Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01012510.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127515, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:441 original size:217 final size:216
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Indices: 15--590 Score: 708
Period size: 217 Copynumber: 2.7 Consensus size: 216
5 TTTGAAATTG
* * * * * *
15 AAACTTATTTACGTGAGAATTGATTCTCTCTTGGTTTTTGGACAAACTTCCAAACTTGTCAAACT
1 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACT
* **
80 TGTACGAGTTCTTGAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCAAGCAAT
66 TTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTC-AGCAAT
* * * * * * * *
145 TTTCCAAACATTCCATGCTCGGGGAATCGCATCATATGGTCTAAATAGTTTATGATATTTGTAAA
130 TTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATATCGTCCAAATAGCTTATCATATTTGTAAA
* * *
210 CAAGTTTTGGTCTTTCAATTAA
195 AAACTTTCGGTCTTTCAATTAA
* *
232 AAACTTATTTACCTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACT
1 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACT
* * *
297 TTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGATACCTTAAAGTA-TCATGATGATCCATTCCTTCGAGCAAT
66 TTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTC-AGCAAT
* * * *
361 TTTTCGAACATTCTATGCTCGAGAAATCGCATCTTTTCGTCCAAATAGCTTGTCAT-TTTGTAAA
130 TTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATATCGTCCAAATAGCTTATCATATTTGT--A
* *
425 AAAAACTTTCGGTCTTTGATTTAA
193 AAAAACTTTCGGTCTTTCAATTAA
* * * * * *
449 AAACTTATTTATGTGAGATTTATTTGTCTATTGGTTCTCGGCCGAGCTTCCGAACTTGTCAAACT
1 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACT
* * * *
514 TTTACGATTTCTTTTATAACATCGGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCATGCAA-
66 TTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCA-GCAAT
578 TTTTCAGAACATT
130 TTTTC-GAACATT
591 AGCATAATCT
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 47, Indels: 9
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
215 5 0.02
216 69 0.22
217 204 0.66
218 29 0.09
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (216 bp):
AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACT
TTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCAGCAATT
TTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATATCGTCCAAATAGCTTATCATATTTGTAAAA
AACTTTCGGTCTTTCAATTAA
Found at i:709 original size:105 final size:106
Alignment explanation
Indices: 501--711 Score: 361
Period size: 105 Copynumber: 2.0 Consensus size: 106
491 CGAGCTTCCG
* *
501 AACTTGTCAAACTTTTACGATTTCTTTTATAACATCGGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTTTCACGATTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
566 TCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTAGCATAATCTGGTCCA
66 TCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTAGCATAATCTGGTCCA
* *
607 AACTTTTCAAACTTTCACGATTTCTTTTATAACATCTGTTCCTTAAAGTATT-AAGACGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTTTCACGATTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* *
671 TCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTCGCATAATTTGGTCCA
66 TCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTAGCATAATCTGGTCCA
712 TATAGTTTGT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 6, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 51 0.52
106 48 0.48
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (106 bp):
AACTTGTCAAACTTTCACGATTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
TCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTAGCATAATCTGGTCCA
Found at i:1914 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 1531--3840 Score: 2164
Period size: 216 Copynumber: 10.9 Consensus size: 215
1521 ATTCGCATAA
1531 TTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
1 TTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
* * * * *
1596 GTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTGTTATGAGATT-
65 GTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG-TTC
* * *
1660 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCTAGCAATTTTTCGAACAT
129 TTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACAT
1725 TCAATGTTTAGGAAATCGCATCT
194 TCAATG-TTAGGAAATCGCATCT
* * * * *
1748 TTTCGTCCAAATAGTTTATCATTTTGTAAATAACTTTTGGTCATTGAATTAAAAACTTATTTACA
1 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
* * * * * *
1813 TGAGAATTGATTCTTTCTTGGTTTTTGGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTGTACGAGTTCTT
66 TGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTT
** * * *
1878 GAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCATCAAGCAATTTTTCAAACATTC
131 TTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTC
* ** * *
1943 CATGCTCGGGGAATCGCATCA
196 AATG-TTAGGAAATCGCATCT
* * * * *
1964 TATGGTCTAAATAGTTTATGATATTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTAC
1 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCAT-TTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
* * * *
2029 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCT
65 GTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
* * * * **
2094 TTTAAAACTTCGATACCTTAAAGTA-TCATGACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAACATT
130 TTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATT
* * *
2158 CTATGCTCGAGAAATCGCATCT
195 CAATGTTAG-GAAATCGCATCT
*** * * * * *
2180 TTTCAACCAAGTAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTAT
1 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGT-AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
* * * * * * *
2245 GTGAGATTTATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTAGAACTTGTCAAACGTTTACGATTTCT
65 GTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
* * * * *
2310 TTTATAACATCGGTTTCTTAAAGTATTTAAGACGATCCGTTCCTTCATGCAA-TTTTC-AGA-A-
130 TTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGA-ACAT
*
2371 -C-A--TTAGCAAA----ATC-
194 TCAATGTTAGGAAATCGCATCT
* * *
2384 --TGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAATACTTATTTACA
1 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
* * *
2447 TGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAACCTTTTACGAGTTCTT
66 TGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTT
** * * * * * * * **
2512 AGATAACTTTGGCTCCTTAATGTATTTAAGACGGTCCATTCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTC
131 TTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTC
* * *
2577 AATGCTCGAGAAATTGCATCAT
196 AATGTTAG-GAAATCGCATC-T
* * * *
2599 TTT-GTCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAA-AACCTTTTGGTCTTCGATTTAAAAAGTTATTTAC
1 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA-CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
** * * *
2662 GTGAGAATTGTTTCTCCCTTGGTTATTGG-CTGAA-TTTCCAAACTTGT-ACAACTTTTCCGAGT
65 GTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGAC-GAACTTT-CGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGT
* * * * * * *
2724 TCTTCTATAACATCGGTCCCTTAAAGCATTCGAGA-GATCCATT--TTATAGAGCAATTTTTAGA
127 TCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTT-CA-AGCAATTTTTCGA
**
2786 ACATTC------------T--CATAA
190 ACATTCAATGTTAGGAAATCGCATCT
* * * *
2798 TTTGGGCCGAGATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTCGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCAC
