genome.fa.s11967.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011967.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126965, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  269595

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90--129	21	1.9	21	84	0	53	57	0	0	42	0.98
4599--4710	30	3.8	30	84	9	140	33	23	21	22	1.98
9226--9263	11	3.4	11	89	10	51	57	0	2	39	1.12
9230--9263	11	2.8	12	86	13	52	58	0	2	38	1.13
10054--10125	34	2.0	37	84	12	98	11	16	12	59	1.60
10137--10292	28	5.3	30	72	16	112	24	17	11	46	1.81
10137--10304	58	2.9	59	86	4	216	23	17	11	47	1.80
10526--10603	33	2.5	31	83	8	95	47	11	15	25	1.79
12510--12589	40	2.0	40	100	0	160	22	27	22	27	1.99
12946--12994	25	1.9	26	87	4	73	61	4	2	32	1.26
19937--19977	22	1.9	22	95	5	75	41	39	2	17	1.62
21865--21916	20	2.5	21	84	3	61	65	3	3	26	1.27
23497--23532	13	2.8	13	91	4	56	52	0	5	41	1.24
25773--25807	18	1.9	18	88	0	52	42	5	0	51	1.25
27425--27461	18	2.1	17	90	5	56	62	8	2	27	1.37
28198--28230	17	1.9	17	93	0	57	72	0	0	27	0.85
28973--29022	18	2.8	17	76	8	55	50	4	0	46	1.20
32711--32911	58	3.4	59	87	2	280	34	2	26	35	1.72
32647--32916	29	9.3	30	72	16	185	33	2	27	35	1.72
34011--34044	13	2.6	13	90	9	52	35	2	0	61	1.11
34617--34662	22	2.1	21	88	4	65	17	4	21	56	1.58
34622--34669	22	2.2	22	84	0	60	25	4	16	54	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34664--34719	17	3.3	17	85	7	78	55	3	1	39	1.28
35028--35057	11	2.7	11	100	0	60	20	26	6	46	1.75
35211--35498	43	7.0	42	73	13	190	25	19	30	24	1.98
35174--35612	78	5.5	78	77	8	346	25	20	29	23	1.99
35211--35612	82	5.0	80	76	11	327	25	20	30	24	1.99
35201--35613	39	10.3	40	71	11	272	25	20	30	23	1.98
47540--47609	27	2.6	27	81	4	70	32	2	27	37	1.72
47523--47707	57	3.2	57	83	9	216	32	2	26	38	1.71
47523--47711	29	6.6	29	75	12	158	32	2	26	37	1.71
48666--48693	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
48871--48904	13	2.6	13	90	9	52	35	2	0	61	1.11
49537--49590	17	3.2	17	81	0	72	53	7	3	35	1.47
49526--49590	34	1.9	33	90	3	103	53	6	3	36	1.41
49534--49610	34	2.3	34	84	2	93	54	6	2	36	1.40
51616--51657	14	2.8	16	78	14	61	26	0	9	64	1.24
54613--54653	18	2.2	20	79	16	52	43	4	0	51	1.23
55003--55046	23	2.0	22	86	13	63	52	2	0	45	1.13
56211--56276	7	8.5	8	74	21	52	43	0	0	56	0.99
56212--56265	16	3.6	16	82	9	69	42	0	0	57	0.98
56231--56291	23	2.7	23	87	9	90	49	0	1	49	1.10
56211--56276	16	4.3	15	78	16	64	43	0	0	56	0.99
56275--56348	30	2.5	28	79	12	76	48	2	4	44	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57410--57454	3	14.7	3	95	4	81	0	33	0	66	0.92
85274--85355	24	3.4	24	94	0	137	30	14	4	50	1.64
87290--87336	24	2.0	24	91	0	76	29	10	2	57	1.44
88202--88232	6	5.2	6	100	0	62	48	0	0	51	1.00
88750--88806	30	1.9	30	82	10	73	36	0	5	57	1.21
89036--89073	12	2.9	13	88	7	51	34	0	0	65	0.93
98989--99048	29	2.0	29	84	9	77	40	0	35	25	1.56
103218--103323	49	2.2	49	84	3	133	17	24	18	38	1.93
103365--103434	34	2.1	34	86	5	97	24	20	20	35	1.96
103394--103644	49	5.1	49	68	11	145	20	21	15	41	1.90
108794--108860	36	1.9	36	85	11	95	50	11	34	2	1.54
