genome.fa.s12480.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012480.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127484, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  230415

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249--2292	16	2.8	16	90	10	65	29	0	2	68	1.02
2642--2669	12	2.3	12	100	0	56	28	0	14	57	1.38
7343--7400	24	2.5	23	78	10	64	50	0	1	48	1.11
7973--8005	17	2.0	17	94	5	59	42	9	0	48	1.35
8698--8756	29	2.0	30	86	3	84	55	13	1	28	1.48
9120--9402	140	2.0	140	97	0	530	25	7	12	54	1.63
10193--10278	28	3.0	27	72	17	75	25	13	9	51	1.71
10172--10363	90	2.1	90	83	7	248	26	15	11	46	1.80
10172--10306	32	4.5	31	71	15	86	27	13	11	47	1.77
10528--10643	59	2.0	60	85	1	162	46	13	13	25	1.81
10604--10673	31	2.3	30	90	9	106	51	14	10	24	1.72
12992--13044	19	2.7	20	80	11	65	64	5	0	30	1.17
12981--13048	29	2.4	29	78	11	70	61	4	0	33	1.16
13457--13750	146	2.0	146	100	0	588	39	13	12	34	1.82
24532--24570	19	2.1	19	100	0	78	38	20	20	20	1.94
28383--28464	42	2.0	41	86	6	114	31	14	28	25	1.95
29312--29377	31	2.1	31	100	0	132	39	16	6	37	1.74
34252--34335	30	2.8	30	94	0	150	29	9	21	39	1.85
38405--38467	27	2.3	27	88	0	90	47	1	30	20	1.60
49097--49170	29	2.6	28	75	10	69	45	1	13	39	1.52
54840--54880	20	2.1	19	90	4	64	39	4	14	41	1.67
55782--55840	26	2.3	26	88	5	84	22	15	10	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57290--57362	30	2.3	33	79	11	82	38	12	19	30	1.88
58236--58280	21	2.1	21	83	0	54	28	26	33	11	1.91
59066--59120	23	2.4	22	81	9	65	41	12	12	32	1.81
59066--59127	24	2.7	23	84	2	79	43	12	12	30	1.81
59066--59139	12	6.2	12	73	10	62	43	12	13	31	1.81
59383--59414	11	2.9	11	90	0	55	31	25	25	18	1.98
62081--62143	24	2.6	24	89	0	90	30	12	4	52	1.60
63207--63262	12	4.2	13	70	17	51	23	0	1	75	0.90
63235--63286	12	4.2	12	73	4	50	21	1	1	75	1.00
63284--63320	18	2.1	17	90	10	56	37	0	0	62	0.96
65072--65434	173	2.1	174	97	0	683	44	6	10	38	1.64
66403--66427	13	1.9	13	100	0	50	56	0	32	12	1.36
69106--69200	45	2.1	45	100	0	190	16	24	21	37	1.93
75980--76050	29	2.4	30	92	4	117	23	18	8	49	1.75
79095--79149	20	2.7	21	80	11	60	56	9	3	30	1.48
79117--79156	20	2.0	20	85	9	55	57	10	0	32	1.32
83619--83806	71	2.6	71	83	3	234	33	13	25	27	1.94
96994--97025	13	2.5	13	95	5	57	78	0	0	21	0.76
100539--100602	27	2.4	27	100	0	128	29	17	10	42	1.83
105301--105338	19	2.0	19	89	0	58	47	21	15	15	1.82
107581--108039	50	9.2	50	81	1	454	20	25	18	35	1.95
109058--109245	61	3.1	61	92	0	313	20	17	17	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118352--118437	39	2.2	39	95	0	163	31	19	20	27	1.97
123910--123939	11	2.7	11	89	0	51	76	0	0	23	0.78
124099--124140	15	2.7	15	78	14	50	76	11	0	11	1.03
125183--125220	19	2.1	19	85	14	53	10	2	15	71	1.25
129404--129448	15	3.0	14	84	12	54	37	22	2	37	1.67
142751--142848	24	4.1	24	85	1	126	27	22	21	28	1.99
142751--142848	48	2.1	47	88	1	142	27	22	21	28	1.99
142863--143013	82	1.8	82	80	2	178	30	25	17	26	1.98
147449--147487	20	2.0	20	100	0	78	35	25	2	35	1.70
147452--147497	20	2.3	20	88	0	65	39	23	4	32	1.75
148945--149022	26	3.0	25	67	14	59	8	15	3	71	1.25
148961--149008	16	3.0	15	87	9	60	10	12	2	75	1.14
151724--151784	15	4.3	14	75	22	56	70	3	6	19	1.24
151720--151802	42	2.0	43	83	7	107	68	2	10	18	1.30
157299--157349	18	2.9	18	80	11	61	33	1	3	60	1.26
161209--161254	24	1.9	24	90	0	74	28	21	23	26	1.99
161950--162027	21	3.7	21	73	13	63	28	15	24	32	1.95
165105--165157	3	17.7	3	78	21	58	0	35	1	62	1.06
184808--184855	15	3.2	15	85	5	53	27	22	10	39	1.87
186958--187139	71	2.6	71	84	0	229	34	14	24	26	1.94
196168--196226	26	2.4	25	86	11	77	33	6	35	23	1.82
203731--203791	16	3.8	16	76	10	61	44	6	1	47	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215468--215564	39	2.5	39	100	0	194	28	5	10	55	1.55
226446--226638	97	2.0	96	81	10	225	36	13	20	30	1.91
226966--227176	29	7.2	30	84	8	141	34	2	27	36	1.72
226975--227191	59	3.7	57	84	9	274	32	2	28	35	1.72
226988--227189	88	2.3	88	86	6	291	34	2	27	36	1.70
226988--227191	29	6.9	29	86	7	268	33	2	27	35	1.70
228295--228419	7	18.0	7	69	18	75	39	3	3	54	1.33
228295--228404	3	34.7	3	69	13	60	39	2	2	55	1.28
228295--228420	13	9.7	12	72	19	76	39	3	3	53	1.33
229072--229134	17	3.7	17	83	6	74	49	3	3	44	1.34
229108--229151	11	3.9	11	82	5	52	54	0	4	40	1.21
229087--229155	6	11.8	6	77	10	72	50	2	2	43	1.32
229072--229151	34	2.3	35	83	8	94	50	2	3	43	1.33
229102--229155	23	2.3	23	93	0	90	51	0	3	44	1.19
229087--229155	17	3.6	17	75	22	66	50	2	2	43	1.32
229541--230168	206	3.1	199	84	5	775	23	23	18	34	1.96
230031--230237	115	1.8	114	91	1	342	23	24	17	34	1.96

Tables:   1

The End!