genome.fa.s12038.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012038.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127036, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  380274

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1998--2041	22	2.0	22	82	8	54	47	9	9	34	1.67
5520--5599	40	2.0	40	100	0	160	42	17	5	35	1.71
10566--10610	4	11.0	4	85	4	63	68	2	4	24	1.19
10566--10610	17	2.8	16	93	3	72	68	2	4	24	1.19
11180--11221	17	2.4	18	80	4	50	33	0	4	61	1.17
11252--11318	27	2.5	27	85	0	80	17	4	4	73	1.18
11261--11327	27	2.4	27	82	2	71	17	2	4	74	1.11
27787--27852	27	2.4	27	79	0	78	18	30	13	37	1.89
29994--30280	67	4.3	67	81	1	315	25	20	16	37	1.93
31432--31464	13	2.3	15	90	10	52	15	0	30	54	1.41
31575--31610	18	2.0	18	94	0	63	11	19	16	52	1.73
36811--36857	26	2.0	24	84	16	62	34	12	10	42	1.78
36961--37084	62	2.1	57	85	7	158	53	4	4	38	1.39
41521--41679	18	8.7	18	75	3	104	24	21	23	30	1.99
41521--41650	54	2.4	54	77	2	136	23	20	23	32	1.98
41657--41706	19	2.6	19	81	9	57	32	20	24	24	1.98
41696--41766	26	2.7	26	80	0	79	29	19	22	28	1.98
50833--51006	95	1.8	94	92	3	296	35	6	16	41	1.75
54969--55055	44	2.0	44	95	0	156	41	13	11	33	1.81
54651--55149	261	1.9	261	84	4	668	36	11	16	35	1.84
56213--56349	56	2.5	54	79	5	150	24	14	21	40	1.90
56213--56360	55	2.7	55	76	9	140	24	18	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56515--56548	18	1.9	17	88	5	50	26	14	20	38	1.91
58579--58622	14	3.1	14	93	6	72	29	13	6	50	1.68
62348--62459	37	3.0	37	84	0	152	30	30	22	16	1.96
77778--77906	52	2.5	52	89	2	197	37	24	13	25	1.91
77820--77994	88	2.0	88	89	0	269	37	21	14	27	1.92
77908--78104	52	3.8	52	90	0	295	36	22	13	27	1.92
77778--78046	140	1.9	140	89	0	412	36	22	13	26	1.92
84803--84898	37	2.6	37	86	3	140	30	31	21	16	1.96
93563--93779	42	5.2	42	70	11	124	27	24	11	36	1.90
115313--115529	37	5.9	36	85	3	254	29	31	22	16	1.95
118321--118466	70	2.1	69	82	8	172	33	20	2	43	1.63
119426--119651	109	2.1	110	93	2	391	32	13	26	27	1.94
121195--121510	158	2.0	158	97	0	596	25	20	19	33	1.97
122530--122659	52	2.5	52	91	0	206	40	23	11	24	1.88
129643--129829	52	3.6	52	88	0	275	37	24	12	25	1.90
132678--133246	46	12.6	46	82	4	638	33	26	14	25	1.94
132711--133234	274	1.9	268	86	7	747	33	25	15	25	1.95
133596--133625	10	2.8	11	90	10	53	70	13	0	16	1.18
135749--136042	46	6.4	46	80	4	308	33	24	17	25	1.96
135751--136027	92	3.0	91	86	2	349	32	24	16	26	1.96
135742--136019	138	2.0	137	84	3	362	33	24	15	26	1.95
138682--138982	45	6.6	44	79	7	300	35	25	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138697--138982	91	3.1	90	81	7	319	35	25	13	25	1.93
138695--138982	136	2.1	137	82	9	340	35	25	14	25	1.93
141622--141957	46	7.4	45	75	4	264	33	23	16	26	1.95
141622--141935	91	3.4	91	77	2	247	33	24	14	27	1.94
141613--141975	137	2.6	136	79	6	367	34	23	15	26	1.94
145650--145949	46	6.6	45	79	3	282	34	26	16	22	1.95
145688--145946	138	1.9	137	83	0	338	34	25	16	23	1.95
146922--147965	520	2.0	520	98	0	2007	31	17	22	29	1.96
151420--151474	28	2.0	28	89	7	85	32	16	27	23	1.96
154527--154564	19	2.0	19	100	0	76	26	10	26	36	1.89
155064--155142	34	2.4	34	83	8	101	18	12	29	39	1.88
155271--155335	26	2.5	26	89	0	94	36	13	16	32	1.89
161222--161520	137	2.1	140	84	6	385	32	8	3	56	1.44
161326--161498	18	10.3	15	68	23	57	32	7	1	58	1.36
161222--161536	70	4.5	70	82	9	342	31	7	3	56	1.45
