Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01012184.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127185, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6698
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.19, T:0.33

Warning! 53 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:5266 original size:29 final size:28

Alignment explanation


    Indices: 5226--5597  Score: 343
    Period size: 29  Copynumber: 12.8  Consensus size: 28

       5216 TTTGGAGTCA

                   *                    
       5226 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
          1 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                                        * 
       5254 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
          1 AAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                      *             *    
       5284 AAAAATGGAACTTTTGGAAGTTCGAGGGT
          1 -AAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                               *  **   * 
       5313 AAAATGGTAATTTTTGGAAATTTAGGGTT
          1 AAAATGG-AATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                    *      *        *    
       5342 AAAAATGGGATTTTTTGAAGTTCGAGGGT
          1 -AAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                                *    *  * 
       5371 AAAAT-GATATTTTTTGGAAATTCGAGGTT
          1 AAAATGGA-A-TTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                    *               *    
       5400 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
          1 -AAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                                   *   ** 
       5429 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGATT
          1 AAAATGG-AATTTTTGGAAG-TTCGGGGGT

                    *                    
       5459 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
          1 -AAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                                    *   ** 
       5488 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTAGGGTTT
          1 AAAATGG-AATTTTTGGAA-G-TTCGGGGGT

                   *                    
       5519 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
          1 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                                        * 
       5547 AAAATGGTAA-TTTTGGAATGTTCGGGGTT
          1 AAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                    *             
       5576 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
          1 -AAAATGGAATTTTTGGAAGTT

       5598 TAGGGACCTC


Statistics
Matches: 280,  Mismatches: 45, Indels: 37
        0.77            0.12        0.10

Matches are distributed among these distances:
  27    1  0.00
  28   55  0.20
  29  122  0.44
  30   74  0.26
  31   28  0.10

ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.31, T:0.36


Consensus pattern (28 bp):   
AAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

Found at i:5299 original size:59 final size:59

Alignment explanation


    Indices: 5187--5597  Score: 567
    Period size: 59  Copynumber: 7.0  Consensus size: 59

       5177 TTCGGATGCA

                  *               *        *  *  *                      
       5187 CGGGGGCAAAATGGTAATTTTGGGGAAGGTTTGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
          1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT

                                                         * *           
       5247 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGAACTTTTGGAAGTT
          1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT

              *                        *  **                    *      
       5306 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-ATTTAGGGTTAAAAATGGGATTTTTTGAAGTT
          1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT

              *          *  *          *    *                          
       5364 CGAGGGTAAAATGATATTTTTTGGAA-ATTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
          1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT

              *                        *  *   *                        
       5422 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
          1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT

                                          **     *                     
       5481 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTAGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
          1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT

                                      *                                
       5540 CGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAATGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
          1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT

       5598 TAGGGACCTC


Statistics
Matches: 314,  Mismatches: 36, Indels: 4
        0.89            0.10        0.01

Matches are distributed among these distances:
  58  139  0.44
  59  155  0.49
  60   20  0.06

ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.32, T:0.35


Consensus pattern (59 bp):   
CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT

Done.