genome.fa.s12415.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012415.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127419, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  235286

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2883--2943	29	2.0	28	81	12	68	13	4	49	32	1.63
6200--6295	29	3.3	29	76	4	104	45	22	9	21	1.80
6187--6258	17	4.5	17	73	16	64	44	26	8	20	1.80
6200--6317	29	4.1	29	75	4	103	44	22	10	23	1.83
9698--9739	17	2.5	17	88	0	57	40	21	14	23	1.90
9786--9832	17	3.1	17	74	25	59	38	12	17	31	1.87
9719--9830	29	3.9	29	75	1	109	41	16	13	27	1.86
20350--20388	15	2.5	16	88	12	55	2	20	0	76	0.90
20350--20388	8	5.0	8	82	17	55	2	20	0	76	0.90
22025--22469	194	2.3	192	78	8	454	26	25	19	27	1.99
40730--40788	18	3.4	17	79	11	57	37	0	15	47	1.45
54692--54848	80	2.0	79	92	1	260	29	14	19	35	1.92
58270--58420	80	1.9	80	97	0	284	27	13	23	35	1.93
58863--58989	48	2.6	48	87	0	182	50	13	10	25	1.73
75267--75310	10	4.3	11	81	18	51	0	18	0	81	0.68
75267--75312	11	4.3	10	81	13	56	0	17	0	82	0.67
79880--79924	23	2.0	23	100	0	90	48	17	4	28	1.66
80281--80372	36	3.0	28	74	23	87	26	27	13	33	1.93
80281--80334	28	1.9	29	85	14	78	25	27	12	33	1.93
90018--90067	24	2.1	24	88	3	75	24	10	10	56	1.63
90029--90079	24	2.1	24	85	0	66	23	13	11	50	1.74
96452--96500	26	1.9	25	83	4	62	28	32	8	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96881--96923	20	2.2	20	84	12	54	55	13	9	20	1.66
112249--112294	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
113298--113329	16	2.0	16	93	0	55	3	12	0	84	0.74
114243--114295	5	9.8	5	80	15	61	73	0	3	22	0.99
114243--114294	27	1.9	27	88	7	79	73	0	3	23	1.00
114304--114358	19	3.0	19	71	17	53	23	7	1	67	1.26
119839--119888	14	3.6	13	80	20	57	68	0	4	28	1.08
120951--120996	24	1.9	23	86	8	65	54	4	4	36	1.40
121062--121095	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
121463--121550	42	2.1	42	89	0	131	32	26	3	37	1.73
123187--123217	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
127013--127068	21	2.7	21	94	2	96	42	3	0	53	1.18
129050--129148	19	5.2	20	63	18	59	58	3	2	36	1.25
129923--130067	48	3.0	48	83	4	193	26	7	13	52	1.67
130898--130953	20	2.5	24	78	16	68	46	1	5	46	1.36
137652--137776	36	3.5	36	89	0	187	28	8	25	36	1.86
138019--138158	68	2.1	68	87	0	199	22	11	25	40	1.87
138250--138298	20	2.5	20	83	6	64	28	4	18	48	1.66
138240--138298	10	5.9	10	75	0	55	30	3	18	47	1.65
138312--138656	23	15.0	23	85	1	413	33	4	14	46	1.66
145009--145322	29	10.8	28	67	16	113	36	3	24	35	1.72
145006--145179	58	2.9	58	85	4	233	35	4	26	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145077--145266	87	2.2	87	83	3	231	38	2	22	36	1.68
145130--145325	58	3.4	57	78	9	200	39	2	22	36	1.66
145130--145359	29	7.9	28	73	13	171	40	1	21	36	1.64
145891--145918	9	3.1	9	100	0	56	10	46	0	42	1.38
146467--146501	3	11.7	3	93	0	61	34	0	2	62	1.10
147692--147726	18	1.9	18	88	0	52	60	2	14	22	1.48
149287--149347	25	2.5	24	84	7	77	63	1	1	32	1.13
150043--150100	28	2.0	29	87	9	84	53	10	1	34	1.45
156086--156116	16	1.9	16	93	0	53	58	6	3	32	1.40
157899--157942	22	2.0	22	100	0	88	18	45	4	31	1.69
161117--161177	20	3.0	20	73	0	59	42	24	18	14	1.88
161112--161193	40	2.0	40	83	0	101	40	21	19	18	1.92
161116--161202	40	2.2	39	79	6	93	42	24	18	14	1.88