1 TTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
* * * * * *
2863 CTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGAAGAACTTCCGAACTTGTCAAACATTTACGAGATCT
65 GTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
* * * * * * *
2928 TTGATAACTTCGGTTCCTTAAATTATTCAAGATGATCCATTCCTTCAAGAAAATTTCCAAACATT
130 TTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATT
* **
2993 CCATGCTCCGGAAATCGCAT-T
195 CAATG-TTAGGAAATCGCATCT
* * ** * *
3014 ATTTGGTCCAAATAGTTTGACATTTAGTAAACTGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTAT
1 -TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
** * * * * *
3079 GTGAGAATCATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACGTTCGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTAT
65 GTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
* * * * * * *
3144 TTTATAACTTCAGTTCCTTAATGTTTTCAAGATGATTCATTCCGTCAAGCTA-TTTT----C--T
130 TTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATT
* * *
3202 -AA----A--CAATCACATCA
195 CAATGTTAGGAAATCGCATCT
* ** * * * *
3216 ATTGGTTTAAATAGTTTTTAATTTTGTATACAACTGTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
1 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
* * * *
3281 TGAGAATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACATCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTT
66 TGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTT
* * *
3346 TTATAACTTCGGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTC
131 TTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTC
* ** * *
3411 CATGCTCGGGGAATCGCATCA
196 AATG-TTAGGAAATCGCATCT
** * *
3432 TTTGGTCCAAATAGTTTGTGGTTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTGAAAACTTATTTACG
1 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
* * * * * * * **
3497 TGAGAATTGTTTGTTTATTTGTTATTGGCGCGAAC-TTCTGAACTTGTAAAACTTTTACAACCTC
66 TGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGG-ACGAACTTTC-GAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* * * * *
3561 TTTTATAAGTTCGGTTCATTAAAGTATTCTAGACGATCCATTACTTCCAGCAATTTTTCGAACAT
129 TTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACAT
* *
3626 TCCAA-GCTCAGGAAATCGCATCA
194 T-CAATG-TTAGGAAATCGCATCT
* * * *
3649 TTTGGTCAAAATAGTTTCTCATGTTGTAAACAACTTTTGGTCTCTGAATT-AAAACTTATTTACG
1 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
* * * * * *
3713 TGAGAATTATTTCTC--TTAGTTTTTGGATGAACTTTCGAACTTTTCTAACTTTTACGAGTTCTT
66 TGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTT
* * * * *
3776 ATATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCGAGACGATCCATTCCTTAAAGAAAATTTTCGAACATTC
131 TTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTC
3841 CATGCTTGGT
Statistics
Matches: 1687, Mismatches: 332, Indels: 153
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
199 3 0.00
200 6 0.00
201 402 0.24
202 57 0.03
203 3 0.00
204 2 0.00
205 4 0.00
206 2 0.00
208 4 0.00
209 8 0.00
210 2 0.00
211 1 0.00
212 2 0.00
213 86 0.05
214 12 0.01
215 42 0.02
216 753 0.45
217 296 0.18
218 2 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (215 bp):
TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
TGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTT
TTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTC
AATGTTAGGAAATCGCATCT
Found at i:2575 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 2186--3819 Score: 531
Period size: 201 Copynumber: 7.8 Consensus size: 202
2176 ATCTTTTCAA
* **
2186 CCAAGTAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGA
1 CCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTACATGAGA
* * * * * **
2251 TTTATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTAGAACTTGTCAAACGTTTACGATTTCTTTTATA
66 ATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCAGAACTTGTCAAACGTTTACGAGTTCTTAGATA
* * * *
2316 ACATCGGTTTCTTAAAGTATTTAAGACGATCCGTTCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTAGCAAA
131 ACATCGGCTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCATTCCTTCATGCAATTTCCAGAACATTAGCAAA
2381 ATCTGGT
196 ATCTGGT
* * *
2388 CCAAATAGTTTGTCATTTTGT-AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTT-AATACTTATTTACATGAG
1 CCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTG-ATTTAAAAACTTATTTACATGAG
* * * * *
2451 AATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAACCTTTTACGAGTTCTTAGAT
65 AATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCAGAACTTGTCAAACGTTTACGAGTTCTTAGAT
* * * * * *
2516 AACTTTGGCTCCTTAATGTATTTAAGACGGTCCATTCCTTCGA-GTAATTTCCCGAACATT--C-
130 AACATCGGCTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCATTCCTTC-ATGCAATTTCCAGAACATTAGCA
*
2577 -AA--TGCT
194 AAATCTGGT
* ** * *
2583 CGAGAA-A--TTGCATCATTTTGTCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAAAACCTTTTGGTCTTCGA
1 CCA-AATAGTTTG--TCATTTTGT--AAA-A---AAAC-TTTTG-----ATC-TTTGAT-TT--A
** ** * * * ** * *
2645 TTTAA-AAAGTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCCCTTGGTTATTGG-CTGAATTTCCA-AACTT
47 -AAAACTTATTTA----CATGAGAATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGAC-GAACTT-CAGAACTT
* * ** * **
2707 GT-ACAACTTTTCCGAGTTCTTCTATAACATCGG-TCCCTTAAAGCATTCGAGA-GATCCATT--
105 GTCA-AACGTTTACGAGTTCTTAGATAACATCGGCT-CCTTAAAGTATTTAAGACGATCCATTCC
** ** * * *
2767 TT-ATAGAGCAATTTTTAGAACATTCTCATAATTTGGG
168 TTCAT---GCAATTTCCAGAACATTAGCAAAATCTGGT
* * * * * * *
2804 CCGAGATAGTTTGTCATTTTGT-AAACAACTTTCGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCACCTGAG
1 CC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTACATGAG
* * * * * * *
2868 AATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGAAGAACTTCCGAACTTGTCAAACATTTACGAGATCTTTGAT
65 AATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCAGAACTTGTCAAACGTTTACGAGTTCTTAGAT
* * * * * * *
2933 AACTTCGGTTCCTTAAATTATTCAAGATGATCCATTCCTTCAAGAAAATTTCCA-AACATTCCAT
130 AACATCGGCTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCATTCCTTCATG-CAATTTCCAGAACATT--A-
*
2997 GCTCCGGAAATCGCATTATTTGGT
191 G---C---AA----A--ATCTGGT
* * *** * **
3021 CCAAATAGTTTGACATTTAGT-AAACTGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGA
1 CCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTACATGAGA
* * * * * * **
3085 ATCATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACGTTC-GAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTATTTTAT
66 ATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAAC-TTCAGAACTTGTCAAACGTTTACGAGTTCTTAGAT
* * * * * * * * * * *
3149 AACTTCAGTTCCTTAATGT-TTTCAAGATGATTCATTCCGTCAAGCTATTTTCTA-AACAATCA-
130 AACATCGGCTCCTTAAAGTATTT-AAGACGATCCATTCCTTCATGC-AATTTCCAGAAC-ATTAG
*
3211 CATCAAT-TGGT
192 CA-AAATCTGGT
** * * * * * * * *
3222 TTAAATAGTTTTTAATTTTGT-ATACAACTGTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
1 CCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTACATGAGA
* * * * * * **
3286 ATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACATCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATA
66 ATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCAGAACTTGTCAAACGTTTACGAGTTCTTAGATA
* * * * ***
3351 ACTTCGGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGA-GCAATTTTTTGAACATTCCATG
