genome.fa.s12175.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012175.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127176, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  284896

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
552--723	41	4.2	40	80	5	159	16	27	20	35	1.94
565--721	82	1.9	81	85	6	219	17	27	19	35	1.94
578--734	40	3.9	40	76	8	147	16	26	18	38	1.92
5663--5728	29	2.3	29	78	5	80	60	4	4	30	1.37
5900--5955	18	3.2	16	76	19	51	73	8	1	16	1.17
5900--5938	18	2.2	18	86	9	53	76	10	0	12	1.01
6108--6164	20	2.8	20	74	15	62	66	1	3	28	1.18
6426--6484	24	2.5	24	91	2	93	59	18	0	22	1.38
7037--7153	52	2.2	54	81	7	141	23	16	15	44	1.85
7187--7393	98	2.1	99	80	6	233	20	23	17	38	1.93
7213--7813	49	12.3	49	73	3	330	19	23	16	39	1.92
8779--8860	6	13.3	6	80	10	94	2	18	0	79	0.84
8781--8860	37	2.2	37	86	8	110	2	18	0	78	0.86
8778--8857	10	8.3	9	74	20	65	2	20	0	77	0.88
16503--16560	21	2.7	21	74	12	55	58	8	3	29	1.44
23032--23071	21	1.9	21	84	0	53	42	2	7	47	1.45
24713--24792	29	2.7	29	82	5	88	32	6	13	47	1.68
24841--24896	29	1.9	29	85	0	76	51	3	0	44	1.18
24936--25023	31	2.9	31	78	6	83	39	12	12	35	1.81
28556--28585	15	2.0	15	93	0	51	26	23	13	36	1.92
29890--30094	88	2.3	90	80	6	238	44	17	7	30	1.77
30219--30296	30	2.6	31	88	8	117	64	2	0	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30338--30411	20	3.7	21	76	8	57	58	2	9	29	1.44
30338--30412	21	3.7	21	74	16	59	57	2	9	30	1.44
30645--30708	19	3.2	20	81	14	71	34	3	0	62	1.11
30901--31090	81	2.2	85	80	9	201	46	17	5	30	1.71
31223--31274	24	2.2	23	82	3	68	65	0	0	34	0.93
31223--31291	22	3.0	24	81	8	72	66	2	0	30	1.06
31418--31607	91	2.1	92	82	1	229	32	8	17	42	1.79
39006--39080	24	3.1	24	86	7	107	24	10	13	52	1.72
42871--42945	24	3.1	24	92	0	123	24	12	9	54	1.66
47551--47588	3	12.7	3	88	0	58	0	26	5	68	1.11
47551--47607	12	4.7	13	80	8	59	0	28	3	68	1.06
53923--53963	15	2.7	15	96	0	73	19	26	7	46	1.76
67968--68008	19	2.2	19	86	0	55	29	19	14	36	1.92
71075--71113	7	5.6	7	84	0	51	20	0	28	51	1.48
71074--71113	21	1.9	21	94	0	71	20	0	27	52	1.46
71175--71214	21	2.0	20	90	5	62	25	0	30	45	1.54
72368--72392	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
75483--75668	93	2.0	93	95	2	338	33	5	15	45	1.70
80239--80301	24	2.6	24	87	0	90	50	9	14	25	1.72
82236--82286	24	2.1	24	96	0	93	56	7	9	25	1.58
85270--85329	30	2.0	30	100	0	120	53	0	3	43	1.17
85336--85460	38	3.2	39	79	17	141	40	8	0	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85391--85446	15	3.9	15	71	21	57	37	10	0	51	1.37
85402--85506	52	2.0	52	89	7	160	40	7	0	50	1.37
85404--85498	26	3.6	25	71	10	75	38	8	1	51	1.39
94798--95092	147	2.0	148	92	3	488	43	11	9	35	1.74
100329--100458	65	2.0	65	100	0	260	36	18	15	29	1.91
101174--101568	198	2.0	198	95	0	709	33	15	13	36	1.87
102704--102746	22	2.0	22	85	0	59	30	18	11	39	1.86
105634--105725	41	2.2	41	84	3	114	26	23	15	34	1.94
108792--108872	41	2.0	41	92	0	135	35	22	7	34	1.82
119912--119961	21	2.4	21	86	0	73	30	20	16	34	1.94
119912--119967	21	2.7	21	81	10	69	28	21	16	33	1.95
125898--125929	6	5.7	6	96	3	50	15	0	0	84	0.63
