genome.fa.s12333.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012333.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127335, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  238800

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76--356	29	9.6	28	71	14	183	35	30	3	30	1.73
76--403	59	5.6	59	84	3	369	35	30	3	30	1.75
90--461	117	3.2	113	76	11	340	33	29	4	31	1.79
4452--4566	49	2.3	49	83	4	142	44	15	18	21	1.87
4624--4726	45	2.3	45	81	5	120	31	16	31	21	1.95
5122--5254	44	3.0	43	81	9	142	35	22	20	21	1.96
20547--20610	24	2.7	24	92	0	101	35	4	10	48	1.59
20559--20603	14	3.5	14	74	22	53	37	6	8	46	1.61
25425--25487	27	2.4	26	82	7	74	34	17	6	41	1.75
25425--25495	25	2.8	25	75	12	72	38	16	7	38	1.76
29080--29116	19	2.0	20	89	10	60	35	0	21	43	1.53
37485--37593	40	2.7	40	89	0	182	29	18	22	29	1.97
37485--37628	40	3.6	40	83	3	175	29	18	22	29	1.97
38485--38638	71	2.2	71	81	0	182	28	17	22	31	1.96
46452--46499	20	2.5	19	83	6	60	39	43	2	14	1.57
53619--53809	95	2.0	95	100	0	382	48	7	17	26	1.73
59978--60011	18	1.9	17	88	5	50	23	11	8	55	1.63
67353--67400	17	2.8	17	75	6	53	22	12	8	56	1.63
68014--68078	4	16.8	4	85	3	53	40	3	7	49	1.47
69937--70156	78	2.8	78	79	6	230	24	17	19	38	1.93
70506--70537	12	2.7	12	100	0	64	6	40	34	18	1.76
76515--76704	39	4.9	39	69	7	118	24	18	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76477--76704	78	2.9	77	80	3	249	25	19	17	37	1.94
80152--80227	10	7.5	10	73	7	64	32	2	25	39	1.70
80151--80227	20	3.8	20	72	8	75	33	2	24	38	1.69
80151--80225	30	2.5	30	80	6	80	34	2	24	38	1.69
81411--81463	12	4.5	11	86	11	61	62	0	18	18	1.33
81419--81463	6	7.3	6	90	5	72	66	0	17	15	1.25
81419--81463	19	2.4	19	92	3	74	66	0	17	15	1.25
83968--84032	33	2.0	32	85	11	87	63	6	4	26	1.38
84669--84942	30	9.2	30	75	9	168	35	3	20	40	1.70
84669--84937	59	4.5	58	79	5	245	34	3	20	41	1.69
84713--84937	89	2.5	88	84	5	283	33	2	20	43	1.64
87971--87996	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
88489--88698	39	5.3	39	75	8	194	25	16	26	31	1.96
88490--88697	79	2.6	79	89	1	310	25	16	26	31	1.96
88779--88881	50	2.1	50	81	3	118	21	22	20	35	1.96
100337--100396	5	12.4	5	84	7	54	70	3	1	25	1.12
100318--100386	29	2.4	29	83	13	81	69	5	1	23	1.18
100409--100624	30	7.2	29	79	7	191	37	5	19	37	1.74
100442--100524	29	2.8	30	77	3	78	43	7	14	34	1.73
100409--100605	89	2.2	90	83	2	236	37	4	19	39	1.72
100503--100555	17	3.4	17	65	20	51	35	0	18	45	1.50
100409--100624	60	3.6	60	78	1	236	37	5	19	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100498--100639	30	4.8	29	82	10	101	37	2	19	40	1.67
105285--105310	7	3.7	7	100	0	52	46	15	0	38	1.46
105489--105529	21	2.0	21	90	0	64	9	39	24	26	1.86
105491--105536	21	2.2	21	84	0	56	10	36	23	28	1.89
105556--105601	21	2.2	21	84	0	56	13	39	21	26	1.90
105490--105613	65	1.9	65	94	0	221	12	36	22	29	1.90
105496--105630	65	2.1	65	88	2	200	14	36	20	28	1.92
106415--106760	32	10.8	32	87	1	460	40	16	16	26	1.89