108957--108994	17	2.2	18	85	4	51	18	15	15	50	1.79
108966--109007	17	2.5	16	82	17	50	16	14	19	50	1.79
115371--115438	34	2.0	34	94	0	118	26	20	22	30	1.98
120182--120243	26	2.4	26	83	5	72	62	9	6	20	1.47
121237--121282	22	2.1	22	83	0	56	69	6	2	21	1.22
144461--144830	132	2.8	132	93	3	620	37	4	18	40	1.70
145220--145489	102	2.6	101	84	3	344	24	24	24	26	2.00
145276--145446	33	5.0	36	68	15	94	23	22	26	27	2.00
149885--149940	20	2.7	20	75	10	58	55	3	1	39	1.28
149981--150338	150	2.4	149	92	1	585	43	10	3	42	1.56
150063--150287	51	4.5	50	67	16	151	44	9	3	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154736--154779	18	2.4	19	81	14	56	50	6	2	40	1.42
160680--160718	20	2.0	20	85	10	53	64	10	7	17	1.48
178375--178416	22	2.0	22	86	9	61	47	0	14	38	1.44
182240--182281	20	2.1	20	91	8	68	11	28	16	42	1.84
185392--185436	20	2.2	20	84	4	54	40	8	13	37	1.76
187509--187555	22	2.1	22	84	7	60	51	12	0	36	1.40
187541--187588	25	1.9	25	87	8	71	50	0	0	50	1.00
191150--191209	30	2.0	31	86	3	86	65	6	1	26	1.27
199055--199136	29	2.8	29	84	3	101	50	18	14	17	1.79
199545--199582	17	2.2	17	95	0	67	47	13	2	36	1.56
205451--205502	21	2.5	21	87	0	68	25	13	25	36	1.92
208242--208320	39	2.0	39	85	4	106	21	3	16	58	1.54
212362--212414	3	18.7	3	84	11	76	0	28	0	71	0.86
220337--220382	17	2.8	17	83	6	60	56	0	0	43	0.99
225816--225866	6	8.5	6	88	0	66	49	0	11	39	1.40
226443--226485	10	4.4	10	85	5	61	62	0	2	34	1.08
227705--227729	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
227883--227921	19	2.1	19	90	0	60	46	0	0	53	1.00
228479--228529	21	2.4	21	83	0	66	27	3	11	56	1.52
239662--239714	21	2.5	21	81	0	61	22	24	15	37	1.92
243584--243640	21	2.7	21	80	0	60	36	24	10	28	1.88
245114--245146	7	4.7	7	89	10	50	87	0	0	12	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245105--245145	21	2.0	21	90	0	64	82	4	0	12	0.81
252613--252796	49	3.7	49	77	7	185	33	16	33	16	1.92
252834--253113	45	6.4	43	81	10	284	31	20	18	29	1.96
252859--253074	85	2.5	85	88	5	310	32	20	17	29	1.95
253344--253611	134	2.0	134	88	1	394	40	16	21	21	1.91
253946--254018	37	1.9	38	91	2	121	36	19	20	23	1.95
253633--254141	160	3.2	159	80	4	585	39	16	19	24	1.92
253958--254350	208	1.9	209	84	0	536	38	14	21	24	1.91
254161--254511	161	2.2	161	83	0	425	38	14	20	25	1.91
253510--254517	529	1.9	529	87	0	1489	39	16	20	24	1.92
253802--254718	369	2.5	368	83	1	1172	39	15	20	24	1.91
254322--254801	208	2.3	208	85	2	635	38	16	21	24	1.93
255036--255202	85	2.0	85	79	2	183	38	13	22	25	1.91
254873--255269	209	1.9	208	82	1	490	38	14	21	25	1.91
256153--256201	18	2.7	19	78	12	50	42	6	0	51	1.27
256175--256230	17	3.2	17	79	2	67	33	5	0	60	1.19
267913--268107	97	2.0	98	86	1	275	34	17	18	28	1.94
268403--268516	28	4.1	27	76	8	104	35	6	27	30	1.81
268384--268511	55	2.2	57	80	10	138	36	5	25	32	1.79
268443--268662	30	7.5	30	81	8	170	36	2	23	36	1.70
268472--268674	90	2.3	90	80	10	213	37	2	23	36	1.70
268575--268693	60	2.0	60	83	6	152	37	1	21	39	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268527--268693	90	1.9	90	80	7	196	37	1	21	38	1.64

Tables:   1

The End!