genome.fa.s11700.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011700.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126694, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  364021

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6287--6330	21	2.1	21	83	8	54	61	11	27	0	1.30
24335--24375	16	2.6	16	82	17	50	31	19	7	41	1.79
29563--29597	3	11.7	3	93	0	61	34	34	0	31	1.58
30046--30702	150	4.5	146	83	8	705	41	4	9	44	1.57
39993--40021	13	2.1	14	93	6	51	20	20	3	55	1.58
42289--42337	10	5.2	9	83	14	55	83	2	10	4	0.85
42301--42330	15	1.9	16	93	6	53	86	0	13	0	0.57
42286--42337	18	2.9	18	86	11	79	82	1	11	3	0.88
42739--43320	42	13.9	42	84	1	700	22	20	23	34	1.97
42739--43551	126	6.3	126	78	8	767	22	19	23	33	1.97
43222--43423	103	2.0	103	87	3	291	21	17	26	34	1.96
43177--43453	145	1.9	145	85	2	387	21	18	25	33	1.96
43140--43507	187	2.0	187	86	2	515	21	19	25	33	1.96
43097--43518	229	1.8	229	85	1	594	21	18	25	35	1.96
43325--43551	42	5.4	42	81	6	262	22	18	25	34	1.96
43861--43895	16	2.3	15	90	5	52	2	14	0	82	0.77
43916--43975	3	20.0	3	83	6	59	33	8	0	58	1.28
44587--44615	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
45024--45517	137	3.4	146	88	6	673	42	3	9	44	1.52
45281--45517	51	4.7	51	68	11	135	42	2	10	44	1.53
47683--47790	53	2.0	53	100	0	216	38	12	24	24	1.90
50973--51003	16	2.0	15	93	6	53	19	0	3	77	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50976--51021	21	2.2	20	85	14	58	19	0	6	73	1.04
70760--70796	14	2.6	14	88	12	58	8	18	5	67	1.36
71807--71851	15	3.0	15	93	0	81	28	33	4	33	1.77
73885--74287	146	2.9	138	89	6	598	44	10	3	41	1.57
74013--74322	146	2.1	146	90	4	489	45	9	3	41	1.55
74030--74222	49	3.9	50	68	12	123	45	9	3	41	1.53
74013--74361	146	2.4	145	86	6	418	45	10	4	39	1.58
75191--75353	42	3.9	43	83	4	199	37	23	15	22	1.93
75190--75353	84	2.0	84	90	2	258	37	23	16	22	1.94
75455--75712	41	6.3	41	88	0	372	27	22	31	18	1.97
75768--75944	41	4.3	41	78	5	160	31	20	27	20	1.98
81399--81609	43	5.0	43	81	2	194	26	16	25	31	1.96
81467--81623	42	3.7	42	82	5	156	25	17	22	33	1.96
81772--82007	42	5.6	42	89	0	364	36	26	17	19	1.94
82389--82444	25	2.5	21	85	11	67	3	17	1	76	1.01
82389--82444	21	2.5	21	82	11	58	3	17	1	76	1.01
82409--82444	19	1.9	18	88	5	54	2	16	0	80	0.83
82408--82451	16	2.8	16	76	13	54	4	13	0	81	0.83
94576--94654	41	1.9	41	100	0	158	43	10	12	34	1.76
95315--95830	157	3.4	153	85	7	677	44	10	3	41	1.57
96246--96307	18	3.4	18	76	8	54	61	0	9	29	1.28
120504--120549	22	2.2	20	85	14	67	4	34	10	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121305--121353	14	3.4	15	77	8	57	12	12	2	73	1.18
134493--134536	19	2.4	18	81	7	52	68	2	4	25	1.20
135234--135295	32	1.9	32	93	0	106	30	9	20	38	1.85
135771--135816	22	2.1	22	83	0	56	26	23	8	41	1.83
139030--139056	12	2.2	12	100	0	54	25	29	0	44	1.54
140147--140213	32	2.1	32	94	0	116	29	20	19	29	1.97
145225--145278	27	2.0	27	100	0	108	55	11	3	29	1.52
145226--145273	5	8.7	6	80	13	50	54	12	2	31	1.49
145270--145297	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
146559--146609	25	2.1	25	88	3	77	64	3	1	29	1.22
156752--156780	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
159569--159651	28	3.0	28	80	1	96	34	27	15	21	1.94
159717--159855	28	4.9	28	69	9	102	30	21	18	29	1.97
159763--159854	29	3.2	29	69	22	77	30	22	19	27	1.98
159773--159862	29	3.1	29	71	9	85	28	24	17	28	1.97