131 ACATCGGCTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCATTCCTTC-ATGCAATTTCCAGAACATT--A-G
*
3415 CTCGGGGAATCGCATCATTTGGT
192 --C----AA----A--ATCTGGT
** * * * * * *
3438 CCAAATAGTTTGTGGTTTTGT-AAACAACTTTTGGTCTTTAAATTGAAAACTTATTTACGTGAGA
1 CCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTACATGAGA
* * * * * * * * * * ** **
3502 ATTGTTTGTTTATTTGTTATTGGCGCGAACTTCTGAACTTGTAAAACTTTTACAACCTCTTTTAT
66 ATTATTTCTCTATTGGTTCTTGG-ACGAACTTCAGAACTTGTCAAACGTTTACGAGTTCTTAGAT
** * * * *
3567 AAGTTCGGTTCATTAAAGTATTCT-AGACGATCCATTACTTCCA-GCAATTTTTC-GAACATTCC
130 AACATCGGCTCCTTAAAGTATT-TAAGACGATCCATTCCTT-CATGCAA-TTTCCAGAACATT--
3629 AAGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGT
190 -AG--C---AAA----ATC---TGGT
* * * * * * * *
3655 CAAAATAGTTTCTCATGTTGT-AAACAACTTTTGGTCTCTGAATT-AAAACTTATTTACGTGAGA
1 CCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTACATGAGA
* * * * * * *
3718 ATTATTTCTC--TTAGTTTTTGGATGAACTTTC-GAACTTTTCTAACTTTTACGAGTTCTTATAT
66 ATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAAC-TTCAGAACTTGTCAAACGTTTACGAGTTCTTAGAT
* * **
3780 AACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCGAGACGATCCATTCCTT
130 AACATCGGCTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCATTCCTT
3820 AAAGAAAATT
Statistics
Matches: 1100, Mismatches: 223, Indels: 207
0.72 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
193 3 0.00
195 15 0.01
196 2 0.00
197 2 0.00
198 2 0.00
199 2 0.00
200 10 0.01
201 353 0.32
202 49 0.04
203 11 0.01
204 5 0.00
205 5 0.00
206 1 0.00
207 3 0.00
208 7 0.01
209 7 0.01
210 2 0.00
211 2 0.00
212 5 0.00
213 67 0.06
214 19 0.02
215 30 0.03
216 327 0.30
217 141 0.13
218 8 0.01
219 4 0.00
221 4 0.00
222 11 0.01
224 3 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (202 bp):
CCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTACATGAGA
ATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACTTCAGAACTTGTCAAACGTTTACGAGTTCTTAGATA
ACATCGGCTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCATTCCTTCATGCAATTTCCAGAACATTAGCAAA
ATCTGGT
Found at i:2749 original size:417 final size:417
Alignment explanation
Indices: 607--3846 Score: 3107
Period size: 417 Copynumber: 7.7 Consensus size: 417
597 ATCTGGTCCA
* * * *
607 AACTTTTCAAACTTTCACGATTTCTTTTATAACATCTGTTCCTTAAAGTA-TTAAGACGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCAT
* * * * * *
671 TCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTCGCATAATTTGGTCCATATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAA
66 TCCTTCAAGCAATTTTCAGAACATTAGCAAAATCTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
* * * *
736 CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTCAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTGGGATGAA
131 CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAA
** * * ***
801 CTTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATGACATCAATTCCTTAAAGTATTCAAGACG
196 CTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
* * * * * * * ***
866 ATCCATCCCTTC-AGGAAATTTT-CTAACCATT---TGTTC-AGGAAATCACATAATTTGGAATA
261 ATCCATTCCTTCGA-GCAATTTTCCGAA-CATTCCATGCTCGA-GAAATCGCATCATTTTGTCCA
* * *
925 AATAGTTTGTCATTTTGTAAACAGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAAGTTATTTGCGTGAGAATTG
323 AATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-
* * *
990 A-TTCTCTATTGGTTCTTGGACTAACTTGCG
387 ATTTCTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* ** * * *
1020 AACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTGAATAACTTCTGTTCCTTAAAGTATTCT-AGATGATCCA
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATT-TAAGACGATCCA
* * * *
1084 TTCCATCGAGAAATTTTTC-GAACATTCAATGTTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAATT
65 TTCCTTCAAGCAA-TTTTCAGAACATT--A-G--C---AAA----ATC---TGGTCCAAATAGTT
*
1148 TGTTATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGT-AGAATTGTTTCTCT
114 TGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* **
1212 CTTGGTTCTTGGACG-A------AACTTGTCAAACTTTTACGAGCTCTTGAATAACTTTGGTTCC
179 CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCC
* * * * **
1270 TTAAAGTA-T--------T-CATTCCTTGGAGTAATTTCCCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGAG
244 TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCG
* *
1325 CATCATTTTGTCCAAACAG-TTGTTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAAGTTA
309 CATCATTTTGTCCAAATAGTTTG-TCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTA
* **
1389 TTTACGCGAGAATTATTTCTCCCTTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
373 TTTACGTGAGAATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* * * * *
1434 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTCTATAGA-ATCGATCCCTTAAAGCATTAAAGACGATCCA
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATA-ACATCGGTTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCA
* * * *
1498 TTCCTTCAAGCAATTTTTAGAACATTCGCATAATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
65 TTCCTTCAAGCAATTTTCAGAACATTAGCAAAATCTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
* *
1563 AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGATG
129 AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACG
* *
1628 AACTTCCGAACTTGTCAAACTGTTATGAGATT-TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAG
194 AACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG-TTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAG
* * * * **
1692 ATGATCCATTCCTTCTAGCAATTTTTCGAACATTCAATG-TTTAGGAAATCGCATC-TTTTCGTC
258 ACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGA-GAAATCGCATCATTTT-GTC
* * * * *
1755 CAAATAGTTTATCATTTTGTAAATAACTTTTGGTCATTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAAT
321 CAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
* * * * *
1820 TGA-TTCTTTCTTGGTTTTTGGACAAACTTTCG
386 T-ATTTCTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* ** * * *
1852 AACTTGTCAAACTTGTACGAGTTCTTGAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCAT
* * *
1917 TCCATCAAGCAATTTTTCA-AACATTCCATGCTCGGGGAATCGCATCATATGGTCTAAATAGTTT
66 TCCTTCAAGCAA-TTTTCAGAACATT--A-G--C----AA----A--ATCTGGTCCAAATAGTTT
* * * *
1981 ATGATATTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCT
115 GTCAT-TTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * * * *
2046 ATTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTAAAACTTCGATACC
179 CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCC
* * * *
2111 TTAAAGTA-TCATGACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAACATTCTATGCTCGAGAAATCG
244 TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCG
** * * *
2175 CATC-TTTTCAACCAAGTAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTT
309 CATCATTTT-GTCCAAATAGTTTGTCATTTTGT-AAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTT
* * * *
2239 ATTTATGTGAGATTTATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTAG
372 ATTTACGTGAGAATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* * * *
2285 AACTTGTCAAACGTTTACGATTTCTTTTATAACATCGGTTTCTTAAAGTATTTAAGACGATCCGT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCAT
*
2350 TCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTAGCAAAATCTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
66 TCCTTCAAGCAATTTTCAGAACATTAGCAAAATCTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
