genome.fa.s11909.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011909.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126907, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  268014

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347--625	95	2.9	95	94	0	470	45	3	5	45	1.45
611--635	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
799--833	17	2.1	16	89	5	52	37	8	0	54	1.31
4715--4913	59	3.4	56	76	11	195	37	13	16	33	1.87
4924--5316	112	3.6	108	82	10	438	35	17	15	31	1.91
4924--5316	55	7.1	54	79	10	379	35	17	15	31	1.91
7997--8035	20	1.9	21	89	5	62	53	0	2	43	1.14
10413--10444	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
15095--15189	43	2.2	43	94	3	165	46	17	24	11	1.81
17045--17085	3	14.0	3	94	5	75	31	0	0	68	0.90
17629--17662	17	2.0	17	100	0	68	52	11	17	17	1.73
20339--20418	39	2.1	39	95	0	142	21	31	6	41	1.78
22838--23062	29	7.6	30	82	5	253	37	28	2	31	1.69
22831--23062	59	3.9	59	81	7	265	37	29	2	31	1.69
24803--24834	11	2.9	11	90	0	55	68	3	0	28	1.04
25736--25994	30	8.6	30	78	6	220	35	22	3	37	1.73
25967--26025	28	2.0	30	81	12	70	37	27	0	35	1.57
38625--38656	15	2.2	15	94	5	57	0	15	0	84	0.63
41983--42022	18	2.2	18	86	8	55	42	30	12	15	1.83
58235--58275	21	1.9	22	90	5	66	41	17	19	21	1.90
66333--66374	19	2.2	20	95	4	77	38	4	4	52	1.44
69196--69241	25	1.9	24	91	8	76	26	45	13	15	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70430--70581	41	3.7	41	85	3	164	33	14	28	23	1.94
70618--70656	18	2.3	17	86	8	53	43	5	7	43	1.55
70813--70869	28	2.0	28	100	0	114	47	21	10	21	1.80
73381--73422	20	2.2	21	80	20	56	57	4	0	38	1.20
75413--75441	15	1.9	15	100	0	58	24	0	27	48	1.51
75494--75732	43	5.5	42	83	6	300	26	17	26	29	1.98
75487--75732	87	2.8	85	88	4	350	26	17	26	30	1.97
75494--75728	130	1.8	130	86	3	348	26	17	26	29	1.97
81776--81821	18	2.6	18	100	0	92	47	13	4	34	1.62
85732--85831	50	2.0	50	100	0	200	46	18	8	28	1.77
87356--87390	17	2.1	17	94	0	61	40	17	5	37	1.73
99427--99489	21	3.0	21	79	9	65	38	12	3	46	1.58
105546--105601	20	2.7	21	81	15	64	41	10	0	48	1.38
106468--106523	28	2.0	28	92	0	94	25	30	16	28	1.96
111732--111907	45	3.9	45	84	0	181	23	22	11	42	1.86
111836--111904	23	3.0	23	68	19	63	23	20	7	49	1.73
115474--115541	31	2.2	31	100	0	136	19	17	11	51	1.75
117109--117150	20	2.1	20	95	0	75	14	9	16	59	1.60
122110--122167	3	19.3	3	83	0	71	27	3	36	32	1.74
125438--125550	56	2.0	56	94	0	199	33	22	13	30	1.92
127436--127494	17	3.4	17	68	9	55	45	5	18	30	1.71
127432--127506	36	2.1	36	100	0	150	46	6	16	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138646--138719	21	3.5	21	83	3	103	36	12	14	36	1.84
138645--138731	43	2.0	43	95	0	156	35	10	12	41	1.77
139028--139088	31	2.0	31	87	3	88	37	21	6	34	1.79
144516--144578	35	1.9	32	84	15	85	28	12	33	25	1.92
146229--146264	11	3.2	11	92	4	54	47	0	0	52	1.00
148128--148184	29	2.0	29	89	0	87	29	26	19	24	1.98
148128--148179	15	3.5	15	77	15	63	28	26	21	23	1.99
160756--160806	5	9.8	5	76	16	50	74	0	25	0	0.82
