Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01012257.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127258, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:192 original size:17 final size:17
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Indices: 177--272 Score: 75
Period size: 17 Copynumber: 5.5 Consensus size: 17
167 TTAAAATTTT
177 ATTTCAAAATAAATTTAA
1 ATTT-AAAATAAATTTAA
*
195 ATTTAAAATAAATTTGA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
* ** * **
212 ACTCCAGATAAGCTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
*
229 ATTTACAATAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
* * *
246 ACTTAAAATGAATTAAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
263 ATTTTAAAAT
1 A-TTTAAAAT
273 CTAAAATTGG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 20, Indels: 2
0.72 0.25 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 46 0.81
18 11 0.19
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Consensus pattern (17 bp):
ATTTAAAATAAATTTAA
Found at i:1548 original size:281 final size:280
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Indices: 651--5542 Score: 4063
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641 TGCAAATATC
* * * * *
651 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTTACTTCTAAGAGTAGTCCTTGAACTTATTGATTTGCGTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * *
716 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCATAGTATTCAAATTGGCCTTTTAAGTTTAAGAAAAAAAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * *
781 AAAATTTAT-AATATCAAAGAAGAAT-GTCCTGGCCAAATA-AGAGGAACTCAGTCACATGCAAT
131 AAAATTGATGAA-ATCAACGAAGAATCTTCCT-GCCAAATACA-AGCAGCTCAGTCACATGCAAT
* ** * * *
843 TA-CATTGAATCCACCGCGTAAGATGGCAG-TTT----T--AAAATAATTT-TT-TTTTCTAT-T
193 TATC-TTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATAT
897 -AAGAA--CCTCGTGTGTCAGAGTCGA
257 CAAGAATGCCTC--GTGTCA-AGTCGA
* * * * *
921 TTGAAACAAATATTTTTTTAGGTTAAATTCTATGAAAAATCCTTGTACTTATTGATTTGC-CGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * **
985 TTTGGTCCCTATA-TTTTATTTACTCGTAGCATTCTAATTTGTGTCTTTAAGTTTGAG----AAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATC-TTAAGTTTGAGAAAAAAA
* * * * * *
1045 -AAGATCGATGAAACCAAAGAAGATTC-TCCTTGCCAAATACAAGCAGGTCAGTCACATGCAATT
130 CAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATT
* * *
1108 ATCTTGAAACCGTCGCATAATATGGAAATTTTAAGAGTAAAAAAAGAATTTATTATTATTTTTAT
194 ATCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGA-T-AAAAAAGAATTTATTA-T-TTTTTAT
*
1173 ATCAAGAA-----CGT-T----TCGT
255 ATCAAGAATGCCTCGTGTCAAGTCGA
* * * *
1189 GTGAAACAAATATAATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCTTTGTACATATTGTTTTGCGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * *
1254 TTTAGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAGTTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAATGA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAA-AA
* * * * * *
1319 -AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATATTCCTGCCAACTACAAGAAGCTCATTCACATGTAACTA
130 CAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
** * * * * * *
1383 TCTTGAAACCACCACTTAATATTGCAATTTTAAGATAAAAAACAATTTATTATTTTTTATATCAT
195 TCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAA
* *
1448 GAATGCCTCGTGTGAATGTCAA
260 GAATGCCTCGTGTCAA-GTCGA
* * * *
1470 GTGAAACAAATATTATTTTA-GTTCAAATTCTAAGGATAGTCCTTGTACTTCTAGATTTGCACGG
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTT-AAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGG
* * *
1534 ATTTGCGT-CCTCTATTTTTATTTACTCTTAGCATTTAAATTGGCATATTAAGTTTGAGAAAAAA
65 ATTTG-GTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG-AAAAA
* * *
1598 AACAAAATCGATGAAATCAATGAAGAATC-TCCTCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCAGATGCAA
128 AACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCT-GCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAA
* * ** * *
1662 TTATCTTGAAACCATCGCATAATATGGCAACTTTAAAATAGAAAAGAA---ATT-TTTTTTATAT
192 TTATCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATAT
* * *
1723 CAAGAATG-TTGAGTGTCAGAATCGA
257 CAAGAATGCCT-CGTGTCA-AGTCGA
** * * * * * * * *
1748 AAGAAACAAAAATTATTTTTGGTTAAATTCTAAGAGTAGT-CTTGAATTTATAGATTTACACGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * *
1812 TTTGATCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAACTTTCAAATTTGCATTTTAAGTTTGAGAATAAAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG-A-AAAAA
* * * *
1877 AGAAAATTGATGAAATGAACGAAGAATCTCCCTTCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATT
129 ACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATT
* * ** * *
1942 ATCTTGAAACCGCCGCGGTAGATA--GCAATTTTAAGAT-AAAAA-TTTTTATTATTACTTAATA
194 ATCTTGAAACCGTCGC-GTA-ATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATT-TTTTATA
* * * * *
2003 TTAAGAACGCCGCGTGTTAGTGTCGA
256 TCAAGAATGCCTCGTGTCA-AGTCGA
* * ** * **
2029 TTGAAACAAATATAATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACAAATTGATTCGCTTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * ** * * *
2094 ATTGGCCCCTCTATTTTT-TTTACTCACAGCATTCAAGTTAGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAGA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAA-A
* * * *
2158 -AAAATTGATGAAATTAACGAAGAATCGTCCTGCCAAATACAAGAAGCTTAGTCACATGC-ATCT
130 CAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT-T
* * * * *
2221 ATCTTGAAACCATCACTTAAGATTGG-AGTTTTAAGATAAAAAACAATTTATTATTTTTTATATC
194 ATCTTGAAACCGTCGCGTAATA-TGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATC
* *
2285 AAGAACGCCTCGTGTCAGTGTC-A
258 AAGAATGCCTCGTGTCA-AGTCGA
* *
2308 CGTGAAACAAATATTATTTTAGTTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATAGATTTGCGCGG
1 -GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGG
* * * * *
2373 ATTTGGTCCCTCTATTTTTACTTATTCGTATCATTCAAATTGGAATCTTAAGTTTGAGAAAACAA
65 ATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAA
** * * *
2438 C-AAATCAATGAAATCAAAGAAGAATC-TCCTCGCCAAATACAAGCAACTCAGTCATATGCAATT
130 CAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCT-GCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATT
* * * * * *
2501 ATCTTGAAACCG-CGGTGTAAGATGGTAGCTTTAAAATAGAAAAGAA-TTATTA-TTTTTATATC
194 ATCTTGAAACCGTC-GCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATC
**
2563 AAGAATGTTTCGTG-CATGAGTCGA
258 AAGAATGCCTCGTGTCA--AGTCGA
** * * * * * * *
2587 AAGAAACAAATATTATTTTTGGTTAAATTCTAAGAGTAATCCTTGAATTTATAGATTTGCACGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* *
2652 TTTGATCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCTTTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAATAAAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG-----AAA
* * * *
2717 AAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTTAGTCACATGCA
126 AAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCA
* * * *
2782 ATTATCTTGAAACCGCCGCGTTAGATAGCAGTTTTAAGAT-AAAAA-AA-TTATTAATTTTTTTA
191 ATTATCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATT-A-TTTTTTA
* * * * *
2844 TATTAGGAACGGCACGTGTCAGAGTCGA
254 TATCAAGAATGCCTCGTGTCA-AGTCGA
* * * * * * *
2872 GAGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTTTAAGTATAGTCTTTTTACTTATTGATTTGGGCGAA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * ** *
