Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011896.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126893, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 38862
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 138 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1950 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1911--1950 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
1901 AATTATAAGA
* *
1911 AAGATTAATTAAAAGTTAATT
1 AAGATTAACTAAAACTTAATT
*
1932 AAGATTAACTAAACCTTAA
1 AAGATTAACTAAAACTTAA
1951 CTAAACATAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.07, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
AAGATTAACTAAAACTTAATT
Found at i:3379 original size:444 final size:443
Alignment explanation
Indices: 2520--3393 Score: 1304
Period size: 444 Copynumber: 2.0 Consensus size: 443
2510 AGTCATTGAC
* * *
2520 GAGTAGATATTTGAATTGAATTACATTTGTCAAGATTGATTATCGAGACAAGAACTAAATTGAAT
1 GAGTAGATATTTGAATTGAATTAAATTTGTCAAGATTGATTATCAAGACAAGAACAAAATTGAAT
** * *
2585 AGTATAGAAATTTCGTGATTTAATTTATATATGATAATTGGTATGAAATTGAGTTGAAACAGTTT
66 AGTATAGAAATTTAATCATTTAATTTATATATGATAATTGGTATGAAATTGAGTTGAAACAATTT
*
2650 GTATTATAAGATGAATTGACAATTAATTGATATTATAAAGTATGATTTGAATTGTTTATAATGAA
131 GTATTATAAGATGAATTGACAATTAATTGATATCATAAAGTATGATTTGAATTGTTTATAATGAA
* * * * * * *
2715 AAAAATTTTGGTTACCTTGTTAGCTGTTCGAACAGAATCGGATATAGTTGGCATGGCATAGCGTT
196 AAAAAATGTGGTTACCCTGTTAGCTGTTCAAACAGAATCGGATATAGTTGGCATGCCATAACGTC
* * **
2780 AGACTATTGATTGAAAACCAGCGTTGTCAGACAACCCAGGGTGGTAGTATGTACATGTTAGCATC
261 AGACTATTGATTAAAAACCAGCATTACCAGACAACCCAGGGTGGTAGTATGTACATGTTAGCATC
2845 ATCATTGCCGAGCAACCTAGGGTGACGAATCCATGTATCCATTCTGAGTCAGTGTCTGGTTAATA
326 ATCATTGCCGAGCAACCTAGGGTGACGAATCCATGTATCCATTCTGAGTCAGTGTCTGGTTAATA
*
2910 GGGTTAAAAATATACAAACTGATTAAATGATGACTGAAATCGAAATTCGTTGGT
391 GGGTTAAAAATATA-AAACTGATTAAATGATGAATGAAATCGAAATTCGTTGGT
* * *
2964 GAGTAGATATTTGAATTGAATTAAATTTTTCGAGATTGATTATCAAGACAAGGACAAAATTGAAT
1 GAGTAGATATTTGAATTGAATTAAATTTGTCAAGATTGATTATCAAGACAAGAACAAAATTGAAT
*
3029 AGTATAGAGATTTAATCATTTAATTTATATATGATAATTGGTATGAAATTGAGTTGAAACAATTT
66 AGTATAGAAATTTAATCATTTAATTTATATATGATAATTGGTATGAAATTGAGTTGAAACAATTT
**
3094 GTATTATAAGATGAATTGATGATTAATTGATATCATAAAGTATGATTTGAATTGTTTATAATGAA
131 GTATTATAAGATGAATTGACAATTAATTGATATCATAAAGTATGATTTGAATTGTTTATAATGAA
*
3159 TAAAAAATGTGGTTACCCTGTTAGTTGTTCAAATC-GAATCGGATATAGTTGGCATGCCATAACG
196 -AAAAAATGTGGTTACCCTGTTAGCTGTTCAAA-CAGAATCGGATATAGTTGGCATGCCATAACG
* * *
3223 TCAGATTATTGATTAAAAACCAGCATTACCATG-CAACCCTGGGTGGTTGTATGTACATGTTAGC
259 TCAGACTATTGATTAAAAACCAGCATTACCA-GACAACCCAGGGTGGTAGTATGTACATGTTAGC
* * * * * * * * * *
3287 GTCATCGTTGCCGAGTAACCTTGGGTGATGAATTCATGTATCCATTTTGAGTCCGTTTTTGGTTA
323 ATCATCATTGCCGAGCAACCTAGGGTGACGAATCCATGTATCCATTCTGAGTCAGTGTCTGGTTA
* *
3352 ATAGGGTATAAACATAT-AAATTGATTAAATGATGAATGAAAT
388 ATAGGGT-TAAAAATATAAAACTGATTAAATGATGAATGAAAT
3394 AAAATTGATG
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 42, Indels: 8
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
444 204 0.53
445 170 0.44
446 10 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (443 bp):
GAGTAGATATTTGAATTGAATTAAATTTGTCAAGATTGATTATCAAGACAAGAACAAAATTGAAT
AGTATAGAAATTTAATCATTTAATTTATATATGATAATTGGTATGAAATTGAGTTGAAACAATTT
GTATTATAAGATGAATTGACAATTAATTGATATCATAAAGTATGATTTGAATTGTTTATAATGAA