161129--161310	60	3.0	59	77	1	202	39	21	18	19	1.92
161127--161297	20	8.6	20	65	12	64	39	22	19	18	1.93
169745--169855	50	2.2	49	79	9	125	27	18	20	33	1.96
169766--169849	25	3.4	25	86	3	107	25	21	21	32	1.98
169738--169868	25	5.2	25	78	9	99	23	19	21	35	1.96
169838--169902	25	2.6	25	75	7	60	15	15	30	38	1.88
171766--171811	15	2.9	16	87	12	60	56	0	0	43	0.99
172606--172654	20	2.4	20	76	10	55	30	16	2	51	1.56
173358--173399	18	2.3	18	95	0	75	64	14	2	19	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173523--173564	17	2.4	18	81	18	54	64	7	9	19	1.46
173574--173833	109	2.4	109	88	2	378	25	15	10	48	1.77
174281--174315	18	1.9	18	88	0	52	14	25	40	20	1.90
175802--175839	19	2.1	19	85	5	51	34	0	5	60	1.19
175808--175854	19	2.4	19	85	3	58	34	0	8	57	1.29
176004--176048	19	2.4	20	75	14	51	42	6	4	46	1.50
176284--176317	14	2.4	14	85	0	50	23	8	23	44	1.81
182757--183047	43	6.9	41	69	16	141	35	17	19	26	1.94
182742--183054	84	3.7	84	78	4	306	36	17	18	26	1.94
183794--183875	25	3.3	26	79	6	80	32	21	21	23	1.98
185941--186016	10	7.6	10	77	16	61	30	1	5	63	1.25
185941--186017	29	2.6	29	83	8	84	31	1	5	62	1.25
186570--186638	28	2.4	30	80	4	79	44	0	7	47	1.30
187597--187645	25	1.9	26	83	4	64	48	4	10	36	1.56
195468--195496	10	3.0	10	95	5	51	37	0	0	62	0.96
198150--198183	17	1.9	18	88	5	52	29	5	26	38	1.80
203362--203401	17	2.4	17	86	0	53	15	17	25	42	1.88
205178--205370	96	2.0	97	82	5	239	38	12	19	30	1.88
205673--205799	59	2.2	58	80	7	148	41	8	19	29	1.81
205730--205825	29	3.3	29	72	20	92	37	5	21	35	1.76
205691--205823	58	2.3	59	84	3	162	42	6	18	33	1.74
205859--206097	29	8.1	30	80	8	249	33	2	26	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205866--206099	59	4.0	59	85	3	301	34	2	26	37	1.70
207015--207081	15	4.5	15	77	7	73	35	1	4	58	1.28
208444--208519	6	12.5	6	75	15	59	0	13	3	82	0.79
208444--208519	15	5.0	15	77	16	77	0	13	3	82	0.79
208444--208514	7	10.3	7	75	11	58	0	12	4	83	0.79
208444--208519	13	5.7	13	80	7	64	0	13	3	82	0.79
209372--209405	12	2.8	12	90	4	50	2	11	5	79	1.02
214075--214300	29	7.7	29	66	20	89	37	5	25	30	1.79
214105--214300	59	3.3	57	80	11	200	38	6	24	31	1.80
214194--214366	59	2.9	58	80	10	156	36	6	24	32	1.81
214277--214601	30	11.0	29	76	14	265	36	4	23	35	1.76
214277--214599	59	5.5	58	81	10	347	36	4	22	35	1.76
215535--215595	15	4.1	15	77	8	70	37	1	4	55	1.31
216386--216469	6	14.7	6	78	9	86	53	2	0	44	1.13
216376--216454	23	3.5	22	82	6	86	51	2	1	44	1.23
216388--216468	11	7.2	11	79	5	72	53	2	0	44	1.14
216388--216469	17	4.8	17	86	0	92	53	2	0	43	1.13
216605--216668	17	3.4	17	69	22	56	9	28	4	57	1.50
216596--216676	40	2.0	40	100	0	162	13	27	4	54	1.59
216663--216689	14	1.9	14	100	0	54	3	22	7	66	1.33
219271--219313	22	2.0	22	85	0	59	44	11	0	44	1.40
223535--223605	19	3.7	19	85	9	83	57	4	1	36	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224021--224061	21	2.0	21	90	9	66	53	9	12	24	1.68
224206--224255	25	2.0	25	96	0	91	46	8	6	40	1.58
224491--224570	24	3.1	25	75	10	63	36	2	1	60	1.18
224497--224547	21	2.3	21	86	10	66	37	0	0	62	0.95
227237--227293	24	2.4	24	82	2	71	54	8	3	33	1.48
231615--231667	24	2.2	24	89	0	79	56	9	1	32	1.42
233014--233059	19	2.5	18	82	3	56	54	6	2	36	1.39

Tables:   1

The End!