2937 TTTTGTCTCTCTATTTATATTTACTTGTAGCATTTAAATTGGTGTCTTAAGTTTGAGAAGAAAAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * * *
3002 AATATTGATGAAATCAACGAAGAACCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTCTGTCAAATGCAATTAT
131 AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
* * *
3067 CTTGAAACC-ACAGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAAAAGAATTTATTATTTATTATAT
196 CTTGAAACCGTC-GCGTAATATGGCAGTTTTAAGAT---AAAAAAGAATTTATTATTTTTTATAT
* * * *
3131 CTAGAATGCCACCTATCAAAGTCGA
257 CAAGAATGCCTCGTGTC-AAGTCGA
* * * * *
3156 GAGAAAC--A-A--A---TA--TT--ATTCTAAG---AG---TAGTACTTCTTGATTTGCGTGAA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * *
3203 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTTGTAACATTGAAATTGGCCTCTTAAATTTGAGAAAAACAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * * *
3268 AAAATTGATGAAATGAAAGAAGAATCTACTTG-CAAAGTACAAGTAGCTCAGTCTCATGCAATTA
131 AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAA-TACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
* * * * * * *
3332 CCTTGAAATCGTCGCGTAATATGACAATTTTAAAAAACAAAAAGAA---AATATTTTTTAATATC
195 TCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATA-AAAAAGAATTTATTATTTTTT-ATATC
* *
3394 AATAATG-CTGCGTGTCATAGTTGA
258 AAGAATGCCT-CGTGTCA-AGTCGA
*
3418 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAGGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * *
3483 TTTGGTTCTTCTATTTTAATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTAAGTAAAAAAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * * ** *
3548 AAAATTGATTAAATCAACGAAAAATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTCACTCACATATAGTTAT
131 AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
* * * * *
3613 CTTGAAACCATCGCTTAAGATGGCAGTTTTGAGATAAAAAA-AA---ATTATTTTTTATATCTAG
196 CTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAAG
* * * * *
3674 AACGTCACATGTCAGAGTCAA
261 AATGCCTCGTGTCA-AGTCGA
* * * * * * *
3695 GTGAAACTAATATTATTTTAGTTTATATTTTAAGAATAGTCCGTGTAATTATTGATTTGCACGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * *
3760 TATGATCCCTCTATTTTAATTTACTCATAACATTCAAATAGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAACA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAA-A
* * * * * *
3825 CAAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATC-TCCTTGCTAAATACTAGCGGCTCAGTCACATACAATT
130 CAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATT
** * * * * * * * **
3889 ATCTTTTACCCG-CTGCATAAGATGGCAGCTTTAAAATAGAAATGAAAATA-T-TTTTTTATATC
194 ATCTTGAAACCGTC-GCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATC
* *** *
3951 AATAACATCGCGTGTCAAAGTCGTA
258 AAGAATGCCTCGTGTC-AAGTCG-A
* * * * *
3976 -AGAAACGAATATTATTTTAGGCTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTT-CTGCAG
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGC-GCGG
** * *
4039 ATTTGACCCCTCTA-TTTTATTTACTTGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTAAGAAAAAAA
65 ATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTT--G-AGAAAA
* * * *
4103 AAAGAAAATTAATGAAATCAACGAAGAATC-TCCTTGCCAAATACAAGCACCTCAGTCACATACA
127 AAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCA
* * ** * *
4167 ATTATCTTGAAACCGCCGCATAATATGATAGTTTTAAAATAAAAAAAGAATTTATTATTGTTTAT
191 ATTATCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGAT-AAAAAAGAATTTATTATTTTTTAT
* *
4232 ATCAAG-AT-CTTCATGTTTCAGAGTCGA
255 ATCAAGAATGCCTC--GTGTCA-AGTCGA
* * * *
4259 GCGAAACAAATATTATTTTAGTTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGTGTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
** * *
4324 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTTTTCGTA-CATTCAAATTGACGTCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * *
4388 AAAATCT-ATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTGCCAAATTCAAGCAGCTCTGTCACATGCAATTA
131 AAAAT-TGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
* * * * * * * *
4452 TCTTCAAACTGTCGCGTAAGATGGCAGCTTTAAAATAGAAAAGAA---AATA-TTTTTATAGC-A
195 TCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAA
*
4512 G--TG--TC-AG--AA----A
260 GAATGCCTCGTGTCAAGTCGA
*
4522 --GAAACAAATATTAGTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGT-C-T-TA---A--G-TTT-----GA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* *
4571 -----TCCTTTTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGG-AGTCTTAAGTTTGAGAAAAAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCA-TCTTAAGTTTGAGAAAAAAA
*
4630 -ATAAATTAGATGAAATCAACTG-AGAATC-TCCATGCCAAATACAAGCAGCTTAGTCACATGCA
130 CA-AAATT-GATGAAATCAAC-GAAGAATCTTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCA
* ** ** *
4692 ATTAACTTGAAACTTTCGCGTAATATGATAGTTTTAAGATAAAAAAAAAAGAATTAATTATTTTT
191 ATTATCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGAT----AAAAAAGAATTTATTATTTTT
* *
4757 TATATCAAGAACGCCACGTGTCAAAGTCGA
252 TATATCAAGAATGCCTCGTGTC-AAGTCGA
*
4787 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTTCTTATTGATTTGCGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * *
4852 TTTGATCCCACTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGACCTCTTTAGTTTGAG--AAAAA-
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * * * *
4914 AAAATCGATGAAATCAATGAAGAATC-TCTCTTCCAAATATAAGTAGCCCAGTCACATGTAATTA
131 AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTC-CTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
** * * * * *
4978 TCTTGAAACCACCGCCTAAGATGGCAGTTTTAAGGTAAAAAA-AA-TTACTAATTTTTATATCAA
195 TCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAA
** * * *
5041 GAACACCACATGTCAGAGTTGA
260 GAATGCCTCGTGTCA-AGTCGA
* * * *
5063 GTGAAACAATTATTATTTTACGTTAAATTCTAAGAATAGTCATTGTACTTATTGATTTGCGTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * ** * **
5128 TATGGTGCCTCTATTTTCATTTTTTCATAGCATTCAAATTGGGGTCTTAAGTTTGAGAAAAAAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG---AAAAA
* * * * * *
5193 AACAAAGTCGATGAAATTAAAGAAGAATCTCCCCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT
128 AACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT
* * * * * * * * * * * *
5258 TTTCTTGAAATCGTCGCATAAGATGGTAGCTGTAAAATAGAAATGAA---AATATTTGTTTATAC
193 TATCTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTT-TTTATAT
* * *
5320 CAAGAA--CATCGCATGTCAGGTTGA
257 CAAGAATGCCTCG--TGTCAAGTCGA
** * * * *
5344 AAGAAACAAATAATATATTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCTTTGTACTTATTGATTTACGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* *
5409 TTTGATCCCTCTATTTTTATTTACTCATAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG---AAAA-
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * * *
5470 AAAATCGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATGCAAGCAGCTCAGTCTCATGAAAATAT
131 AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
*
5535 CGTGAAAC
196 CTTGAAAC
5543 AAATATTATT
Statistics
Matches: 3739, Mismatches: 671, Indels: 420
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
242 22 0.01
243 37 0.01
244 75 0.02
245 1 0.00
247 2 0.00
248 8 0.00
251 3 0.00
252 12 0.00
253 3 0.00
255 2 0.00
257 1 0.00
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259 1 0.00
260 1 0.00
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264 75 0.02
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271 1 0.00
272 24 0.01
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275 14 0.00