* * *
2415 CTTTTGGTCTTTGAATTTAATACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAA
131 CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAA
* ** * * *
2480 CTTCCGAACTTGTCAACCTTTTACGAGTTCTTAGATAACTTTGGCTCCTTAATGTATTTAAGACG
196 CTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
* * * * *
2545 GTCCATTCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTCAATGCTCGAGAAATTGCATCATTTTGTCCAAAT
261 ATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTTGTCCAAAT
* * * *
2610 AGTTAGTCATTTTGTAAA-AACCTTTTGGTCTTCGATTTAAAAAGTTATTTACGTGAGAATTGTT
326 AGTTTGTCATTTTGTAAACAA-CTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATT
** * * *
2674 TCTCCCTTGGTTATTGGCTGAA-TTTCCA
390 TCTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTT-CG
* * * * **
2702 AACTTGT-ACAACTTTTCCGAGTTCTTCTATAACATCGGTCCCTTAAAGCATTCGAGA-GATCCA
1 AACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCA
* * ** * * * *
2765 TT--TTATAGAGCAATTTTTAGAACATTCTCATAATTTGGGCCGAGATAGTTTGTCATTTTGTAA
65 TTCCTT-CA-AGCAATTTTCAGAACATTAGCAAAATCTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAA
* * * *
2828 ACAACTTTCGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCACCTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGA
127 ACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGA
* * * * * *
2893 AGAACTTCCGAACTTGTCAAACATTTACGAGATCTTTGATAACTTCGGTTCCTTAAATTATTCAA
192 CGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAA
* * * * * * *
2958 GATGATCCATTCCTTCAAGAAAATTTCCAAACATTCCATGCTCCG-GAAATCGCATTATTTGGTC
257 GACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCT-CGAGAAATCGCATCATTTTGTC
* * ** *
3022 CAAATAGTTTGACATTTAGTAAACTGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAAT
321 CAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
* * *
3087 CATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACGTTCG
386 TATTTCTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* * * * * * *
3119 AACTTGTTAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACTTCAGTTCCTTAATGT-TTTCAAGATGATTCA
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTT-AAGACGATCCA
* * * * ** * * *
3183 TTCCGTCAAGCTATTTTCTA-AACAATCA-CATCAAT-TGGTTTAAATAGTTTTTAATTTTGTAT
65 TTCCTTCAAGCAATTTTC-AGAAC-ATTAGCA-AAATCTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAA
* *
3245 ACAACTGTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGA
127 ACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGA
* * * *
3310 CGAACATCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTTCTTAAAGTATTCAA
192 CGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAA
** * * *
3375 GACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTCCATGCTCGGGGAATCGCATCATTTGGTCC
257 GACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTTGTCC
** * * *
3440 AAATAGTTTGTGGTTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTGAAAACTTATTTACGTGAGAATT
322 AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT
* * * * *
3505 GTTTGTTTATTTGTTATTGGCGCGAAC-TTCTG
387 ATTTCTCTATTGGTTCTTGGC-CGAACTTTC-G
* * ** ** *
3537 AACTTGTAAAACTTTTACAACCTCTTTTATAAGTTCGGTTCATTAAAGTATTCT-AGACGATCCA
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATT-TAAGACGATCCA
* * *
3601 TTACTTCCAGCAATTTTTC-GAACATTCCAAGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTT
65 TTCCTTCAAGCAA-TTTTCAGAACATT---AG--C---AAA----ATC---TGGTCCAAATAGTT
* * * *
3665 TCTCATGTTGTAAACAACTTTTGGTCTCTGAATT-AAAACTTATTTACGTGAGAATT-ATT-TCT
114 TGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * * * * *
3727 CTTAGTTTTTGGATGAACTTTCGAACTTTTCTAACTTTTACGAGTTCTTATATAACTTCGGTTCC
179 CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCC
* ** *
3792 TTAAAGTATTCGAGACGATCCATTCCTTAAAGAAAATTTT-CGAACATTCCATGCT
244 TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG-CAATTTTCCGAACATTCCATGCT
3847 TGGTAAACAA
Statistics
Matches: 2325, Mismatches: 382, Indels: 223
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
399 6 0.00
400 56 0.02
401 27 0.01
402 3 0.00
406 2 0.00
408 43 0.02
409 3 0.00
411 18 0.01
412 5 0.00
413 51 0.02
414 193 0.08
415 8 0.00
416 43 0.02
417 791 0.34
418 372 0.16
419 27 0.01
420 5 0.00
421 43 0.02
422 2 0.00
423 2 0.00
424 2 0.00
425 1 0.00
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428 27 0.01
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432 117 0.05
433 300 0.13
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (417 bp):
AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCGGTTCCTTAAAGTATTTAAGACGATCCAT
TCCTTCAAGCAATTTTCAGAACATTAGCAAAATCTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAA
CTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
ATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTTGTCCAAAT
AGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTT
CTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
Found at i:3287 original size:834 final size:835
Alignment explanation
Indices: 607--8530 Score: 5091
Period size: 850 Copynumber: 9.5 Consensus size: 835
597 ATCTGGTCCA
* * *
607 AACTTTTCAAACTTTCACGATTTCTTTTATAACATCTGTTCCTTAAAGTATTAAGACGATCCATT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATC-GTTCCTTAAAGTATTAAGACGATCCATT
* * * * *
672 CCTTCATGCAATTTTCAGAACATTCGCATAATTTGGTCCATATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAAC
65 CCTTCAAGCAATTTTCAGAACAATCACATAATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAC
* * * *
737 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTCAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTGGGATGAAC
130 TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
** * * **
802 TTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATGACATCAATTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
195 TTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
* * * * * * * ***
867 TCCATCCCTTC-AGGAAATTTTCTAACCATT---TGTTC-AGGAAATCACATAATTTGGAATAAA
260 TCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAA-CATTCAATGCTCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAA
* * * * *
927 TAGTTTGTCATTTTGTAAACAGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAAGTTATTTGCGTGAGAATTGAT
324 TAGTTAGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGAT
* * *
992 TCTCTATTGGTTCTTGGACT-AACTTGCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTGAATAACTTC
389 TCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTGAATAACTTC
* * * *
1056 TGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCATCGAGAAATTTTTCGAACATTCAATGTTCGAG
454 GGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCATAGAGCAATTTTTAGAACATTC-----TC---
* * *
1121 AAATCGCATCATTTGGTCCAAATAATTTGTTATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAA
511 -AAT-G-A-CATTTGGGCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAA
*
1186 ACTTATTTACGT-AGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACG-A------AACTTGTCAAACTTT
572 ACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT-TTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTT
* * ** *
1243 TACGAGCTC-TTGAATAACTTTGGTTCCTTAAAGTAT--------T-CATTCCTTGGAG-TAATT
636 TACGAGTTCTTTG-ATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATCAAGACGATCCATTCCTTAAAGAAAATT
