Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01012216.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127217, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 3--48 Score: 60
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
1 TA
*
3 GAAATTAAATTTAAAATA-AAAAC
1 GAAATTAAAATTAAAATATAAAAC
26 GAAATTACAAATT-AAATATAAAA
1 GAAATTA-AAATTAAAATATAAAA
49 AGTAAACGGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.60
24 8 0.40
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GAAATTAAAATTAAAATATAAAAC
Found at i:1181 original size:21 final size:21
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Indices: 1157--1207 Score: 57
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1147 AGATTTTTTT
1157 TGTAAAAAAATATTTCGAAAA
1 TGTAAAAAAATATTTCGAAAA
*****
1178 TGTATTTTTATATTTCGAAAA
1 TGTAAAAAAATATTTCGAAAA
1199 TGTAAAAAA
1 TGTAAAAAA
1208 TATCAGATAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 10, Indels: 0
0.67 0.33 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
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TGTAAAAAAATATTTCGAAAA
Found at i:2358 original size:22 final size:22
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Indices: 2330--2384 Score: 83
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
2320 GAAGTGTTGG
*
2330 TGAGCTGGAATATCGGTTTTGC
1 TGAGCTGGAATATCGGTTTAGC
*
2352 TGAGCTGGAATATCGGTTTAGG
1 TGAGCTGGAATATCGGTTTAGC
*
2374 TGAGATGGAAT
1 TGAGCTGGAAT
2385 TTGGGTGGTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 30 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.35, T:0.33
Consensus pattern (22 bp):
TGAGCTGGAATATCGGTTTAGC
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Indices: 2482--3140 Score: 908
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2472 ATTTAAAATC
* *
2482 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAA-TTGTTGATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATTTAT
1 TGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTG-T-ATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTAT
*
2546 TATCAAATCAACACATTATT
64 TGTCAAATCAACACATTATT
* * * *
2566 TGATAAAAATTATAATATAATAATAATCTTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATGTA
1 TGATAAAAATTGTAATATAATAATAA---TTTGTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTA
2631 TTGTCAAATCAACACATTATT
63 TTGTCAAATCAACACATTATT
*
2652 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
1 TGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTGTA-TTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
2717 GTCAAATCAACACATTATT
65 GTCAAATCAACACATTATT
* * * *
2736 TGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATT
1 TGATAAAAATTGTAATATAATAATAA-TTTGTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
*
2801 GT-AGAATCAACACTTTATT
65 GTCA-AATCAACACATTATT
* * *
2820 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTATCTTTAAATATTTAATATTAATAATTAATGTAT
1 TGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTGTA--TTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTAT
*
2885 TGTCAAATCAACATATTATT
64 TGTCAAATCAACACATTATT
* * * *
2905 TGATAAAAATTATAATATAATAATAAATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAATAAATACTGTAT
1 TGATAAAAATTGTAATATAATAAT-AA-TTTGTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTAT
2970 TGTCAAATCAACACATTATT
64 TGTCAAATCAACACATTATT
*
2990 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
1 TGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTGTA-TTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
3055 GTCAAATCAACACATTATT
65 GTCAAATCAACACATTATT
* * * * * *
3074 TGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATA
1 TGATAAAAATTGTAATAT---AATAATAATTTGTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTA
3139 TT
63 TT
3141 TTTATTTAAA
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 47, Indels: 30
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 16 0.03
84 235 0.46
85 137 0.27
86 104 0.20
87 18 0.04
88 2 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (83 bp):
TGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTGTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTG
TCAAATCAACACATTATT
Found at i:2945 original size:254 final size:254
Alignment explanation
Indices: 2482--3140 Score: 995
Period size: 254 Copynumber: 2.6 Consensus size: 254
2472 ATTTAAAATC
* * *
2482 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTGTTGATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATTTATT
1 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATATATT
* *
2547 ATCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATCTTTTTTATTTAAATATTT
66 GTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATATTTTTTATTTAAATATTT
* * *
2612 AAATTTAGTAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATA
131 AAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATA
2677 ATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
196 ATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
* * *
2736 TGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATT
1 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATATATT
* * * * * *
2801 GT-AGAATCAACACTTTATTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAAT-TTGTATCTTTAAATATT
66 GTCA-AATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATATTTTTTATTTAAATATT
* *
2864 T-AATATTAATAATTAATGTATTGTCAAATCAACATATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAA
130 TAAAT-TTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAA
* * *
2928 TAAATTTTTTA-TTTAAATATTTAAATTTAATAAATACTGTATTGTCAAATCAACACATTATT
194 T-AA-TTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
* *
2990 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAA-TTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTAT
1 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTTTTA-TTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATATAT
*
3054 TGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTATTTAAATATT
65 TGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATATTTTTTATTTAAATATT
* *
3119 TAAATTTAGTAAATAATATATT
130 TAAATTTAATAAATAATGTATT
3141 TTTATTTAAA
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 36, Indels: 15
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
252 3 0.01
253 76 0.21
254 244 0.68
255 35 0.10
256 3 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (254 bp):
TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATATATT
GTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATATTTTTTATTTAAATATTT
AAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATA
ATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
Found at i:3107 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2482--3140 Score: 1119
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
2472 ATTTAAAATC
*
2482 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAA-TTGTTGA-TTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATTTA
1 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTG-T-ACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTA
* *
2545 TTATCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATCTTTTTTATTTAAATAT
64 TTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAA-ATTTTTTATTTAAATAT
2610 TTAAATTTAGTAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
128 TTAAATTTAGTAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
2652 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
1 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
*
2717 GTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTGTAATATAATAAT-AATTTTTTATTTAAATATTTA
66 GTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAAATTTTTTATTTAAATATTTA
* *
2781 AATTTAGTAAATAATATATTGT-AGAATCAACACTTTATT
131 AATTTAGTAAATAATGTATTGTCA-AATCAACACATTATT
* *
2820 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTATCTTTAAATATTTAATATTAATAATTAATGTAT
1 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTA-CTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTAT
*
2885 TGTCAAATCAACATATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAAATTTTTTATTTAAATATTT
65 TGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAAATTTTTTATTTAAATATTT
* *
2950 AAATTTAATAAATACTGTATTGTCAAATCAACACATTATT
130 AAATTTAGTAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
2990 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
1 TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
*
3055 GTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTATTTAAATATTT
66 GTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAA-ATTTTTTATTTAAATATTT
*
3120 AAATTTAGTAAATAATATATT
130 AAATTTAGTAAATAATGTATT
3141 TTTATTTAAA
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 21, Indels: 14
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 86 0.19
169 148 0.32
170 222 0.48
171 4 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
TGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATT
GTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAAATTTTTTATTTAAATATTTA
AATTTAGTAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
Found at i:3126 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3105--3162 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
3095 AATAATATTT
3105 TTTATTTAAATATTTAAA
1 TTTATTTAAATATTTAAA
* * **
3123 TTTA-GTAAATAATATATT
1 TTTATTTAAAT-ATTTAAA
3141 TTTATTTAAATATTTAAA
1 TTTATTTAAATATTTAAA
3159 TTTA
1 TTTA
3163 GTAAATAATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 8, Indels: 4
0.71 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.17
18 20 0.67
19 5 0.17
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (18 bp):
TTTATTTAAATATTTAAA
Found at i:3148 original size:36 final size:36