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286 51 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (280 bp):
GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
CTTGAAACCGTCGCGTAATATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAAG
AATGCCTCGTGTCAAGTCGA
Found at i:2255 original size:839 final size:830
Alignment explanation
Indices: 651--5542 Score: 4255
Period size: 839 Copynumber: 5.9 Consensus size: 830
641 TGCAAATATC
* * * * *
651 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTTACTTCTAAGAGTAGTCCTTGAACTTATTGATTTGCGTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTA-GTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * *
716 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCATAGTATTCAAATTGGCCTTTTAAGTTTAAGAAAAAAAC
65 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
** * * * *
781 AAAATTTAT-AATATCAAAGAAGAATGTCCTGGCCAAATA-AGAGGAACTCAGTCACATGCAATT
130 AAAATCGATGAA-ATCAAAGAAGAATCTCCTCGCCAAATACA-AGCAGCTCAGTCACATGCAATT
* * * * *
844 A-CATTGAATCCACCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAAT------AATTTTTTTTTCTATTAAGAA
193 ATC-TTGAAACCACCGCGTAAGATGGCAATTTTAAAATAAAAAGAAATTTTTTTTATATCAAGAA
* * * * * * * *
902 CCTCGTGTGTCAGAGTCGATTGAAACAAATATTTTTTTAGGTTAAATTCTATGAAAAATCCTTGT
257 TCTTGAGTGTCAGAGTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGT
* * * **
967 ACTTATTGATTTGC-CGGATTTGGTCCCTATA-TTTTATTTACTCGTAGCATTCTAATTTGTGTC
322 ACTTATTGATTTGCGCGGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATC
* * * * *
1030 TTTAAGTTTGAG---AAAAAG---ATCGATGAAACCAAAGAAGATTCTCCTTGCCAAATACAAGC
387 -TTAAGTTTGAGAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACCAAATACAAGC
* * * * *
1089 AGGTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGTCGCATAATATGGAAATTTTAAGAGTAAAAAAAG
451 AGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGTCGCATAAGATAGCAGTTTTAAGA-T--AAAAA-
* * *
1154 AATTTATTATTATTTTTATATCAAGAA----CGTTTC---GT-G--TGAAACAAATATAATTTTA
512 AA-TTATTATTA--TTTATATTAAGAACGCGCGTGTCAGAGTCGAAAGAAACAAATATAATTTTA
* * * *
1209 GGTTAAATTCTAAGAATAGTCTTTGTACATATTGTTTTGCGCGGATTTAGTCCCTCTATTTTTAT
574 GGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACATATTGATTTGC-CGGAATTGGTCCCTCTATTTTTAT
* * * *
1274 TTACTCGTAGCATTCAAGTTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAATGAAAAATTGATGAAATCAACGA
638 TTACTCATAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAA-AAAAAATTGATGAAATCAACGA
* * * * * * * * *
1339 AGAATATTCCTGCCAACTACAAGAAGCTCATTCACATGTAACTATCTTGAAACCACCACTTAATA
702 AGAAT-CTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCATCACGTAAGA
* * * * * *
1404 TTGCAATTTTAAGATAAAAAACAATTTATTATTTTTTATATCATGAATGCCTCGTGTGAATGTCA
766 -TGGAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCATGAATGCCACGTGTCAAAGTCA
1469 A
830 A
* * * *
1470 GTGAAACAAATATTATTTTAGTTCAAATTCTAAGGATAGTCCTTGTACTTCTAGATTTGCACGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGTT-AAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* *
1535 TTTGCGT-CCTCTATTTTTATTTACTCTTAGCATTTAAATTGGCATATTAAGTTTGAGAAAAAAA
65 TTTG-GTCCCTCTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG-AAAAAA
* *
1599 ACAAAATCGATGAAATCAATGAAGAATCTCCTCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCAGATGCAATT
128 ACAAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATT
* * * *
1664 ATCTTGAAACCATCGCATAATATGGCAACTTTAAAATAGAAAAGAAATTTTTTTTATATCAAGAA
193 ATCTTGAAACCACCGCGTAAGATGGCAATTTTAAAATA-AAAAGAAATTTTTTTTATATCAAGAA
* * ** * * * *
1729 TGTTGAGTGTCAGAATCGAAAGAAACAAAAATTATTTTTGGTTAAATTCTAAGAGTAGT-CTTGA
257 TCTTGAGTGTCAGAGTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGT
* * * * * * * * *
1793 ATTTATAGATTTACACGGATTTGATCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAACTTTCAAATTTGCATT
322 ACTTATTGATTTGCGCGGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATC
* * *
1858 TTAAGTTTGAGAATAAAAAAGAAAATTGATGAAATGAACGAAGAATCTCCCTTCCAAATACAAGC
387 TTAAGTTTGAGAA-AAAAAAGAAAATTGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACCAAATACAAGC
* * * **
1923 AGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGCCGCGGT-AGATAGCAATTTTAAGATAAAAATTT
451 AGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGTCGC-ATAAGATAGCAGTTTTAAGATAAAAA-AA
* * * **
1987 TTATTATTACTTAATATTAAGAACGCCGCGTGTTAGTGTCGATTGAAACAAATATAATTTTAGGT
514 TTATTATTA-TTTATATTAAGAACG-CGCGTGTCAGAGTCGAAAGAAACAAATATAATTTTAGGT
* * * *
2052 TAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACAAATTGATTCGCTTGGAATTGGCCCCTCTATTTTT-TTTA
577 TAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACATATTGATTTGC-CGGAATTGGTCCCTCTATTTTTATTTA
* * * * *
2116 CTCACAGCATTCAAGTTAGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAGAAAAATTGATGAAATTAACGAAGA
641 CTCATAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAA-AAAAATTGATGAAATCAACGAAGA
* * *
2181 ATCGTCCTGCCAAATACAAGAAGCTTAGTCACATGC-ATCTATCTTGAAACCATCACTTAAGATT
705 ATC-TCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT-TATCTTGAAACCATCACGTAAGA-T
* * * * ** *
2245 GGAGTTTTAAGATAAAAAACAATTTATTATTTTTTATATCAAGAACGCCTCGTGTCAGTGTCAC
767 GGAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCATGAATGCCACGTGTCAAAGTCAA
*
2309 GTGAAACAAATATTATTTTAGTTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATAGATTTGCGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAG-TTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * *
2374 TTTGGTCCCTCTATTTTTACTTATTCGTATCATTCAAATTGGAATCTTAAGTTTGAGAAAACAAC
65 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * *
2439 -AAATCAATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTCGCCAAATACAAGCAACTCAGTCATATGCAATTAT
130 AAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
* * * * ** *
2503 CTTGAAACCGCGGTGTAAGATGGTAGCTTTAAAATAGAAAAGAATTATTATTTTTATATCAAGAA
195 CTTGAAACCACCGCGTAAGATGGCAATTTTAAAATA-AAAAGAA--ATTTTTTTTATATCAAGAA
* ** ** * * *
2568 TGTTTCGTG-CATGAGTCGAAAGAAACAAATATTATTTTTGGTTAAATTCTAAGAGTAATCCTTG
257 TCTTGAGTGTCA-GAGTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTG
* * * * * *
2632 AATTTATAGATTTGCACGGATTTGATCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCTTTCAAATTGGCAT
321 TACTTATTGATTTGCGCGGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCAT
*
2697 CTTAAGTTTGAGAATAAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTACCAAATAC
386 CTTAAGTTTGAG----AAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACCAAATAC
* * * *
2762 AAGCAGCTTAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGCCGCGTTAGATAGCAGTTTTAAGATAAAAA
447 AAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGTCGCATAAGATAGCAGTTTTAAGATAAAAA
* * * * *
2827 AATTATTAATTTTTTTATATTAGGAACGGCACGTGTCAGAGTCGAGAGAAACAAATATTATTTTA
512 AATTATT-A-TTATTTATATTAAGAAC-GCGCGTGTCAGAGTCGAAAGAAACAAATATAATTTTA
* * * * * * * * *
2892 GGTTAAATTTTAAGTATAGTCTTTTTACTTATTGATTTG-GGCGAATTTTGTCTCTCTATTTATA
574 GGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACATATTGATTTGCCG-GAA-TTGGTCCCTCTATTTTTA
** * ** * *
2956 TTTACTTGTAGCATTTAAATTGGTGTCTTAAGTTTGAGAAGAAAACAATATTGATGAAATCAACG
637 TTTACTCATAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAA-AAAAAAAAATTGATGAAATCAACG
* * * *
3021 AAGAACCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTCTGTCAAATGCAATTATCTTGAAACCA-CAGCGTAA
701 AAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCATCA-CGTAA
* * *
3085 GATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAAAAGAATTTATTATTTATTATATC-TAGAATGCCACCTATCA
