Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011969.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126967, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2512
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.22, T:0.31
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2484 original size:805 final size:795
Alignment explanation
Indices: 933--2512 Score: 2973
Period size: 805 Copynumber: 2.0 Consensus size: 795
923 GATGAAGAGC
933 TGATGAAGATCAAAAAGCAGTTAGAAAAAGATAAAAGTGGTGAATTTGAGATTGATTGTGAAGGA
1 TGATGAAGATCAAAAAGCAGTTAGAAAAAGATAAAAGTGGTGAATTTGAGATTGATTGTGAAGGA
998 AATTTGAGATTTCATAATAGGTTATGTGTGCCTAATCAAGAAGATTTGAAACGAAGAATTTTGGA
66 AATTTGAGATTTCATAATAGGTTATGTGTGCCTAATCAAGAAGATTTGAAACGAAGAATTTTGGA
1063 TGAAGCTCATCATAGTTCGTTTGCTGTACATTCGGGAAGTAACAAGATGTATCATGATCTAAAGT
131 TGAAGCTCATCATAGTTCGTTTGCTGTACATTCGGGAAGTAACAAGATGTATCATGATCTAAAGT
1128 TATTCTATTGGTGGAAAATGATGAAACAGGATATAGTTGAATATGTTTCCAAATGCTTAACATGT
196 TATTCTATTGGTGGAAAATGATGAAACAGGATATAGTTGAATATGTTTCCAAATGCTTAACATGT
1193 CAAAAAGTGAAAGCTGAACATCAAGTATCATCGGGGTTGCTTCAATCCATCACTATACCAGAATG
261 CAAAAAGTGAAAGCTGAACATCAAGTATCATCGGGGTTGCTTCAATCCATCACTATACCAGAATG
1258 GTAATGGAAAAAAATTATAATGGATTTTGTCACGGGATTACCACTTTCACCAAAGAAAAAAAAAT
326 GTAATGGAAAAAAATTATAATGGATTTTGTCACGGGATTACCACTTTCACCAAAGAAAAAAAAAT
* *
1323 GCCATGTGGGTGATCGTTGATCGATTGACTAAGTCTGCTCGTTTCTTACTGGTAAGAACTGATTT
391 GCCATATGGGTGATCGTTGATCGATTGACTAAGTCTGCTCATTTCTTACTGGTAAGAACTGATTT
1388 TCTCAATGGATAAATATGCACAATTGTATATAGATGAAATAGTTAGACTTCATGATGTGTCTGTA
456 TCTCAATGGATAAATATGCACAATTGTATATAGATGAAATAGTTAGACTTCATGATGTGTCTGTA
1453 TATATTATTTCTGATCGGCATCCTAGATTTACTTCAAAGTTTTGGGGAAGATTACATGAAGCTTT
521 TATATTATTTCTGATCGGCATCCTAGATTTACTTCAAAGTTTTGGGGAAGATTACATGAAGCTTT
1518 GGGTACTTAATTGGATTTTAGTATAGCATATCACTCTCAGACAGATGGGCAATCAGAACGAGTGA
586 GGGTACTTAATTGGATTTTAGTATAGCATATCACTCTCAGACAGATGGGCAATCAGAACGAGTGA
1583 TTTAGATTTTAGAAGACATGTTAAGAAGCTGTATTATTGAATTTGAAGGTAATTGGGAAAAGTAT
651 TTTAGATTTTAGAAGACATGTTAAGAAGCTGTATTATTGAATTTGAAGGTAATTGGGAAAAGTAT
1648 TTGCCATTGATTGAATTCACCTATAATAACAGTTATCAGTCAAGTATTCAGATGACACCATATGA
716 TTGCCATTGATTGAATTCACCTATAATAACAGTTATCAGTCAAGTATTCAGATGACACCATATGA
1713 AGTATTATATGGAAG
781 AGTATTATATGGAAG
1728 NNNNNNNNNNTGATGAAGATCAAAAAGCAGTTAGAAAAAGATAAAAGTGGTGAATTTGAGATTGA
1 ----------TGATGAAGATCAAAAAGCAGTTAGAAAAAGATAAAAGTGGTGAATTTGAGATTGA
1793 TTGTGAAGGAAATTTGAGATTTCATAATAGGTTATGTGTGCCTAATCAAGAAGATTTGAAACGAA
56 TTGTGAAGGAAATTTGAGATTTCATAATAGGTTATGTGTGCCTAATCAAGAAGATTTGAAACGAA
