	7.2	49	73	8	265	32	14	30	22	1.94
201241--201639	98	4.1	98	87	1	505	32	14	30	22	1.93
201286--201697	196	2.1	196	82	4	492	33	14	30	22	1.93
202527--202559	4	8.2	4	93	0	57	72	0	0	27	0.85
204916--204950	17	2.0	18	88	5	54	28	5	28	37	1.80
207136--207180	17	2.6	17	85	0	63	40	24	15	20	1.91
207170--207252	29	2.9	29	78	7	89	43	19	15	21	1.88
207339--207440	40	2.5	40	82	0	114	24	14	20	40	1.90
208024--208148	53	2.3	54	82	8	148	30	34	15	20	1.93
208158--208309	55	2.8	53	85	8	146	28	38	15	17	1.90
210697--210753	29	2.0	29	82	6	71	40	15	22	21	1.91
210842--210946	40	2.6	40	83	5	140	22	16	21	39	1.92
211502--211606	53	2.0	53	84	0	138	30	33	16	20	1.94
211607--211701	43	2.2	43	90	0	154	33	34	14	16	1.90
212565--212596	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
212734--212764	12	2.6	12	94	0	53	41	22	3	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213306--213384	10	8.3	10	70	14	53	34	2	2	60	1.23
214278--214314	19	1.9	18	89	10	56	35	0	0	64	0.94
216581--216815	52	4.5	53	81	2	201	34	24	15	25	1.95
216658--216740	26	3.2	26	65	29	68	36	21	10	31	1.88
218909--218958	25	2.0	25	84	7	66	62	6	6	26	1.42
219079--219415	163	2.1	163	92	3	558	53	3	7	35	1.47
220821--220849	14	2.0	15	93	6	51	62	6	3	27	1.37
221177--221214	15	2.3	18	86	13	55	28	0	0	71	0.87
221333--221375	9	4.7	9	88	2	59	41	0	2	55	1.12
221339--221384	18	2.6	17	83	12	58	41	0	4	54	1.20
221391--221437	18	2.6	18	83	10	51	36	4	0	59	1.17
221573--221607	17	2.1	17	94	0	61	20	2	5	71	1.19
221673--221725	21	2.5	21	81	6	63	22	0	5	71	1.06
224257--224324	11	6.2	11	76	11	59	35	2	1	60	1.21
224260--224324	32	2.1	30	86	11	87	33	3	1	61	1.21
224260--224318	28	2.0	30	83	6	77	33	3	1	61	1.23
224503--224551	23	2.2	22	82	10	55	69	10	10	10	1.37
225444--225494	20	2.6	20	85	11	70	23	1	3	70	1.14
227072--227112	18	2.4	17	84	8	57	60	0	4	34	1.18
227071--227112	17	2.5	17	82	17	52	61	0	4	33	1.17
237854--237895	21	1.9	23	85	9	61	40	0	0	59	0.97
239700--239783	42	2.0	42	86	4	116	46	22	0	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239906--239955	25	2.0	25	92	0	82	12	24	26	38	1.90
241581--241634	27	2.0	27	85	0	72	38	37	11	12	1.79
243765--243794	7	4.3	7	91	0	51	40	16	26	16	1.90
248186--248377	30	6.4	30	88	3	217	38	3	23	34	1.72
249379--249453	3	25.0	3	83	5	98	33	0	2	64	1.08
250923--251067	49	2.9	49	75	11	136	15	23	22	38	1.92
251052--251089	19	2.0	19	94	0	67	26	23	26	23	2.00
250953--251178	119	1.9	118	83	4	294	17	25	20	37	1.94
252080--252137	17	3.3	17	84	15	82	0	13	6	79	0.93
254909--254953	23	1.9	24	95	4	83	33	13	20	33	1.91

Tables:   1   2