764 GATGG-AGTTTTAAGAT---AAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAT-GAATGCCACGTGTCA
*
3149 AAGTCGA
824 AAGTCAA
* * * * *
3156 GAGAAAC--A-A--A---TA-TT--ATTCTAAG---AG---TAGTACTTCTTGATTTGCGTGAAT
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGAT
* * * * *
3204 TTGGTCCCTCTATTTTTATTTACT-TGTAACATTGAAATTGGCCTCTTAAATTTGAGAAAAACAC
66 TTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCT-TAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * * *
3268 AAAATTGATGAAATGAAAGAAGAATCTACTTG-CAAAGTACAAGTAGCTCAGTCTCATGCAATTA
130 AAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTCGCCAAA-TACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
* * ** * * * * *
3332 CCTTGAAATCGTCGCGTAATATGACAATTTTAAAAAACAAAAAGAAAATATTTTTTAATATCAAT
194 TCTTGAAACCACCGCGTAAGATGGCAATTTT--AAAATAAAAAG-AAAT-TTTTTTTATATCAAG
* * * *
3397 AATGC-TGCGTGTCATAGTTGAGTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAGGAATAGTCCT
255 AAT-CTTGAGTGTCAGAGTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCT
* * *
3461 TGTACTTATTGATTTGCGCGGATTTGGTTCTTCTATTTTAATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGC
319 TGTACTTATTGATTTGCGCGGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGC
* * * * * *
3526 ATCTTAAGTTTAAG-TAAAAAACAAAATTGATTAAATCAACGAAAAATCTCCCTACCAAATACAA
384 ATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACCAAATACAA
* ** * * * * *
3590 GCAGCTCACTCACATATAGTTATCTTGAAACCATCGCTTAAGATGGCAGTTTTGAGATAAAAAAA
449 GCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGTCGCATAAGATAGCAGTTTTAAGATAAAAAAA
* * * * * * * *
3655 -AATTATTTTTTATATCT-AGAACGTCACATGTCAGAGTC-AAGTGAAACTAATATTATTTTAGT
514 TTATTATTATTTATAT-TAAGAACG-CGCGTGTCAGAGTCGAA-AGAAACAAATATAATTTTAGG
* * * * *
3717 TTATATTTTAAGAATAGTCCGTGTA-ATTATTGATTTGCACGG-ATATGATCCCTCTATTTTAAT
576 TTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACA-TATTGATTTGC-CGGAAT-TGGTCCCTCTATTTTTAT
* * * *
3780 TTACTCATAACATTCAAATAGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAACACAAAATCGATGAAATCAAAG
638 TTACTCATAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAA-A-AAAATTGATGAAATCAACG
* * * * ** * *
3845 AAGAATCTCCTTGCTAAATACTAGCGGCTCAGTCACATACAATTATCTTTTACCCGCTGCA--TA
701 AAGAATCTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACC-AT-CACGTA
* * * * ** * *
3908 AGATGGCAGCTTTAAAATAGAAATGAAAATA-T-TTTTTTATATCAATAACAT--CGCGTGTCAA
763 AGATGG-AGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATC-ATGA-ATGCCACGTGTCAA
3969 AGTC--
825 AGTCAA
* * *
3973 GTAAGAAACGAATATTATTTTAGGCTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTT-CTGC
1 GT--GAAACAAATATTATTTTA-GTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGC-GC
* ** *
4037 AGATTTGACCCCTCTA-TTTTATTTACT-TGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTAAGAAAA
62 GGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCT-TAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTT--G-AGA
* ** * * * *
4100 AAAAAAGAAAATTAATGAAATCAACGAAGAATCTCCTTGCCAAATACAAGCACCTCAGTCACATA
123 AAAAAACAAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATG
* * * ** * *
4165 CAATTATCTTGAAACCGCCGCATAATATGATAGTTTTAAAATAAAAAAAGAATTTATTATTGTTT
188 CAATTATCTTGAAACCACCGCGTAAGATGGCAATTTTAAAAT--AAAAAGAA---ATT-TTTTTT
* * * *
4230 ATATCAAG-ATCTTCATGTTTCAGAGTCGAGCGAAACAAATATTATTTTAGTTTAAATTCTAAGA
247 ATATCAAGAATCTTGA-GTGTCAGAGTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGA
* * **
4294 ATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGTGTGGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTTTTCGTA-CATTC
311 ATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTC
* * * *
4358 AAATTGACGTCTTAAGTTTGAG-AAAAAAACAAAATCT-ATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTGC
376 AAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAAGAAAAT-TGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTAC
* * * * * * * *
4421 CAAATTCAAGCAGCTCTGTCACATGCAATTATCTTCAAACTGTCGCGTAAGATGGCAGCTTTAAA
440 CAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGTCGCATAAGATAGCAGTTTTAAG
* * *
4486 ATAGAAAAGAA--A--A-TA-TT-T-TT-A-TA-GC-AGTGTC--A---GAAAGAAACAAATATT
505 ATA-AAAA-AATTATTATTATTTATATTAAGAACGCGCGTGTCAGAGTCGAAAGAAACAAATATA
*
4534 AGTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGT-C-T-TA-AGT-TTGA--T-CC-----T--T---T-TAT
568 ATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACA-TATTGATTTGCCGGAATTGGTCCCTCTAT
*
4580 TTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGG-AGTCTTAAGTTTGAGAAAAAAAATAAATTAGATGAA
632 TTTTATTTACTCATAGCATTCAAATTGGCA-TCTTAAGTTTGAGAAAAAAAA-AAATT-GATGAA
* * **
4644 ATCAACTG-AGAATCTCCATGCCAAATACAAGCAGCTTAGTCACATGCAATTAACTTGAAACTTT
694 ATCAAC-GAAGAATCTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCAT
* * * * * *
4708 CGCGTAATATGATAGTTTTAAGATAAAAAAAAAAGAATTAATTATTTTTTATATCAAGAACGCCA
757 CACGTAAGATG-GAGTTTTAAGAT----AAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCATGAATGCCA
*
4773 CGTGTCAAAGTCGA
817 CGTGTCAAAGTCAA
*
4787 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTTCTTATTGATTTGCGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTA-GTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * *
4852 TTTGATCCCACTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGACCTCTTTAGTTTGAG--AAAAA-
65 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * * *
4914 AAAATCGATGAAATCAATGAAGAATCT-CTCTTCCAAATATAAGTAGCCCAGTCACATGTAATTA
130 AAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTC-GCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
* * **
4978 TCTTGAAACCACCGCCTAAGATGGCAGTTTTAAGGTAAAAA-AAATTACTAATTTTTATATCAAG
194 TCTTGAAACCACCGCGTAAGATGGCAATTTTAAAATAAAAAGAAATT--T--TTTTTATATCAAG
*** * * * * *
5042 AA-CACCACATGTCAGAGTTGAGTGAAACAATTATTATTTTACGTTAAATTCTAAGAATAGTCAT
255 AATCTTGA-GTGTCAGAGTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCT
* * * * ** * *
5106 TGTACTTATTGATTTGCGTGGATATGGTGCCTCTATTTTCATTTTTTCATAGCATTCAAATTGGG
319 TGTACTTATTGATTTGCGCGGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGC
* * * * **
5171 GTCTTAAGTTTGAGAAAAAAAAAACAAAGTCGATGAAATTAAAGAAGAATCTCCCCGCCAAATAC
384 ATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAAGA-AAA-TTGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACCAAATAC
* * * * * * *
5236 AAGCAGCTCAGTCACATGCAATTTTCTTGAAATCGTCGCATAAGATGGTAGCTGTAAAATAGAAA
447 AAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGTCGCATAAGATAGCAGTTTTAAGATA-AAA
* * ** * * * *
5301 TGAAAATA-T-TTGTTTATACCAAGAACATCGCATGTCAG-GTTGAAAGAAACAAATA-ATATAT
511 --AAATTATTATTATTTATATTAAGAAC-GCGCGTGTCAGAGTCGAAAGAAACAAATATA-ATTT
* * * * *
5362 TAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCTTTGTACTTATTGATTTACGCGGATTTGATCCCTCTATTTTT
572 TAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACATATTGATTTGC-CGGAATTGGTCCCTCTATTTTT
*
5427 ATTTACTCATAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG---AAAAAAAATCGATGAAATCAACG
636 ATTTACTCATAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACG
* * * * *
5489 AAGAATCTCCCTGCCAAATGCAAGCAGCTCAGTCTCATGAAAATATCGTGAAAC
701 AAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAAC
5543 AAATATTATT
Statistics
Matches: 3354, Mismatches: 521, Indels: 377
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
801 3 0.00
802 1 0.00
804 113 0.03
805 38 0.01