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Indices: 3095--3176 Score: 157
Period size: 36 Copynumber: 2.3 Consensus size: 36
3085 ATAATATAAG
3095 AATAATAT-TTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTA
1 AATAATATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTA
3130 AATAATATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTA
1 AATAATATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTA
3166 AATAATATATT
1 AATAATATATT
3177 GTAAAATAAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 1
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.17
36 38 0.83
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (36 bp):
AATAATATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTA
Found at i:3153 original size:122 final size:121
Alignment explanation
Indices: 2996--3260 Score: 338
Period size: 122 Copynumber: 2.2 Consensus size: 121
2986 TATTTGATAA
* *
2996 AAATTGTAGTATAATAATA-ATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAA
1 AAATT-TAGTA-AATAATATATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATATATTGTAAA
* * *
3060 ATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTA-TTTAAATATTT
64 ATAAACACATTATTTGATAAAAATTATAATAT---AATAATAATTTGTACTTTAAATATTT
* * *
3120 AAATTTAGTAAATAATATATTTTTA-TTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATTGTAAAAT
1 AAATTTAGTAAATAATATATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATATATTGTAAAAT
* * *
3184 AAACACTTTATTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTT
66 AAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTT
* * *
3240 AAAATTAATAAATAATGTATT
1 AAATTTAGTAAATAATATATT
3261 GTCAAATTAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 14, Indels: 8
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
119 12 0.10
120 29 0.23
122 68 0.54
123 11 0.09
124 5 0.04
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.06, T:0.44
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AAATTTAGTAAATAATATATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATATATTGTAAAAT
AAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTT
Found at i:3172 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3113--3173 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
3103 TTTTTATTTA
3113 AATATTTAAATTTAGTAAAT
1 AATATTTAAATTTAGTAAAT
**
3133 AATATATT---TTTA-TTTA-
1 AATAT-TTAAATTTAGTAAAT
3149 AATATTTAAATTTAGTAAAT
1 AATATTTAAATTTAGTAAAT
3169 AATAT
1 AATAT
3174 ATTGTAAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 12
0.66 0.09 0.26
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.06
16 5 0.16
17 2 0.06
18 8 0.26
19 2 0.06
20 10 0.32
21 2 0.06
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.03, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
AATATTTAAATTTAGTAAAT
Found at i:3287 original size:206 final size:206
Alignment explanation
Indices: 2923--3346 Score: 731
Period size: 206 Copynumber: 2.1 Consensus size: 206
2913 ATTATAATAT
* * * * *
2923 AATAATAAATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAATAAATACTGTATTGTCAAATCAACACATTA
1 AATAATATA-TTTTTATTTAAATATTTAAATTTAATAAATAATATATTGTAAAATAAACACATTA
2988 TTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTA
65 TTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTA
*
3053 TTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTATTTAAATAT
130 TTGTCAAATCAACAAATTATTTGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTATTTAAATAT
3118 TTAAATTTAGTA
195 TTAAATTTAGTA
* *
3130 AATAATATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATTGTAAAATAAACACTTTAT
1 AATAATATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAATAAATAATATATTGTAAAATAAACACATTAT
3195 TTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTAT
66 TTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTAT
* * *
3260 TGTCAAATTAACAAATTATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAATATTTTTTATTTAAATATT
131 TGTCAAATCAACAAATTATTTGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTATTTAAATATT
3325 TAAATTTAGTA
196 TAAATTTAGTA
*
3336 AATAATGTATT
1 AATAATATATT
3347 GTCAAATCAA
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 12, Indels: 1
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
206 197 0.96
207 8 0.04
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (206 bp):
AATAATATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAATAAATAATATATTGTAAAATAAACACATTAT
TTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTAT
TGTCAAATCAACAAATTATTTGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTATTTAAATATT
TAAATTTAGTA
Found at i:3432 original size:87 final size:86
Alignment explanation
Indices: 3130--3592 Score: 600
Period size: 84 Copynumber: 5.4 Consensus size: 86
3120 AAATTTAGTA
* * * * * *
3130 AATAATATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATTGTAAAATAAACACTTTAT
1 AATAATA-ATTTTTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTAT
*
3195 TTGATAAAAATTGT-A-GT-AT
65 TTGATAAAAATTGTAATATAAT
* * *
3214 AATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATTAACAAATTAT
1 AATAATAATTTTTA-TTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTAT
3279 TTGATAAAAATTGTAATATAAT
65 TTGATAAAAATTGTAATATAAT
* * *
3301 AATAATATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
1 AATAATAATTTTTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
* *
3366 TGATAAAAAATGTAGTATAAT
66 TGATAAAAATTGTAATATAAT
* *
3387 AATAATAATTTGTATTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACAAATTAT
1 AATAATAATTTTTA-TTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTAT
3452 TTGATAAAAATTGT-A-AT-AT
65 TTGATAAAAATTGTAATATAAT
* * * *
3471 AATAATAATTTTTACTTTAAATA-TGAAAATTTAATAAATAATGCATTGTCAAATGAACACAATA
1 AATAATAATTTTTA-TTTAAATATTTAAAA-TTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTA
*
3535 TTTGATATAAATTGTAATATAAT
64 TTTGATAAAAATTGTAATATAAT
*
3558 AATAATATTTTTTATTTAAATAATGTT-AAATTAAT
1 AATAATAATTTTTATTTAAAT-AT-TTAAAATTAAT
3593 TTTATATGTA
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 34, Indels: 21
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 11 0.03
84 131 0.39
85 4 0.01
86 88 0.26
87 95 0.29
88 3 0.01
89 1 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (86 bp):
AATAATAATTTTTATTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATT
TGATAAAAATTGTAATATAAT
Found at i:3477 original size:376 final size:375
Alignment explanation
Indices: 2741--3512 Score: 1282
Period size: 376 Copynumber: 2.0 Consensus size: 375
2731 TTATTTGATA
*
2741 AAAATTGTAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATTGTAGA
1 AAAATT-TAATA-AATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATTGTAAA
* *
2806 ATCAACACTTTATTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTATCTTTAAATATTTAATATT
64 ATAAACACTTTATTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTATCTTTAAATATTTAAAATT
* *
2871 AATAATTAATGTATTGTCAAATCAACATATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAAATTTT
129 AATAAATAATGTATTGTCAAATCAACAAATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAAATTTT
* *
2936 TTATTTAAATATTTAAATTTAATAAATACTGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATT
194 TTATTTAAATATTTAAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAAAT
3001 GTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAAC
259 GTAGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAAC
* * *
3066 ACATTATTTGATAAAAATTATAATATAAGAATAATATTTTTTA-TTTAAATATT
324 AAATTATTTGATAAAAATTATAATAT-A-AATAATAATTTTTACTTTAAATATG
* *
3119 TAAATTTAGTAAATAAT-ATATTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATTGTAAAA
1 AAAATTTAATAAATAATAAT-TTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATTGTAAAA
3183 TAAACACTTTATTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTA-CTTTAAATATTTAAAATTA
65 TAAACACTTTATTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTATCTTTAAATATTTAAAATTA
* *
3247 ATAAATAATGTATTGTCAAATTAACAAATTATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAATATTTT
130 ATAAATAATGTATTGTCAAATCAACAAATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAA-ATTTT
*
3312 TTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAAAT
194 TTATTTAAATATTTAAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAAAT
*
3377 GTAGTATAATAATAATAATTTGTATTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATC
259 GTAG--T-ATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATC
*
3442 AACAAATTATTTGATAAAAATTGTAATAT-AATAATAATTTTTACTTTAAATATG
321 AACAAATTATTTGATAAAAATTATAATATAAATAATAATTTTTACTTTAAATATG
3496 AAAATTTAATAAATAAT
1 AAAATTTAATAAATAAT
3513 GCATTGTCAA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 19, Indels: 13
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
375 75 0.20
376 177 0.48
377 28 0.08
378 6 0.02
379 83 0.22
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (375 bp):
AAAATTTAATAAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAATTTAGTAAATAATATATTGTAAAAT
AAACACTTTATTTGATAAAAATTGTAGTATAATAATAATTTGTATCTTTAAATATTTAAAATTAA
TAAATAATGTATTGTCAAATCAACAAATTATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAAATTTTTT
ATTTAAATATTTAAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAAATGT
AGTATAATAATAATTTGTACTTTAAATATTTAAAATTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACAA
ATTATTTGATAAAAATTATAATATAAATAATAATTTTTACTTTAAATATG
Found at i:3724 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3703--3737 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
3693 ATTAATTTTC
*
3703 AAATT-ATTTTCAATTT
1 AAATTAATTTTCAAATT
3719 AAATTAATTTTCAAATT
1 AAATTAATTTTCAAATT
3736 AA
1 AA
3738 TTTTTACACA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.29
17 12 0.71
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
AAATTAATTTTCAAATT
Done.