110157--110305	55	2.7	55	90	0	226	25	7	14	53	1.66
110233--110306	18	4.0	20	66	18	52	27	6	13	52	1.65
110586--110639	29	1.9	28	85	7	74	48	3	5	42	1.44
111697--111737	7	6.0	7	97	2	75	56	0	43	0	0.99
112260--112293	9	3.7	9	92	4	50	70	2	0	26	1.01
113211--113261	20	2.7	18	84	9	57	60	5	0	33	1.21
113209--113261	19	2.7	20	80	11	65	62	5	0	32	1.19
115773--115813	19	2.2	19	86	0	55	56	12	9	21	1.65
117929--117984	25	2.3	26	84	9	73	39	1	10	48	1.49
119257--119326	34	2.1	34	94	0	122	32	20	24	22	1.97
124569--124593	8	3.1	8	100	0	50	36	0	64	0	0.94
125932--125962	8	3.8	8	95	4	53	48	3	0	48	1.17
126278--126354	32	2.4	32	86	4	102	32	9	7	50	1.63
126278--126366	32	2.8	32	77	16	96	34	7	10	47	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133574--133601	9	3.1	9	100	0	56	0	10	0	89	0.49
133573--133607	15	2.4	14	85	4	52	0	17	0	82	0.66
134010--134049	21	1.9	21	89	0	62	40	50	10	0	1.36
138601--138639	16	2.4	17	82	4	53	41	7	2	48	1.45
139811--139867	30	1.9	29	82	10	71	31	8	12	47	1.72
142365--142494	55	2.4	55	82	2	145	23	19	29	28	1.98
147069--147177	29	3.8	29	88	0	164	22	17	17	43	1.88
158343--158383	8	4.9	8	85	8	55	14	2	0	82	0.76
158339--158383	13	3.5	13	80	17	58	15	2	0	82	0.77
158342--158389	21	2.4	20	86	10	71	14	2	0	83	0.74
158842--158896	27	2.0	27	96	0	101	41	5	21	30	1.76
159899--159928	14	2.1	14	93	0	51	20	6	3	70	1.25
163442--163634	40	4.8	40	81	2	199	24	27	19	27	1.99
163452--163674	80	2.8	80	80	5	193	26	25	18	29	1.98
167066--167118	26	2.0	26	92	0	88	41	15	3	39	1.65
167071--167125	26	2.1	26	89	0	83	43	12	1	41	1.53
179377--179444	28	2.4	28	80	7	75	50	0	8	41	1.34
179781--179825	22	2.0	22	83	12	56	31	2	2	64	1.18
179828--179887	29	2.0	30	90	3	95	30	1	13	55	1.48
180030--180113	31	2.8	31	75	7	75	41	13	10	34	1.79
184531--184577	23	2.0	24	83	4	60	53	0	6	40	1.27
184528--184580	26	2.1	25	82	3	61	49	0	5	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186474--186534	20	3.1	19	75	15	61	59	0	0	40	0.98
190950--190988	19	2.2	19	86	9	55	64	7	0	28	1.21
192284--192335	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
194246--194291	24	1.9	24	90	0	74	54	6	6	32	1.52
194593--194648	28	2.0	28	86	3	78	32	17	1	48	1.58
197904--197932	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
204079--204142	17	3.8	17	87	0	92	45	1	1	51	1.20
204079--204144	6	11.5	6	70	15	50	46	1	1	50	1.20
204093--204156	23	2.8	24	79	13	64	45	1	1	51	1.20
204157--204188	15	2.2	15	94	5	57	53	18	6	21	1.67
205977--206287	29	10.6	29	79	9	326	36	28	1	32	1.68
205977--206287	58	5.3	59	85	6	382	36	28	1	32	1.68
205977--206361	58	6.6	58	81	7	343	35	29	2	33	1.69
205981--206360	29	13.0	28	74	14	290	35	28	2	33	1.69
210226--210268	19	2.3	19	83	0	50	37	2	9	51	1.47
214304--214409	25	4.2	25	80	7	106	21	16	24	37	1.93
214304--214429	25	5.0	25	79	8	94	23	16	23	37	1.94
235189--235236	20	2.4	20	89	6	71	29	37	6	27	1.81
235454--235511	20	2.9	20	79	5	64	39	25	5	29	1.77
238272--238311	20	2.0	20	90	0	62	22	37	2	37	1.68

Tables:   1

The End!