Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000124.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_110769, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1708
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.23, T:0.30
Found at i:460 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 421--765 Score: 220
Period size: 30 Copynumber: 11.7 Consensus size: 29
411 AAAATGGTCG
421 GGGGTAAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
* * ** *
450 GGGGTCAAAAT-GAAATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
*
479 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGAATC
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
* ** *
508 AGGGTCAAAAATGG-AATTTTAGGAAGTTTAG
1 GGGGT--AAAATGGTAATTTTAGGAAGAAT-C
*
539 GGGGTAAAATAGTAATTTTTAGGAAGAATC
1 GGGGTAAAATGGTAA-TTTTAGGAAGAATC
* * ** *
569 GTGTTCAAAAATGG-AATTTTAGGAAGTTTA
1 GGGGT--AAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
* * *
599 GGGGTAAAATGGT-ATTTTTGGAAAAATT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
* * ** *
627 AGGGTCAAAAATGG-AATTTTGGGAAGTTTA
1 GGGGT--AAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
*
657 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGGAAGAATC
1 GGGGTAAAATGGTAA-TTTTAGGAAGAATC
* * *
687 GAGGTTAAAAATGG-AATTTTTGGAAG-TTC
1 G-GGGT-AAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
* *
716 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATC
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
*
746 GAGGTCAAAAATGG-AATTTT
1 GGGGT--AAAATGGTAATTTT
766 TGAAAGTTCA
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 50, Indels: 41
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
28 40 0.16
29 69 0.28
30 87 0.36
31 36 0.15
32 13 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (29 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTAGGAAGAATC
Found at i:780 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 422--974 Score: 559
Period size: 59 Copynumber: 9.4 Consensus size: 59
412 AAATGGTCGG
* * * * **
422 GGGTAAAATGGTAATTTTAGGAAGAATCGGGGTC-AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * * *
480 GGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGAATC-AGGGTCAAAAATGGAATTTTAGGAAGTTTAGG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTA-A
* * * * * *
540 GGGTAAAATAGTAATTTTTAGGAAGAATCGTGTTCAAAAATGGAATTTTAGGAAGTTTAG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GGAAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * *
600 GGGTAAAATGGT-ATTTTTGGAAAAAT-TAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGGAAGTTTAG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * **
658 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGGAAGAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GGAAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* *
718 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGAAAGTTCAA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * * * *
777 GGGTGAAATGGTAATTTTTAGAAAAATCAAGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * * * * **
836 GGGTAAAATGGTATTTTTTGGAAAAATCGAGCTCAAAAA-AGAAATTTGGGAAGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
** * * *
894 GGGTAAAAAT-GTAA-TTTTGGAAAGTTCGGGGGTCAAAATAT--AATTTTGGAGAAGATTAA
1 GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATC-GAGGTCAAAA-ATGGAATTTTTG-GAAGTTTAA
*
953 GGGTCAAAAT-ATAATTTTTGGA
1 GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGA
975 CAATTTAGGG
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 54, Indels: 28
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 11 0.03
58 114 0.27
59 177 0.42
60 87 0.20
61 37 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (59 bp):
GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
Found at i:792 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 576--932 Score: 168
Period size: 29 Copynumber: 12.2 Consensus size: 28
566 ATCGTGTTCA
* * *
576 AAAATGGAATTTTAGGAAGTT-TAGGGGT
1 AAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGA-GGGT
* *
604 AAAATGGTATTTTTGGAAAAATT--AGGGT
1 AAAATGGAATTTTT-G-AAAGTTCGAGGGT
* * *
632 CAAAAATGGAATTTTGGGAAGTT-TAGGGGT
1 --AAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGA-GGGT
* * *
662 AAAATGGTAATTTTTGGGAAGAATCGAGGTT
1 AAAATGG-AATTTTT-GAAAG-TTCGAGGGT
*
693 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 -AAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
**
722 AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGA-GGT
1 AAAATGG-AATTTTT-GAAAGTTCGAGGGT
*
751 CAAAAATGGAATTTTTGAAAGTTCAAGGGT
1 --AAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
* ** * *
781 GAAATGGTAATTTTTAGAAAAATCAAGGTT
1 AAAATGG-AATTTTT-GAAAGTTCGAGGGT
* *
811 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 -AAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
* ** *
840 AAAATGGTATTTTTTGGAAAAATCGA-GCT
1 AAAATGG-AATTTTT-GAAAGTTCGAGGGT
** * * *
869 CAAAAAAGAAATTTGGGAAGTTCGAGGGT
1 -AAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
* * *
898 AAAAATGTAATTTTGGAAAGTTCGGGGGT
1 -AAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
927 CAAAAT
1 -AAAAT
933 ATAATTTTGG
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 54, Indels: 45
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
28 54 0.21
29 90 0.36
30 76 0.30
31 24 0.10
32 8 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (28 bp):
AAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
Found at i:937 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 880--970 Score: 112
Period size: 29 Copynumber: 3.1 Consensus size: 29
870 AAAAAAGAAA
* * *
880 TTTGGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAAT
1 TTTGGAAAGTTCGAGGGTCAAAATATAAT
*
909 TTTGGAAAGTTCGGGGGTCAAAATATAAT
1 TTTGGAAAGTTCGAGGGTCAAAATATAAT
*
938 TTTGGAGAAGATT-AAGGGTCAAAATATAAT
1 TTTGGA-AAG-TTCGAGGGTCAAAATATAAT
968 TTT
1 TTT
971 TGGACAATTT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 3
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 31 0.57
30 21 0.39
31 2 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
TTTGGAAAGTTCGAGGGTCAAAATATAAT
Done.