128054--128087	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
137172--137218	18	2.6	18	79	0	67	72	4	2	21	1.12
137213--137252	20	2.0	20	90	4	64	57	0	2	40	1.12
137172--137246	36	2.1	36	82	5	89	66	2	2	28	1.18
137176--137313	29	4.8	29	76	11	106	62	5	1	30	1.27
137222--137268	20	2.2	20	85	7	58	59	2	0	38	1.09
137177--137313	9	14.4	9	69	15	80	62	5	1	30	1.28
137652--137742	29	3.3	26	79	15	78	31	3	6	58	1.40
137677--137739	19	3.4	19	74	20	62	30	4	4	60	1.38
137679--137753	27	2.8	25	69	23	62	30	4	4	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137696--137756	29	2.1	28	82	8	70	29	3	4	62	1.32
137771--137843	29	2.5	27	86	8	83	36	0	4	58	1.17
137769--137836	10	7.1	9	82	9	64	39	0	2	57	1.14
144658--144682	13	1.9	13	100	0	50	20	8	40	32	1.81
151592--151637	17	2.7	17	80	10	58	45	2	4	47	1.34
154046--154082	15	2.3	17	81	13	51	64	0	0	35	0.94
154102--154167	15	4.3	14	75	20	53	54	1	1	42	1.18
154407--154461	27	2.1	25	86	10	74	50	5	5	38	1.48
156046--156088	18	2.4	19	80	11	54	67	20	6	4	1.33
156075--156147	12	6.4	12	71	9	64	72	15	2	9	1.21
156046--156147	44	2.2	45	81	6	116	70	16	4	7	1.29
156082--156142	21	3.0	21	83	7	81	72	14	3	9	1.24
156054--156138	21	3.7	23	76	9	75	70	15	4	9	1.30
156133--156176	23	1.9	23	86	9	63	61	20	9	9	1.53
156203--156266	20	3.1	20	78	8	74	65	21	4	7	1.37
159175--159215	18	2.3	17	83	8	55	60	2	4	31	1.30
160038--160075	16	2.4	16	90	0	58	73	0	0	26	0.83
161477--161538	15	3.7	17	71	16	58	51	1	0	46	1.10
164987--165018	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
172912--172966	22	2.4	24	79	8	62	3	20	0	76	0.94
186001--186040	20	2.0	20	95	0	71	57	17	5	20	1.58
186170--186226	15	4.1	14	80	17	57	29	8	0	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186180--186227	18	2.6	18	83	6	60	29	8	0	62	1.24
187178--187227	21	2.4	21	100	0	100	18	16	26	40	1.90
187418--187473	21	2.7	21	85	0	85	23	23	21	32	1.98
195068--195110	11	4.1	11	85	14	56	0	13	0	86	0.58
195068--195108	18	2.3	18	87	8	57	0	12	0	87	0.53
219162--219225	22	2.7	23	88	9	85	12	23	23	40	1.88
222755--222795	16	2.6	15	85	11	55	78	0	19	2	0.87
228240--228293	18	3.1	17	86	5	72	0	31	0	68	0.90
228240--228293	3	18.0	3	75	21	51	0	31	0	68	0.90
233544--233578	15	2.4	15	90	4	54	0	17	2	80	0.84
234159--234193	17	2.1	17	88	0	52	57	14	14	14	1.66
238830--238893	26	2.4	27	92	2	103	23	20	21	34	1.97
238887--238980	24	3.9	24	85	0	125	27	22	22	27	1.99
254834--254879	24	1.9	23	86	8	65	56	8	4	30	1.49
259050--259083	14	2.4	14	90	5	50	23	2	2	70	1.15
259051--259090	19	2.2	19	86	4	55	22	2	2	72	1.09
276506--276534	14	2.1	14	93	6	51	6	6	3	82	0.93
276506--276540	13	2.7	13	87	12	54	8	5	2	82	0.91
279013--279137	24	5.2	23	78	9	81	28	25	22	23	1.99
279013--279139	48	2.6	49	78	3	132	28	25	22	23	1.99
279136--279211	27	2.8	27	77	0	89	38	22	14	25	1.92
282729--282768	21	1.9	21	94	0	71	37	22	12	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283262--283356	24	4.0	24	92	0	154	26	27	24	22	2.00
283352--283425	27	2.7	27	95	0	130	29	25	18	25	1.98
284176--284318	23	6.5	23	71	17	97	43	20	23	12	1.86

Tables:   1

The End!