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810 12 0.00
811 5 0.00
812 93 0.03
813 38 0.01
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816 1 0.00
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818 4 0.00
819 128 0.04
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833 2 0.00
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843 242 0.07
844 118 0.04
845 7 0.00
847 45 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (830 bp):
GTGAAACAAATATTATTTTAGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGAT
TTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAACA
AAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATC
TTGAAACCACCGCGTAAGATGGCAATTTTAAAATAAAAAGAAATTTTTTTTATATCAAGAATCTT
GAGTGTCAGAGTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTT
ATTGATTTGCGCGGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAA
GTTTGAGAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTC
AGTCACATGCAATTATCTTGAAACCGTCGCATAAGATAGCAGTTTTAAGATAAAAAAATTATTAT
TATTTATATTAAGAACGCGCGTGTCAGAGTCGAAAGAAACAAATATAATTTTAGGTTAAATTCTA
AGAATAGTCCTTGTACATATTGATTTGCCGGAATTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCATAGCAT
TCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCTGCCA
AATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCTTGAAACCATCACGTAAGATGGAGTTTTAAGATA
AAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCATGAATGCCACGTGTCAAAGTCAA
Found at i:2451 original size:280 final size:278
Alignment explanation
Indices: 651--5542 Score: 4092
Period size: 280 Copynumber: 17.7 Consensus size: 278
641 TGCAAATATC
* * * * *
651 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTTACTTCTAAGAGTAGTCCTTGAACTTATTGATTTGCGTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * *
716 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCATAGTATTCAAATTGGCCTTTTAAGTTTAAGAAAAAAAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * *
781 AAAATTTAT-AATATCAAAGAAGAATGTCCTGGCCAAATA-AGAGGAACTCAGTCACATGCAATT
131 -AAATTGATGAA-ATCAACGAAGAATCTCCT-GCCAAATACA-AGCAGCTCAGTCACATGCAATT
* * * *
844 A-CATTGAATCCACCGCGTAAGATGGCAG-TTT----T--AAAATAATTT-TT-TTTTCTAT-T-
192 ATC-TTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATC
897 AAGAA--CCTCGTGTGTCAGAGTCGA
256 AAGAACGCCTC--GTGTCAGAGTC-A
* * * * *
921 TTGAAACAAATATTTTTTTAGGTTAAATTCTATGAAAAATCCTTGTACTTATTGATTTGC-CGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * **
985 TTTGGTCCCTATA-TTTTATTTACTCGTAGCATTCTAATTTGTGTCTTTAAGTTTGAG---AAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATC-TTAAGTTTGAGAAAAAAA
* * * * * *
1046 -AGATCGATGAAACCAAAGAAGATTCTCCTTGCCAAATACAAGCAGGTCAGTCACATGCAATTAT
130 CAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
* * * * *
1110 CTTGAAACCGTCGCATAATATGGAAATTTTAAGAGTAAAAAAAGAATTTATTATTATTTTTATAT
194 CTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGA-T-AAAAAAGAATTTATTA-T-TTTTTATAT
1175 CAAGAACG--T--T-TC---GT--
255 CAAGAACGCCTCGTGTCAGAGTCA
* * * *
1189 GTGAAACAAATATAATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCTTTGTACATATTGTTTTGCGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * *
1254 TTTAGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAGTTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAATGA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAA--A
* * * * * *
1319 A-AAATTGATGAAATCAACGAAGAATATTCCTGCCAACTACAAGAAGCTCATTCACATGTAACTA
129 ACAAATTGATGAAATCAACGAAGAAT-CTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
* * * * * * * *
1383 TCTTGAAACCACCACTTAATATTGCAATTTTAAGATAAAAAACAATTTATTATTTTTTATATCAT
193 TCTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAA
* *
1448 GAATGCCTCGTGTGA-ATGTCAA
258 GAACGCCTCGTGTCAGA-GTC-A
* * * *
1470 GTGAAACAAATATTATTTTA-GTTCAAATTCTAAGGATAGTCCTTGTACTTCTAGATTTGCACGG
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTT-AAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGG
* * *
1534 ATTTGCGT-CCTCTATTTTTATTTACTCTTAGCATTTAAATTGGCATATTAAGTTTGAGAAAAAA
65 ATTTG-GTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG-AAAAA
* * *
1598 AACAAAATCGATGAAATCAATGAAGAATCTCCTCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCAGATGCAAT
128 AAC-AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCT-GCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT
* * ** * *
1663 TATCTTGAAACCATCGCATAATATGGCAACTTTAAAATAGAAAAGAA---ATT-TTTTTTATATC
191 TATCTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATC
* * * *
1724 AAGAATG-TTGAGTGTCAGAATCGA
256 AAGAACGCCT-CGTGTCAGAGTC-A
** * * * * * * * *
1748 AAGAAACAAAAATTATTTTTGGTTAAATTCTAAGAGTAGT-CTTGAATTTATAGATTTACACGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * *
1812 TTTGATCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAACTTTCAAATTTGCATTTTAAGTTTGAGAATAAAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG-A-AAAAA
* * *
1877 AGAAAATTGATGAAATGAACGAAGAATCTCCCTTCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATT
129 A-CAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATT
** * * ** * *
1942 ATCTTGAAACCGCCGCGGT-AGATAGCAATTTTAAGAT-AAAAA-TTTTTATTATTACTTAATAT
192 ATCTTGAAACCATCGC-GTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATT-TTTTATAT
* * * *
2004 TAAGAACGCCGCGTGTTAGTGTCGA
255 CAAGAACGCCTCGTGTCAGAGTC-A
* * ** * **
2029 TTGAAACAAATATAATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACAAATTGATTCGCTTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * ** * * *
2094 ATTGGCCCCTCTATTTTT-TTTACTCACAGCATTCAAGTTAGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAGA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAA-A
* * * *
2158 AAAATTGATGAAATTAACGAAGAATCGTCCTGCCAAATACAAGAAGCTTAGTCACATGC-ATCTA
130 CAAATTGATGAAATCAACGAAGAATC-TCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT-TA
* * *
2222 TCTTGAAACCATCACTTAAGATTGG-AGTTTTAAGATAAAAAACAATTTATTATTTTTTATATCA
193 TCTTGAAACCATCGCGTAAGA-TGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCA
*
2286 AGAACGCCTCGTGTCAGTGTCA
257 AGAACGCCTCGTGTCAGAGTCA
* *
2308 CGTGAAACAAATATTATTTTAGTTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATAGATTTGCGCGG
1 -GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGG
* * * * *
2373 ATTTGGTCCCTCTATTTTTACTTATTCGTATCATTCAAATTGGAATCTTAAGTTTGAGAAAACAA
65 ATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAA
** * * *
2438 CAAATCAATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTCGCCAAATACAAGCAACTCAGTCATATGCAATTAT
130 CAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCT-GCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
* * * * * *
2503 CTTGAAACC-GCGGTGTAAGATGGTAGCTTTAAAATAGAAAAGAA-TTATTA-TTTTTATATCAA
194 CTTGAAACCATC-GCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAA
* **
2565 GAATGTTTCGTG-CATGAGTCGA
258 GAACGCCTCGTGTCA-GAGTC-A
** * * * * * * *
2587 AAGAAACAAATATTATTTTTGGTTAAATTCTAAGAGTAATCCTTGAATTTATAGATTTGCACGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* *
2652 TTTGATCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCTTTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAATAAAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG-----AAA
* * *
2717 AAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTTAGTCACATGCA
126 AAAA-CAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCA
** * *
2782 ATTATCTTGAAACCGCCGCGTTAGATAGCAGTTTTAAGAT-AAAAA-AA-TTATTAATTTTTTTA
