genome.fa.s12108.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012108.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127107, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  265239

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1285--1608	115	2.8	116	80	6	354	26	18	18	36	1.94
1306--1519	59	3.7	57	73	10	211	27	16	17	38	1.91
1593--1864	104	2.5	107	85	7	338	34	16	20	28	1.95
2648--2682	17	2.1	17	88	0	52	45	0	0	54	0.99
8991--9030	21	1.9	21	94	0	71	25	2	7	65	1.32
23083--23124	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
24505--24688	36	5.1	36	81	0	215	29	9	24	36	1.86
25082--25158	16	4.8	16	66	15	50	33	1	23	41	1.63
25071--25177	49	2.2	49	81	3	135	35	2	19	42	1.66
25147--25269	23	5.3	23	78	3	122	37	4	16	42	1.67
35936--35972	12	3.2	12	96	3	67	24	35	0	40	1.55
36011--36051	18	2.3	18	87	8	57	41	9	0	48	1.36
36018--36072	18	3.0	18	84	12	60	40	10	0	49	1.38
54458--54497	20	2.0	20	90	4	64	40	2	12	45	1.56
56195--56245	18	2.8	18	77	11	59	27	21	19	31	1.97
88108--88156	13	3.6	14	76	13	57	18	2	4	75	1.06
98253--98363	37	3.0	37	76	10	118	31	21	14	32	1.93
98253--98351	38	2.7	38	81	9	123	33	21	14	31	1.93
98353--98406	26	2.1	26	92	0	90	27	22	20	29	1.98
99210--99240	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
100023--100055	17	1.9	17	93	0	57	42	0	0	57	0.98
101417--101486	30	2.4	29	79	13	72	31	17	11	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104733--104920	41	4.5	41	84	6	200	23	26	9	39	1.85
107770--107812	5	8.0	5	85	10	50	76	2	20	0	0.89
107781--107819	15	2.6	14	88	8	51	74	2	23	0	0.94
108658--108715	23	2.5	23	97	0	107	77	0	22	0	0.77
108634--108722	23	3.4	26	77	16	94	76	1	22	0	0.85
108668--108714	13	3.8	13	83	16	73	76	0	23	0	0.78
108652--108700	5	9.2	5	82	12	62	79	0	20	0	0.73
109538--109802	49	5.5	49	72	6	168	36	18	26	18	1.94
110070--110249	75	2.4	75	82	0	225	37	19	20	22	1.94
110145--110986	123	6.7	122	74	12	550	39	17	20	23	1.92
110343--110714	171	2.2	171	90	2	579	39	15	21	23	1.92
110466--110604	48	2.9	48	86	2	190	41	15	20	23	1.90
110524--111149	213	2.9	215	82	5	692	39	16	20	23	1.92
110765--111204	218	2.0	218	91	0	709	38	18	20	22	1.93
110888--111079	95	2.0	95	91	0	312	35	20	20	22	1.96
110986--111208	123	1.8	123	93	0	383	39	17	19	22	1.92
111291--111600	46	6.8	46	79	2	295	33	20	17	28	1.95
111363--111615	134	1.9	134	88	0	380	34	20	15	28	1.94
112207--112243	17	2.2	17	90	4	58	45	0	0	54	1.00
112277--112329	16	3.2	16	78	7	54	45	37	1	15	1.57
113216--113247	12	2.4	14	90	10	50	28	0	6	65	1.16
113573--113643	30	2.4	30	85	2	99	30	18	11	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116624--116817	88	2.3	87	81	5	225	38	12	8	40	1.74
117205--117332	65	2.0	65	85	0	175	37	10	16	35	1.84
117708--117755	11	4.4	11	82	15	55	52	0	0	47	1.00
118716--118744	9	3.3	9	95	4	51	44	0	0	55	0.99
131002--131043	18	2.4	18	88	4	59	2	19	4	73	1.12
133472--133515	12	3.8	11	79	8	52	54	15	11	18	1.70
133472--133518	24	2.0	24	91	4	78	51	17	10	21	1.75
138256--138343	28	3.1	29	77	4	90	36	18	25	20	1.95
138408--138455	22	2.2	22	88	0	69	33	6	8	52	1.57
138889--138938	20	2.4	21	76	6	57	32	2	12	54	1.49
149915--149939	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
152454--152483	6	4.8	6	95	4	51	36	50	0	13	1.42
152892--152918	14	1.9	14	100	0	54	66	14	14	3	1.38
161039--161152	13	8.4	13	66	19	54	20	19	20	40	1.92
