Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01012341.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127343, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 16357
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.19, T:0.32


Found at i:12952 original size:36 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 12912--13086  Score: 262
    Period size: 36  Copynumber: 4.9  Consensus size: 36

      12902 GTGAAAGTGG

                   *              *             
      12912 ATATGTGAGTATGTTATTCATGCCATGTGACAGTAA
          1 ATATGTGGGTATGTTATTCATGTCATGTGACAGTAA

                                  *    *  *     
      12948 ATATGT-GGTATGTTATTCATGCCATGAGATAGTAA
          1 ATATGTGGGTATGTTATTCATGTCATGTGACAGTAA

                                                
      12983 ATATGTGGGTATGTTATTCATGTCATGTGACAGTAA
          1 ATATGTGGGTATGTTATTCATGTCATGTGACAGTAA

                *                      *        
      13019 ATATTTGGGTATGTTATTCATGTCATGAGACAGTAA
          1 ATATGTGGGTATGTTATTCATGTCATGTGACAGTAA

                *                *          
      13055 ATATATGGGTATGTTATTCATTTCATGTGACA
          1 ATATGTGGGTATGTTATTCATGTCATGTGACA

      13087 ATGAATATAT


Statistics
Matches: 127,  Mismatches: 11, Indels: 2
        0.91            0.08        0.01

Matches are distributed among these distances:
  35   32  0.25
  36   95  0.75

ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.22, T:0.39


Consensus pattern (36 bp):   
ATATGTGGGTATGTTATTCATGTCATGTGACAGTAA

Found at i:13451 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 13421--13490  Score: 115
    Period size: 23  Copynumber: 3.0  Consensus size: 23

      13411 ATTAAATGTG

                               *   
      13421 TTAAAAGTTAATGTGATTTTTGC
          1 TTAAAAGTTAATGTGATTTATGC

                                    
      13444 TTAAAAG-TATATGTGATTTATGC
          1 TTAAAAGTTA-ATGTGATTTATGC

                                   
      13467 TTAAAAGTTAATGTGATTTATGC
          1 TTAAAAGTTAATGTGATTTATGC

             
      13490 T
          1 T

      13491 CAAATGAGAA


Statistics
Matches: 44,  Mismatches: 1, Indels: 4
        0.90            0.02        0.08

Matches are distributed among these distances:
  22    2  0.05
  23   40  0.91
  24    2  0.05

ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.17, T:0.46


Consensus pattern (23 bp):   
TTAAAAGTTAATGTGATTTATGC

Found at i:13502 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 13430--13507  Score: 77
    Period size: 23  Copynumber: 3.4  Consensus size: 23

      13420 GTTAAAAGTT

                      *    *        
      13430 AATGTGATTTTTGCTTAAAAGTA-
          1 AATGTGATTTATGCTCAAAAG-AG

            *              *     **
      13453 TATGTGATTTATGCTTAAAAGTT
          1 AATGTGATTTATGCTCAAAAGAG

                               *   
      13476 AATGTGATTTATGCTCAAATGAG
          1 AATGTGATTTATGCTCAAAAGAG

                     
      13499 AATGTGATT
          1 AATGTGATT

      13508 AATGTGTAAA


Statistics
Matches: 46,  Mismatches: 8, Indels: 2
        0.82            0.14        0.04

Matches are distributed among these distances:
  23   46  1.00

ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.19, T:0.42


Consensus pattern (23 bp):   
AATGTGATTTATGCTCAAAAGAG
Done.