189 ATTATCTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATT-A-TTTTTTA
* * * *
2844 TATTAGGAACGGCACGTGTCAGAGTCGA
252 TATCAAGAACGCCTCGTGTCAGAGTC-A
* * * * * * *
2872 GAGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTTTAAGTATAGTCTTTTTACTTATTGATTTGGGCGAA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * ** *
2937 TTTTGTCTCTCTATTTATATTTACTTGTAGCATTTAAATTGGTGTCTTAAGTTTGAGAAGAAAAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * *
3002 AATATTGATGAAATCAACGAAGAACCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTCTGTCAAATGCAATTAT
131 AA-ATTGATGAAATCAACGAAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
*
3067 CTTGAAACCA-CAGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAAAAGAATTTATTATTTATTATAT
194 CTTGAAACCATC-GCGTAAGATGGCAGTTTTAAGAT---AAAAAAGAATTTATTATTTTTTATAT
* * * * * *
3131 CTAGAATGCCACCTATCAAAGTCGA
255 CAAGAACGCCTCGTGTCAGAGTC-A
* * * * *
3156 GAGAAAC--A-A--A---TA--TT--ATTCTAAG---AG---TAGTACTTCTTGATTTGCGTGAA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * *
3203 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTTGTAACATTGAAATTGGCCTCTTAAATTTGAGAAAAACAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * *
3268 AAAATTGATGAAATGAAAGAAGAATCTACTTG-CAAAGTACAAGTAGCTCAGTCTCATGCAATTA
131 -AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCT-CCTGCCAAA-TACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
* * * * * * * * *
3332 CCTTGAAATCGTCGCGTAATATGACAATTTTAAAAAACAAAAAGAA---AATATTTTTTAATATC
193 TCTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATA-AAAAAGAATTTATTATTTTTT-ATATC
* * * *
3394 AATAATG-CTGCGTGTCATAGTTGA
256 AAGAACGCCT-CGTGTCAGAG-TCA
*
3418 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAGGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * *
3483 TTTGGTTCTTCTATTTTAATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTAAGTAAAAAAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * ** *
3548 AAAATTGATTAAATCAACGAAAAATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTCACTCACATATAGTTAT
131 -AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTAT
* * *
3613 CTTGAAACCATCGCTTAAGATGGCAGTTTTGAGATAAAAAA-AA---ATTATTTTTTATATCTAG
194 CTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAAG
* * *
3674 AACGTCACATGTCAGAGTCAA
259 AACGCCTCGTGTCAGAGTC-A
* * * * * * *
3695 GTGAAACTAATATTATTTTAGTTTATATTTTAAGAATAGTCCGTGTAATTATTGATTTGCACGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * *
3760 TATGATCCCTCTATTTTAATTTACTCATAACATTCAAATAGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAACA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAA-A
* * * * * *
3825 CAAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTTGCTAAATACTAGCGGCTCAGTCACATACAATTA
130 C-AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
** ** * * * * * **
3890 TCTT-TTACCCGCTGCATAAGATGGCAGCTTTAAAATAGAAATGAAAATA-T-TTTTTTATATCA
193 TCTTGAAACCATC-GCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCA
* ** * *
3952 ATAACATCGCGTGTCAAAGTC-
257 AGAACGCCTCGTGTCAGAGTCA
* * *
3973 GTAAGAAACGAATATTATTTTAGGCTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTT-CTGC
1 GT--GAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGC-GC
* ** * *
4037 AGATTTGACCCCTCTA-TTTTATTTACTTGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTAAGAAAAA
63 GGATTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTT--G-AGAA
* * * *
4101 AAAAAGAAAATTAATGAAATCAACGAAGAATCTCCTTGCCAAATACAAGCACCTCAGTCACATAC
125 AAAAA-CAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGC
** * * ** * *
4166 AATTATCTTGAAACCGCCGCATAATATGATAGTTTTAAAATAAAAAAAGAATTTATTATTGTTTA
188 AATTATCTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGAT-AAAAAAGAATTTATTATTTTTTA
* * * *
4231 TATCAAGATCTTCAT-GTTTCAGAGTCGA
252 TATCAAGAAC-GCCTCGTGTCAGAGTC-A
* * * *
4259 GCGAAACAAATATTATTTTAGTTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGTGTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
** * *
4324 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTTTTCGTA-CATTCAAATTGACGTCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * *
4388 AAAATCT-ATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTGCCAAATTCAAGCAGCTCTGTCACATGCAATTA
131 -AAAT-TGATGAAATCAACGAAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTA
* ** * * * *
4452 TCTTCAAACTGTCGCGTAAGATGGCAGCTTTAAAATAGAAAAGAA---A--ATATTTT-TAT---
193 TCTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAA
*
4508 --A-G-C-AGTGTCAGA---A
258 GAACGCCTCGTGTCAGAGTCA
* *
4521 -AGAAACAAATATTAGTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGT-C-T-TA---A--G-TTT-----GA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* *
4571 -----TCCTTTTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGG-AGTCTTAAGTTTGAGAAAAAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCA-TCTTAAGTTTGAG-AAAAAA
* *
4630 ATAAATTAGATGAAATCAACTG-AGAATCTCCATGCCAAATACAAGCAGCTTAGTCACATGCAAT
129 ACAAATT-GATGAAATCAAC-GAAGAATCTCC-TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT
* ** * ** *
4694 TAACTTGAAACTTTCGCGTAATATGATAGTTTTAAGATAAAAAAAAAAGAATTAATTATTTTTTA
191 TATCTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGAT----AAAAAAGAATTTATTATTTTTTA
* *
4759 TATCAAGAACGCCACGTGTCAAAGTCGA
252 TATCAAGAACGCCTCGTGTCAGAGTC-A
*
4787 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTTCTTATTGATTTGCGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * * * *
4852 TTTGATCCCACTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGACCTCTTTAGTTTGAG-AAAAAA-
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * * * *
4915 AAATCGATGAAATCAATGAAGAATCTCTCTTCCAAATATAAGTAGCCCAGTCACATGTAATTATC
131 AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTC-CTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATC
* * * * *
4980 TTGAAACCACCGCCTAAGATGGCAGTTTTAAGGTAAAAAA-AA-TTACTAATTTTTATATCAAGA
195 TTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAAGA
* * * *
5043 ACACCACATGTCAGAGTTGA
260 ACGCCTCGTGTCAGAG-TCA
* * * *
5063 GTGAAACAATTATTATTTTACGTTAAATTCTAAGAATAGTCATTGTACTTATTGATTTGCGTGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * * ** * **
5128 TATGGTGCCTCTATTTTCATTTTTTCATAGCATTCAAATTGGGGTCTTAAGTTTGAGAAAAAAAA
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG---AAAAA
* * * *
5193 AACAAAGTCGATGAAATTAAAGAAGAATCTCCCCGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT
128 AACAAA-TTGATGAAATCAACGAAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAAT
* * * * * * * * * * * *
5258 TTTCTTGAAATCGTCGCATAAGATGGTAGCTGTAAAATAGAAATGAA---AATATTTGTTTATAC
191 TATCTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTT-TTTATAT
** * * *
5320 CAAGAACATCGCATGTCAG-GTTGA
255 CAAGAACGCCTCGTGTCAGAG-TCA
** * * * *
5344 AAGAAACAAATAATATATTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCTTTGTACTTATTGATTTACGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* *
5409 TTTGATCCCTCTATTTTTATTTACTCATAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAG--AAAAA-
66 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
* * * * *
5471 AAATCGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATGCAAGCAGCTCAGTCTCATGAAAATATC
131 AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCT-CCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATC
*
5536 GTGAAAC
195 TTGAAAC
5543 AAATATTATT
Statistics