161112--161158	6	7.8	6	79	9	51	19	17	21	42	1.89
161112--161159	19	2.6	19	83	6	64	18	18	20	41	1.90
161069--161154	30	2.9	30	91	0	127	18	19	22	39	1.92
166237--166366	66	1.9	68	89	6	201	39	8	3	48	1.52
169482--169691	112	1.9	111	83	1	276	42	15	13	28	1.85
174377--174433	27	2.1	27	80	6	62	15	10	0	73	1.09
177289--177331	10	4.2	10	84	3	59	0	25	0	74	0.82
190583--190663	9	9.1	9	77	12	87	23	1	17	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190581--190636	28	2.0	28	96	0	103	25	3	16	55	1.57
190583--190679	13	6.9	14	75	18	78	23	1	15	59	1.42
190583--190661	5	16.6	5	71	21	55	22	1	17	58	1.46
190656--190698	12	3.5	13	81	9	54	18	0	11	69	1.17
190603--190691	21	4.1	22	76	11	85	21	1	14	62	1.37
193628--193669	5	8.6	5	94	5	77	19	38	0	42	1.51
203220--203337	40	2.9	39	87	2	146	50	22	11	16	1.77
203234--203356	40	3.1	40	92	2	194	49	21	11	17	1.77
206947--207009	31	2.0	31	96	0	117	28	17	31	22	1.96
208896--208969	31	2.5	30	89	6	107	62	8	5	24	1.44
213628--213669	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
213703--213859	6	27.3	6	68	22	72	47	0	14	37	1.49
213725--213861	11	11.9	11	68	21	68	48	0	13	37	1.49
213698--213771	18	4.2	18	76	13	82	51	0	14	33	1.43
213731--213827	23	4.4	23	67	19	64	48	1	12	38	1.48
213755--213850	40	2.4	40	98	0	183	46	1	12	39	1.49
213776--213848	23	3.4	23	63	27	61	45	1	13	39	1.52
213703--213859	17	9.5	17	67	22	77	47	0	14	37	1.49
213915--213970	19	3.0	19	84	2	69	48	1	8	41	1.45
213927--213980	18	2.9	18	80	2	54	55	1	7	35	1.39
214083--214162	12	6.8	11	75	11	61	48	3	7	40	1.49
214083--214141	23	2.5	24	81	5	77	45	3	6	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214079--214180	35	2.9	35	77	1	98	49	2	7	40	1.47
214077--214152	17	4.4	17	70	9	64	47	3	6	42	1.48
214428--214470	18	2.4	18	88	3	61	37	18	0	44	1.50
214526--214569	20	2.2	21	80	12	56	61	4	2	31	1.28
217701--217787	42	2.1	42	93	0	147	37	8	6	47	1.60
217700--217775	21	3.6	21	64	22	52	35	7	7	48	1.61
217722--217789	21	3.2	21	67	22	52	36	8	7	47	1.63
220729--220775	16	2.8	17	80	6	60	51	8	4	36	1.52
220867--220908	20	2.0	21	90	4	68	61	2	0	35	1.09
220848--220911	20	3.2	19	80	8	65	62	1	0	35	1.05
221030--221075	16	2.8	16	83	6	56	54	8	0	36	1.32
222121--222213	37	2.6	37	94	3	163	27	6	3	62	1.35
222073--222230	37	4.2	36	77	16	142	28	6	3	62	1.35
222271--222378	34	3.2	34	66	6	85	37	4	3	53	1.39
222275--222434	68	2.3	69	90	4	252	37	5	3	53	1.43
222344--222443	22	4.4	22	66	12	76	36	8	3	53	1.46
223503--223547	23	2.0	23	82	8	56	31	4	4	60	1.37
223473--223582	6	18.3	6	69	16	59	33	3	2	60	1.29
223473--223582	30	3.7	29	90	3	157	33	3	2	60	1.29
224722--224913	96	2.0	96	84	6	255	35	14	20	29	1.92
225220--225320	29	3.5	29	69	10	91	31	5	29	32	1.81
225195--225350	58	2.6	59	79	10	176	30	5	30	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225306--225623	30	10.7	30	81	7	355	31	4	29	33	1.78
225306--225623	59	5.4	58	85	6	424	31	4	29	33	1.78
225302--225622	89	3.6	87	84	7	400	31	4	30	33	1.78
227350--227396	17	2.7	18	80	9	62	51	4	2	42	1.33
227658--227989	56	6.0	56	80	3	314	31	15	21	31	1.94
227658--228002	112	3.1	109	80	5	350	31	15	21	30	1.95
227799--228012	56	3.9	53	80	6	151	30	17	19	32	1.95
227912--228075	52	3.1	49	76	10	139	28	18	15	38	1.91
230272--230315	23	1.9	23	90	0	70	31	13	9	45	1.75
234932--234959	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00

Tables:   1   2