Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01012454.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127458, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:579 original size:216 final size:214
Alignment explanation
Indices: 4--998 Score: 988
Period size: 213 Copynumber: 4.6 Consensus size: 214
1 ATT
* * * * * *
4 CATTCCTTCGAGTAATTTTCCAAACATTCCTTGCTCAAG-AAATCGCATCATTTGGTCTGAATAT
1 CATTCCTTAGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTC-GGCAAATCGCATCATTTGGTC--AA-AT
* ** *
68 ATTT-TCGTTTTGTAAAC-GAGTTTTGGTCGTTGTATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
62 ATTTGTCATTTTGTAAACAG-GTTTTGGTATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * ** * * **
131 CTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTACTACAAGTTATTTTTTAACTTTGG
126 CCCTCTTTGTTCTTGGACGAACATCTGAGCTGGTCAAACTTCTACAAGTTATTTGATAACTTTGG
*
196 TTCC-CTAAAGCATTCAATAAAATC
191 ATCCTC-AAAGCATTCAATAAAATC
* * * * * *
220 CATTCCTTAGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAA-ATAT
1 CATTCCTTAGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGCAAATCGCATCATTTGGTCAAATATTT
* * * * *
284 GTTATTTTGTAAACAAGTTTT-GAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCC
66 GTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGTA-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC-CC
* * * ** * * * *
348 -CTCTGTACTTGGACGAACTTCTGAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTCGGATC
129 TCTTTGTTCTTGGACGAACATCTGAGCTGGTCAAACTTCTACAAGTTATTTGATAACTTTGGATC
* * **
412 CTCAAAGTATTCAAGATGATC
194 CTCAAAGCATTCAATAAAATC
* * * *
433 TATTCTTTCA-AGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAGATCGCATCATTTGGTCAAAGTAG
1 CATTCCTT-AGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGCAAATCGCATCATTTGGTCAAA-TA-
* *
497 TTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTATTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCC
63 TTTGTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGTATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCC
* * ** *
562 CTCTTTGTTTTTGGACGAACATC-CAGACTGGTCAAACTTCTACAAGTTATTTTTTAACTTTGGT
128 CTCTTTGTTCTTGGACGAACATCTGAG-CTGGTCAAACTTCTACAAGTTATTTGATAACTTTGGA
* *
626 TCCTTAAAGCATTCAACAAAATC
192 TCCTCAAAGCATTCAATAAAATC
* * * * * *
649 CATTCCTTAGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAA-ATAT
1 CATTCCTTAGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGCAAATCGCATCATTTGGTCAAATATTT
* * * *
713 GTCATTTTGTAAACAAGTTTT-GAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCC
66 GTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGTA-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC-CC
* * * * * * * * *
777 -CTCTATTCTTGGATGAACTTCTGAGCTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTTGGATT
129 TCTTTGTTCTTGGACGAACATCTGAGCTGGTCAAACTTCTACAAGTTATTTGATAACTTTGGATC
* **
841 CTCAAAGTATTCAATACGATC
194 CTCAAAGCATTCAATAAAATC
* * * * *
862 GATTCTTTCGAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAGATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGT
1 CATTCCTTAGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGCAAATCGCATCATTTGGTCAAA-TA-T
* * *
927 TTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC
64 TTGTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGTATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCCC
992 TCTTTGT
129 TCTTTGT
999 CTCTATACAA
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 133, Indels: 44
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
212 6 0.01
213 327 0.52
214 10 0.02
215 9 0.01
216 269 0.43
217 3 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (214 bp):
CATTCCTTAGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGCAAATCGCATCATTTGGTCAAATATTT
GTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGTATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCCCTC
TTTGTTCTTGGACGAACATCTGAGCTGGTCAAACTTCTACAAGTTATTTGATAACTTTGGATCCT
CAAAGCATTCAATAAAATC
Found at i:847 original size:429 final size:429
Alignment explanation
Indices: 45--4118 Score: 1985
Period size: 431 Copynumber: 9.3 Consensus size: 429
35 TGCTCAAGAA
* * * *
45 ATCGCATCATTTGGTCTGAATA-TA-TTT-TCGTTTTGTAAAC-GAGTTTTGGTCGTTGTATTAA
1 ATCGCATCATTTGGTC--AA-AGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAG-GTTTTGGTCTTTGAATTAA
106 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACT
62 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACT
*
171 ACTACAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAATAAAATCCATTCCTTAGAGCAAT
127 ACTACAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAAT
*
236 TTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAAATATGTTATTTTGTAAACAAG
192 TTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAAATATGTCATTTTGTAAACAAG
*
301 TTTTGAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTGTACTTGGACGAAC
257 TTTTGAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATACTTGGACGAAC
*
366 TTCTGAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTCGGATCCTCAAAGTATTCAAGATGA
322 TTCTGAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTCGGATCCTCAAAGTATTCAAGACGA
*
431 TCTATTCTTTCAAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
387 TCGATTCTTTCAAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
*
474 ATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTATTTGAATTAAAAAC
1 ATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * *
539 TTATTTACATGAGAATTGTTTCCCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAGACTGGTCAAACTTCTA
66 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTACTA
*
604 CAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCTTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
131 CAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
669 CGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAAATATGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
196 CGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAAATATGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
* *
734 GAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATTCTTGGATGAACTTCT
261 GAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATACTTGGACGAACTTCT
* * * *