Matches: 3743, Mismatches: 665, Indels: 424
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
242 21 0.01
243 30 0.01
244 83 0.02
245 1 0.00
247 2 0.00
248 8 0.00
251 1 0.00
252 3 0.00
253 7 0.00
254 3 0.00
255 1 0.00
258 2 0.00
259 2 0.00
260 2 0.00
261 46 0.01
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264 74 0.02
265 13 0.00
266 157 0.04
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272 27 0.01
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275 14 0.00
276 150 0.04
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283 20 0.01
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285 143 0.04
286 52 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (278 bp):
GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTAAGTTTGAGAAAAAAAC
AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAATTATCT
TGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATCAAGAA
CGCCTCGTGTCAGAGTCA
Found at i:6417 original size:280 final size:277
Alignment explanation
Indices: 5536--6849 Score: 1298
Period size: 280 Copynumber: 4.7 Consensus size: 277
5526 TGAAAATATC
* * **
5536 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTTAATTCTAA-AATAGTTCTTGTACTTATTGATTTGCGTTGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* *
5600 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGGAAAAAAG
66 TTTGGT-CCTTTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGA-GAAAAAAA
* * * * *** *
5665 AAAATTGAT-AATATGAAGGAAGGATC-TCCTAGCCAAATA-AGAGCTCCTCAGTCAAATGCT-A
129 AAAAATGATGAA-ATCAAAGAAGAATCTTCCT-GCCAAATACA-AGAAGCTCAGTCACATG-TAA
* * * * * * *
5726 TTATATTGAATCCGCCGCTTAAGAAGGCAGTTTTAAAATAAAAAAAAATTATTATTTTTTTATAT
190 TTATCTTGAAACCACCACTTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAAATTTATTA-TTTTTTATAT
5791 CAAGAA--CCTCGCATGTCAGAGTCGA
254 CAAGAACGCCTCG--TGTCA-AGTCGA
* * * * * *
5816 TTGAAACAAATATTATTTTAAGTAAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTTTTGATTTGTGCTGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* * ** * *
5881 TTTGGTCCCTATATTTTTATTTACTCTTAATATTCTAATTGGCGTCTTTAAGTTTGAG----AAA
66 TTTGGT-CCTTTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCCTC-TTAAGTTTGAGAAAAAAA
* * * * * *
5942 AAAAATCGATGAAATCAAAGAAGATTCTCCCTGCCAAATAGAAGTAGGTCAGTCACATGCAATTA
129 AAAAAT-GATGAAATCAAAGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGTAATTA
* * * * * *
6007 TATTGAAACC-GCAGCATAATATGGCAATTTTAAGATTAAAAAAAGATTTTATT-GTTTTTATAT
193 TCTTGAAACCACCA-CTTAAGATGGCAGTTTTAAGA-TAAAAAAA-A-TTTATTATTTTTTATAT
* * * *
6070 CTAGAACGTCGCGTGTCAGTGTCGA
254 CAAGAACGCCTCGTGTCA-AGTCGA
* * * *
6095 GTGAAACAAATATAATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACATATTGTTTTGTGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
*
6160 TTTGGTCCTTGTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAGTTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAGA
66 TTTGGTCCTT-TATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAA-A
* * * *
6225 AAAAATAATGAAATCAATGAAGAATCTTCCTGCCAACTACAAGAAGCTCAGTCACATGTAACTAT
129 AAAAATGATGAAATCAAAGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGTAATTAT
* * * *
6290 CTTGAAACCACCACTTCAGATTGTAGTTTTAAGATAAAAACAATTTATTATTTTTTATATCAAGA
194 CTTGAAACCACCACTTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAAATTTATTATTTTTTATATCAAGA
6355 ACGCCTCGTGTCAATGTCGA
259 ACGCCTCGTGTCAA-GTCGA
* * **
6375 GTGAAACGAATATTATTTTA-GTTAAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATAGATTTGCATGG
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTT-AAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGG
** *
6439 ATTTTCTCCCTTTATTTTTATTTACTCTTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAA
65 ATTTGGT-CCTTTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAA
* * * * *
6504 CAAAATTGATGAAATCAATA-AAGAATCTCCCTACTAAATACAAGCAGC-CA--CA-A-GTAATT
129 -AAAAATGATGAAATCAA-AGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGTAATT
* * * *
6563 ATCTTGAAACCACCACCTAAGATGGTAGTTTTAAGGT--AAAAAA-TTACTA-TTTTTATATCAA
192 ATCTTGAAACCACCACTTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAAATTTATTATTTTTTATATCAA
* * *
6624 GAACGCCACATGT-TAGTCGA
257 GAACGCCTCGTGTCAAGTCGA
* * * * *
6644 GTGAAGCAATTATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAGTAGTCATTGTACTTATTGATTTGCGAGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
* ** **
6709 TTTGGTCCCTTTATTTTTGTATTT--TTGTAGCATTCAAATTGGGGTCTTAAGTTTGTTAAAAAA
66 TTTGGT-CCTTTA-TTTT-TATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAA
** * * *
6772 TTAATATCAATGAAATCAAAGAAGAATC-TCCTAGCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGCAAT
128 AAAAAAT-GATGAAATCAAAGAAGAATCTTCCT-GCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGTAAT
6836 TATCTTGAAACCAC
191 TATCTTGAAACCAC
6850 TGAGTTTAGA
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 136, Indels: 80
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
268 7 0.01
269 132 0.15
270 10 0.01
271 28 0.03
272 7 0.01
273 6 0.01
274 18 0.02
275 38 0.04
276 1 0.00
277 10 0.01
278 76 0.09
279 143 0.17
280 205 0.24
281 87 0.10
282 84 0.10
283 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (277 bp):
GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACTTATTGATTTGCGCGGA
TTTGGTCCTTTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAAAA
AAATGATGAAATCAAAGAAGAATCTTCCTGCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGTAATTATCT
TGAAACCACCACTTAAGATGGCAGTTTTAAGATAAAAAAAATTTATTATTTTTTATATCAAGAAC
GCCTCGTGTCAAGTCGA
Found at i:6790 original size:549 final size:550
Alignment explanation
Indices: 5536--6849 Score: 1443
Period size: 560 Copynumber: 2.4 Consensus size: 550
5526 TGAAAATATC
* **
5536 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTTAATTCTAA-AATAGTTCTTGTACTTATTGATTTGCGTTGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAG-TCTTGTACTTATTGATTTGCGAGGA
*
5600 TTTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGGAAAAAAG
65 TTTGGTCCCTTTATTTTTATTTA-TCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGA-GAAAAAA-
* * * * * *** *
5665 AAAATTGAT-AATATGAAGGAAGGATCTCCTAGCCAAATA-AGAGCTCCTCAGTCAAATGCT-AT
127 AAAAATAATGAA-ATCAAAGAAGAATCTCCTAGCCAAATACA-AGAAGCTCAGTCACATG-TAAT
* * * *
5727 TATATTGAATCCGCCGCTTAAGAAGGCAGTTTTAAAATAAAAAAAAATTATTATTTTTTTATATC
189 TATCTTGAAACCACCACTTAAGAAGGCAGTTTTAAAATAAAAAAAAATTATTATTTTTTTATATC
*
5792 AAGAACCTCGCATGTCAGAGTCGATTGAAACAAATATTATTTTAAGTAAAATTCTAAGAATAGTC
254 AAGAACCTCG-ATGTCAGAGTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAAGTAAAATTCTAAGAATAGTC
* * * * *
5857 CTTGTACTTTTTGATTTGTGCTGATTTGGTCCCTATATTTTTATTTACTCTTAATATTCTAATTG
318 CTTGTACTTATAGATTTGTGC-GATTTGCTCCCTATATTTTTATTTACTCTTAACATTCAAATTG
* * *
5922 GCGTCTTTAAGTTTGAGAAAAAAAATCGATGAAATCAAAGAAGATTCTCCCTGCCAAATAGAAGT
382 GCCTCTTTAAGTTTGAGAAAAAAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACCAAATAGAAG-
* * * * *
5987 AGGTCAGTCACATGCAATTATATTGAAACCGCAGCATAATATGGCAATTTTAAGATTAAAAAAAG
446 AGGTCAGCCACAAGCAATTATATTGAAACCCCAGCATAAGATGGCAATTTTAAGAGT-AAAAAAG
* * * * * *
6052 ATTTTATTGTTTTTATATCTAGAACGTCGCGTGTCAGTGTCGA
510 A-TTTACTATTTTTATATCAAGAACGCCACATGTCAG-GTCGA
* * * * *
6095 GTGAAACAAATATAATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCCTTGTACATATTGTTTTGTGCGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGT-CTTGTACTTATTGATTTGCGAGGA
*
