Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01012125.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127124, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 973
Length: 1622
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.27, T:0.30
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:655 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 452--905 Score: 610
Period size: 59 Copynumber: 7.7 Consensus size: 59
442 GAAGTTTCAA
* * * *
452 AAAAAAGGGATTTTTAGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAA-TTTTCGAAAGGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGGGGTC
* *
511 AAAAATGGGGTTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* *
570 AAAAATGGGATTTTTGGAATTTTGGGGGTAAAACGGTAATTTTTAGAAGGTTC-GGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * * *
628 AAAATTGGGATTTTCGAAAATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * **
687 -AAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGTTGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* ** *
745 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * * *
804 AAAAA-AGGTTTTTTTGAAGTTTGGGGATAAAATGATAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* *
862 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAATTGGTAATTTTT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTT
906 GGAGAGTTTN
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 47, Indels: 8
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 149 0.43
59 190 0.55
60 5 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.31, T:0.35
Consensus pattern (59 bp):
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
Found at i:677 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 452--905 Score: 619
Period size: 117 Copynumber: 3.9 Consensus size: 118
442 GAAGTTTCAA
* * * *
452 AAAAAAGGGATTTTTAGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAA-TTTTCGAAAGGTTCGGGGTCAAAAA
1 AAAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGGGGTCAAAAA
* * *
516 TGGGGTTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTC
65 TGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * *
570 AAAAATGGGATTTTTGGAATTTTGGGGGTAAAACGGTAATTTTTAGAAGGTTC-GGGTCAAAATT
1 AAAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAAT
* * *
634 GGGATTTTCGAAAATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
66 GGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * **
687 -AAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGTTGTCAAAAAT
1 AAAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAAT
* * ** *
751 GGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTCGGGGTC
66 GGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * *
804 AAAAA-AGGTTTTTTTGAAGTTTGGGGATAAAATGATAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAAT
1 AAAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAAT
*
868 GGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAATTGGTAATTTTT
66 GGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTT
906 GGAGAGTTTN
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 41, Indels: 7
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
116 47 0.16
117 195 0.67
118 45 0.15
119 5 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.31, T:0.35
Consensus pattern (118 bp):
AAAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAAT
GGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
Found at i:1404 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1132--1586 Score: 619
Period size: 59 Copynumber: 7.7 Consensus size: 59
1122 GAAGGTTCAA
* * *
1132 AAAAAAGGGATTTTTAGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGGGGTC
* * * *
1191 AAAAATGGGGTTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTATTTTTTAGAAGGTTTGGGTTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
*
1250 AAAAATGGGATTTTTGGAATTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* *** * *
1309 AAAATTGGGATTTTCAAAAATTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * **
1368 -AAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGTTGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* ** *
1426 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* * * *
1485 AAAAA-AGGTTTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGATAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
* *
1543 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAATTGGTAATTTTT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTT
1587 GGAGAGTTTA
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 46, Indels: 6
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 99 0.29
59 247 0.71
60 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.31, T:0.36
Consensus pattern (59 bp):
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC
Found at i:1420 original size:117 final size:116
Alignment explanation
Indices: 1133--1586 Score: 613
Period size: 117 Copynumber: 3.9 Consensus size: 116
1123 AAGGTTCAAA
* *
1133 AAAAAGGGATTTTTAGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGGGGTCAAAAAT
1 AAAAAGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAA-GTTCGGGGTCAAAAAT
* * *
1197 GGGGTTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTATTTTTTAGAAGGTTTGGGTTC
65 GGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGG-TC
* * * *
1250 AAAAATGGGATTTTTGGAATTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAATT
1 AAAAA-GGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAAT
*** *
1315 GGGATTTTCAAAAATTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTC
65 GGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCG-GGTC
* * **
1368 AAAATGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGTTGTCAAAAATG
1 AAAAAGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATG
* ** *
1433 GGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTCGGGGTC
66 GGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-GGGTC
* * * *
1485 AAAAAAGGTTTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGATAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATG
1 AAAAAGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATG
* *
1550 GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAATTGGTAATTTTT
66 GGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTT
1587 GGAGAGTTTA
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 40, Indels: 8
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
117 190 0.65
118 98 0.33
119 5 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.31, T:0.36
Consensus pattern (116 bp):
AAAAAGGGATTTTTTGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATG
GGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGTC
Done.