genome.fa.s11749.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011749.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126743, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  267667

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115--172	13	4.4	13	80	4	62	82	1	10	5	0.89
1203--1250	25	2.0	25	88	8	73	35	6	6	52	1.52
7637--7692	28	2.1	26	83	12	69	55	3	3	37	1.35
9820--9866	12	4.0	12	86	13	71	23	17	14	44	1.85
9823--9867	23	1.9	24	95	4	83	20	17	13	48	1.80
9963--10089	23	5.5	23	84	2	121	29	11	18	40	1.85
9959--10072	23	4.9	23	87	1	147	28	11	19	41	1.86
9957--10089	46	2.9	46	81	3	151	28	11	19	40	1.86
12533--12573	16	2.5	16	88	4	55	29	7	0	63	1.21
12533--12584	17	3.1	17	80	5	52	30	5	0	63	1.18
13609--13663	16	3.4	17	76	16	55	43	0	1	54	1.10
14442--14467	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
19923--19965	17	2.5	17	80	0	50	39	0	0	60	0.97
21529--21568	17	2.4	17	95	4	73	42	0	10	47	1.37
22100--22184	30	2.8	31	75	18	90	30	2	2	64	1.18
22108--22168	28	2.1	29	82	14	74	31	3	1	63	1.20
26636--26677	18	2.3	19	80	12	52	38	14	14	33	1.86
26645--26680	18	2.0	18	94	0	63	36	16	13	33	1.89
36756--36823	26	2.7	26	76	21	72	30	25	17	26	1.97
36798--36845	20	2.3	20	85	3	60	27	22	18	31	1.97
46075--46146	23	3.1	23	75	0	81	48	15	11	25	1.77
56402--56441	21	1.9	21	84	0	53	40	5	17	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59533--59762	52	4.4	52	87	0	325	27	12	24	35	1.92
59533--59762	104	2.2	104	90	0	361	27	12	24	35	1.92
61390--61463	18	4.2	18	86	5	98	31	21	21	25	1.98
61390--61491	18	5.8	17	80	3	96	33	22	19	24	1.97
62947--62987	22	1.9	21	85	5	55	60	7	9	21	1.52
67244--67325	18	4.6	18	77	4	78	32	25	19	21	1.97
73719--73784	25	2.6	25	85	2	87	36	6	4	53	1.46
78356--78747	42	9.5	42	79	9	342	35	11	26	26	1.91
78353--78747	84	4.8	84	85	5	482	35	11	26	26	1.91
85451--85530	41	2.0	41	85	5	108	32	16	31	20	1.94
85497--85768	42	6.5	42	76	5	273	35	11	26	26	1.91
85500--85768	83	3.2	83	85	3	317	35	11	27	25	1.91
87307--87399	37	2.5	37	85	0	123	35	34	17	12	1.88
93275--93362	44	2.0	44	95	0	158	42	23	7	26	1.82
94706--94795	37	2.4	37	86	0	144	33	31	21	14	1.93
100968--101011	23	1.9	22	82	17	54	27	13	22	36	1.92
106025--106088	6	10.7	6	75	18	53	14	4	1	79	0.96
106022--106088	18	3.8	17	73	15	64	13	4	1	80	0.93
107021--107058	14	2.6	15	83	8	60	76	0	13	10	1.02
108114--108159	25	1.9	24	83	16	60	34	6	6	52	1.53
113245--113285	17	2.4	17	80	19	50	46	14	21	17	1.84
129102--129132	16	1.9	16	93	0	53	38	6	19	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140459--140487	8	3.8	8	95	4	51	75	13	0	10	1.04
145469--145813	173	2.0	173	91	0	564	28	19	22	29	1.98
147318--147345	6	4.7	6	100	0	56	17	0	67	14	1.22
150944--150981	20	1.9	19	89	5	58	34	0	2	63	1.09
156426--156558	52	2.6	52	91	0	221	34	24	15	25	1.94
165328--165370	13	3.4	13	81	12	54	2	20	0	76	0.89
171151--171241	45	2.0	45	95	0	164	28	18	24	28	1.98
187987--188062	36	2.1	36	100	0	152	56	13	30	0	1.37
188756--188801	10	4.3	11	81	8	51	76	0	23	0	0.79
195197--195235	17	2.3	17	86	0	51	48	12	17	20	1.80
195667--195719	12	4.3	13	77	20	60	0	37	0	62	0.96
199866--199934	33	2.1	33	88	0	102	36	21	13	28	1.91
200704--200730	13	2.1	13	100	0	54	14	29	7	48	1.71
203500--203549	22	2.3	22	92	0	82	26	30	18	26	1.98
215292--215341	21	2.4	21	86	0	64	34	28	12	26	1.92
218179--218270	45	2.0	45	100	0	184	41	10	15	32	1.82
222825--222875	25	2.0	25	88	0	75	29	3	17	49	1.65
226062--226099	18	2.1	18	90	9	60	50	15	10	23	1.75
226515--226545	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
227824--227885	24	2.7	23	77	15	67	66	1	1	30	1.11
228084--228118	10	3.5	10	84	0	52	34	0	5	60	1.21
228072--228118	20	2.3	21	92	3	78	38	0	4	57	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234738--234762	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
235505--235564	31	2.0	31	96	3	113	48	11	6	33	1.66
243394--243450	27	2.1	27	81	9	64	56	5	17	21	1.60
244396--244429	16	2.2	15	89	5	50	14	0	2	82	0.79
244478--244502	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
244881--244923	18	2.4	18	88	0	59	27	20	37	13	1.91
245713--246683	79	12.2	78	78	6	794	26	16	27	30	1.97
245702--246636	158	5.9	159	79	4	904	26	16	27	30	1.97
245702--246516	237	3.4	237	81	4	905	25	16	27	30	1.96
246464--246636	41	4.2	41	85	3	170	30	15	20	32	1.94
245746--246706	40	24.1	42	71	12	240	26	16	26	30	1.97
246562--246717	82	1.9	82	84	2	206	26	18	23	32	1.97
246817--246917	49	2.1	49	80	10	109	19	22	17	39	1.92
246967--247182	99	2.2	96	85	4	272	18	31	15	35	1.91
246957--247140	49	3.7	49	71	13	153	16	31	14	36	1.89
246967--247223	96	2.6	97	82	5	234	18	29	16	35	1.93
264536--264562	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
265258--265293	17	2.1	17	89	0	54	38	0	0	61	0.96
265688--265931	91	2.7	90	83	6	285	50	7	7	34	1.60
265787--265954	91	1.8	91	82	7	216	50	9	7	32	1.64

Tables:   1

The End!