genome.fa.s11750.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011750.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126744, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  255262

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4311--4391	35	2.3	35	80	0	90	37	7	17	38	1.78
6065--6273	110	1.9	110	86	2	294	28	18	18	35	1.94
7533--7603	29	2.4	31	73	17	78	33	2	33	29	1.72
7179--7574	59	6.7	60	86	3	448	33	7	28	31	1.84
8792--8830	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
11112--11199	42	2.1	42	82	4	106	44	3	6	45	1.47
11041--11374	137	2.5	136	80	6	358	41	6	5	47	1.52
11328--11392	34	1.9	34	93	3	114	46	7	0	46	1.31
11532--11598	29	2.2	32	89	7	104	47	8	0	43	1.34
12369--12415	23	2.0	23	91	4	76	38	0	12	48	1.41
12393--12460	33	2.1	32	91	5	111	42	0	8	48	1.34
12753--12831	42	1.9	41	82	7	97	45	7	5	41	1.54
24593--24647	16	3.5	16	80	7	60	78	7	1	12	1.04
24594--24682	13	6.6	13	69	23	51	74	7	2	15	1.15
24653--24686	13	2.5	14	85	4	52	76	5	0	17	0.98
24702--24743	15	2.8	15	82	10	50	73	4	2	19	1.12
25617--26016	46	8.8	44	80	8	403	24	14	25	36	1.93
25617--26016	45	8.8	45	78	10	388	24	14	25	36	1.93
25617--26015	137	2.9	137	83	7	483	24	14	25	36	1.93
26034--26145	55	2.0	55	94	0	197	30	23	10	35	1.89
26874--26911	20	1.9	20	88	0	58	47	18	15	18	1.83
27727--27830	52	2.0	52	100	0	208	32	13	25	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33883--33963	30	2.8	28	80	12	83	34	3	25	35	1.74
33965--34243	29	9.6	29	77	13	184	35	2	26	35	1.72
33965--34241	58	4.8	57	74	13	206	35	2	26	35	1.70
36748--36782	18	1.9	18	100	0	70	28	17	20	34	1.95
47641--47704	33	1.9	33	93	0	110	39	14	32	14	1.85
66025--66069	24	1.9	24	90	4	74	13	37	0	48	1.42
68470--68506	19	1.9	19	94	0	65	51	13	5	29	1.63
71682--71724	21	2.0	22	82	13	54	23	6	6	62	1.45
74037--74085	20	2.3	20	79	10	53	20	6	4	69	1.27
77082--77128	24	2.0	23	84	12	60	25	12	10	51	1.72
80674--80773	38	2.7	38	78	7	98	32	21	16	31	1.95
80755--80816	26	2.4	26	79	15	74	29	17	24	29	1.97
85276--85343	24	2.8	24	88	8	93	41	14	8	35	1.77
90402--90450	18	2.8	17	85	11	64	0	16	2	81	0.78
90402--90449	13	3.6	14	83	16	66	0	16	2	81	0.79
91011--91070	17	3.5	17	78	13	52	50	15	16	18	1.79
91192--91240	21	2.3	21	86	10	64	6	26	10	57	1.55
103325--103378	21	2.6	21	81	0	63	16	20	25	37	1.93
107546--107624	39	2.0	39	97	0	149	46	16	20	16	1.84
110435--110668	119	2.0	120	83	5	296	32	23	18	25	1.97
115014--115046	15	2.1	16	94	5	59	6	15	0	78	0.93
117591--117624	17	2.0	17	88	0	50	55	2	17	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119458--119502	19	2.4	19	96	0	81	31	22	20	26	1.98
126640--126690	19	2.7	19	78	21	63	43	9	7	39	1.67
126641--126706	17	3.7	17	81	16	64	42	7	10	39	1.68
129818--130248	123	3.7	107	80	11	299	37	11	7	43	1.69
129900--130248	123	2.8	121	86	3	482	37	11	7	42	1.70
130191--130241	21	2.4	22	81	15	54	31	15	1	50	1.55
130261--130289	14	2.1	14	100	0	58	48	0	6	44	1.29
133002--133048	26	2.0	24	84	16	62	34	17	10	38	1.84
141508--141551	22	2.0	22	82	8	54	68	0	13	18	1.22
145284--145562	40	6.9	41	72	12	182	42	16	21	19	1.89
145283--145562	82	3.4	83	79	6	249	42	16	21	19	1.89
145842--145904	29	2.1	31	82	5	76	26	11	20	41	1.86