AAAAAATGTGGTTACCCTGTTAGCTGTTCAAACAGAATCGGATATAGTTGGCATGCCATAACGTC
AGACTATTGATTAAAAACCAGCATTACCAGACAACCCAGGGTGGTAGTATGTACATGTTAGCATC
ATCATTGCCGAGCAACCTAGGGTGACGAATCCATGTATCCATTCTGAGTCAGTGTCTGGTTAATA
GGGTTAAAAATATAAAACTGATTAAATGATGAATGAAATCGAAATTCGTTGGT
Found at i:5570 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5546--5589 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
5536 ATTATAAGAA
*
5546 AAGATTAATGAAAAG-TTAATT
1 AAGATTAA-CAAAAGATTAATT
5567 AAGATTAACAAAAGATTAATT
1 AAGATTAACAAAAGATTAATT
5588 AA
1 AA
5590 ACATATATAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.24
21 16 0.76
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
AAGATTAACAAAAGATTAATT
Found at i:10445 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 10427--10453 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
10417 ATCAAAAGTC
10427 AGTAACCAATAAA
1 AGTAACCAATAAA
10440 AGTAACCAATAAA
1 AGTAACCAATAAA
10453 A
1 A
10454 AGAATTAAAG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.15, G:0.07, T:0.15
Consensus pattern (13 bp):
AGTAACCAATAAA
Found at i:32225 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 32187--32243 Score: 62
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
32177 ATTTAAATTC
* *
32187 AATCATAATA-AAAAAATATTA
1 AATCATATTAGAAAAAATATAA
* *
32208 TATCATATTAGAAAAAATGTAA
1 AATCATATTAGAAAAAATATAA
*
32230 AATTATATTAGAAA
1 AATCATATTAGAAA
32244 GCACATTGCC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 6, Indels: 1
0.81 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.28
22 21 0.72
ACGTcount: A:0.60, C:0.04, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
AATCATATTAGAAAAAATATAA
Found at i:33016 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 32994--33043 Score: 64
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
32984 ATCAAATATC
32994 TTTAAATTATGATTCAAAT
1 TTTAAATTAT-ATTCAAAT
* *
33013 TTTAAATTGATCTTTAAAT
1 TTTAAATT-ATATTCAAAT
33032 TTTAAATTATAT
1 TTTAAATTATAT
33044 AAATTACATC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.11
19 22 0.81
20 2 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAATTATATTCAAAT
Found at i:33073 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 33022--33087 Score: 105
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
33012 TTTTAAATTG
33022 ATCTTTAAATTTTAAATTATATAAATTAC
1 ATCTTTAAATTTTAAATTATATAAATTAC
*
33051 ATCTTTAAATTATTAAAATTATATAAATTAG
1 ATCTTTAAATT-TT-AAATTATATAAATTAC
33082 ATCTTT
1 ATCTTT
33088 TCGTTAATAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.32
30 2 0.06
31 21 0.62
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (29 bp):
ATCTTTAAATTTTAAATTATATAAATTAC
Found at i:33099 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 33022--33101 Score: 92
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
33012 TTTTAAATTG
*
33022 ATCTTTAAATT--TTAAATTATATAAATTAC
1 ATCTTTAAATTAATAAAATTATATAAATTAC
* *
33051 ATCTTTAAATTATTAAAATTATATAAATTAG
1 ATCTTTAAATTAATAAAATTATATAAATTAC
***
33082 ATCTTTTCGTTAATAAAATT
1 ATCTTTAAATTAATAAAATT
33102 TTTAATTTAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.26
31 32 0.74
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (31 bp):
ATCTTTAAATTAATAAAATTATATAAATTAC
Found at i:37699 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 37676--37774 Score: 109
Period size: 17 Copynumber: 5.7 Consensus size: 18
37666 TCAAACTCAT
37676 TTTAAATTTATTTTAAGA
