Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011742.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126736, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3260
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.21, T:0.30
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1823 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 1649--1830 Score: 235
Period size: 96 Copynumber: 1.9 Consensus size: 96
1639 GAGGACATTT
** * **
1649 GATTATCTTGATTTGAAGAAAGGTTGCACCTAGTAAGTTAAGGTGCAACATTTCGGGATCGAAGA
1 GATTATCTTGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCGCAACATTTCGAAATCGAAGA
*
1714 TAAGGAAACATTGCCTCGATTAAGGGTATTC
66 TAAAGAAACATTGCCTCGATTAAGGGTATTC
* *
1745 GATTATTTTGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTGAGTTAAGGCGCAA-ATTTTCGAAATCTGAA
1 GATTATCTTGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCGCAACA-TTTCGAAATC-GAA
*
1809 -ATAAA-AGAATATTGCCTCGATT
64 GATAAAGA-AACATTGCCTCGATT
1831 TTAAAGTTTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 9, Indels: 6
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
95 2 0.03
96 69 0.93
97 3 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.22, T:0.31
Consensus pattern (96 bp):
GATTATCTTGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCGCAACATTTCGAAATCGAAGA
TAAAGAAACATTGCCTCGATTAAGGGTATTC
Found at i:2098 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 2059--2108 Score: 75
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
2049 ACAGGGGGGC
2059 AAAATGGTAGTTTTGGAAGGTTCGAAA
1 AAAATGGTAGTTTTGGAA-GTTCGAAA
*
2086 AAAATGG-ATTTTTGGAAGTTCGA
1 AAAATGGTAGTTTTGGAAGTTCGA
2109 GGGTAAAACG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 6 0.27
26 9 0.41
27 7 0.32
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (26 bp):
AAAATGGTAGTTTTGGAAGTTCGAAA
Found at i:2126 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 2086--2840 Score: 399
Period size: 29 Copynumber: 25.8 Consensus size: 29
2076 AGGTTCGAAA
2086 AAAATGG--ATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* ** *
2113 AAAACGGTAATTTTTCAAAGGTTCGAGGTT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT
**
2143 AAAAATGG-GGTTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* **
2172 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGCCA
1 AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTCGAGG-GT
* *
2203 AAAATGG-GATTTTTGGAAGTTTTG-GGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTCGAGGGT
* **
2231 AAAATGGTATTTTTTTTAAAAGTTCG-GGGT
1 AAAATGGTA--ATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* * * *
2261 AAAAAAAGG-GATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* *
2291 AAAATAGTAATTTTTGGAAAGTT-TAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTCGAGGGT
* * *
2320 CAAAAAT-G-AGATTTTTAGAAGTTTGGGGGT
1 --AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
*
2350 AATATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGA-GGT
1 AAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTCGAGGGT
* * *
2379 CAAAATGG-GATTTTTGGAAATT-TAGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGA-GGGT
*
2408 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCG-GGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT
*
2437 CAAAAAT-G-AGATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 --AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* *
2467 AAAATGGTAATTTTTAGAAAGTT-TAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTT-GGAAGTTCGAGGGT
* *
2496 CAAAAATGG--GTTTTT-GAAATTCGAGGGT
1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* *
2524 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGA-GAT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT
* * * *
2553 CAAAAAAGG-GATTTTCT-AAAGTTTGAGGGT
1 --AAAATGGTAATTTT-TGGAAGTTCGAGGGT
2583 AAAATGGTAA-TTTTGGAAAGTTCG-GGGTT
1 AAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTCGAGGG-T
* *
2612 AAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* *
2641 AAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTTG-GGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTCGAGGGT
* * *
2670 CAAAAAAGG--ATTTTTTGAAGTT-TAGGGGT
1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGA-GGGT
*
2699 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-AGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT
* * *
2728 CAAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
*
2758 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-AGGGTT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTCGAGGG-T
* * *
2788 AAAAATGG-GATTTTTGGAAATTCGGGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTC-GAGGGT
*
2818 AAAATTGTAATTTTTGGAGAGTT
1 AAAATGGTAATTTTTGGA-AGTT
2841 TAAGGACCTC
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 96, Indels: 146
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
26 7 0.01
27 18 0.03
28 80 0.14
29 198 0.36
30 177 0.32
31 71 0.13
32 6 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.30, T:0.35
Consensus pattern (29 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
Found at i:2163 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 2085--2832 Score: 781
Period size: 59 Copynumber: 12.8 Consensus size: 58
2075 AAGGTTCGAA