6160 TTTGGT-CCTTGTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAGTTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAG
65 TTTGGTCCCTT-TATTTTTATTTA-TCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAG-AAAAA-
* * *
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126 AAAAAATAATGAAATCAAAGAAGAATC-TCCTAGCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGTAATT
* ** * * * *
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190 ATCTTGAAACCACCACTTAAGAAGGCAGTTTTAAAATAAAAAAAAATTATTATTTTTTTATATCA
*
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255 AGAA--CCTCGATGTCAGA-GTCGAGTGAAACAAATATTATTTTAAG-TAAAATTCTAAGAATAG
* * *
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316 TCCTTGTACTTATAGATTTG--TGCGATTTGCTCCCTATATTTTTATTTACTCTTAACATTCAAA
* *
6478 TTGGCCTC-TTAAGTTTGAGAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAATA-AAGAATCTCCCTACTAA
379 TTGGCCTCTTTAAGTTTGAG---AAAA-AAAATCGATGAAATCAA-AGAAGAATCTCCCTACCAA
* * * * * *
6541 ATA-CA-A-G-CAGCCACAAGTAATTATCTTGAAACCACCA-CCTAAGATGGTAGTTTTAAG-GT
439 ATAGAAGAGGTCAGCCACAAGCAATTATATTGAAACC-CCAGCATAAGATGGCAATTTTAAGAGT
*
6600 -AAAAA-A-TTACTATTTTTATATCAAGAACGCCACATGTTA-GTCGA
503 AAAAAAGATTTACTATTTTTATATCAAGAACGCCACATGTCAGGTCGA
* * *
6644 GTGAAGCAATTATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAGTAGTCATTGTACTTATTGATTTGCGAGGA
1 GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTC-TTGTACTTATTGATTTGCGAGGA
* ** **
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65 TTTGGTCCCTTTA-TTTT-TATTTATCGTAGCATTCAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAA-
* * *
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127 AAAAAT-AATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTAGCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGTAATTA
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GTGAAACAAATATTATTTTAGGTTAAATTCTAAGAATAGTCTTGTACTTATTGATTTGCGAGGAT
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ATAATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTAGCCAAATACAAGAAGCTCAGTCACATGTAATTATCTTG
AAACCACCACTTAAGAAGGCAGTTTTAAAATAAAAAAAAATTATTATTTTTTTATATCAAGAACC
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TATAGATTTGTGCGATTTGCTCCCTATATTTTTATTTACTCTTAACATTCAAATTGGCCTCTTTA
AGTTTGAGAAAAAAAATCGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACCAAATAGAAGAGGTCAGCCA
CAAGCAATTATATTGAAACCCCAGCATAAGATGGCAATTTTAAGAGTAAAAAAGATTTACTATTT
TTATATCAAGAACGCCACATGTCAGGTCGA
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**
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* *
7063 AAATTTATTTTGAATAT
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*
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* *
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1 AAATTTATTTTAAATTT
* *
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AAATTTATTTTAAATTT
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* *
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*
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AAATTTAAATTTATATAT
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* *
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*
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AATATAAATTTGATTTAAAATGTAAATTT
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*
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*
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*
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TAATAATATTTAATAA
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*
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* *
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* * *
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*
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* * *
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*
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* * *
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*** * *
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* *
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* *
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*
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*
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AAACTTCCAAAAATTACCATTTTAACCCTA
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9034 TTTTACTCTC
*
9044 AAACTTCCAAAAATCT-CGATTTTAACCCTAAAACTTCCAAAAATTATCATTTTACCCCT
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* * *
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* *
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* * ** * *** * *
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* * * *
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* *
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9387 CTTCTACTCC
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8970 CCTTGGAGGT
** * * * * * *
8980 CCCTAAACTGTCCAAAAATT-ATACTTTGACCCCCAAACTTATCCAAAATT-CCACTTTTACTCT
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*
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* * *
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1 CCCTAAACTTCCAAAAATTCCCAATTTGACCTCAAAACTTTCAAAAATTACCATTTCACCCTC-G
*
9162 AACTTCCAAAAACTCCTGATTTTAACCTTAAAACTTCCAAAAATTACCATTTTA-
65 AACTTCCAAAAA-TCCTGATTTTAACCCTAAAACTTCCAAAAATTA-CATTTTAC
* * * **
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1 CCCT-AAACTTCCAAAAATTCCCAA-TTTGACCTCAAAACTTTCAAAAATTACCATTTCACCCTC
* *
9280 GAACCTT-CAAAAATTCCAT-TTTTTAACCCCAAAAC-TCTCAAAAATTACTATTTTAC
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* * *
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9387 CTTCTACTCC
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ACTTCCAAAAATCCTGATTTTAACCCTAAAACTTCCAAAAATTACATTTTAC
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14956 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG A
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Matches are distributed among these distances:
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AAG
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*
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* *
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*
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1 AAAAA
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* *
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*
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*
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*
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15978 TTTATTATCA
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* * *
15940 AAATTT AAATGT -ATTTT AAATTT AAATTT AAGTTT AAATTT A
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Statistics
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15898 CAAGCTCCCC
* *
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* *
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* *
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Indices: 15972--16014 Score: 61
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*
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*
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Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
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Done.