genome.fa.s12185.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012185.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127186, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  264553

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
624--873	129	1.9	130	87	5	373	28	14	19	37	1.91
2399--2496	45	2.2	45	88	1	144	18	17	8	56	1.65
12964--13011	21	2.3	21	88	0	69	43	35	12	8	1.73
13551--13580	14	2.1	14	100	0	60	30	0	23	46	1.52
17818--17858	21	2.0	21	85	9	57	31	19	19	29	1.96
18508--18913	53	7.7	53	87	0	544	35	22	14	28	1.93
25817--26131	106	3.0	107	82	2	368	34	21	13	29	1.93
25817--26131	53	5.9	53	81	2	303	34	21	13	29	1.93
25812--26106	159	1.9	157	85	7	409	34	21	13	29	1.92
30291--30404	46	2.5	46	89	0	174	22	20	24	32	1.98
30377--31054	78	8.6	78	78	6	541	26	16	24	32	1.96
30299--31406	38	27.9	40	73	11	574	25	17	24	32	1.97
30867--31422	78	7.2	78	80	9	507	25	17	23	33	1.96
31001--31443	151	2.9	151	83	7	536	25	17	24	32	1.96
31586--31700	42	2.8	41	80	7	108	21	22	12	43	1.86
31754--32107	49	7.2	49	74	6	272	21	28	14	35	1.93
31755--32100	98	3.5	98	84	1	426	21	28	14	35	1.93
31750--32107	195	1.8	195	84	1	466	21	28	14	34	1.93
32531--32748	112	1.9	111	86	3	303	40	10	18	30	1.84
33051--33123	6	12.0	6	78	18	71	1	19	0	79	0.81
33052--33117	15	4.3	15	75	11	55	0	19	0	80	0.72
38783--38820	12	2.8	13	88	11	51	0	36	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43522--43629	53	2.0	54	90	3	173	37	18	25	19	1.94
46310--46346	17	2.1	19	85	10	51	64	8	13	13	1.48
49515--49704	103	1.9	102	87	1	281	36	17	13	32	1.89
51637--51679	18	2.4	18	80	3	52	9	0	13	76	1.01
51648--51690	12	3.7	12	81	3	52	6	0	13	79	0.93
54608--54852	38	6.2	40	81	3	144	33	26	21	19	1.97
54630--54738	40	2.7	40	78	2	101	35	23	20	20	1.96
54719--54854	38	3.6	38	91	0	200	31	26	22	19	1.98
58700--58740	19	2.1	19	90	4	64	26	7	12	53	1.64
61468--61517	25	2.0	25	100	0	100	24	24	8	44	1.80
69398--69530	61	2.2	58	85	4	167	42	4	3	48	1.41
69396--69482	20	4.3	20	67	23	56	43	1	3	51	1.26
71192--71250	19	3.2	19	69	13	59	67	6	0	25	1.15
71296--71343	10	4.6	10	75	10	51	58	0	0	41	0.98
71797--71889	41	2.3	41	77	14	95	35	1	2	61	1.15
71877--71909	10	3.4	10	83	8	50	21	0	0	78	0.75
78630--78698	2	34.5	2	88	0	102	47	2	2	46	1.32
79763--80357	295	2.0	297	97	1	1122	27	21	16	34	1.95
86278--86312	7	5.0	7	96	0	52	20	8	28	42	1.81
88794--88873	39	2.0	40	85	2	108	31	18	18	31	1.95
94221--94275	20	2.7	21	82	2	76	40	12	16	30	1.86
101501--101531	7	4.4	7	95	0	53	16	51	0	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103524--103632	45	2.4	45	86	6	150	44	11	18	24	1.83
105584--105840	20	12.9	20	79	8	206	12	31	19	36	1.89
105584--105840	40	6.4	40	81	3	275	12	31	19	36	1.89
105584--105845	60	4.4	60	79	2	285	12	31	19	37	1.89
107202--107234	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
111597--111842	132	1.9	132	85	1	341	23	23	21	31	1.98
114824--114879	20	2.8	19	86	10	76	28	28	12	30	1.93
123277--123336	21	2.9	21	89	0	93	31	23	15	30	1.95
126633--126705	26	2.8	26	91	2	110	60	9	10	19	1.57
126633--126714	26	3.1	27	86	8	107	57	8	9	24	1.59
129720--129847	50	2.6	49	81	9	134	35	11	15	37	1.84