799 GAGCTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTTGGATTCTCAAAGTATTCAATACGATCGA
326 GAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTCGGATCCTCAAAGTATTCAAGACGATCGA
*
864 TTCTTTCGAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
391 TTCTTTCAAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
903 ATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
1 ATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * ** * * * ** * **
968 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTCTATACAAACTTTCGTACTTGTCAAACTTTTA
66 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTACTA
** * * * * ***
1033 TGAGTTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTGCT-CTTGGATGAA-CTTTCGAAC-TTGT-CA
131 CAAGTTATTT---T-----TTA---A-CT-TTGGTTCCCT--A--AAGCATTC-AACAAAATCCA
** * ** * *** * * *
1094 AACATTCACGAGTTATTCTTT--AAC-TT-CA-GTTCCCTAAA---C-T-ATTC-AACAAGATCC
178 TTCCTT-A-GAGCAATT-TTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAAAT--
* * * * * * * * *
1148 AT-TC-CTTTG--AGCAATTTTTCGAATTTTTCGTACTTGGGAA-ATCACATCATTT-GGTCAAA
238 ATGTCATTTTGTAAACAAGTTTT-GAA-CTTT-G-AATT---AAGA--AC-TTATTTATGTGAGA
* ** * * * * * * * *
1207 ATAGTTTCTCATTTTGTAAACAAGTTTTTGTCTTTGAA-TTAAAAACTTA-TTTACGTGAGAATT
293 ATTGTTTCTC--CCTCTATAC-----TTGGAC---GAACTT-----CTGAGCTT-C-TCA-AACT
* ** * * ** * * * **
1270 GTTTCTCTCTTTTCCTTTGTACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACATGTTATTTTTTAACT
340 -TTT-ACT-AGTT-CTTTG-A-TAAC-TTCGGA-TCCTCAAAGTATT-CAAG--A-----CGA--
* * * *
1335 TCGTTTCCCTAAAGTATTCAA-CACGATTCATTCCTTAGAGCAATTTC-TCGAACATTCCATGCT
387 TCGATT--C-----T-TTCAAGCA--A-T--TT--TTCGAAC-ATTTCAT-G--C--T-C--G-G
1398 CAGG
427 CA-G
* * * **
1402 AAATCGCATCATTTGGTCTAAA-TAATTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGCACTTTGAATTAAA
1 --ATCGCATCATTTGGTC-AAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAA
* * * * * * *
1466 AACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGG-CAAACTTTCGAACTTGTCAAACTT
63 AACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTA
* * ** * * *
1530 TTACGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATT
128 CTACAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATT
* ** * * *** * * * * **
1595 TTTCGAATATTCCAACCTTGGGAAATCATTTCATTTGGTCAAAATAGTTTTTCATTTTGTATCCA
193 TTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAAATA---TGTCATTTTGTAAACA
* * * * * * * *
1660 AGTTTT-AGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCCTGGACG
255 AGTTTTGA-ACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATACTTGGACG
* * * * * *
1724 AACTT-TCAAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGAATTCAAG
319 AACTTCT-GAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTCGGATCCTCAAAGTATTCAAG
* ** * * *
1788 ACGATCCATTCTTTTGACCAATTTTTCAAACATTTCATGCTCGGGAG
383 ACGATCGATTCTTTCAAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
* * * *
1835 ATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
1 ATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * * * * * * * **
1900 TTATTTACCTGAGAATTATTTCTCTCTTTGTCTATGTACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
66 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTACTA
* * * * * * *
1965 CGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCATTTTTT
131 CAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
* * * * * * *
2030 TGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGT
196 CGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATC-AAA-A-TATGTCATTTTGTAAACAAGT
* * * * * * * *
2095 TTTTATCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTGCTTC-CCTCTTTGTTCTTGGATGAAC
258 TTTGAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCC-CTCTATACTTGGACGAAC
* * * * ** * ** * * * *
2159 TT-TCGAACTTGTCAAAGTTTCAAGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCC-CTAAAGTATTCAACAA
322 TTCT-GAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTCGGATCCTC-AAAGTATTCAAGAC
* * * * * * * * *
2222 GATCCATTCCTTT-GAGCAATTTTCCGAATATTCCATCCTTGGGAA
385 GATCGATT-CTTTCAAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
** * ** *
2267 ATCGTTTCATTTGGTCAAA-TAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
1 ATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * * * **
2331 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
66 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTACTA
* * * * * * * * ** * * * *
2396 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCTTTCGACCAATTTTT
131 CAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
* * * * * * * ** * * *
2461 -TAATCATTTCATGCTCGAGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
196 CGAA-CATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATC-AA--AATATGTCATTTTGTAAACAAG
** ** * * * * *
2525 TTTTGGTCTTTGAATTGAA-AACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-CTTTGTACAA
257 TTTTGAACTTTGAATT-AAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATAC-TTGGACGA
* * * *
2588 ACTT-TCGAAC-TGTCAAACTTTTACGAGTTACGTTT--TAACTTCGGTTCC-CTAAAGTATTCA
320 ACTTCT-GAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTT-C-TTTGATAACTTCGGATCCTC-AAAGTATTCA
* * * * * * * * ** * * *
2648 ACAAGATCCATTCCTTT-GAGTAATTTTCCGAATATTCCACCCTTGGGAA
381 AGACGATCGATT-CTTTCAAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
* ** * * ** *
2697 ATAGTGTCATTTGGTCTAAA-TAGTTTTTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAA
1 ATCGCATCATTTGGTC-AAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAA
* * * * * **
2761 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCACTTTCTTCTTGGACGAACTTTCAAACCT-GTCAAACTTT
65 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAA-CTGGTCAAACTAC
* * * * * * * ** * * *
2825 TACTAGTTATTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTCGACCAATTT
129 TACAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTT
** * * * * * ** * * *
2890 TTTAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAA
194 TTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATC-AA--AATATGTCATTTTGTAAACAA
** * * * * *
2955 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTAT-CTTTGTACGA
256 GTTTTGAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATAC-TTGGACGA
