genome.fa.s12339.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012339.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127341, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  218470

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3185--3235	24	2.1	24	92	0	84	21	11	11	54	1.68
3353--3564	111	2.0	101	100	0	334	16	12	18	48	1.76
5286--5336	24	2.1	24	92	0	84	21	11	11	54	1.68
5840--5896	30	1.9	30	85	7	80	36	1	40	21	1.63
6208--6260	22	2.5	21	81	6	61	24	9	3	62	1.42
12903--12962	31	2.0	31	86	3	86	68	8	1	21	1.25
14292--14326	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
18088--18135	10	4.7	10	86	2	51	0	20	4	75	0.97
18082--18131	14	3.4	14	83	5	55	2	22	4	72	1.12
31309--31364	3	18.7	3	83	0	67	64	0	7	28	1.20
31339--31437	21	4.9	18	72	25	65	73	3	1	22	1.03
31339--31439	12	8.6	12	73	21	65	73	2	0	22	1.03
34616--34714	24	4.1	24	85	0	117	24	22	23	30	1.99
62778--62824	21	2.2	21	85	7	60	63	10	23	2	1.37
80875--80940	20	3.5	20	71	21	70	48	0	0	51	1.00
80887--80945	16	3.4	16	70	17	55	52	0	0	47	1.00
80887--80952	9	7.6	9	73	17	59	53	0	0	46	1.00
80878--80959	36	2.3	36	91	6	139	47	0	0	52	1.00
81201--81295	47	2.0	47	100	0	190	14	10	18	55	1.67
82607--82943	29	11.4	29	78	8	261	37	1	24	36	1.64
82795--82853	31	1.9	31	89	0	91	47	3	18	30	1.65
82607--82932	59	5.5	57	76	9	262	37	0	24	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84926--85316	77	5.0	78	79	2	374	27	20	28	24	1.99
85106--85198	39	2.4	39	78	3	98	27	19	30	22	1.98
84928--85331	155	2.6	156	78	3	415	27	21	26	24	1.99
87350--87374	11	2.3	11	100	0	50	20	20	8	52	1.71
97272--97634	30	12.2	30	75	8	278	36	1	25	36	1.65
97332--97634	90	3.4	88	82	5	313	36	1	25	36	1.64
99757--99924	82	2.0	82	95	2	300	57	8	13	20	1.62
100217--100243	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
102938--103032	29	3.1	29	78	15	86	38	0	0	61	0.96
124697--124729	14	2.3	15	89	5	50	63	0	21	15	1.30
150240--150308	29	2.3	29	83	11	79	49	4	10	36	1.57
151445--151521	36	2.2	34	81	9	84	57	2	2	37	1.27
151698--151936	92	2.6	90	80	9	290	35	13	15	35	1.87
151888--151965	29	2.7	29	91	0	129	33	15	16	34	1.90
152033--152083	13	4.0	13	79	2	50	37	5	19	37	1.76
152468--152509	18	2.4	18	88	4	59	28	11	11	47	1.76
158533--158570	5	7.8	5	94	5	69	81	18	0	0	0.69
161799--161855	25	2.3	24	82	8	69	38	7	0	54	1.28
161811--161861	25	2.0	25	96	0	93	41	5	0	52	1.25
162897--162928	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
162934--163021	38	2.3	38	96	1	160	30	4	48	15	1.65
168021--168061	19	2.1	19	86	9	55	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168108--168133	9	2.9	9	100	0	52	65	0	0	34	0.93
172792--172841	9	5.4	9	79	13	57	38	2	0	60	1.09
172797--172862	20	3.5	18	78	15	53	40	1	1	56	1.18
173511--173554	22	2.1	21	83	8	54	25	4	2	68	1.20
176771--176814	22	2.0	23	86	4	63	45	2	2	50	1.27
177405--177464	22	2.7	21	74	7	57	8	10	11	70	1.35
177965--178000	18	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
182769--182827	18	3.2	18	75	2	64	22	18	27	32	1.97
185573--185630	14	4.1	14	78	8	55	34	27	17	20	1.95
185619--185649	11	2.8	11	90	0	53	25	25	29	19	1.99
185619--185680	21	2.9	22	80	4	63	27	27	25	19	1.99
185728--185761	15	2.3	15	89	0	50	8	8	32	50	1.64
187871--187975	52	2.0	52	96	0	192	34	9	25	30	1.88
191955--192004	20	2.5	20	83	6	66	40	10	24	26	1.86
192174--192219	20	2.3	20	84	0	56	39	10	23	26	1.88
195267--195311	20	2.2	20	84	0	54	40	11	22	26	1.87
196907--196933	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
210692--210748	27	2.0	28	93	6	98	50	12	15	21	1.76
214238--214298	28	2.2	28	82	5	70	26	11	3	59	1.48
214300--214341	22	1.9	22	85	9	59	21	4	2	71	1.16
215041--215070	15	1.9	16	93	6	53	76	0	3	20	0.92
216345--216401	21	3.1	18	79	16	55	66	3	26	3	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216474--216550	27	2.7	27	71	13	66	58	0	32	9	1.29
216448--216682	114	2.1	114	93	3	402	60	1	31	7	1.32
216623--216779	81	1.9	83	83	11	207	61	2	30	5	1.33
216769--216827	24	2.4	24	78	13	59	61	1	28	8	1.35
217282--217361	17	4.6	17	81	7	81	41	2	3	52	1.33
217295--217361	34	2.0	34	85	11	93	43	1	4	50	1.31
218122--218175	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92

Tables:   1

The End!