genome.fa.s11868.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011868.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126865, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310627

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
405--712	59	5.2	59	89	5	430	37	30	2	29	1.71
405--712	30	10.4	30	81	10	368	37	30	2	29	1.71
8493--8552	18	2.9	22	68	31	60	28	3	13	55	1.54
8620--8667	25	2.0	24	84	12	62	20	10	14	54	1.70
9529--9563	18	1.9	18	94	0	61	74	0	17	8	1.06
13114--13191	21	3.7	20	71	19	59	34	1	2	61	1.18
20369--20412	23	1.9	23	85	0	61	50	2	2	45	1.27
20555--20613	28	2.2	28	80	14	70	49	1	0	49	1.11
21958--21998	19	2.2	19	90	0	64	68	0	2	29	1.03
28099--28133	17	2.1	17	94	0	61	31	25	17	25	1.97
36082--36126	23	2.0	23	87	8	67	57	2	0	40	1.11
36086--36136	23	2.2	24	80	13	63	56	3	1	37	1.29
36087--36137	21	2.3	23	83	6	61	56	3	1	37	1.29
37099--37171	23	3.2	22	79	11	67	39	2	4	53	1.34
41058--41200	29	4.8	29	78	7	142	37	18	2	41	1.62
41014--41159	60	2.5	59	80	6	161	37	18	1	42	1.59
44391--44428	19	2.0	19	100	0	76	15	10	31	42	1.81
49326--49817	49	9.9	49	69	10	252	34	15	29	19	1.93
49212--49519	148	2.1	148	87	4	435	35	17	30	17	1.93
49374--49823	99	4.5	99	83	2	528	34	16	30	19	1.93
49360--49823	198	2.3	198	82	2	583	34	16	30	18	1.93
49239--49622	148	2.6	148	79	7	345	34	15	30	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50211--50387	38	4.5	38	76	10	142	30	23	20	25	1.98
50128--50363	116	2.0	116	83	4	296	31	24	18	25	1.97
50149--50387	118	2.0	117	82	7	288	31	24	18	25	1.98
50416--50585	49	3.4	49	87	1	225	31	19	21	27	1.97
52432--52619	30	6.3	29	79	8	166	34	22	4	39	1.74
52432--52556	29	4.2	30	83	6	166	32	24	3	40	1.71
52389--52556	59	2.8	59	81	6	180	36	23	2	37	1.70
52432--52605	29	5.8	29	80	9	156	35	22	4	38	1.73
52390--52597	29	6.9	29	74	8	123	37	22	3	36	1.72
56345--56689	29	12.1	30	69	18	186	34	4	28	31	1.78
56299--56689	59	6.8	58	78	11	319	35	4	28	31	1.78
56471--56566	50	1.9	50	86	0	138	35	4	26	34	1.76
56422--56627	109	1.9	109	83	6	265	34	3	28	33	1.76
57666--57725	18	3.0	20	74	16	70	45	3	1	50	1.28
57741--57782	12	3.5	12	80	9	50	38	2	2	57	1.25
57758--57804	21	2.2	20	85	7	58	42	2	2	53	1.25
58461--58529	17	4.0	17	82	1	84	53	1	1	43	1.18
58468--58532	23	2.9	22	81	11	69	56	1	1	40	1.18
58461--58530	6	12.0	6	79	11	74	54	1	1	42	1.18
58980--59707	205	3.5	205	89	1	1053	21	22	19	36	1.95
71557--71861	29	10.4	28	74	16	203	33	3	28	34	1.74
71549--71861	59	5.3	59	82	0	342	34	3	28	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71558--71861	118	2.6	117	83	3	396	33	3	27	34	1.74
72812--72874	21	3.0	22	69	21	53	42	3	3	50	1.34
73623--73697	17	4.3	17	83	10	89	53	0	1	45	1.08
73632--73698	23	3.0	22	82	12	82	56	0	1	41	1.08
73622--73697	6	13.0	6	81	10	86	52	0	1	46	1.08
94838--94871	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
95965--96019	21	2.6	21	88	5	85	29	0	27	43	1.55
95972--96019	7	6.9	7	77	17	55	29	0	27	43	1.55
97393--97455	20	3.2	20	86	0	99	30	4	3	61	1.32
98751--98784	5	6.4	5	93	6	50	0	20	0	79	0.73
104129--104166	19	2.0	19	94	0	67	34	21	18	26	1.96
115094--115201	47	2.3	47	91	0	171	37	19	14	27	1.91
117743--117788	17	3.0	15	87	9	58	50	17	2	30	1.58
121713--121771	21	2.8	22	73	17	61	33	0	0	66	0.92