* * * * *
3019 ACTT-TCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTACTTT-TTAACTTC-GATTCC-CTGAAGTATTCA
320 ACTTCT-GAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTT-CTTTGATAACTTCGGA-TCCTC-AAAGTATTCA
* * * * * * * *
3080 ACAAGATCTATTC-CTCTGAGCAA-TTTTCTGAACATTCCATGCTCGGGAA
381 AGACGATCGATTCTTTC-AAGCAATTTTTC-GAACATTTCATGCTCGGCAG
* * * *
3129 ATCGCATAATTTGGTCTAAA-TAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTTGTCTTTGAATTAAAAA
1 ATCGCATCATTTGGTC-AAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAA
* * * * * * **
3193 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTCTGTACGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTT
65 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTACT
* * * * * * * ** * *
3258 ACTAGTTCTTTTATAACTTTGGGTTCCTTCAAGTATTCAAGACGATCCATTGCTTCA-TGCAA-T
130 ACAAGTTATTTTTTAACTTT-GGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTT-AGAGCAATT
* * * * * * * * *
3321 TTTCTGAACATTCCGTGCTCGGGAAATCGTATTATTTGGTCTAAATAATTTGTCATTTTGGCAAA
193 TTTC-GAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATC--AA-AATATGTCATTTT-GTAAA
* * * * * * *
3386 CAAGTTTTGCACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGAC
253 CAAGTTTTGAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATACTTGGAC
* * * * * * ** * *
3451 GAACTT-TCGAACTTGTGAATCTTTTACGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCC-CTAAAGTATTCA
318 GAACTTCT-GAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTCGGATCCTC-AAAGTATTCA
* * * * * * * * * *
3514 ACAAGATCCATTCCTTT-GAGCAA-TTTTCTGAATATTCCATCCTTGGGAA
381 AGACGATCGATT-CTTTCAAGCAATTTTTC-GAACATTTCATGCTCGGCAG
** * ** * *
3563 ATCGTTTCATTTGGTCAAA-TAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAT
1 ATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * * * **
3627 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
66 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTACTA
* * * * * * * * ** * * * *
3692 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCTATTCTTTCGACCAATTTTT
131 CAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
* * * * * * * ** * * *
3757 -TAATCATTTCATGCTCGAGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
196 CGAA-CATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATC-AA--AATATGTCATTTTGTAAACAAG
** * ** * * * * *
3821 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-CTTTGTACAAA
257 TTTTGAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATAC-TTGGACGAA
* ** * * * * *
3885 CTT-TCGAAC-AGTCAAACATTTACGAGTTACTTT-TTAACTTCGGTTCC-CTAAAGTATTCAAC
321 CTTCT-GAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTT-CTTTGATAACTTCGGATCCTC-AAAGTATTCAAG
* * * * * * * ** * * *
3946 AAGATCCATTCCTTT-GAGTAATTTTCCGAATATTCCACCCTTGGGAA
383 ACGATCGATT-CTTTCAAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
* ** * ** *
3993 ATAGTGTCATTTGGTCTAAA-TAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAA
1 ATCGCATCATTTGGTC-AAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAA
* * * * *
4057 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCACTTTCTTCTTGGACGAACTTTCAAACCT-GTCAAACT
65 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAA-CTGGTCAAACT
4119 TTTACTAGTT
Statistics
Matches: 3057, Mismatches: 409, Indels: 356
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
426 1 0.00
427 4 0.00
428 3 0.00
429 518 0.17
430 206 0.07
431 842 0.28
432 577 0.19
433 222 0.07
434 176 0.06
435 18 0.01
436 7 0.00
437 10 0.00
438 2 0.00
439 1 0.00
440 4 0.00
441 26 0.01
442 17 0.01
443 17 0.01
444 9 0.00
445 13 0.00
446 3 0.00
447 1 0.00
448 4 0.00
449 3 0.00
450 5 0.00
451 3 0.00
454 2 0.00
455 4 0.00
456 2 0.00
457 7 0.00
458 3 0.00
459 3 0.00
460 2 0.00
461 5 0.00
462 1 0.00
463 3 0.00
464 5 0.00
465 10 0.00
466 5 0.00
467 7 0.00
468 6 0.00
469 3 0.00
470 1 0.00
471 4 0.00
472 2 0.00
473 3 0.00
474 3 0.00
475 8 0.00
476 3 0.00
477 2 0.00
478 2 0.00
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482 5 0.00
483 7 0.00
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486 8 0.00
487 7 0.00
488 8 0.00
489 11 0.00
490 11 0.00
491 15 0.00
492 8 0.00
493 4 0.00
494 6 0.00
495 5 0.00
496 3 0.00
497 10 0.00
498 2 0.00
499 8 0.00
500 35 0.01
501 88 0.03
502 3 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (429 bp):
ATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTTGTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAAACTGGTCAAACTACTA
CAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
CGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAAATATGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
GAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATACTTGGACGAACTTCT
GAGCTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTCGGATCCTCAAAGTATTCAAGACGATCGA
TTCTTTCAAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAG
Found at i:1049 original size:69 final size:68
Alignment explanation
Indices: 968--1110 Score: 180
Period size: 69 Copynumber: 2.1 Consensus size: 68
958 AATTAAAAAC
* * * * *
968 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTCTAT-ACAAACTTTCGTACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTG-CTCT-TGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACATTC
*
1032 ATGAG
64 ACGAG
**
1037 TTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTGCTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACATTCA
1 TTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTGCTCTT-GACAAACTTTCGAACTTGTCAAACATTCA
1102 CGAG
65 CGAG
1106 TTATT
1 TTATT
1111 CTTTAACTTC
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
67 1 0.02
68 4 0.06
69 59 0.92
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (68 bp):
TTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTGCTCTTGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACATTCAC
GAG
Found at i:1414 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 1037--4128 Score: 3830
Period size: 216 Copynumber: 14.3 Consensus size: 215
1027 CTTTTATGAG
* * * * *
1037 TTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTG-CTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACATTC
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * *
1101 ACGAGTTATTCTTTAACTTCAGTTCCCTAAACTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
65 ACGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAA-TTT
** * * * * * * *
1166 TCGAATTTTTCGTACTTGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAAG
129 TCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAG
*
1231 TTTTTGTCTTTGAATTAAAAAC
194 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
*
1253 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTT-TCCTTTGTACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-CTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * *
1317 AC-ATGTTATTTTTTAACTTCGTTTCCCTAAAGTATTCAACACGATTCATTCCTTAGAGCAATTT
65 ACGA-GTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTT
* *
1381 CTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAATTTGTCATTTTGTAAACAA
129 -TCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
**
1446 GTTTTGCACTTTGAATTAAAAAC
193 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
*
1469 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-TCTTGG-CAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
*
1532 ACGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
65 ACGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAA-TTT
* ** * *** * * **
1597 TCGAATATTCCAACCTTGGGAAATCATTTCATTTGGTCAAAATAGTTTTTCATTTTGTATCCAAG
129 TCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAG
*
1662 TTTTAGTCTTTGAATTAAAAAC
194 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * *
1684 TTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-TCCTGGACGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * * * * * * * *
1748 ACTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGAATTCAAGACGATCCATTCTTTTGACCAATTTT
65 ACGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAA-TTT
* * * * * *
1813 TCAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
129 TCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAG
1878 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
194 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * *
1900 TTATTTACCTGAGAATTATTTCTCTCTTTGTCTATGTACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* *
1965 CGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCATTTTTT
66 CGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCA-ATTTT
* *
2030 TGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGT
130 CGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGT
**
2095 TTTTATCTTTGAATTAAAAAC
195 TTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * * * *
2116 TTATTTATGTGAGAATTGCTTCCCTCTTTGT-TCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAAGTTTC
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* *
2180 AAGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
65 ACGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
* * * ** **
2245 CCGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTTTCATTTGGTC-AAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAG
130 -CGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAG
2309 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
194 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
2331 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * * * * * * *
2395 ACTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACT-CTTTCGACCAATTT
65 ACGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTT-GAGCAATTT
** * * * * * *
2459 TTTAATCATTTCATGCTCGAGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAA
129 TCGAA-CATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
*
2524 GTTTTGGTCTTTGAATTGAAAAC
193 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * *
2547 TTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACAAACTTTCGAAC-TGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
** *
2611 CGAGTTACGTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGTAATTTTC
66 CGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT-
* ** * * ** * **
2676 CGAATATTCCACCCTTGGGAAATAGTGTCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTATCCAAGT
130 CGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGT
2741 TTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
195 TTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * *
2762 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCACTTTCT-TCTTGGACGAACTTTCAAACCTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * * * * *
2826 ACTAGTTATTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT-CTTTCGACCAATTT
65 ACGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTT-GAGCAA-TT
** * * * * *
2890 TTTAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAA
128 TTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
2955 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
193 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* *
2978 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTATCTTTGTACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* * * * *
3043 CGAGTTACTTTTTAACTTCGATTCCCTGAAGTATTCAACAAGATCTATTCCTCTGAGCAATTTTC
66 CGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTC
*
3108 TGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATAATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGT
131 -GAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGT
*
3173 TTTTGTCTTTGAATTAAAAAC
195 TTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * *
3194 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTCTGTACGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* * * * * * * * * *
3259 CTAGTTCTTTTATAACTTTGGGTTCCTTCAAGTATTCAAGACGATCCATTGC-TTCATGCAATTT
66 CGAGTTATTTTTTAAC-TTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGA-GCAATTT
* * * * *
3323 TCTGAACATTCCGTGCTCGGGAAATCGTATTATTTGGTCTAAATAATTTGTCATTTTGGCAAACA
129 TC-GAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTT-GTAAACA
**
3388 AGTTTTGCACTTTGAATTAAAAAC
192 AGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* *
3412 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTGAATCTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
*
3476 ACGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