161965--162000	18	2.0	18	89	10	56	63	0	2	33	1.08
164150--164242	46	2.0	46	100	0	186	25	21	18	34	1.96
170399--170437	12	3.2	12	81	0	51	41	20	5	33	1.74
175226--175260	18	2.0	17	88	5	52	37	0	5	57	1.23
183631--183730	46	2.2	47	80	8	116	62	10	5	23	1.46
183635--183723	47	1.9	47	83	2	117	58	11	5	24	1.54
195185--195326	63	2.3	63	82	2	169	36	28	8	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196999--197040	22	1.9	21	85	9	57	66	2	7	23	1.28
197442--197519	34	2.3	34	95	0	138	53	2	14	29	1.53
198012--198155	50	2.8	52	81	9	163	25	16	29	29	1.97
198014--198150	26	5.4	26	78	9	149	24	16	28	30	1.97
202322--202688	122	3.0	122	92	2	585	42	8	10	38	1.70
212302--212545	122	2.0	122	86	1	346	42	8	10	38	1.70
223962--224019	24	2.4	24	75	18	57	55	12	6	25	1.61
232307--232377	9	7.9	9	75	12	56	52	1	2	43	1.24
232330--232366	3	12.3	3	88	0	56	59	0	2	37	1.12
232693--232826	65	2.1	65	88	0	196	20	23	41	14	1.90
233492--233651	29	5.5	29	72	4	133	31	25	4	38	1.76
233464--233651	58	3.2	56	82	5	207	31	24	4	38	1.76
233464--233651	59	3.2	57	84	6	213	31	24	4	38	1.76
233686--233819	65	2.1	65	88	0	196	20	23	41	14	1.90
234485--234893	29	14.0	29	67	10	197	32	26	5	35	1.79
232674--234644	993	2.0	983	100	0	3852	26	20	18	34	1.96
234457--234851	59	6.8	58	78	6	334	33	25	5	35	1.78
234425--234879	58	7.8	57	77	7	330	32	25	5	36	1.78
235184--235357	96	1.8	95	87	3	260	28	19	13	38	1.90
246213--246270	27	2.1	28	87	3	82	15	18	8	56	1.64
246771--247156	206	1.9	205	84	1	513	33	20	22	23	1.97
247621--247671	27	1.9	26	88	11	77	45	33	3	17	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248324--248375	27	1.9	27	84	7	70	48	1	3	46	1.31
249401--249625	29	7.8	29	76	11	131	36	26	2	35	1.71
249401--249624	28	7.8	28	75	8	130	36	26	2	34	1.71
249397--249833	58	7.5	59	77	7	326	34	27	3	34	1.75
249397--249777	115	3.3	113	80	10	335	34	27	3	34	1.74
249432--249874	29	15.2	29	71	13	252	33	27	4	34	1.76
250166--250339	96	1.8	95	88	3	269	27	20	14	37	1.92
263147--263174	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
269997--270362	122	3.0	122	91	0	572	42	8	11	37	1.71
272351--272707	122	2.9	123	90	2	547	43	8	10	37	1.70
275879--275903	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
278924--278957	17	2.0	17	88	11	52	58	0	8	32	1.29
281826--281878	20	2.6	21	82	8	56	24	26	1	47	1.62
281773--281927	73	2.1	73	82	4	188	27	29	1	41	1.67
309423--309456	14	2.4	14	90	5	50	52	0	35	11	1.38
311041--311070	12	2.4	13	94	5	53	10	10	6	73	1.25
323989--324026	14	2.7	14	84	11	51	10	18	2	68	1.30
335690--335722	11	2.8	12	90	9	50	6	27	30	36	1.81
358023--358086	28	2.3	29	83	8	87	26	7	25	40	1.82
365078--365121	20	2.2	20	87	0	61	54	4	0	40	1.21
364893--365536	146	4.4	150	84	7	754	44	8	2	44	1.48
365240--365296	30	1.9	30	85	7	80	45	1	0	52	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
364893--365536	293	2.2	290	82	8	782	44	8	2	44	1.48
365948--365996	3	16.0	3	82	4	62	59	2	4	34	1.28
368265--368344	42	1.9	42	94	0	142	31	23	22	22	1.99
372983--373032	24	2.1	23	82	10	57	34	2	2	62	1.18
373015--373170	59	2.7	57	76	9	154	40	3	3	52	1.36
373346--373392	16	3.0	16	75	3	51	29	23	0	46	1.52
379774--379871	22	4.1	22	84	7	90	41	22	23	12	1.87
379774--379869	26	3.9	25	82	9	103	40	22	23	12	1.88
379942--379989	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53

Tables:   1

The End!