122167--122210	23	1.9	23	85	0	61	29	20	13	36	1.91
132532--132566	18	1.9	18	88	0	52	42	20	8	28	1.81
134941--134990	26	1.9	26	84	8	66	26	10	12	52	1.70
135088--135152	29	2.3	29	81	7	80	27	18	24	29	1.98
148698--148734	17	2.1	18	90	5	58	2	18	0	78	0.87
158989--159078	46	2.0	46	90	0	144	22	5	10	62	1.47
164437--164470	15	2.4	14	90	5	50	29	0	11	58	1.33
167370--167394	7	3.6	7	100	0	50	12	0	16	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171610--171759	62	2.5	60	85	4	185	34	22	12	30	1.91
171842--171929	23	3.9	23	89	7	137	43	22	25	9	1.82
171849--171971	23	5.3	23	85	7	92	42	23	25	8	1.83
171917--171971	24	2.3	24	87	9	78	40	25	27	7	1.82
179032--179090	25	2.4	25	86	10	79	42	25	25	6	1.79
183575--183803	116	2.0	116	100	0	458	43	16	8	31	1.78
184077--184180	36	2.9	35	88	4	145	21	26	15	36	1.93
193400--193455	16	3.8	15	76	17	55	33	3	0	62	1.12
196284--196313	9	3.3	9	90	0	51	10	0	3	86	0.67
198990--199029	21	1.9	21	89	0	62	35	15	0	50	1.44
199650--199701	23	2.3	23	90	3	79	34	0	0	65	0.93
199891--199925	15	2.3	15	90	0	52	14	11	17	57	1.66
200814--200898	44	1.9	44	87	0	125	21	17	32	28	1.96
203510--203585	36	2.1	36	97	0	143	32	26	0	40	1.56
208784--208990	51	4.1	51	91	3	346	33	13	21	30	1.92
215828--215874	21	2.2	21	84	0	58	31	17	21	29	1.96
220880--221015	71	1.9	70	93	1	236	50	13	2	33	1.57
222321--222521	107	1.9	107	96	0	375	41	3	10	43	1.58
228905--228945	19	2.2	19	86	4	57	43	2	0	53	1.13
228932--228978	22	2.1	22	84	7	60	31	2	2	63	1.18
229080--229110	16	1.9	16	93	0	53	70	0	6	22	1.09
232328--232370	15	2.8	16	82	7	52	55	2	16	25	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232827--232897	30	2.4	31	83	6	85	42	4	2	50	1.36
234447--234500	22	2.3	23	84	6	65	50	7	0	42	1.30
238836--238934	49	2.0	49	100	0	198	42	12	10	35	1.76
239738--239799	6	10.3	6	100	0	124	0	0	50	50	1.00
247315--247394	25	3.4	24	67	21	62	65	3	2	28	1.23
247358--247407	25	2.0	25	81	18	59	60	8	4	28	1.43
253574--253736	87	1.9	87	87	3	240	35	22	14	27	1.93
262847--262957	53	2.1	53	98	0	213	35	19	13	31	1.91
264426--264502	3	25.7	3	94	0	127	35	2	0	62	1.09
265302--265502	104	1.9	104	82	4	253	32	12	23	31	1.92
273590--273630	14	3.0	14	82	7	57	65	0	0	34	0.93
278399--278442	20	2.5	17	85	14	54	59	4	15	20	1.54
287853--287895	23	1.9	23	81	13	54	46	20	4	27	1.71
297253--297325	17	4.3	17	79	6	85	45	1	1	52	1.18
297251--297331	6	14.2	6	70	14	55	45	1	2	50	1.22
297251--297325	34	2.2	34	85	4	107	45	1	1	52	1.17
297297--297343	24	2.0	23	83	4	58	48	2	2	46	1.25
298015--298047	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
299137--299427	30	9.9	29	83	7	365	35	28	3	33	1.74
299132--299423	59	5.0	58	86	5	358	34	27	3	33	1.74
299137--299464	59	5.6	58	84	7	353	34	28	4	32	1.78
299137--299548	59	7.0	58	82	5	315	33	29	4	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300740--300806	22	3.1	21	74	19	66	61	0	1	37	1.05
302791--302859	35	2.0	34	83	5	86	43	7	10	39	1.66
303053--303090	16	2.4	16	82	4	51	39	2	13	44	1.57
303527--303560	11	3.1	11	86	0	50	44	2	0	52	1.16
308245--308307	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
309441--309499	17	3.5	17	75	13	59	57	6	8	27	1.53
309656--309712	20	2.8	20	81	2	69	75	1	10	12	1.12
309655--309712	21	2.8	20	77	15	64	75	1	10	12	1.11

Tables:   1

The End!