65 ACGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
* * * ** **
3541 CTGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTTTCATTTGGTC-AAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAG
130 C-GAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAG
*
3605 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAAT
194 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
3627 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * * * * * * *
3691 ACTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCTATT-CTTTCGACCAATTT
65 ACGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTT-GAGCAATTT
** * * * * * *
3755 TTTAATCATTTCATGCTCGAGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAA
129 TCGAA-CATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
3820 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
193 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * * *
3843 TTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACAAACTTTCGAAC-AGTCAAACATTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* *
3907 CGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGTAATTTTC
66 CGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT-
* ** * * ** **
3972 CGAATATTCCACCCTTGGGAAATAGTGTCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGT
130 CGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGT
4037 TTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
195 TTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * *
4058 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCACTTTCT-TCTTGGACGAACTTTCAAACCTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
*
4122 ACTAGTT
65 ACGAGTT
Statistics
Matches: 2453, Mismatches: 384, Indels: 78
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
214 14 0.01
215 876 0.36
216 1292 0.53
217 170 0.07
218 101 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (215 bp):
TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
CGAGTTATTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTC
GAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTT
TTGGTCTTTGAATTAAAAAC
Found at i:1478 original size:501 final size:496
Alignment explanation
Indices: 539--1542 Score: 1258
Period size: 501 Copynumber: 2.0 Consensus size: 496
529 AATTAAAAAC
* * * *
539 TTATTTACATGAGAATTGTTTCCCTCTTTGTTTTTGGACGAACATCCAGACTGGTCAAACTTCTA
1 TTATTTACATGAGAATTATTTACCTCTTTGCTCTTGGACGAACATCCAGACTGGTCAAACTTCTA
* ** *
604 CAAGTTATTTTTTAACTTTGGTTCCTTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
66 CAAGTTATTCTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
* * *
669 CGAACATTCCATGCTCGGGAAAGCGCATCAATCGATCAAAATATGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
131 CGAACATTCCATACTCGGGAAAGCACATCAATCGATCAAAATATCTCATTTTGTAAACAAGTTTT
* * *
734 GAACTTTGAATTAAGAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTCTCCCTCTATTCTTGGATGAACTTCT
196 GAACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT-CCTCTATTCTTGGACGAACTTCT
* * * * *
799 GAGCTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTGATAACTTTGGATTCTCAAAGTATTCAATACGATCGA
260 GAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTATTTGATAACTTTCGATTCCCAAAGTATTCAACACGATCGA
* * * * * *
864 TTCTTTCGAGCAATTTTTCGAACATTTCATGCTCGGCAGATCGCATCATTTGGTCAAAGTAGTTT
325 TTCCTTAGAGCAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGGCAAATCGCATCATTTGGTCAAAGTAATTT
* **
929 GTCATTTTGCAAACAGGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
390 GTCATTTTGCAAACAAGTTTTGCACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* *
994 TTTGTCTCTAT-ACAAACTTTCGTACTTGTCAAACTTTTATGAG
455 TTTGT-TCT-TGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG
* * * * * *
1037 TTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTGCTCTTGGATGAACTTTC-GAACTTGTCAAACATTC
1 TTATTTACATGAGAATTATTTACCTCTTTGCTCTTGGACGAACATCCAG-ACTGGTCAAAC-TTC
* * *
1101 -ACGAGTTATTCTTTAACTTCAGTTCCCTAAA-CTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATT
64 TACAAGTTATTCTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGC-ATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATT
** * * * * * * *
1164 TTTCGAATTTTTCGTACTTGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACA
128 TTTCGAACATTCCATACTCGGGAAAGCACATCAATCGATCAAAATA---TCTCATTTTGTAAACA
* * *
1229 AGTTTTTG-TCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT-CTCTTTTCCTTTGTAC
190 AG-TTTTGAACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCCTCTATT-C-TTGGAC
** *
1292 GAACTT-TCGAACTTGTCAAACTTTTAC-ATGTTATTTTTTAAC-TTCGTTTCCCTAAAGTATTC
252 GAACTTCT-GAACTTGTCAAACTTTTACTA-GTTATTTGATAACTTTCGATTCCC-AAAGTATTC
1354 AACACGATTC-ATTCCTTAGAGCAATTTCTCGAACATTCCATGCTCAGG-AAATCGCATCATTTG
314 AACACGA-TCGATTCCTTAGAGCAATTTCTCGAACATTCCATGCTC-GGCAAATCGCATCATTTG
*
1417 GTCTAAA-TAATTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGCACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGA
377 GTC-AAAGTAATTTGTCATTTTGCAAACAAGTTTTGCACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGA
*
1481 GAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGCAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG
441 GAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG
1537 TTATTT
1 TTATTT
1543 TTTAACTTCA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 56, Indels: 30
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
497 2 0.00
498 137 0.32
499 10 0.02
500 48 0.11
501 225 0.52
502 12 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (496 bp):
TTATTTACATGAGAATTATTTACCTCTTTGCTCTTGGACGAACATCCAGACTGGTCAAACTTCTA
CAAGTTATTCTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGCATTCAACAAAATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
CGAACATTCCATACTCGGGAAAGCACATCAATCGATCAAAATATCTCATTTTGTAAACAAGTTTT
GAACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCCTCTATTCTTGGACGAACTTCTG
AACTTGTCAAACTTTTACTAGTTATTTGATAACTTTCGATTCCCAAAGTATTCAACACGATCGAT
TCCTTAGAGCAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGGCAAATCGCATCATTTGGTCAAAGTAATTTG
TCATTTTGCAAACAAGTTTTGCACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
TTGTTCTTGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG
Found at i:1880 original size:431 final size:430
