Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011973.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126971, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10748
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.17, T:0.35
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:8769 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8744--8798 Score: 67
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
8734 TAACTGGACT
*
8744 TTTTTAATTAATTTAAA
1 TTTTAAATTAATTTAAA
*
8761 TTTTAAATTCAAATTAAA
1 TTTTAAATT-AATTTAAA
8779 -TTTAAACTTAATTTAAA
1 TTTTAAA-TTAATTTAAA
8796 TTT
1 TTT
8799 AAACTTAAAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 21 0.66
18 11 0.34
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAAATTAATTTAAA
Found at i:8775 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 8749--8842 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 3.8 Consensus size: 23
8739 GGACTTTTTT
8749 AATTAATTTAAATTTTAAATTCA
1 AATTAATTTAAATTTTAAATTCA
*
8772 AATTAAATTTAAACTTAATTTAAATTTA
1 AATT-AATTTAAA--T--TTTAAATTCA
** *
8800 AACTTAAACTAAA-TTTAAACTCAA
1 AA-TTAATTTAAATTTTAAATTC-A
* *
8824 AATGAATTGAAATTTTAAA
1 AATTAATTTAAATTTTAAA
8843 AAAAATAAAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 9, Indels: 15
0.69 0.12 0.19
Matches are distributed among these distances:
23 17 0.31
24 17 0.31
26 1 0.02
28 17 0.31
29 2 0.04
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
AATTAATTTAAATTTTAAATTCA
Found at i:8791 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 8777--8820 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.9 Consensus size: 11
8767 ATTCAAATTA
8777 AATTTAAACTT
1 AATTTAAACTT
*
8788 AATTTAAATTT
1 AATTTAAACTT
* *
8799 AAACTTAAACTA
1 -AATTTAAACTT
8811 AATTTAAACT
1 AATTTAAACT
8821 CAAAATGAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 2
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
11 19 0.70
12 8 0.30
ACGTcount: A:0.50, C:0.09, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (11 bp):
AATTTAAACTT
Found at i:8799 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8751--8820 Score: 88
Period size: 17 Copynumber: 4.1 Consensus size: 17
8741 ACTTTTTTAA
*
8751 TTAATTTAAATTTTAAA-
1 TTAAATTAAA-TTTAAAC
8768 TTCAAATTAAATTTAAAC
1 TT-AAATTAAATTTAAAC
*
8786 TTAATTTAAATTTAAAC
1 TTAAATTAAATTTAAAC
*
8803 TTAAACTAAATTTAAAC
1 TTAAATTAAATTTAAAC
8820 T
1 T
8821 CAAAATGAAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 38 0.81
18 9 0.19
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTAAATTTAAAC
Found at i:8818 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 8753--8818 Score: 66
Period size: 6 Copynumber: 11.3 Consensus size: 6
8743 TTTTTTAATT
* *
8753 AATTTA AATTTTA AATTCA AA-TTA AATTTA AACTT- AATTTA AATTTA
1 AATTTA AA-TTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA
* *
8800 AACTTA AA-CTA AATTTA AA
1 AATTTA AATTTA AATTTA AA
8819 CTCAAAATGA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 8
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
5 12 0.24
6 31 0.63
7 6 0.12
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (6 bp):
AATTTA
Done.