genome.fa.s12328.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012328.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127330, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  243924

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3401--4576	206	5.9	202	88	2	1333	36	20	21	20	1.95
3452--4571	608	1.8	597	83	5	1485	36	20	21	20	1.95
3398--4576	411	2.9	397	84	5	1462	36	20	21	20	1.95
4955--5044	34	2.5	35	76	7	92	43	2	4	50	1.34
4955--5042	17	5.0	17	72	10	70	44	2	4	48	1.35
29769--29825	24	2.4	24	90	0	87	47	8	5	38	1.57
29781--29832	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
37851--37892	21	2.0	21	100	0	84	38	9	9	42	1.70
50695--50736	18	2.4	18	84	4	50	2	21	0	76	0.90
61114--61160	15	3.2	15	80	14	62	68	12	0	19	1.21
61205--61229	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
61270--61453	30	6.2	30	76	7	178	36	6	19	37	1.78
61299--61464	59	2.8	58	79	6	190	37	5	18	38	1.74
61271--61453	89	2.1	89	81	6	219	36	6	19	37	1.78
61270--61492	30	7.5	29	76	8	130	36	5	18	39	1.74
66947--66989	20	2.1	21	91	4	70	23	2	0	74	0.93
67083--67121	16	2.4	16	82	0	51	23	2	0	74	0.94
68212--68369	30	5.3	30	76	3	140	39	24	3	33	1.71
68429--68478	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
68562--68606	18	2.4	19	82	14	58	22	0	6	71	1.09
70167--70200	17	2.1	17	88	5	52	64	8	17	8	1.47
91230--91290	11	5.5	11	76	7	61	63	0	31	4	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91230--91288	22	2.7	22	84	5	75	64	0	30	5	1.15
91229--91266	17	2.2	17	86	9	51	65	0	31	2	1.06
95794--95818	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
97836--97866	16	1.9	16	93	0	53	9	6	35	48	1.62
103699--103912	43	5.0	42	85	4	207	28	21	10	39	1.87
103699--103912	86	2.5	86	83	4	236	28	21	10	39	1.87
103737--103925	43	4.4	43	83	4	220	29	21	12	37	1.89
108694--109004	155	2.0	155	98	0	595	31	21	23	23	1.99
113791--114230	101	4.4	101	75	9	346	35	17	18	28	1.94
114136--114314	51	3.5	51	69	12	136	34	19	18	27	1.95
114094--114317	101	2.2	101	82	1	270	35	18	17	28	1.94
117037--117083	17	2.5	20	80	20	64	21	8	4	65	1.37
117077--117134	18	2.8	20	82	12	66	20	1	5	72	1.13
118359--118504	61	2.4	62	84	4	179	39	2	1	56	1.22
119107--119165	20	2.7	23	75	22	72	49	1	0	49	1.11
128436--128502	33	2.0	33	100	0	134	50	11	0	37	1.39
133760--133843	43	2.0	43	83	4	107	70	15	5	8	1.32
142114--142153	16	2.5	17	80	19	50	30	2	5	62	1.29
142314--142343	13	2.3	13	94	0	51	23	20	6	50	1.71
147854--147927	29	2.6	29	97	0	139	24	12	16	47	1.80
148123--148165	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
150007--150032	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150508--150646	12	11.4	12	68	23	53	53	3	3	39	1.36
150518--150646	17	7.4	17	68	21	63	53	3	3	39	1.35
151932--152025	31	3.0	31	93	0	152	28	25	24	21	1.99
155485--155947	30	15.7	29	67	16	220	30	4	31	33	1.77
155478--155949	59	8.0	60	84	5	570	29	4	32	33	1.78
155478--155949	119	4.0	117	86	4	592	29	4	32	33	1.78
155478--155949	178	2.7	175	85	4	592	29	4	32	33	1.78
157241--157282	18	2.3	19	91	4	68	47	2	4	45	1.36
157913--158010	33	2.9	33	85	10	101	53	2	1	43	1.19
157934--157978	24	2.0	23	91	8	74	53	0	0	46	1.00
157914--158010	18	5.6	18	78	10	112	53	2	1	43	1.19
159605--159901	43	6.9	42	75	9	204	26	23	17	32	1.96
159690--159907	86	2.5	86	79	4	251	24	22	19	33	1.97
160175--160306	66	2.0	66	82	8	162	13	22	18	45	1.84
160515--160545	15	2.1	15	100	0	62	45	25	0	29	1.54
163534--163686	30	5.1	29	76	12	141	37	20	2	38	1.67
163513--163650	60	2.3	60	82	6	154	38	18	2	41	1.62
175116--175223	54	2.0	54	100	0	216	44	16	12	25	1.84
175562--176404	196	4.3	194	82	4	973	37	15	26	21	1.93
175566--176425	49	17.7	49	67	8	328	37	15	25	21	1.93
175562--176425	98	8.9	97	78	4	742	37	15	26	21	1.93
178197--178292	32	3.0	32	100	0	192	37	0	15	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186153--186188	18	1.9	19	88	5	56	47	0	5	47	1.25
187788--187928	39	3.5	40	80	10	162	19	22	19	38	1.94
188744--188809	27	2.4	27	100	0	132	24	18	4	53	1.63
197691--197732	21	2.0	22	85	4	59	35	2	9	52	1.47
200119--200686	43	13.2	43	82	2	656	30	28	18	22	1.97
201008--201047	21	1.9	21	89	0	62	0	40	20	40	1.52
206652--206697	19	2.4	19	92	0	83	26	2	8	63	1.35
206698--207058	41	8.9	41	79	2	278	19	28	19	32	1.96
207038--207126	40	2.2	41	79	2	99	21	26	15	35	1.94
207448--207483	17	2.1	17	94	0	63	30	13	11	44	1.79
211414--211601	30	6.3	30	83	6	204	39	1	22	36	1.61
211412--211601	60	3.2	59	84	2	247	40	1	22	36	1.61
212209--212246	20	1.9	20	84	10	51	28	5	5	60	1.40
213627--213831	50	4.1	49	75	10	166	17	28	18	35	1.93
213629--213954	149	2.2	149	83	6	403	15	31	17	35	1.92
213629--214341	99	7.4	97	74	11	432	17	30	16	34	1.92
213629--214000	49	7.5	49	82	5	356	15	30	18	35	1.92
213936--214103	84	2.0	83	97	1	318	16	31	15	35	1.90
213843--214200	182	2.0	181	80	5	393	16	31	16	35	1.91
220457--220509	24	2.2	24	82	0	61	13	18	15	52	1.74
222347--222375	15	1.9	15	100	0	58	55	3	13	27	1.55
222432--222529	29	3.4	28	81	16	87	41	1	25	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222438--222714	30	9.5	29	78	7	204	38	2	24	34	1.69
224249--224294	6	7.8	6	87	4	67	54	0	0	45	0.99
224249--224300	17	3.0	17	77	2	59	51	0	1	46	1.12
229860--230519	93	7.0	93	71	10	471	33	17	23	26	1.96
229863--230519	285	2.3	284	82	4	754	33	17	22	26	1.96
230357--230661	148	2.1	148	84	3	389	36	17	20	24	1.94
231370--231400	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
235314--235373	30	2.0	30	100	0	120	30	16	13	40	1.87
243006--243058	15	3.4	15	77	10	61	24	1	11	62	1.39

Tables:   1

The End!