Alignment explanation
Indices: 1037--4128 Score: 3960
Period size: 431 Copynumber: 7.2 Consensus size: 430
1027 CTTTTATGAG
* * * * * *
1037 TTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTGCTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACATTCA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* * * * * *
1102 CGAGTTATTCTT-TAACTTCAGTTCCCTAAACTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
66 CTAGTTATT-TTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT-CTTTGAGCAATTTT
* * * * * * * * *
1166 TCGAATTTTTCGTACTTGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAAG
129 TCGAATATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
* * *
1231 TTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTT-TCCTTTGTACGAA
194 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTC-TTGTACGAA
* * *
1295 CTTTCGAACTTGTCAAACTTTTAC-ATGTTATTTTTTAACTTCGTTTCCCTAAAGTATTCAACAC
258 CTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGA-GTT-CTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAA
* * * * * ** *
1359 GATTCATTCCTTAGAGCAATTTCTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
321 GATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAA
* ** **
1424 TAATTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGCACTTTGAATTAAAAAC
386 TAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
*
1469 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGG-CAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* * * * * *
1533 CGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTT
66 CTAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT-CTTTGAGCAATTTTT
** * *** * * * **
1598 CGAATATTCCAACCTTGGGAAATCATTTCATTTGGTCAAAATAGTTTTTCATTTTGTATCCAAGT
130 CGAATATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
* * *
1663 TTTAGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCCTGGACGAACT
195 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGTACGAACT
* * * * * * *
1728 TTCAAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGAATTCAAGACGAT
260 TTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT-TAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGAT
* * * * * * * * * * *
1793 CCATTCTTTTGACCAATTTTTCAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAG
324 CCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAG
* **
1858 TTTGTCATTTTGCAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
389 TTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * *
1900 TTATTTACCTGAGAATTATTTCTCTCTTTG-TCTATGTACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCT-TGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * * *
1964 ACGAGTTACTTTT-TAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCATTTT
65 ACTAGTTA-TTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT-CTTTGAGCAATTT
* * * *
2028 TTTGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
128 TTCGAATATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGCAAACAA
** * * * * *
2093 GTTTTTATCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTGCTTCCCTCTTTGTTCTTGGATGAA
193 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGTACGAA
* * * * *
2158 CTTTCGAACTTGTCAAAGTTTCAAGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAG
258 CTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT-CTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAG
* *
2223 ATCCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTTTCATTTGGTC-AAAT
322 ATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAAT
2287 AGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
387 AGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
2331 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* * * *
2396 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCTTTCGACCAATTTTT
66 CTAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTT-GAGCAATTTTT
* * * * * *
2461 -TAATCATTTCATGCTCGAGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
130 CGAAT-ATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
* *
2525 TTTTGGTCTTTGAATTGAAAACTTATTTACA-TGAGAATTGTTTCTCTCTTTG-TCTTTGTACAA
194 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTA-AGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTC-TTGTACGA
*
2588 ACTTTCGAAC-TGTCAAACTTTTACGAGTTACGTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAA
257 ACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT-CTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAA
* * * * *
2652 GATCCATTCCTTTGAGTAATTTTCCGAATATTCCACCCTTGGGAAATAGTGTCATTTGGTCTAAA
321 GATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAA
*
2717 TAGTTTTTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
386 TAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * *
2762 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCACTTTCTTCTTGGACGAACTTTCAAACCTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* *
2827 CTAGTTATTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTCGACCAATTTTT
66 CTAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTT-GAGCAATTTTT
** * * * * *
2892 TAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
130 CGAATATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
* *
2957 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTT-ATCTTTGTACGAAC
195 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTC-TTGTACGAAC
* *
3021 TTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTACTTTTTAACTTCGATTCCCTGAAGTATTCAACAAGA
259 TTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT-CTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGA
* * * * * * *
3086 TCTATTCCTCTGAGCAA-TTTTCTGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATAATTTGGTCTAAAT
323 TCCATTCCTTTGAGCAATTTTTC-GAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAAT
** *
3150 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTTGTCTTTGAATTAAAAAC
387 AGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* *
3194 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTG-TCTCTGTACGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCT-TGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * *
3258 ACTAGTTCTTTTATAACTTTGGGTTCCTTCAAGTATTCAAGACGATCCATTGC-TTCATGCAA-T