* ** * * *
1297 TCCCGAACATTCCATGCTCGGGAAAGAGCATCATTTTGTCCAAACAG-TTGTTCATTTTGTAAAC
700 T-CCGAACATTCCATGCTCCGGAAATCGCATTATTTCGTCCAAATAGTTTG-TCATTTTGTAAAC
* * * * **
1361 AACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAAGTTATTTACGCGAGAATTATTTCTCCCTTGGTTCTTGGCCG
763 AACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCG
1426 AACTTTCG
828 AACTTTCG
* * *
1434 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTCTATAGA-ATCGATCCCTTAAAGCATTAAAGACGATCCA
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATA-ACATCG-TTCCTTAAAGTATT-AAGACGATCCA
* * *
1498 TTCCTTCAAGCAATTTTTAGAACATTCGCATAATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
63 TTCCTTCAAGCAATTTTCAGAACAATCACATAATTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
* *
1563 AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGATG
127 AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACG
* * *
1628 AACTTCCGAACTTGTCAAACTGTTATGAGATT-TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAG
192 AACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG-TTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAG
* * ** * *
1692 ATGATCCATTCCTTCTAGCAATTTTTCGAACATTCAATG-TTTAGGAAATCGCATCTTTTCGTCC
256 ACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCAATGCTCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCC
* * *
1756 AAATAGTTTA-TCATTTTGTAAATAACTTTTGGTCATTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAAT
321 AAATAG-TTAGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
* * * * * *
1820 TGATTCTTTCTTGGTTTTTGGAC-AAACTTTCGAACTTGTCAAACTTGTACGAGTTCTTGAATAA
385 TGATTCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTGAATAA
*
1884 CTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCATCA-AGCAATTTTTCA-AACATTCCATG
450 CTTCGGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCAT-AGAGCAATTTTT-AGAACA-T---T-
* * * * * *
1947 CTCGGGGAATCGCATCATATGGTCTAAATAGTTTATGATATTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTCA
508 CTC----AAT-G-A-CATTTGGGCCAAATAGTTTGTCAT-TTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGA
*
2012 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTC
565 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT-TTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTC
* * * * * * **
2077 AAACTTTTACAAGTTCTTTTAAAACTTCGATACCTTAAAGTATCATGACGATCCATTCCTTTGAG
629 AAACTTTTACGAGTTCTTTGATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATCAAGACGATCCATTCCTTAAAG
* * * * ** *
2142 CAATTTTTCGAACATTCTATGCT-CGAGAAATCGCATCT-TTTCAACCAAGTAGTTTGTCATTTT
694 AAAATTTCCGAACATTCCATGCTCCG-GAAATCGCAT-TATTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTT
* * *
2205 GTAAAAAAACTTTTGATCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGATTTATTTGTCTATTGGTTC
757 GT-AAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTTC
*
2270 TTGGCCGAACTTTAG
821 TTGGCCGAACTTTCG
* * * *
2285 AACTTGTCAAACGTTTACGATTTCTTTTATAACATCGGTTTCTTAAAGTATTTAAGACGATCCGT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATC-GTTCCTTAAAGTA-TTAAGACGATCCAT
* * * *
2350 TCCTTCATGCAATTTTCAGAAC-ATTAGCAAAATCTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA
64 TCCTTCAAGCAATTTTCAGAACAATCA-CATAATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA
* * *
2414 ACTTTTGGTCTTTGAATTTAATACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGA
128 ACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGA
* ** * * * *
2479 ACTTCCGAACTTGTCAACCTTTTACGAGTTCTTAGATAACTTTGGCTCCTTAATGTATTTAAGAC
193 ACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGAC
* * ** * *
2544 GGTCCATTCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTCAATGCTCGA-GAAATTGCATCATTTTGTCCAA
258 GATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCAATGCTCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCCAA
* * *
2608 ATAGTTAGTCATTTTGTAAA-AACCTTTTGGTCTTCGATTTAAAAAGTTATTTACGTGAGAATTG
323 ATAGTTAGTCATTTTGTAAACAA-CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
* ** * * * **
2672 TTTCTCCCTTGGTTATTGG-CTGAATTTCCAAACTTGT-ACAACTTTTCCGAGTTCTTCTATAAC
387 ATTCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTGAATAAC
* * * * **
2735 ATCGGTCCCTTAAAGCATTCGAGA-GATCCATTTTATAGAGCAATTTTTAGAACATTCTC-AT-A
451 TTCGGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCATAGAGCAATTTTTAGAACATTCTCAATGA
* * *
2797 -ATTTGGGCCGAGATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTCGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTC
516 CATTTGGGCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT
* * * *
2861 ACCTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGAAGAACTTCCGAACTTGTCAAACATTTACGAGAT
580 ACGTGAGAATTGTTTCTCT-TTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* * * *
2926 CTTTGATAACTTCGGTTCCTTAAATTATTCAAGATGATCCATTCCTTCAAGAAAATTTCCAAACA
644 CTTTGATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA-TCAAGACGATCCATTCCTTAAAGAAAATTTCCGAACA
* * * **
2991 TTCCATGCTCCGGAAATCGCATTATTTGGTCCAAATAGTTTGACATTTAGTAAACTGCTTTTGGT
708 TTCCATGCTCCGGAAATCGCATTATTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGT
* *
3056 CTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAATCATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACGTTCG
773 CTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* * * * * * *
3119 AACTTGTTAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACTTCAGTTCCTTAATGTTTTCAAGATGATTCAT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATC-GTTCCTTAAAGTATT-AAGACGATCCAT
* * ** * * *
3184 TCCGTCAAGCTATTTTCTA-AACAATCACATCAA-TTGGTTTAAATAGTTTTTAATTTTGTATAC
64 TCCTTCAAGCAATTTTC-AGAACAATCACAT-AATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
* *
3247 AACTGTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACG
127 AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACG
* * *
3312 AACATCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTTCTTAAAGTATTCAAGA
192 AACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGA
* * *
3377 CGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTCCATGCTCG-GGGAATCGCATCATTTGGTCCA
257 CGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCAATGCTCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCCA
* ** * *
3441 AATAGTTTGTGGTTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTGAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
322 AATAGTTAGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
* * * * * * * * ** ** *
3506 TTTGTTTATTTGTTATTGG-CGCGAACTTCTGAACTTGTAAAACTTTTACAACCTCTTTTATAAG
387 ATTCTCTATTGGTTATTGGAC-TGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTGAATAAC
* * * * ** *
3570 TTCGGTTCATTAAAGTATTCTAGACGATCCATTACTTCCAGCAATTTTTCGAACATTCCAAGCTC
451 TTCGGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCATAGAGCAATTTTTAGAACATT-----CTC
* * * * *
3635 AGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTCTCATGTTGTAAACAACTTTTGGTCTCTGAATT-
511 ----AAT-G-A-CATTTGGGCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTA
* * * * * *
3699 AAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCTC-TTAGTTTTTGGATGAACTTTCGAACTTTTCTAACT
569 AAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACT
*
3763 TTTACGAGTTCTTAT-ATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCGAGACGATCCATTCCTTAAAGAAA
