Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01012343.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127345, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 918

Length: 1531
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.11, T:0.36


Found at i:839 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 817--931  Score: 140
    Period size: 17  Copynumber: 6.4  Consensus size: 17

        807 CAATCTTTAA

                             
        817 TTAAATTTATTTTAAAT
          1 TTAAATTTATTTTAAAT

                             
        834 TTAAATTTATTTTAAAT
          1 TTAAATTTATTTTAAAT

                                   
        851 TTAAATTTATTTTAAGTTTGAAT
          1 TTAAATTTATTTT-A-----AAT

                             
        874 TTAAATTTATTTTAAAT
          1 TTAAATTTATTTTAAAT

             *       *      *
        891 TCAAATTTAATTTAAAC
          1 TTAAATTTATTTTAAAT

             *               
        908 TAAAATTTATTTTAAAT
          1 TTAAATTTATTTTAAAT

                   
        925 TTAAATT
          1 TTAAATT

        932 GAAGATTGAA


Statistics
Matches: 85,  Mismatches: 7, Indels: 12
        0.82            0.07        0.12

Matches are distributed among these distances:
  17   67  0.79
  18    1  0.01
  22    1  0.01
  23   16  0.19

ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.02, T:0.55


Consensus pattern (17 bp):   
TTAAATTTATTTTAAAT

Found at i:857 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 844--904  Score: 88
    Period size: 23  Copynumber: 2.7  Consensus size: 23

        834 TTAAATTTAT

                                  *
        844 TTTAAATTTAAATTTATTTTAAG
          1 TTTAAATTTAAATTTATTTTAAA

               *                   
        867 TTTGAATTTAAATTTATTTTAAA
          1 TTTAAATTTAAATTTATTTTAAA

              *             
        890 TTCAAATTT-AATTTA
          1 TTTAAATTTAAATTTA

        905 AACTAAAATT


Statistics
Matches: 34,  Mismatches: 4, Indels: 1
        0.87            0.10        0.03

Matches are distributed among these distances:
  22    6  0.18
  23   28  0.82

ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.03, T:0.56


Consensus pattern (23 bp):   
TTTAAATTTAAATTTATTTTAAA

Found at i:878 original size:57 final size:57

Alignment explanation


    Indices: 817--931  Score: 176
    Period size: 57  Copynumber: 2.0  Consensus size: 57

        807 CAATCTTTAA

                              *       *      * *             *   *   
        817 TTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTTAAGTTTGAAT
          1 TTAAATTTATTTTAAATTCAAATTTAATTTAAACTAAAATTTATTTTAAATTTAAAT

                                                                     
        874 TTAAATTTATTTTAAATTCAAATTTAATTTAAACTAAAATTTATTTTAAATTTAAAT
          1 TTAAATTTATTTTAAATTCAAATTTAATTTAAACTAAAATTTATTTTAAATTTAAAT

             
        931 T
          1 T

        932 GAAGATTGAA


Statistics
Matches: 52,  Mismatches: 6, Indels: 0
        0.90            0.10        0.00

Matches are distributed among these distances:
  57   52  1.00

ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.02, T:0.55


Consensus pattern (57 bp):   
TTAAATTTATTTTAAATTCAAATTTAATTTAAACTAAAATTTATTTTAAATTTAAAT

Found at i:915 original size:40 final size:40

Alignment explanation


    Indices: 830--916  Score: 120
    Period size: 40  Copynumber: 2.2  Consensus size: 40

        820 AATTTATTTT

                                  *       *     ** *
        830 AAATTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTTAAGTTT
          1 AAATTTAAATTTATTTTAAATTCAAATTTAATTTAAACTA

            *                                       
        870 GAATTTAAATTTATTTTAAATTCAAATTTAATTTAAACTA
          1 AAATTTAAATTTATTTTAAATTCAAATTTAATTTAAACTA

                   
        910 AAATTTA
          1 AAATTTA

        917 TTTTAAATTT


Statistics
Matches: 40,  Mismatches: 7, Indels: 0
        0.85            0.15        0.00

Matches are distributed among these distances:
  40   40  1.00

ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.02, T:0.52


Consensus pattern (40 bp):   
AAATTTAAATTTATTTTAAATTCAAATTTAATTTAAACTA
Done.