Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011815.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126810, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3243
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.31
Found at i:1994 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1947--1995 Score: 55
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
1937 AAAGTAGATT
*
1947 ATATATTATTTTTCTAATATT
1 ATATATTATTTTTCTAATATC
1968 ATATATTATAATTTTACTAAT-TC
1 ATATATTAT--TTTT-CTAATATC
1991 ATATA
1 ATATA
1996 ATAATAATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.38
23 10 0.42
24 5 0.21
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (21 bp):
ATATATTATTTTTCTAATATC
Found at i:2085 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 2074--2151 Score: 67
Period size: 6 Copynumber: 13.5 Consensus size: 6
2064 ATTTGTTTTA
* *
2074 AAATTT AAATTT -ATTTT AAATTT AAATTT -AATTT AAGTTT AAATTT
1 AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT
* *
2120 -ATTTT CAAATTT AAAATT --ATTAT AAATTT AAA
1 AAATTT -AAATTT AAATTT AAATT-T AAATTT AAA
2152 ATAAATAAAG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 14
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.04
5 14 0.25
6 34 0.60
7 7 0.12
ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.01, T:0.51
Consensus pattern (6 bp):
AAATTT
Found at i:2088 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 2042--2151 Score: 134
Period size: 35 Copynumber: 3.2 Consensus size: 34
2032 CCAAACTCAT
**
2042 TTTAAATTTATTTTAAGA-TTAAATTTGTTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAA-ATTTAAATTTAATTT-AAA
*
2077 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAG
1 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAA
*
2111 TTTAAATTTATTTTCAAATTTAAAATT-ATTATAAA
1 TTTAAATTTATTTT-AAATTTAAATTTAATT-TAAA
2146 TTTAAA
1 TTTAAA
2152 ATAAATAAAG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 5, Indels: 6
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 20 0.30
35 47 0.70
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (34 bp):
TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAA
Found at i:2091 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 2077--2132 Score: 60
Period size: 11 Copynumber: 4.9 Consensus size: 11
2067 TGTTTTAAAA
2077 TTTAAATTTAT
1 TTTAAATTTAT
*
2088 TTTAAATTTAAA
1 TTTAAATTT-AT
*
2100 TTT-AATTTAAG
1 TTTAAATTT-AT
2111 TTTAAATTTAT
1 TTTAAATTTAT
2122 TTTCAAATTTA
1 TTT-AAATTTA
2133 AAATTATTAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 5
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
11 23 0.59
12 16 0.41
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.02, T:0.57
Consensus pattern (11 bp):
TTTAAATTTAT
Found at i:2130 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 2042--2151 Score: 166
Period size: 52 Copynumber: 2.1 Consensus size: 52
2032 CCAAACTCAT
* * * *
2042 TTTAAATTTATTTTAAGATTAAATTTGTTTTAAAATTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTAATTTAAGATTAAATTTATTTTAAAATTTAAAATTATTATAAA
* *
2094 TTTAAATTTAATTTAAGTTTAAATTTATTTTCAAATTTAAAATTATTATAAA
1 TTTAAATTTAATTTAAGATTAAATTTATTTTAAAATTTAAAATTATTATAAA
2146 TTTAAA
1 TTTAAA
2152 ATAAATAAAG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 52 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (52 bp):
TTTAAATTTAATTTAAGATTAAATTTATTTTAAAATTTAAAATTATTATAAA
Found at i:2153 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2042--2151 Score: 141
Period size: 17 Copynumber: 6.4 Consensus size: 17
2032 CCAAACTCAT
2042 TTTAAATTTATTTTAAGA
1 TTTAAATTTATTTTAA-A
*
2060 -TTAAATTTGTTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTT-AAA
2077 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAA
* *
2094 TTTAAATTTAATTTAAG
1 TTTAAATTTATTTTAAA
2111 TTTAAATTTATTTTCAAA
1 TTTAAATTTATTTT-AAA
* *
2129 TTTAAAATTATTATAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAA
2146 TTTAAA
1 TTTAAA
2152 ATAAATAAAG
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 8, Indels: 7
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 53 0.65
18 28 0.35
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATTTATTTTAAA
Found at i:2846 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 2838--2898 Score: 104
Period size: 3 Copynumber: 20.0 Consensus size: 3
2828 TTAATGACAT
2838 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-AA
*
2884 TAA TAT TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA
2899 CATTAATTAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 2, Indels: 2
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
3 52 0.95
4 3 0.05
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Done.