Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01001212.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_112563, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4431
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Found at i:316 original size:184 final size:184
Alignment explanation
Indices: 2--791 Score: 1112
Period size: 184 Copynumber: 4.2 Consensus size: 184
1 A
*
2 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATATTTAAATTTTTAT
1 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATTATAATATTTCAATTTTTAT
* * *
67 CAAATAATGTGTTGATTTAACAATTCTTTTTTTATCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAAT-A
65 CAAATAATGTGTTGATTTGACAATTCTTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAA
*
131 AA-ATTATAATATTTTAATTTTTATCGAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTT
130 AATATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTT
* *
185 TTTCATCAAATTCAAATTTTATAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTAT
1 TTT-ACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTAT
*
250 CAAATGATGTGTTGATTTGACAATTCTTTTTCTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATA
65 CAAATAATGTGTTGATTTGACAATTCTTTTT-TTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT-
* * ** *
315 AAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTA
128 --AAAA-TATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTT
* *
375 TTTACCAAATTCAAAATTTAAAAGTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATC
1 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATC
* * * *
439 AAATAATATATTGATTTGACAATTCTTTCTTTATCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAA
66 AAATAATGTGTTGATTTGACAATTCTTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT---
*
504 AAAATTATTATAATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGAT--AA-TTTT
128 AAAA-TATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTT
559 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATC
1 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATC
* * * *
623 AAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACTAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAA
66 AAATAATGTGTTGATTTGACAATTCTTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT--A
* *
688 AAAGTTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTT--TACAATTCCTTT
129 AAA--TATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAAATT--TTT
*
746 TTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAAAAATATTATT
1 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATT
792 GTCGAAACCA
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 39, Indels: 26
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
182 1 0.00
183 62 0.11
184 225 0.41
185 2 0.00
187 116 0.21
188 65 0.12
189 32 0.06
190 49 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (184 bp):
TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATC
AAATAATGTGTTGATTTGACAATTCTTTTTTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAA
ATATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTT
Found at i:566 original size:278 final size:278
Alignment explanation
Indices: 2--791 Score: 1220
Period size: 278 Copynumber: 2.8 Consensus size: 278
1 A
2 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATATTTAAATTTTTAT
1 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATTATAATATTTAAATTTTTAT
* * * * *
67 CAAATAATGTGTTGATTTAACAATTCTTTTTTTATCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAAT--
65 CAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAA
* * *
130 -AAA--ATTATAATATTTTAATTTTTATCGAATAATGTGTTGATTTGATAAAATT-TTTTTTCAT
130 AAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTG--ACAATTCTTTTTT-AT
* *
191 CAAATTCAAATTTTATAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATG
192 CAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATA
256 ATGTGTTGATTTGACAATTCTTTT
257 ATGTGTTGATTTGACAA-T-TTTT
*
280 TCTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTTAATTTTTAT
1 T-TTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTTTAT
*
345 CAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACCAAATTCAAAATTTAAAAGTATTTAAATAA
65 CAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAA
* *
410 AAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATATATTGATTTGACAATTCTTTCTTTATCA
130 AAAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTGACAATTCTTT-TTTATCA
475 AATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTAT-AATTTTTATCAAATAA
194 AATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATT-TCAATTTTTATCAAATAA
*
539 TGTGTTGATTTGATAA-TTTT
258 TGTGTTGATTTGACAATTTTT
*
559 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATC
1 TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTTTATC
* *
623 AAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACTAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAA
66 AAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAA
* *
688 AAAGTTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTTACAATTCCTTTTTTACCA
131 AAA-TTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTGACAATT-CTTTTTTATCA
*
753 AATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAAAAATATTATT
194 AATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-ATTATT
792 GTCGAAACCA
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 24, Indels: 23
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
277 95 0.20
278 197 0.41
279 53 0.11
281 8 0.02
282 82 0.17
283 41 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (278 bp):
TTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTTTATC
AAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAA
AAATTATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTGACAATTCTTTTTTATCAAA
TTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGT
GTTGATTTGACAATTTTT
Found at i:686 original size:371 final size:370
Alignment explanation
Indices: 1--790 Score: 1250
Period size: 371 Copynumber: 2.1 Consensus size: 370
*
1 ATTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGATTATTATAATATTTAAATTTTTA
1 ATTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAAT-AAAAA-ATTATTATAATATTTAAATTTTTA
* * *
66 TCAAATAATGTGTTGATTTAACAATTCTTTTTTTATCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATA
64 TCAAATAATATATTGATTTAACAATTCTTTCTTTATCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATA
* * *
131 AAATTATAATATTTTAATTTTTATCGAATAATGTGTTGATTTGATAAAATTTTTTTTCATCAAAT
129 AAATTATAATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGAT-AAATTTTTTTTCACCAAAT
* *
196 TCAAATTTTATAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATGATGTG
193 TCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTG
* * *
261 TTGATTTGACAATTCTTTTTCTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATT
258 TTGATTTGACAATACATTATCTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATT
*
326 ATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATT
323 ATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTGACAATACATT
* *
374 ATTTACCAAATTCAAAATTTAAAAGTATTTAAATAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATC
1 ATTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTTTATC
* *
439 AAATAATATATTGATTTGACAATTCTTTCTTTATCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAA
66 AAATAATATATTGATTTAACAATTCTTTCTTTATCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAAT---
504 AAAATTATTATAATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGAT-AA-TTTTTTT-ACCA
128 -AAA--ATTATAATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAATTTTTTTTCACCA
566 AATTCAAATTTTAAAATTATTTAAAT-AAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAAT
190 AATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAAT
* *
630 GTGTTGATTTGACAATACATTAT-TTACTAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAGTT
255 GTGTTGATTTGACAATACATTATCTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATT
* * *
694 ATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTTACAATTCCTT
320 ATTATAATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTGACAATACATT
*
745 TTTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAAAAA-TATTAT
1 ATTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAAAAATTATTAT
791 TGTCGAAACC
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 24, Indels: 15
0.91 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
370 6 0.02
371 206 0.53
372 62 0.16
373 60 0.16
374 7 0.02
375 5 0.01
377 41 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (370 bp):
ATTTACCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTTTATC
AAATAATATATTGATTTAACAATTCTTTCTTTATCAAATTCAAAATTTAAAATTATTTAAATAAA
ATTATAATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGATAAATTTTTTTTCACCAAATTCA
AATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATAATATTTCAATTTTTATCAAATAATGTGTTG
ATTTGACAATACATTATCTTACCAAATTCAAATTTTAAAATTATTTAAATAAAAAAATTATTATA
ATATTTTAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTGACAATACATT
Found at i:2574 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 2553--2588 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 12
2543 CTATACAATA
*
2553 AAATAAAAAATT
1 AAATTAAAAATT
2565 AAATGTAAAAATT
1 AAAT-TAAAAATT
2578 AAATTAAAAAT
1 AAATTAAAAAT
2589 AAAAAAATAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.50
13 11 0.50
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.03, T:0.28
Consensus pattern (12 bp):
AAATTAAAAATT
Done.