genome.fa.s11807.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011807.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126802, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  282844

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225--273	24	2.1	23	88	3	71	26	26	0	46	1.53
3936--3989	21	2.6	21	90	0	81	22	25	35	16	1.95
12652--12693	17	2.3	18	84	8	50	47	14	0	38	1.44
12691--12742	19	2.8	20	77	11	56	61	1	5	30	1.30
13785--13831	22	2.1	22	84	0	58	59	14	2	23	1.46
13924--13976	19	2.7	19	79	2	52	60	1	5	32	1.31
13949--13997	20	2.5	19	83	9	62	69	2	2	26	1.10
13943--14032	30	3.0	30	74	7	85	61	2	4	32	1.28
15095--15146	12	4.5	11	79	15	61	65	1	0	32	1.04
31703--32066	182	2.0	182	98	0	701	34	15	14	35	1.88
37347--37379	14	2.3	15	94	5	59	24	0	0	75	0.80
37510--37539	12	2.5	12	94	0	51	80	3	6	10	1.01
38180--38280	30	3.5	28	76	12	105	36	23	6	32	1.82
38225--38286	29	2.1	30	87	3	90	40	24	4	30	1.76
41263--41305	16	2.8	16	96	3	79	25	18	11	44	1.84
42073--42121	16	3.1	16	85	8	64	81	0	18	0	0.69
43077--43137	16	4.0	15	75	14	54	78	0	19	1	0.83
43074--43129	16	3.4	16	82	2	67	78	0	19	1	0.84
43973--44261	49	6.0	49	71	16	183	37	16	25	19	1.93
44488--44982	123	4.0	123	86	2	658	40	18	20	20	1.92
45614--45688	21	3.2	21	67	22	60	45	24	4	26	1.71
45622--45699	23	3.3	23	67	22	70	46	23	3	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45604--45703	49	2.0	49	100	0	200	50	22	4	24	1.66
46212--46261	13	3.8	13	80	15	57	82	4	6	8	0.96
46860--46911	27	2.0	25	85	14	70	46	23	1	28	1.63
58632--58694	28	2.2	29	88	2	92	28	12	28	30	1.93
58776--58870	29	3.2	29	74	14	95	31	2	28	37	1.69
58750--59108	59	6.1	57	76	11	269	38	2	24	34	1.69
58951--59049	29	3.5	29	74	8	96	35	1	26	37	1.63
59066--59153	29	3.1	27	78	14	88	36	0	28	35	1.58
59066--59122	30	1.9	29	89	3	87	36	0	29	33	1.58
59074--59155	27	3.0	28	76	16	73	34	0	28	37	1.57
59797--59961	83	2.0	82	98	0	312	38	16	15	29	1.90
61286--61349	6	11.5	6	72	21	59	57	0	1	40	1.08
61286--61349	16	4.2	16	79	18	82	57	0	1	40	1.08
61286--61340	17	3.2	17	87	5	76	56	0	1	41	1.10
61800--62172	49	7.5	50	75	8	275	15	26	20	38	1.92
61784--62090	99	3.1	99	91	4	462	15	24	21	38	1.92
61928--62216	148	2.0	149	90	2	458	13	24	22	39	1.90
67678--67736	29	2.0	29	100	0	118	49	10	13	27	1.74
73649--73709	28	2.1	28	84	3	77	29	8	29	32	1.86
73663--73766	28	3.7	27	76	10	75	35	6	25	32	1.82
73794--74061	29	9.4	29	69	12	162	35	2	26	35	1.69
73691--74157	58	8.1	58	74	10	341	37	3	25	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73759--74115	115	3.1	115	81	7	420	37	2	24	34	1.69
73996--74087	29	3.2	28	70	22	82	38	3	25	33	1.72
74015--74114	29	3.5	28	75	15	98	40	1	24	35	1.62
74071--74145	29	2.6	30	78	19	79	40	4	20	36	1.71
76173--76268	6	16.5	6	68	14	58	54	2	4	39	1.32
76188--76268	17	4.5	19	82	10	82	55	1	4	38	1.29
76187--76268	36	2.3	36	85	8	114	54	1	4	39	1.29
79417--79447	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
79845--79932	17	5.0	17	76	11	88	40	2	6	50	1.42
79846--79933	11	7.5	11	76	7	59	42	2	5	50	1.38
79846--79933	6	15.0	6	70	13	67	42	2	5	50	1.38
80597--80680	3	27.0	3	74	11	62	58	3	1	36	1.23
80608--80687	10	7.8	10	72	10	63	61	1	1	36	1.12
80967--81013	24	2.0	24	82	0	58	53	4	14	27	1.60
81718--81979	30	9.0	29	76	12	184	36	24	1	38	1.63