145860--145916	29	2.0	29	82	0	69	29	14	19	36	1.91
146355--146535	92	1.9	93	93	2	310	47	15	2	34	1.58
147249--147376	42	3.1	41	72	7	132	39	14	24	22	1.91
150318--150395	30	2.6	30	79	4	95	46	6	0	47	1.28
150667--150699	6	5.5	6	96	0	57	57	12	0	30	1.35
156741--156966	43	5.3	42	82	4	256	27	14	27	30	1.95
156741--157008	86	3.1	85	83	2	306	28	15	26	30	1.96
156742--157010	128	2.1	128	81	4	310	28	15	26	30	1.96
157973--158024	24	2.2	24	96	3	97	21	19	11	48	1.80
159436--159512	24	3.1	25	71	14	77	15	15	19	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159442--159524	24	3.4	25	71	24	70	15	16	22	44	1.86
159676--159705	15	1.9	16	93	6	53	46	10	13	30	1.75
164791--164853	33	1.9	33	90	6	101	34	12	19	33	1.89
199708--199744	19	1.9	19	88	0	56	48	5	21	24	1.71
200676--200807	37	3.6	37	84	0	183	34	32	19	13	1.91
207415--207491	29	2.6	29	83	4	91	49	14	11	24	1.76
207590--207697	43	2.4	45	82	10	116	37	9	2	50	1.49
207848--207935	41	2.1	41	95	0	158	42	7	5	44	1.57
208255--208307	18	3.1	18	84	10	67	47	0	0	52	1.00
208264--208307	16	2.6	17	82	10	56	47	0	0	52	1.00
212734--213269	23	23.3	23	86	2	736	48	13	4	34	1.62
214771--215423	58	11.1	58	74	13	335	31	4	26	37	1.76
214771--215365	87	6.7	85	76	10	423	31	4	26	37	1.77
214788--215432	29	22.0	27	71	16	285	31	4	26	37	1.75
217217--217322	17	6.2	17	82	2	124	52	4	0	41	1.28
217669--218686	209	4.9	209	88	2	1303	23	22	18	36	1.95
218712--219154	39	11.4	39	70	12	248	25	19	31	23	1.98
218698--219155	78	5.9	78	84	2	499	25	20	30	23	1.98
219421--219561	50	2.8	50	82	1	167	16	31	18	33	1.93
219427--219669	50	4.9	49	76	3	166	18	30	16	34	1.93
220590--220643	20	2.5	21	80	14	58	0	24	0	75	0.80
220590--220638	15	3.3	15	85	0	62	0	24	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220590--220664	21	3.5	20	77	15	62	0	24	0	76	0.80
220590--220664	25	3.1	24	81	11	82	0	24	0	76	0.80
220585--220664	14	5.8	14	70	21	62	0	26	0	73	0.83
225697--226061	28	12.8	28	69	17	155	35	6	26	32	1.81
225984--226120	59	2.4	58	82	7	163	32	5	27	35	1.81
225699--226300	29	20.8	27	70	15	204	34	4	25	35	1.77
226087--226300	59	3.7	57	81	10	211	32	1	23	42	1.63
228109--228215	17	6.3	17	83	2	135	53	3	0	42	1.25
228109--228200	6	16.2	6	70	18	63	54	3	1	41	1.24
229107--229188	28	2.9	28	89	7	130	50	19	19	10	1.77
229617--229654	19	2.0	19	90	10	60	21	13	7	57	1.60
231262--231594	36	9.5	36	83	5	421	36	24	9	29	1.88
231373--231430	29	2.0	29	93	0	98	34	17	10	37	1.84
231314--231594	101	2.7	102	87	3	366	36	24	9	29	1.88
231402--231594	71	2.7	71	90	1	296	35	25	9	29	1.87
233472--233534	18	3.5	18	95	0	108	17	23	25	33	1.96
233521--233569	19	2.6	19	96	3	91	30	20	24	24	1.98
236067--236114	24	2.0	24	91	0	78	52	6	2	39	1.39
237273--237317	22	2.0	22	100	0	90	33	40	8	17	1.81
241914--241991	27	2.9	27	82	1	104	32	15	24	28	1.95
241992--242061	27	2.6	27	88	0	104	42	11	18	27	1.84
242047--242153	27	4.0	27	76	8	76	32	15	25	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245552--245601	21	2.4	21	86	6	66	26	14	24	36	1.93
254456--254565	23	4.8	23	82	8	111	38	26	23	11	1.89
254428--254577	23	6.5	22	77	14	101	39	24	24	12	1.89
254640--254687	24	1.9	26	84	16	66	31	18	0	50	1.48

Tables:   1

The End!