1 TTTAAATTTATTTTAAGA
37694 -TTAAATTTATTTT-AGAA
1 TTTAAATTTATTTTAAG-A
*
37711 TTTAAATATATTTTAA-A
1 TTTAAATTTATTTTAAGA
*
37728 TTTAAATTTAATTTAAG-
1 TTTAAATTTATTTTAAGA
*
37745 TTTAAATTCATTTTCAA-A
1 TTTAAATTTATTTT-AAGA
*
37763 TTTAAAATTATT
1 TTTAAATTTATT
37775 ATAAAATTAA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 7, Indels: 12
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.03
17 41 0.60
18 24 0.35
19 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAATTTATTTTAAGA
Found at i:37723 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 37676--37785 Score: 109
Period size: 35 Copynumber: 3.2 Consensus size: 34
37666 TCAAACTCAT
* *
37676 TTTAAATTTATTTTAAGA-TTAAATTTATTTTAGAA
1 TTTAAATATATTTTAA-ATTTAAATTTAATTTA-AA
*
37711 TTTAAATATATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAG
1 TTTAAATATATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAA
*
37745 TTTAAAT-TCATTTTCAAATTTAAAATT-ATTATAAA
1 TTTAAATAT-ATTTT-AAATTTAAATTTAATT-TAAA
*
37780 ATTAAA
1 TTTAAA
37786 ATAAATAAAA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 6, Indels: 8
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.02
34 17 0.26
35 47 0.72
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (34 bp):
TTTAAATATATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAA
Found at i:37733 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 37676--37785 Score: 143
Period size: 52 Copynumber: 2.1 Consensus size: 52
37666 TCAAACTCAT
* * *
37676 TTTAAATTTATTTTAAGATTAAATTTATTTT-AGAATTT-AAATATATTTTAAA
1 TTTAAATTTAATTTAAGATTAAATTCATTTTCA-AATTTAAAAT-TATTATAAA
*
37728 TTTAAATTTAATTTAAGTTTAAATTCATTTTCAAATTTAAAATTATTATAAA
1 TTTAAATTTAATTTAAGATTAAATTCATTTTCAAATTTAAAATTATTATAAA
*
37780 ATTAAA
1 TTTAAA
37786 ATAAATAAAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 4
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
52 46 0.90
53 5 0.10
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (52 bp):
TTTAAATTTAATTTAAGATTAAATTCATTTTCAAATTTAAAATTATTATAAA
Found at i:38472 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 38455--38521 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 6.0 Consensus size: 12
38445 ATTAAATAGT
38455 TATTAATAATAA
1 TATTAATAATAA
38467 TATTAATAATAA
1 TATTAATAATAA
* **
38479 -A-AAAT-ATTG
1 TATTAATAATAA
* *
38488 TAATAATGATAA
1 TATTAATAATAA
38500 TATTAAT--TAA
1 TATTAATAATAA
38510 TATTAATAATAA
1 TATTAATAATAA
38522 AAAAGGTCGA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 10
0.72 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
9 2 0.05
10 14 0.33
11 4 0.09
12 23 0.53
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.03, T:0.40
Consensus pattern (12 bp):
TATTAATAATAA
Found at i:38512 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 38461--38520 Score: 54
Period size: 9 Copynumber: 6.9 Consensus size: 9
38451 TAGTTATTAA
38461 TAATAATAT
1 TAATAATAT
38470 TAATAATA-
1 TAATAATAT
*
38478 -AAAAATAT
1 TAATAATAT
* *
38486 T-GTAATAA
1 TAATAATAT
*
38494 TGATAATAT
1 TAATAATAT
38503 TAATTAATAT
1 TAA-TAATAT
38513 TAATAATA
1 TAATAATA
38521 AAAAAGGTCG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 7, Indels: 8
0.73 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
7 6 0.15
8 5 0.12
9 20 0.50
10 9 0.22
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.03, T:0.40
Consensus pattern (9 bp):
TAATAATAT
Done.