81757--81838	31	2.7	31	92	1	130	37	26	0	35	1.57
81758--81918	61	2.8	56	80	10	175	34	24	0	40	1.56
81749--81979	30	7.9	29	74	12	186	35	23	0	39	1.61
81875--82130	59	4.4	59	80	7	256	34	24	3	37	1.73
81875--82124	118	2.1	117	85	5	328	35	23	3	38	1.71
81906--82157	28	8.7	29	69	18	98	33	24	5	37	1.78
82107--82179	28	2.7	28	77	8	71	31	27	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94250--94565	146	2.2	146	94	0	542	35	20	21	22	1.96
95039--95123	17	4.8	17	71	12	64	38	3	7	50	1.47
95832--95880	3	16.0	3	91	4	80	65	2	0	32	1.04
95817--95910	28	3.3	29	73	19	83	56	2	1	40	1.18
96188--96242	23	2.3	23	78	9	58	60	1	12	25	1.43
97074--97376	86	3.5	86	85	3	396	32	25	3	38	1.72
97005--97447	29	15.2	29	69	21	202	32	25	3	37	1.74
97277--97471	59	3.3	58	82	7	200	30	26	5	37	1.78
97043--97471	58	7.4	55	73	16	225	31	26	4	37	1.75
108209--108248	19	2.2	19	90	4	64	37	0	5	57	1.21
108497--109211	361	2.0	360	88	1	1065	35	15	14	34	1.88
113445--113513	35	1.9	35	82	2	84	46	1	2	49	1.25
114472--114524	27	2.0	27	100	0	106	56	7	1	33	1.38
119550--119592	17	2.7	16	79	10	52	53	4	4	37	1.43
119586--119680	18	5.5	18	67	22	62	62	1	2	34	1.14
119582--119686	22	4.7	22	67	19	65	63	0	1	33	1.11
119588--119686	23	4.5	21	68	22	62	62	1	2	34	1.13
122432--122473	18	2.3	18	88	8	59	45	0	0	54	0.99
123450--123502	23	2.3	23	76	3	61	43	13	7	35	1.72
128617--128688	33	2.1	35	89	5	112	45	20	6	26	1.76
133102--133148	23	2.0	23	91	0	76	21	8	12	57	1.62
134124--134155	11	2.9	11	95	0	55	53	0	3	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136449--136529	42	1.9	42	82	0	99	28	53	2	16	1.56
136569--136627	24	2.5	24	86	5	66	23	47	5	23	1.71
136584--136634	24	2.1	24	88	0	75	21	50	3	23	1.65
146429--146468	18	2.3	18	86	4	55	25	40	15	20	1.90
156922--156955	17	2.0	17	100	0	68	35	5	23	35	1.79
158449--158494	15	2.9	16	81	12	60	30	4	0	65	1.12
159139--159189	18	2.8	18	78	0	57	50	9	23	15	1.73
159139--159197	18	3.3	17	79	9	55	50	8	27	13	1.70
163568--163980	211	2.0	205	91	5	672	25	8	21	44	1.80
164426--164506	19	4.3	19	83	0	99	37	13	27	22	1.91
164426--164507	38	2.2	38	88	0	119	36	14	26	21	1.93
182759--182784	12	2.2	12	100	0	52	0	57	0	42	0.98
184173--184590	209	2.0	209	99	0	827	23	13	18	44	1.85
185038--185121	41	2.1	41	97	2	161	54	9	2	33	1.46
185892--185934	16	2.8	16	85	3	61	46	6	0	46	1.30
186591--186764	69	2.5	69	83	5	217	33	15	4	46	1.65
186591--186801	69	3.1	69	80	6	178	34	15	4	45	1.66
187044--187681	350	1.8	350	82	3	838	35	15	6	42	1.72
188413--188446	14	2.3	15	90	5	52	0	14	5	79	0.91
188412--188446	15	2.3	15	90	9	54	0	14	5	80	0.89
192639--192679	16	2.5	17	80	11	59	31	0	2	65	1.05
205607--205655	18	2.7	18	70	0	53	24	40	14	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211113--211159	21	2.2	21	77	7	51	38	2	4	55	1.31
214366--214451	42	2.0	42	97	0	163	37	25	8	29	1.85
215143--215191	17	2.7	18	78	12	55	65	0	4	30	1.11
216526--216884	188	1.9	187	84	5	483	36	23	7	32	1.83
220751--220783	13	2.4	14	90	5	50	39	0	0	60	0.97
224338--224395	29	2.0	29	96	0	107	36	31	15	17	1.91
252187--252276	40	2.2	40	84	3	110	28	21	15	34	1.94
254890--255046	80	2.0	80	88	0	233	31	26	20	22	1.98
258103--258164	28	2.2	29	88	8	92	32	19	20	27	1.97
258166--258251	26	3.3	25	76	12	84	29	23	20	26	1.99

Tables:   1   2