65 ACTAGTTATTTTATAAC-TTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT-CTTTGA-GCAATT
* * * * *
3321 TTTCTGAACATTCCGTGCTCGGGAAATCGTATTATTTGGTCTAAATAATTTGTCATTTTGGCAAA
127 TTTC-GAATATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTT-GCAAA
** * *
3386 CAAGTTTTGCACTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGAC
190 CAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGTAC
* * * *
3451 GAACTTTCGAACTTGTGAATCTTTTACGAGTTATTTTTTAACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAAC
255 GAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT-CTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAAC
*
3516 AAGATCCATTCCTTTGAGCAA-TTTTCTGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTTTCATTTGGTC-
319 AAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTC-GAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTATCATTTGGTCT
*
3579 AAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAT
383 AAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
3627 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* * * *
3692 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCTATTCTTTCGACCAATTTTT
66 CTAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTT-GAGCAATTTTT
* * * * * *
3757 -TAATCATTTCATGCTCGAGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
130 CGAAT-ATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
*
3821 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACA-TGAGAATTGTTTCTCTCTTTG-TCTTTGTACAA
194 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTA-AGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTC-TTGTACGA
* *
3884 ACTTTCGAAC-AGTCAAACATTTACGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAA
257 ACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT-CTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAA
* * * * *
3948 GATCCATTCCTTTGAGTAATTTTCCGAATATTCCACCCTTGGGAAATAGTGTCATTTGGTCTAAA
321 GATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAA
4013 TAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
386 TAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * *
4058 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCACTTTCTTCTTGGACGAACTTTCAAACCTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
4123 CTAGTT
66 CTAGTT
Statistics
Matches: 2373, Mismatches: 251, Indels: 73
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
430 227 0.10
431 1127 0.47
432 624 0.26
433 212 0.09
434 181 0.08
435 2 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (430 bp):
TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
CTAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTGAGCAATTTTTC
GAATATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGTT
TTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGTACGAACTT
TCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCC
ATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAATATTCCATCCTTGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTT
TGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
Found at i:2289 original size:647 final size:648
Alignment explanation
Indices: 1037--4128 Score: 4357
Period size: 647 Copynumber: 4.8 Consensus size: 648
1027 CTTTTATGAG
* * * * * *
1037 TTATTTACGTGAGAATTATTTATCTCTTTGCTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACATTCA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* * * * * * * * * *
1102 CGAGTTATTCTT-TAACTTCAGTTCCCTAAACTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
66 CTAGTTCTT-TTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGACCAATTTT
* ** * * * * * * * * * *
1166 TCGAATTTTTCGTACTTGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAAG
130 TCAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAG
* *
1231 TTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTT-TCCTTTGTACGAA
195 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGT-CTTTGTACGAA
* * *
1295 CTTTCGAACTTGTCAAACTTTTAC-ATGTTATTTTTTAACTTCGTTTCCCTAAAGTATTCAACAC
259 CTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGA-GTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAA
* * * *
1359 GATTCATTCCTTAGAGCAA-TTTCTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA
323 GATCCATTCCTTTGAGCAATTTTC-CGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAA
*
1423 ATAATTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGCA-CTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
387 ATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTT-CATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
*
1487 TTTCTCTCTTTGTTCTTGG-CAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTTTAACTT
451 TTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTTTAACTT
* *
1551 CAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAATATTCCAACCTTGG
516 CAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAATATTCCATCCTTGG
* * *
1616 GAAATCATTTCATTTGGTCAAAATAGTTTTTCATTTTGTATCCAAGTTTTAGTCTTTGAATTAAA
581 GAAATCGTTTCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAA
1681 AAC
646 AAC
* * *
1684 TTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCCTGGACGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
*
1749 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGAATTCAAGACGATCCATTCTTTTGACCAATTTTT
66 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGACCAATTTTT
1814 CAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
131 CAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
* * *
1879 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACCTGAGAATTATTTCTCTCTTTGTCTATGTACGAACT
196 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACGAACT
1944 TTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGAT
261 TTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGAT
* **
2009 CCATTCCTTTGAGCATTTTTTTGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAG
326 CCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAG
* * * *
2074 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTTATCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTGCTTCC
391 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTCATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * *
2139 CTCTTTGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAAGTTTCAAGAGTTATTTTTTAACTTCAGTT
456 CTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTTTAACTTCAGTT
2204 CCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAATATTCCATCCTTGGGAAAT
521 CCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAATATTCCATCCTTGGGAAAT
2269 CGTTTCATTTGGTC-AAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
586 CGTTTCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
2331 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* *
2396 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCTTTCGACCAATTTTT
66 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGACCAATTTTT
* * *
2461 TAATCATTTCATGCTCGAGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
131 CAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
* *
2526 TTTGGTCTTTGAATTGAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACAAACT
196 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACGAACT
*
2591 TTCGAAC-TGTCAAACTTTTACGAGTTACGTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGAT
261 TTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGAT
* * ** * * *
2655 CCATTCCTTTGAGTAATTTTCCGAATATTCCACCCTTGGGAAATAGTGTCATTTGGTCTAAATAG
326 CCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAG
* ** **
2720 TTTTTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
391 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTCATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * * * * *
2785 CACTTTCTTCTTGGACGAACTTTCAAACCTGTCAAACTTTTACTAGTTATTTTATAACTTCGGAT
456 CTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTTTAACTTCAGTT
* * * * *** * * * * *
2850 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT-CTTTCGACCAATTTTTTAAACATTTCATGCTCGGGAGA
521 CCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTT-GAGCAATTTTCCGAATATTCCATCCTTGGGAAA
** * * * * **
2914 TCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
585 TCGTTTCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* *
2978 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTT-ATCTTTGTACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTC-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * * * * * * *
3042 ACGAGTTACTTTT-TAACTTC-GATTCCCTGAAGTATTCAACAAGATCTATTCCTCTGAGCAA-T
65 ACTAGTT-CTTTTATAACTTCGGA-TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGACCAATT
* * * * * * *
3104 TTTCTGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATAATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
128 TTTC-AAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAAC
* * *
3169 AAGTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTCTGTACG
192 AAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACG
* * * * *
3234 AACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACTAGTT-CTTTTATAACTTTGGGTTCCTTCAAGTATTCAA
257 AACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTACTTTT-TAAC-TTCGGTTCCCTAAAGTATTCAA
* * * * * * *
3298 GACGATCCATTGC-TTCATGCAATTTTCTGAACATTCCGTGCTCGGGAAATCGTATTATTTGGTC
320 CAAGATCCATTCCTTTGA-GCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTC
* *
3362 TAAATAATTTGTCATTTTGGCAAACAAGTTTTGCA-CTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
384 TAAATAGTTTGTCATTTT-GTAAACAAGTTTT-CATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
* *
3426 ATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTGAATCTTTTACGAGTTATTTTTTA
447 ATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTTTA
*
3491 ACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTCTGAATATTCCATCC
512 ACTTCAGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAATATTCCATCC
3556 TTGGGAAATCGTTTCATTTGGTC-AAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAAT
577 TTGGGAAATCGTTTCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAAT
*
3620 TAAAAAT
642 TAAAAAC
3627 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
1 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
* *
3692 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCTATTCTTTCGACCAATTTTT
66 CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGACCAATTTTT
* * *
3757 TAATCATTTCATGCTCGAGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
131 CAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
*
3822 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACAAACT
196 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACGAACT
* *
3887 TTCGAAC-AGTCAAACATTTACGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGAT
261 TTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGAT
* * ** * * *
3951 CCATTCCTTTGAGTAATTTTCCGAATATTCCACCCTTGGGAAATAGTGTCATTTGGTCTAAATAG
326 CCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAG
** **
4016 TTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
391 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTCATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * *
4081 CACTTTCTTCTTGGACGAACTTTCAAACCTGTCAAACTTTTACTAGTT
456 CTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
Statistics
Matches: 2150, Mismatches: 269, Indels: 53
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
645 4 0.00
646 380 0.18
647 1054 0.49
648 184 0.09
649 353 0.16
650 171 0.08
651 4 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (648 bp):
TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTA
CTAGTTCTTTTATAACTTCGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGACCAATTTTT
CAAACATTTCATGCTCGGGAGATCGCATCATTTGGCCTAATTAGTTTGTCATTTTGCAAACAAGT
TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTCTTTGTACGAACT
TTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTACTTTTTAACTTCGGTTCCCTAAAGTATTCAACAAGAT
CCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAG
TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTCATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
CTCTTTGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTTTAACTTCAGTT
CCCTAAAGTATTCAACAAGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTCCGAATATTCCATCCTTGGGAAAT
CGTTTCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTATCCAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
Done.