Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011732.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126726, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2069
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.18, T:0.32
Found at i:1187 original size:623 final size:622
Alignment explanation
Indices: 1--2069 Score: 3753
Period size: 623 Copynumber: 3.3 Consensus size: 622
* *
1 CATTCCGCCCAAATTACATTCCTACCTGCGACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
1 CATTCCGCCCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
*
66 TATGAAGACATTTTCTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAG
66 TATGAAGACATGTTCTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAG
* * *
131 AATAATTTGTGATAATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTCATTGCTGGCCCTC
131 AATAATTTGTGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCATC
* * *
196 TTCCCTATAGCGGAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGAAGTCAAT
196 TTCCCGATAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAAT
* * *
261 GAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGTACCTAATTGGGTGGAGATAAATACAGGTTTC
261 GAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTTGCACCTAATTTGGTGGAGATAAATACAGGTTTC
*
326 GTTGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGT
326 GTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGT
*
391 ACACGCTTCATCCCTACTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATTA
391 ACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATTA
* *
456 GATGGATTTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGTAGATAGTTTTAATCTTACGGTTCGCAGGAC
456 GATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGTTCGCAGGAC
521 GAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAAATAAAAACTCTTA
521 GAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAAATAAAAACTCTTA
*
586 GCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCATTGCAGATC
586 GCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCATTGCATATC
*
623 AATTCCGCCCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
1 CATTCCGCCCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
*
688 TATGAAGACATGTTTTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAG
66 TATGAAGACATGTTCTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAG
*
753 AATAATTTGTGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAGTCAGAAATTTGATTGCTGGCCAT
131 AATAATTTGTGATCATATATATTGTATTTC-AAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCAT
818 CTTCCCGATAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAA
195 CTTCCCGATAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAA
* *
883 TGAGACGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTTGCAGCTAATTTGGTGGAGATAAATACAGGTTT
260 TGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTTGCACCTAATTTGGTGGAGATAAATACAGGTTT
* *
948 CGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCACGAGTGGTGGGACAGACGTGAGTATGACTTTG
325 CGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTG
*
1013 TACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCCAGGATT
390 TACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATT
***
1078 AGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGGGAGCAGGA
455 AGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGTTCGCAGGA
*
1143 CGAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAAATAAAAACACTT
520 CGAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAAATAAAAACTCTT
1208 AGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCATTGCATATC
585 AGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCATTGCATATC
* *
1246 CATTCCGCCCAATTTACATTCCTACTTGCGACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
1 CATTCCGCCCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
*
1311 TATGAAGACATGTTCTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTAGTCACAG
66 TATGAAGACATGTTCTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAG
1376 AATAATTTGTGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCAT
131 AATAATTTGTGATCATATATATTGTATTTC-AAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCAT
1441 CTTCCCGATAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAA
195 CTTCCCGATAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAA
*
1506 TGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCCTTTCACTTTGCACCTAATTTGGTGGAGATAAATACAGGTTT
260 TGAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTTGCACCTAATTTGGTGGAGATAAATACAGGTTT
*
1571 CGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAAACGTGAGTATGACTTTG
325 CGTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTG
*
1636 TACACGCTTCATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATT
390 TACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATT
*
1701 AGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATTGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGTTCGCAGGA
455 AGATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGTTCGCAGGA
*
1766 CGAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAAAATAAAAACTCTT
520 CGAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAAATAAAAACTCTT
*
1831 AGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATC
585 AGCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCATTGCATATC
*
1869 CATTCCGCCCAATTTACATTCCTACCTGCAAGTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
1 CATTCCGCCCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
*
1934 TATGAAGACATGTTCTAAGTTATTTTTGTTTTATATTAAGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAG
66 TATGAAGACATGTTCTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAG
1999 AATAATTTGTGATCATATATATTGTATTTC-AAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCATC
131 AATAATTTGTGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCATC
2063 TTCCCGA
196 TTCCCGA
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 55, Indels: 3
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
621 41 0.03
622 154 0.11
623 1196 0.86
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (622 bp):
CATTCCGCCCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATA
TATGAAGACATGTTCTAAGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAG
AATAATTTGTGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCATC
TTCCCGATAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAAT
GAGGCGGGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTTGCACCTAATTTGGTGGAGATAAATACAGGTTTC
GTGGATGATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGT
ACACGCTTCATCCCTGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATTA
GATGGATCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGTTCGCAGGAC
GAGAATAATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAAATAAAAACTCTTA
GCAAAAATGGATATAAAAAAAAGTATCATTGCATATC
Done.