159850--159947	28	3.5	28	65	13	74	29	18	20	31	1.96
159717--159969	57	4.5	57	80	6	237	30	20	18	29	1.97
159716--159969	114	2.2	114	80	3	271	30	21	18	29	1.97
173553--173589	16	2.3	16	90	0	56	48	2	13	35	1.57
178405--178459	20	2.8	20	83	5	58	29	10	10	49	1.72
184651--184765	55	2.1	55	98	0	221	40	25	7	26	1.82
186339--186387	21	2.5	20	80	16	57	36	6	18	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189043--189072	15	1.9	16	93	6	53	70	6	0	23	1.11
190647--190671	13	1.9	13	100	0	50	32	12	16	40	1.84
198653--198904	23	11.2	23	75	16	197	13	24	21	40	1.90
198832--198906	39	1.9	39	91	5	125	16	20	20	44	1.87
200460--200508	21	2.4	21	89	3	73	36	8	10	44	1.68
208975--209043	20	3.5	20	82	7	70	37	8	11	42	1.72
214825--214928	37	2.7	38	77	5	102	33	26	17	22	1.96
214832--214928	41	2.5	38	76	6	97	31	28	17	21	1.96
215031--215067	18	2.1	18	89	0	56	21	24	2	51	1.61
218110--218165	20	2.8	20	77	0	58	26	8	14	50	1.72
220779--220812	18	1.9	17	88	5	50	8	8	14	67	1.41
222424--222515	40	2.3	38	81	11	94	46	14	22	16	1.82
222424--222571	42	3.6	41	80	8	151	42	16	21	19	1.89
222424--222602	82	2.2	83	79	5	193	43	15	21	19	1.87
224231--224357	41	3.1	41	72	13	116	38	12	25	22	1.90
227203--227318	26	4.5	26	72	4	101	46	10	1	41	1.48
227257--227295	8	4.9	8	90	0	51	35	2	5	56	1.35
227321--227474	72	2.1	73	87	4	222	44	7	0	48	1.30
227324--227420	8	12.1	8	69	16	58	41	4	0	54	1.19
228118--228394	139	2.0	139	99	0	545	35	15	19	29	1.93
234016--234103	42	2.1	43	91	2	142	26	19	27	27	1.99
236038--236082	23	2.0	23	86	0	63	31	13	20	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236323--236406	42	2.0	42	92	0	141	48	21	0	29	1.50
237985--238021	13	2.7	14	87	4	58	45	0	0	54	1.00
247693--247826	67	2.0	67	91	2	216	46	16	7	29	1.74
250048--250200	76	2.0	74	93	5	263	35	10	7	46	1.66
253623--253696	21	3.5	21	98	0	139	27	24	32	16	1.96
259901--260024	23	5.2	23	72	16	85	39	20	26	13	1.90
260089--260137	24	2.0	26	84	15	68	32	20	0	46	1.51
262614--262663	21	2.4	21	86	0	64	32	28	14	26	1.94
263213--263268	28	2.0	28	96	0	103	23	32	16	28	1.96
267666--267871	90	2.3	89	85	6	274	39	20	7	32	1.80
268242--268426	10	19.3	10	70	15	81	28	4	2	64	1.26
268285--268425	28	5.0	28	74	12	112	30	3	2	63	1.22
268339--268428	37	2.4	37	85	5	119	28	2	2	66	1.15
268301--268428	9	13.7	9	74	10	105	30	2	1	65	1.14
268339--268491	67	2.3	64	80	8	166	30	2	1	64	1.18
268522--268726	89	2.3	86	82	9	234	29	8	20	40	1.83
272305--272433	64	2.0	64	93	0	222	27	24	20	27	1.99
273834--273998	82	2.0	82	89	0	249	33	26	21	18	1.96
274138--274332	52	3.8	52	85	0	257	30	13	25	29	1.94
280695--281010	82	3.9	82	80	1	357	39	25	15	18	1.91
294596--294620	13	1.9	13	100	0	50	24	16	4	56	1.57
296791--296844	21	2.6	21	82	5	65	27	12	27	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302743--302806	18	3.6	18	86	0	92	32	23	20	23	1.98
308280--308331	17	3.1	17	94	0	86	25	23	1	50	1.60
319368--319801	144	3.0	144	98	0	832	29	13	22	35	1.92
321903--321937	15	2.3	15	85	0	52	45	2	22	28	1.67
322984--323071	46	1.9	46	88	0	131	57	12	4	25	1.53
324416--324503	46	1.9	46	83	4	115	59	13	3	23	1.50
326533--326558	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
344686--345188	49	10.2	49	77	6	329	42	18	20	18	1.90
344685--345269	98	5.9	96	75	10	378	42	17	21	18	1.90
344737--345188	147	3.1	146	81	6	480	42	19	20	17	1.89

Tables:   1   2