1858 GAATTTTGGATGAAGCTCATCATAGTTCGTTTGCTGTACATTCGGGAAGTAACAAGATGTATCAT
121 GAATTTTGGATGAAGCTCATCATAGTTCGTTTGCTGTACATTCGGGAAGTAACAAGATGTATCAT
*
1923 GATCTAAAGTTATTCTATTGGTGGAAAATGATGAAACGGGATATAGTTGAATATGTTTCCAAATG
186 GATCTAAAGTTATTCTATTGGTGGAAAATGATGAAACAGGATATAGTTGAATATGTTTCCAAATG
* * * *
1988 CTTAACATGTCAGAAAGTGAAAGCTGAACATCAAGTGTCATTGGGGTTGCTTCAATCTATCACTA
251 CTTAACATGTCAAAAAGTGAAAGCTGAACATCAAGTATCATCGGGGTTGCTTCAATCCATCACTA
*
2053 TACCAGAATGGTAATGGAAAAAAAATTATAATGGATTTTGTCATGGGATTACCACTTTCACCAAA
316 TACCAGAATGGTAATGG-AAAAAAATTATAATGGATTTTGTCACGGGATTACCACTTTCACCAAA
2118 G-AAAAAAAATGCCATATGGGTGATCGTTGATCGATTGACTAAGTCTGCTCATTTCTTACTGGTA
380 GAAAAAAAAATGCCATATGGGTGATCGTTGATCGATTGACTAAGTCTGCTCATTTCTTACTGGTA
*
2182 AGAACTGATTTTCTCAATGGATAAATATGCATAATTGTATATAGATGAAATAGTTAGACTTCATG
445 AGAACTGATTTTCTCAATGGATAAATATGCACAATTGTATATAGATGAAATAGTTAGACTTCATG
2247 ATGTGTCTGTATATATTATTTCTGATCGGCATCCTAGATTTACTTCAAAGTTTTGGGGAAGATTA
510 ATGTGTCTGTATATATTATTTCTGATCGGCATCCTAGATTTACTTCAAAGTTTTGGGGAAGATTA
2312 CATGAAGCTTTGGGTACTTAATTGGATTTTAGTATAGCATATCACTCTCAGACAGATGGGCAATC
575 CATGAAGCTTTGGGTACTTAATTGGATTTTAGTATAGCATATCACTCTCAGACAGATGGGCAATC
2377 AGAACGAGTGATTTAGATTTTAGAAGACATGTTAAGAAGCTGTATTATTGAATTTGAAGGTAATT
640 AGAACGAGTGATTTAGATTTTAGAAGACATGTTAAGAAGCTGTATTATTGAATTTGAAGGTAATT
2442 GGGAAAAGTATTTGCCATTGATTGAATTCACCTATAATAACAGTTATCAGTCAAGTATTCAGATG
705 GGGAAAAGTATTTGCCATTGATTGAATTCACCTATAATAACAGTTATCAGTCAAGTATTCAGATG
2507 ACACCA
770 ACACCA
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 9, Indels: 2
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
805 718 0.94
806 47 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (795 bp):
TGATGAAGATCAAAAAGCAGTTAGAAAAAGATAAAAGTGGTGAATTTGAGATTGATTGTGAAGGA
AATTTGAGATTTCATAATAGGTTATGTGTGCCTAATCAAGAAGATTTGAAACGAAGAATTTTGGA
TGAAGCTCATCATAGTTCGTTTGCTGTACATTCGGGAAGTAACAAGATGTATCATGATCTAAAGT
TATTCTATTGGTGGAAAATGATGAAACAGGATATAGTTGAATATGTTTCCAAATGCTTAACATGT
CAAAAAGTGAAAGCTGAACATCAAGTATCATCGGGGTTGCTTCAATCCATCACTATACCAGAATG
GTAATGGAAAAAAATTATAATGGATTTTGTCACGGGATTACCACTTTCACCAAAGAAAAAAAAAT
GCCATATGGGTGATCGTTGATCGATTGACTAAGTCTGCTCATTTCTTACTGGTAAGAACTGATTT
TCTCAATGGATAAATATGCACAATTGTATATAGATGAAATAGTTAGACTTCATGATGTGTCTGTA
TATATTATTTCTGATCGGCATCCTAGATTTACTTCAAAGTTTTGGGGAAGATTACATGAAGCTTT
GGGTACTTAATTGGATTTTAGTATAGCATATCACTCTCAGACAGATGGGCAATCAGAACGAGTGA
TTTAGATTTTAGAAGACATGTTAAGAAGCTGTATTATTGAATTTGAAGGTAATTGGGAAAAGTAT
TTGCCATTGATTGAATTCACCTATAATAACAGTTATCAGTCAAGTATTCAGATGACACCATATGA
AGTATTATATGGAAG
Done.