161131--161155	13	1.9	13	100	0	50	24	16	12	48	1.79
165967--165995	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
174686--174728	15	2.8	16	82	10	54	53	2	41	2	1.26
177299--177345	24	2.0	24	84	12	62	29	12	6	51	1.65
180746--180882	36	3.8	36	76	5	134	25	17	22	34	1.96
207140--207211	36	2.0	36	100	0	144	27	19	19	33	1.96
210170--210196	13	2.1	13	100	0	54	37	14	22	25	1.93
218068--218171	17	6.1	17	85	4	129	38	0	5	55	1.24
218109--218171	6	10.8	6	74	6	58	41	0	1	57	1.08
218083--218174	35	2.7	33	86	6	123	38	0	4	57	1.19
218068--218171	50	2.0	52	87	7	151	38	0	5	55	1.24
218719--218760	21	2.0	21	86	9	59	50	2	0	47	1.14
219778--220007	29	8.0	28	78	11	157	34	27	3	35	1.72
219782--220008	58	3.9	58	80	9	239	34	26	3	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219782--220057	87	3.2	85	76	9	252	35	27	3	34	1.73
220022--220084	28	2.2	28	80	8	74	39	28	3	28	1.72
220159--220214	28	2.0	26	83	16	69	16	10	3	69	1.30
220159--220218	30	2.1	27	81	9	66	16	10	3	70	1.29
220348--220532	98	1.9	97	90	1	298	29	16	15	38	1.89
231634--231740	39	2.7	39	79	2	108	23	29	20	26	1.99
232148--232269	17	7.1	17	84	1	145	40	1	4	54	1.29
232163--232253	6	15.8	6	71	13	75	39	1	3	56	1.23
232148--232269	34	3.6	34	87	1	172	40	1	4	54	1.29
233877--234332	29	15.8	30	74	11	173	36	26	2	34	1.70
233885--233982	30	3.3	30	81	2	126	33	21	2	42	1.64
233962--234326	57	6.4	57	83	6	395	36	27	2	33	1.70
233962--234326	29	12.8	29	81	6	383	36	27	2	33	1.70
234384--234446	27	2.2	28	78	21	69	17	12	4	65	1.43
234402--234449	13	3.8	13	78	10	55	16	12	4	66	1.39
234565--234761	97	2.0	98	89	1	297	28	16	17	37	1.92
239428--239480	24	2.2	24	83	12	65	24	0	15	60	1.35
239989--240039	17	2.9	18	74	11	61	35	17	17	29	1.93
240030--240111	37	2.1	38	84	6	103	29	14	24	31	1.95
240073--240151	21	3.8	21	75	6	70	26	12	30	30	1.93
246836--246877	12	3.6	12	77	6	50	23	14	21	40	1.90
246813--246882	23	3.0	22	83	6	77	25	10	20	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246836--246895	23	2.6	23	84	5	68	31	11	18	38	1.87
248612--248645	17	1.9	18	88	5	52	20	2	0	76	0.92
254626--254684	7	8.7	7	74	20	54	40	0	1	57	1.09
254634--254702	17	4.1	17	90	3	104	39	0	2	57	1.13
254636--254710	23	3.2	24	75	11	66	40	0	4	56	1.18
254629--254710	6	13.8	6	77	12	64	40	0	3	56	1.17
255337--255377	15	2.9	14	86	10	57	65	2	2	29	1.18
256134--256200	26	2.6	26	95	2	118	22	5	0	71	1.07
256541--256941	58	6.9	58	75	9	259	33	26	2	37	1.71
256541--256898	29	12.4	28	74	10	229	34	25	3	36	1.72
256568--256945	29	13.1	29	71	12	111	34	25	2	36	1.70
256491--256898	87	4.7	87	79	5	427	34	25	3	36	1.73
256826--256907	30	2.8	30	77	15	89	35	24	1	39	1.63
256904--256993	28	3.1	28	75	9	83	32	25	0	42	1.55
257122--257156	16	2.2	16	94	0	61	20	14	8	57	1.63
267286--267451	39	4.3	39	72	13	110	22	33	16	26	1.96
267322--267471	78	1.9	78	86	0	210	23	28	20	27	1.99
267891--267976	17	5.1	17	88	0	118	36	1	4	58	1.27
267886--267984	6	16.8	6	74	10	62	37	1	5	56	1.28

Tables:   1

The End!