Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011603.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126593, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 919
Length: 1533
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.22, T:0.33
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:421 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 358--445 Score: 92
Period size: 29 Copynumber: 3.0 Consensus size: 30
348 TCTTTAGACA
* * * *
358 TTCGGGAGTAAGATAGTAATTTTTGGATGT
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGT
*
388 TTC-GGGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAAG-
1 TTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGT
417 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAG
446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 9
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.15
29 18 0.38
30 18 0.38
31 5 0.10
ACGTcount: A:0.27, C:0.05, G:0.33, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGT
Found at i:425 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 358--445 Score: 90
Period size: 30 Copynumber: 3.0 Consensus size: 29
348 TCTTTAGACA
* * *
358 TTCGGGAGTAAGATAGTAATTTTTGGATGT
1 TTCGGG-GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGT
*
388 TTCGGGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAAG-
1 TTCGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGT
417 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAG
1 TTC-GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAG
446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 9
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.14
29 16 0.33
30 21 0.43
31 5 0.10
ACGTcount: A:0.27, C:0.05, G:0.33, T:0.35
Consensus pattern (29 bp):
TTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGT
Found at i:696 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 633--985 Score: 341
Period size: 59 Copynumber: 6.0 Consensus size: 59
623 TCTTTAGACA
* * * * *
633 TTCGGGAGTAAGATAGTAATTTTTGG-ATGTTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTT-GAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
692 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * *
751 TTCGAGGGTAAAATGTTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * * *
810 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAAGTCAAAAATTGAATTTTTGGAAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * * *
869 TTTGAGGGTAAAAAT-G-AGATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGG
1 TTCGGGGGT-AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGGTT-TGAGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAA-G
* * *
928 TTC-GGGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTTAGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAG
1 TTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTT-GAGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAAG
986 GTTTGGGGTC
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 29, Indels: 19
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 6 0.02
58 20 0.08
59 219 0.86
60 11 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.35
Consensus pattern (59 bp):
TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
Found at i:791 original size:118 final size:117
Alignment explanation
Indices: 648--985 Score: 406
Period size: 118 Copynumber: 2.9 Consensus size: 117
638 GAGTAAGATA
*
648 GTAATTTTTGGATGTTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATT
1 GTAATTTTTGGAAGTTT-GGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATT
*
713 TTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-AAAAT
65 TTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
*
765 GTTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 G-TAATTTTTGGAA-GTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* * * * *
830 TTTTAGAAGGTTCGAAGTCAAAAATTGAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAAT
64 TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
* *
884 G-AGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GGGGTCAAAAATGG
1 GTA-ATTTTTGGAAGTT-TGGGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT--AAAATGG
* *
945 -GATTTTTGGAA-GTTTAGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAG
60 TAATTTTTGGAAGGTTT-GAGGTCAAAAATGG-AATTTTTGGAAG
986 GTTTGGGGTC
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 17, Indels: 22
0.83 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
116 12 0.06
117 35 0.18
118 129 0.67
119 17 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.35
Consensus pattern (117 bp):
GTAATTTTTGGAAGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTT
TTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
Found at i:919 original size:147 final size:148
Alignment explanation
Indices: 709--988 Score: 465
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 148
699 GTAAAATGGT
* *
709 AATTTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGTTAATTTT
1 AATTTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTT
* *
774 TGGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG
66 TGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG
839 GTTCGAAGTCAAAAATTG
131 GTTCGAAGTCAAAAATTG
*
857 AATTTTTGGAA-GTTTGAGGGT-AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTT
1 AATTTTTGGAAGGTTTGA-GGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTT
* * *
920 TTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA
65 TTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAA
985 GGTT
130 GGTT
989 TGGGGTCAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 8, Indels: 3
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
147 109 0.89
148 14 0.11
ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.31, T:0.35
Consensus pattern (148 bp):
AATTTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTT
TGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG
GTTCGAAGTCAAAAATTG
Found at i:994 original size:88 final size:87
Alignment explanation
Indices: 633--985 Score: 373
Period size: 88 Copynumber: 4.0 Consensus size: 87
623 TCTTTAGACA
* * * * * * *
633 TTCGGGAGTAAGATAGTAATTTTTGGATGTTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTT-TGG
698 GGT-AAAATG-GTAATTTTTGGAAGG
65 GGTAAAAATGAG--ATTTTTGGAA-G
* * * *
722 TT-TGAGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT--AAAATGTTAATTTTTGGAAGGT
1 TTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTCAAAAATG-GAATTTTTGGAA-GT
782 TTGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAG
61 TTGGGGT-AAAAATGAGATTTTTGGAAG
* ** *
810 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAAGTCAAAAATTGAATTTTTGGAAGTTTGAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTG-G
875 GGTAAAAATGAGATTTTTGGAAG
65 GGTAAAAATGAGATTTTTGGAAG
*
898 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTT-GG
963 GGT-AAAATG-GTAATTTTTGGAAG
65 GGTAAAAATGAG--ATTTTTGGAAG
986 GTTTGGGGTC
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 24, Indels: 35
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
86 1 0.00
87 19 0.09
88 133 0.60
89 53 0.24
90 16 0.07
91 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.35
Consensus pattern (87 bp):
TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGG
GTAAAAATGAGATTTTTGGAAG
Done.