* * *
2085 AAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAACGGTAATTTTTCAAAGGTTCGAGGTT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTT-AAAGGTTCGAGGTC
* * *
2143 AAAAATGGGGTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGCC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTA-AAGGTTCGAGGTC
* * * *
2202 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTTG-GGGTAAAATGGTATTTTTTTTAAAAGTTCGGGGTA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTTGAGGGTAAAATGGTA--ATTTTTAAAGGTTCGAGGTC
* * * * *
2262 AAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAAGTTTAG-GGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTT--AAAGGTTCGAGGTC
* * * *
2321 AAAAATGAGATTTTTAGAAGTTTGGGGGTAATATGGTAATTTTTGGAAA-GTTCGAGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTT--AAAGGTTCGAGGTC
* *
2380 -AAAATGGGATTTTTGGAAATTT-AGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGA-GGGTAAAATGGTAATTTTTA-AAGGTTCGAGGTC
* * *
2438 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTT-TAGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTA-AAGGTTCGA-GGTC
* * *
2497 AAAAATGGG-TTTTT-GAAATTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGATC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTA-AAGGTTCGAGGTC
* * * * *
2554 AAAAAAGGGATTTTCT-AAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAA-GTTCGGGGTT
1 AAAAATGGGATTTT-TGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTT-TAAAGGTTCGAGGTC
* * *
2612 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAA-GTTTGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTT--TAAAGGTTCGAGGTC
* *
2671 AAAAA-AGGATTTTTTGAAGTTT-AGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-AGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGA-GGGTAAAATGGTAATTTTTA-AAGGTTCGA-GGTC
* *
2729 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-AGGGTT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTA-AAGGTTCGA-GGTC
* * * *
2788 AAAAATGGGATTTTTGGAAATTCGGGGGGTAAAATTGTAATTTTT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TGAGGGTAAAATGGTAATTTTT
2833 GGAGAGTTTA
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 66, Indels: 54
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 2 0.00
57 50 0.08
58 162 0.27
59 305 0.51
60 71 0.12
61 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.29, T:0.35
Consensus pattern (58 bp):
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAGGTTCGAGGTC
Found at i:2437 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 2085--2840 Score: 822
Period size: 117 Copynumber: 6.4 Consensus size: 118
2075 AAGGTTCGAA
* * * *
2085 AAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAACGGTAATTTTT-CAAAGGTTCGAGGTTAAAAA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-GTTCGAGG-TAAAAA
* * * *
2148 TGGGGTTTTTGG-AAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGCC
64 TGGGATTTTTGGAAATTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * ** *
2202 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAAAATGGTATTTTTTTTAAAAGTTCGGGGTAAAAAA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTA-ATTTTTGGAAAGTTCGAGGT-AAAAA
* * * * * * **
2267 AGGGATTTTTGGAAGTTT-GGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGGTC
64 TGGGATTTTTGGAAATTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * *
2321 AAAAATGAGATTTTTAGAAGTTTGGGGGTAATATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAATG
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTAAAAATG
*
2386 GGATTTTTGGAAATTTAG-GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
66 GGATTTTTGGAAATTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * *
2438 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTT-TAGGGTCAAAAA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGA-GGT-AAAAA
* *
2502 TGGG-TTTTT-GAAA-TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGATC
64 TGGGATTTTTGGAAATTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * *
2554 AAAAAAGGGATTTTCT-AAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAAGTTCGGGGTTAAAAA
1 AAAAATGGGATTTT-TGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGG-TAAAAA
* ** * *
2617 TGGGATTTTTGGAAGTTT-GAGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTTGGGGTC
64 TGGGATTTTTGGAAATTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * * *
2671 AAAAA-AGGATTTTTTGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-AGGGTCAAAAA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGA-GGT-AAAAA
* * * *
2734 TGGGATTTTTGGAAGTTT-GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGGTT
64 TGGGATTTTTGGAAATTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * *
2788 AAAAATGGGATTTTTGGAAATTCGGGGGGTAAAATTGTAATTTTTGGAGAGTT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTT
2841 TAAGGACCTC
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 80, Indels: 40
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
115 26 0.05
116 105 0.20
117 220 0.41
118 68 0.13
119 113 0.21
120 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.30, T:0.35
Consensus pattern (118 bp):
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTAAAAATG
GGATTTTTGGAAATTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
Done.