130049--130081	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
132164--132215	16	3.1	16	86	5	59	71	11	0	17	1.15
145052--145089	15	2.4	16	86	4	51	52	13	5	28	1.61
145766--145814	22	2.2	22	96	0	89	38	18	24	18	1.93
155063--155094	15	2.1	15	94	0	55	56	0	43	0	0.99
155400--155445	24	1.9	24	82	8	58	65	6	21	6	1.39
156169--156218	12	4.4	11	80	14	57	80	0	16	4	0.87
160164--160407	51	4.8	51	88	4	332	31	14	23	29	1.95
160155--160397	101	2.4	102	86	4	339	32	13	23	29	1.94
161505--161739	51	4.6	51	87	3	314	34	16	22	27	1.95
165409--165513	52	2.0	52	100	0	210	20	22	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172694--172759	19	3.5	19	75	2	62	28	25	21	24	1.99
175696--175752	13	4.4	12	78	12	51	42	5	19	33	1.74
176444--176483	21	1.9	21	89	0	62	27	20	22	30	1.98
178901--178964	31	2.1	31	100	0	128	25	32	9	32	1.88
184354--184416	19	3.3	19	88	0	90	34	22	23	19	1.96
185465--185668	101	2.0	101	96	0	372	50	16	18	15	1.78
187508--187548	20	2.0	19	86	13	55	43	0	4	51	1.23
203415--203480	27	2.4	27	97	0	123	16	18	18	46	1.84
205428--205479	9	5.6	9	78	13	52	71	7	0	21	1.11
205598--205687	20	4.2	21	75	13	78	70	15	4	10	1.31
205658--205723	29	2.3	27	78	14	69	68	15	7	9	1.39
205865--205912	24	2.0	24	88	8	71	18	12	10	58	1.62
208485--208521	19	2.0	19	89	5	58	35	0	8	56	1.29
208490--208561	20	3.7	20	80	10	78	34	0	5	59	1.21
208497--208553	19	2.9	19	84	7	71	40	0	1	57	1.09
208517--208553	10	3.5	11	82	17	51	40	0	0	59	0.97
208997--209069	27	2.8	24	82	13	83	47	1	0	50	1.09
209043--209080	19	2.1	19	85	14	53	36	0	2	60	1.11
209179--209285	53	2.0	53	98	0	205	32	15	16	34	1.91
211651--211703	27	2.0	27	96	0	97	28	18	24	28	1.98
218643--218712	18	3.6	19	70	19	63	50	7	7	35	1.57
221789--222170	29	12.9	30	77	10	304	33	22	2	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221807--222235	58	7.3	56	77	12	302	33	23	2	40	1.69
221907--222262	29	12.1	29	73	12	217	33	25	2	38	1.70
228411--228951	50	10.9	50	76	4	380	34	16	29	18	1.93
228412--228935	99	5.3	99	77	4	391	35	16	29	18	1.93
228462--228944	198	2.4	197	77	4	504	34	16	30	18	1.93
228972--229075	39	2.7	39	87	1	138	28	26	17	26	1.97
229058--229368	46	6.7	45	81	6	327	34	24	17	23	1.96
229058--229363	92	3.3	92	83	4	375	34	25	16	23	1.95
229045--229368	138	2.3	139	84	6	401	33	24	18	23	1.97
229424--229799	206	1.8	207	89	4	596	36	15	22	24	1.94
229633--229882	86	3.0	85	79	7	258	37	15	23	24	1.93
231793--232250	29	15.5	30	77	11	369	36	25	1	36	1.66
231826--231942	28	4.1	28	76	6	108	35	23	2	38	1.69
231863--232250	59	6.5	57	78	10	361	37	25	1	35	1.63
231863--232250	119	3.3	116	78	11	396	37	25	1	35	1.63
231863--232250	179	2.2	178	83	7	493	37	25	1	35	1.63
237896--237930	18	2.0	18	88	5	54	51	5	0	42	1.25
241635--241686	24	2.2	24	86	6	70	21	19	13	46	1.84
246605--246636	15	2.1	15	94	0	55	43	6	28	21	1.77
257827--257875	22	2.3	21	82	6	62	77	2	18	2	0.96
261979--262024	15	3.1	15	100	0	92	45	0	34	19	1.51
263444--263494	26	2.0	26	100	0	102	39	0	5	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263450--263491	23	2.0	22	86	13	61	38	0	7	54	1.28
263485--263525	21	2.0	21	90	0	64	36	12	7	43	1.70

Tables:   1

The End!