634 TTTACGAGTTCTT-TGATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA-TCAAGACGATCCATTCCTTAAAGAAA
* * * * * * **
3827 ATTTTCGAACATTCCATGCT-TGGTAAA-C-AAGTA-TTGGT-C------TTTG--A-GTTAAAA
697 ATTTCCGAACATTCCATGCTCCGG-AAATCGCATTATTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAA
* ** ** ** * * * **
3878 ACTTA-TTTACGTGAGAATTT--TTTATCAA-TTGGTTCTGGGACG-A--A-----CT-TTCGAA
761 AC-AACTTT---TG-GTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGA-GAATTATTTGTCTATTGGTT
* *
3930 CTT-GTCAAACTATTACG
820 CTTGGCCGAACT-TT-CG
* * * * ** *
3947 AGTTCTT-TTATAAC--TT-CG-GTTCCTTAAAGTATCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATT-
1 A--ACTTGTCA-AACTTTTACGAGTT-CTT---TTAT--A-AC-AT-CGTTCCTTAAAG-TATTA
*** * * * * * ** ** * *
4006 TTCCGA-ACATT-C--CATGC-----TCTGGA-AATCGCATCTTTTGAACCATATAGTTGGTCAT
53 AGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCAGAACAATCACATAATTTGGTCCAAATAGTTTGTCAT
* * * * * * * * * *
4061 TTTGTAAAGAGCCTTTGGTCTTTGAAATAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTGTTTATTTGT
118 TTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGT
* * * * *
4126 TCTTGGCCGAACTTCCCGAACTTGTCAAACTTTCACGATTTCTTTTATAACATCTGTTCCTTAAA
183 TCTTGGACGAACTT-CCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAA
4191 GTATT-AAGACGATCCATTCCTTC-ATGCAA-TTTTCAGAACATTC---G--C------AT---A
247 GTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGA-GCAATTTTTC-GAACATTCAATGCTCGAGGAAATCGCA
* *
4239 --ATTTGGTCCATATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT
310 TCATTTGGTCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT
* * * * * * * * *
4302 ATGTTAAAATTGTTTCTCTCTTTGTTCTGGGA-TGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGTGT
375 ACGTGAGAATTGATTCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGT
*** * ** * * * * * * * *
4366 TCTTTTGTAACATCAATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATCCCTTCGGGAAATTTTCTA-AC
440 TCTTGAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCATAGAGCAATTTT-TAGAA
* * *** * *
4430 CATTTGTTCAGGAAATCACATAATTTGGAATAAATAGTTCGTCATTTTGTAAACAGCTTTTGGTC
504 CA-TT-CTC----AATGAC---ATTTGGGCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTC
* * * *
4495 TTTGATTTAAAAAGTTATTTACGTGAGAATTGATTCTCTCTTGGTTCTTGGACT-AACTTGCGAA
560 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT-TTGGTTCTTGGA-TGAACTTCCGAA
* * * *
4559 CTTGTCAAACTTGTATGAGTTC-TTGAATAACTGCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATT
623 CTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTG-ATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA-TCAAGACGATCCATT
* ** * * * * * * * * * * *
4623 CCATCGAGCAATTTTTCAAACTTTCAATG-TTCGGGAATCGCATCATTTGGTCCAAATAATTTGT
686 CCTTAAAGAAAATTTCCGAACATTCCATGCTCCGGAAATCGCATTATTTCGTCCAAATAGTTTGT
* * * * * *
4687 TATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGT-AGAATTGTTTCTCTCTT
751 CATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTATTTGTCTATT
*
4751 GGTTCTTGGACG-A------
816 GGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* ** * * *
4764 AACTTGTCAAACTTTTACGAGCTCTTGAATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGGTCCAT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCG-TTCCTTAAAGTATT-AAGACGATCCAT
* * * * * * * *
4829 TCCTTCGAGTAATTTCCCA-AACATTCCATGCTTGGGAAAGAGCATCATTTTGTCCAAACAACTA
64 TCCTTCAAGCAATTT-TCAGAACA----AT-C---------A-CATAATTTGGTCCAAA-TAGTT
** * * * * *
4893 T-TCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGTTTTAAAAAGTTATTCACGCGATAATTGTTTCTCC
112 TGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * * * *
4957 CTTGGTTCTT-GCCAGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTCTATAGCATCTGTCC
177 CTTGGTTCTTGGAC-GAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTC
* *
5021 CTTAAAGCATTAAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAA-TTTTCAGAACATTC-A----C------A
241 CTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTC-GAACATTCAATGCTCGAGGAAA
* * *
5074 T---A--ATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGATCTTTGAATTAAAAAA
305 TCGCATCATTTGGTCC-AAATAGTTAGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
* * * * **
5134 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGA-TAAACTTCTAAACTTGTCAAACTTTT
369 TTATTTACGTGAGAATTGATTCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTT
* * ** * * * **
5198 ATGA-TATTTTTTATAACTTCGTTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCCAGCAATTT
434 ACGAGT-TCTTGAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCATAGAGCAATTT
* * * *
5262 TTCA-AACATTCAATGTTCAGGAAATCGCATCTTTTCGTCCAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACA
498 TT-AGAACATTC-----TC----AAT-G-A-CATTTGGGCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA
* * * **
5326 ACTTTTGGTCTTTAAATTTAAAACTTATTTACGTGAGAATTGATTCTCTCTTGGATT-TTGGACA
550 ACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT-TTGG-TTCTTGGATG
* * * **
5390 AACTTCCAAACTTGTCAAACTTGTACGAGTT-ATTGAATAACTTTAGTTCCTTAAAGTATTC-A-
613 AACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTG-ATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA-TCAAG
* * * * * * * * *
5452 A-GA--C-TT-C---AAGCAATTTTCCAAACATTCCATGCTCGGGGAATCGCATCATATGGTCTA
676 ACGATCCATTCCTTAAAGAAAATTTCCGAACATTCCATGCTCCGGAAATCGCATTATTTCGTCCA
* * * *
5509 AATAGTTTATGATATTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTACT-TGAGAAT
741 AATAGTTTGTCAT-TTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTA-TGTGAGAAT
* ** * *
5573 TGTTTGTCTATTGGTTCTTGGATGAACGTCCG
804 TATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* * * * **
5605 AACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGATACCTTAAAGTATCATTACGATCCATT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCG-TTCCTTAAAGTATTAAGACGATCCATT
** ** *
5670 CCTTTGAGCAATTTTTC-GAACATTTTATGCTTGAGAATTCGCATCTTTTCGTCCAAATAG-TTG
65 CCTTCAAGCAA-TTTTCAGAACA----AT-C------A----CATAATTTGGTCCAAATAGTTTG
* * * * * *
5733 TCATTTTGTAAAAAAAACTTTTGGTCTTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGATTTATTTGTC
114 TCATTTTGT--AAACAACTTTTGGTC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC
* * * * * * *
5798 TGTTGGTTCTTGGCCGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACAATTTCTTTTATAACATCGGTTT
176 TCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTC
* * *
5863 CTTAAAGTATTCAAGCCTATTCATTCCTTC-ATGCAA-TTTTCAGAACATT--A-G--C------
241 CTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGA-GCAATTTTTC-GAACATTCAATGCTCGAGGAA
* * * *
5915 AT---A--ATCTGCTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAAC
304 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
** * * *
5975 TTATTTACGTGAGAATTTTTTCTGTCTTGGTTCTTGGAC-GAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTT
369 TTATTTACGTGAGAATTGATTCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTT
* * * * * * * * * *
6039 ACGAGTTCTTAAATAACTTCGGTTCGTTAAAGGATTCAAGATGGTCCAGTCCTTCGAGTAATTTC
434 ACGAGTTCTTGAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCATAGAGCAATTTT
** * * * *
6104 CCGAACATTCCATGCTCGAGAAATTGCATCATTTTGTCCAAATAGTTAGTCGA-TTTGTAAAAAA
499 TAGAACA-T---T-CTC----AA-TG-A-CATTTGGGCCAAATAGTTTGTC-ATTTTGTAAACAA
* ** * * *
6168 CTTTTGGTCTTCGGTTTAAAAAGTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGTTGAA
551 CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT-CTTTGGTTCTTGGATGAA
* * * * ** *
6233 TTTCCAAACTTGT-ACAACTTTTCCGAGTTCTTCT-ATAACATCGGACCCTTAAAGCAAT-AGAG
615 CTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTT-TGATAACTTCGGTTCCTTAAAG-TATCA-AG
* * * * * *
6295 ACGTTCCATT--TTATTGAGCAATTTTCAGAACA-T---T-CT-C----AT---A--ATTTGGTC
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* * * **
6343 CAAAATAGTTTATCATTTTGTAAATAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAA
739 C-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAA
* * * * * *
6408 TTGA-TTCTCTCTTGGTTTTTGGACAAACTTCCG
803 TT-ATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
* * ** * *
6441 AACTTGTCAAACTTGTACGAGTTCCTAAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATC-GTTCCTTAAAGTATT-AAGACGATCCAT
* * * *
6506 TTCTTCAAGCAATTTTCCA-AACATTCCATGCTCGGGGAATCGCATCATATGGTCTAAATAGTTT
64 TCCTTCAAGCAATTTT-CAGAACA----A---TC-----A---CATAATTTGGTCCAAATAGTTT
* * * *
6570 ATGATATTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCT
113 GTCAT-TTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * * * *
6635 ATTGGTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTCACAAGTTCTTTTATAACTTCGATACC
177 CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCC
* * **
6700 TTAAAGTA-TCATGACGATCTATTCCTTC-AGCAATTTTTCGAACATTTTATGCTCG-GGAAATC
242 TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCAATGCTCGAGGAAATC
* * * * * *
6762 GCATCTTTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTTATAAAAAAGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTT
307 GCATCATTTGGTCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAACAA-CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTT
* * * * * * *
6827 ATTTATGTGAGATTTGTTTGTCTATTGGTTCTTGG-CCGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTAC
371 ATTTACGTGAGAATTGATTCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTAC
* * ** * * * * * * * * *
6891 GATTTGTTTTATAACATCAGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCGTTCCTTCA-TGCAATTTTC
436 GAGTTCTTGAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCAT-AGAGCAATTTTT
* ** * * * * *
6955 AAAACATTAGC-AT-A-ATCTAGTCCAAATAGTTTGTCATTCTATAAACAACTTTTGGTCTTTGA
500 AGAACATTCTCAATGACATTTGGGCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGA
** *
7017 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTTCGAACTTGTC
565 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT-TTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTC
* ** * * **
7082 AAACTTTTACAAGTTCTTAAATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGGTCCATTCCTTCGA
629 AAACTTTTACGAGTTCTTTGATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA-TCAAGACGATCCATTCCTTAAA
* *** * * * * *
7147 G-TAATTTCCCGAACATTCCATGCTCAATAAATCACATCATTTTGTCCAAATAGTTAGTCTTTTT
693 GAAAATTT-CCGAACATTCCATGCTCCGGAAATCGCATTATTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTT
* * * * * **
7211 GTAAAAAAACTTTTGGTCTTCGATTTAAAAAGTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCCCTTGGTTC
757 GT-AAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTTC
* *
7276 TTGGCTGAA-TTTCCA
821 TTGGCCGAACTTT-CG
* * * * *
7291 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTCTATAACATCGGTCCCTTAAAGCAATAGAGACGTTCCAT
1 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATC-GTTCCTTAAAGTATTA-AGACGATCCAT
* * * * *
7356 T-TTATCTAGCAATTTTCAGAACATTCTCATAATTTGGTCCAAAATAGTTCGTCATTTTGTAAAC
64 TCCT-TCAAGCAATTTTCAGAACAATCACATAATTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
* * * *
7420 AACCTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCACCTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGACG
127 AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACG
* * ** *
7485 GACTTCCGAACTAGTCAAA-TATTTACGAGTTCTTAGATAACTTCGGTTCCTTAAATTATTCAAG
192 AACTTCCGAACTTGTCAAACT-TTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAG
** * *
7549 ATAATCCATTCCTTC-A--AAATTTTC---CA---AA----C------AT-TC--CA--T-G--C
256 ACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCAATGCTCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCC
* * *
7587 ---TCG---G-------G-AAACAGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAA-T
321 AAATAGTTAGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT
* * * * ** * * **
7637 CATTTGTCTATTGGTTCTTGG-CCGAACTTTTGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTATTTTATAA
386 GA-TTCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTGAATAA
* * * * * *
7701 CTTCAGTTCCTTAAAGT-TTACAAGATGATCCATTCCGTCA-AGTAATTTTCTA-AACAATCAC-
450 CTTCGGTTCCTTAAAGTATT-CTAGATGATCCATTCCAT-AGAGCAATTTT-TAGAACATTCTCA
** ** * * * *
7762 AT--CGGTTGGTTCAAATAGTTTTTAATTTTGTATACAACTGTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA
512 ATGACATTTGGGCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA
* * * * * *
7825 TTTATGTGAGAAATGTTTTTTTTTTGGTTCTTGGATGAACATCCGAACTTGTAAAACTTTTACGA
577 TTTACGTGAGAATTG-TTTCTCTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGA
* * ** * * *
7890 GTTCTTTTATAACTTCGGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCTGA
641 GTTCTTTGATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA-TCAAGACGATCCATTCCTTAAAGAAAATTTCCGA
* * * * * * **
7955 GCACTCCATGCTCGGGGAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTGGTTTTGTAAACAACTTTT
705 ACATTCCATGCTCCGGAAATCGCATTATTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTT
* * * * * * * *
8020 GGTCTTTGAATTGAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTTTATTTGTTATTGGCTGAAC-TTC
770 GGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTC
8084 TG
835 -G
* * ** * * *
8086 AACTTGTAAAACTTTTAC-ATGCTCTTTTATAAGTTCGGTTCATTAAAGTATTCTAGAGGATCCA
1 AACTTGTCAAACTTTTACGA-GTTCTTTTATAACATC-GTTCCTTAAAGTATT-AAGACGATCCA
* * *
8150 TTCCTTCCAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTT
63 TTCCTTCAAGCAA-TTTTCAGAACA----A---TC-----A---CATAATTTGGTCCAAATAGTT
* * * * * * *
8214 TCTCATGTTGTACACAACTTTTGGTCTTTG-ATTTAGAACTAATTTATGTGAGAATTGTTTCTCT
112 TGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * *
8278 CTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTATATAACTTTGGTTCC
177 CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCC
* * * * * *
8343 TTAAAGTATTCAAGACAATCCATTCCTT-GAAGAAATTTTTCGAACATTCCATTCTTG-GTAAAT
242 TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCG-AGCAATTTTTCGAACATTCAATGCTCGAGGAAAT
* * *
8406 CGCATCATTTGGTCC-AA-A-TT-G----TTTCT---C-ACTTTTGGTTTTTGAGTTAAAAACTT
306 CGCATCATTTGGTCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTT
** * * * * * * * *
8459 ATTTACGTGAGAATTTTTTGTCAATTTGTTCTTGAAC-GAACTTTCGAACTTGTAAAACTATTAC
371 ATTTACGTGAGAATTGATTCTCTATTGGTTATTGGACTGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTAC
8523 GAGTTCTT
436 GAGTTCTT
8531 TTATTCTTTG
Statistics
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TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACT
TCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAT
CCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCAATGCTCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATA
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TTCCTTAAAGTATTCTAGATGATCCATTCCATAGAGCAATTTTTAGAACATTCTCAATGACATTT
GGGCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGA
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AACTTCGGTTCCTTAAAGTATCAAGACGATCCATTCCTTAAAGAAAATTTCCGAACATTCCATGC
TCCGGAAATCGCATTATTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATT
TAAAAACTTATTTATGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCG
Found at i:3970 original size:178 final size:174
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Indices: 3674--4023 Score: 486
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3664 TTCTCATGTT
* * * *
3674 GTAAACAACTTTTGGTCTCTGAATTAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCTTAGTTTTTGG
1 GTAAACAACTATTGGTCTCTGAATTAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTATCTTAGTTCTGGG
* * * * *
3739 ATGAACTTTCGAACTTTTCTAACTTTTACGAGTTCTTATATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCG
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* * * * *
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*
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** *
3979 CAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCATGCT
128 CAAGACGATCCATTCCTTAAAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCT
4024 CTGGAAATCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GACGATCCATTCCTTAAAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCTTG
Found at i:4233 original size:216 final size:214
Alignment explanation
Indices: 3849--6274 Score: 2081
Period size: 216 Copynumber: 11.5 Consensus size: 214
3839 TCCATGCTTG
* * * * * **
3849 GTAAACAAGTATTGGTCTTTGAGTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTTTTTATCAATTGGTTCT
1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
* * * * *
3914 GGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTATTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA-
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*
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* * *
4043 AACCATATAGTTGGTCATTTT
194 ATCCAAATAGTTTGTCATTTT
* * * * * * * * * *
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1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
* * *
4129 TGGCCGAACTTCCCGAACTTGTCAAACTTTCACGATTTCTTTTATAACATCTGTTCCTTAAAGTA
66 TGGACGAACTT-CCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCTGTTCCTTAAAGTA
*
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130 TTCAAGACGATCCATTCCTTCGA-GCAATTTTCA-AACATTCCATGCTCGGAAATCGCATCTTTT
* *
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193 GATCCAAATAGTTTGTCATTTT
* * * *
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1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
* * * * **
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* * * * * * * *
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*
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193 G-ATCCAAATAGTTTGTCATTTT
* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** *
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* * * * **
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* * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* *
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*
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* * *
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1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
** ** * * *
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* * * *
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*
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* * *
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1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGG-TTC
* * * * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
5526 GTAAACAACTTTTGGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTACTTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCT
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* * * * *
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66 TGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATCTG-TTCCTTAAAGTA
** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
5805 TCTTGGCCGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACAATTTCTTTTATAACATCGGTTTCTTAAAG
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* * * *
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*
5921 -TGCTCCAAATAGTTTGTCATTTT
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* * *
5944 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTACGTGAGAATTTTTTCTGTCTTGGTTCT
1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
** * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * ** * *
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1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
** * * * *
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66 TGGACGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACATC
6275 GGACCCTTAA
Statistics
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Alignment explanation
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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*
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * **
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*** * * *
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* * * * * * **
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* *
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* * *
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*
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* ** * *
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* * * ** * **
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130 TCAAGACGATCCATTCCTTCCAGCAATTTTTCAAACATTCCATG-TTCAGGAAATCGCATC-TTT
* * * * * * *
4879 T-GTCCAAACAACTAT-TCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGTTTTAAAAAGTTATTCACGC
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* * *
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* * * * *
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* * *
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1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCT
** ** * * *
5168 TGGATAAACTTCTAAACTTGTCAAACTTTTATGATATTTTTTATAACTTCGTTTCCTTAAAGTAT
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* * *
5233 TCAAGATGATCCATTCCTTCCAGCAATTTTTCAAACATTCAATGTTCAGGAAATCGCATCTTTTC
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* *
5298 GTCCAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTT-AAAACTTATTTACGTGA
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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** ** * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCT
** * *
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* * * * * ** * * *
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130 TCAAGACGATCCATTCCTTCCAGCAATTTTTCAAACATTCCATGTTCAG-GAAATCGCATC-TTT
* * * * *
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* ** * *
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* ** * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * *
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** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
7166 ATGCTCAATAAATCACATCATTTTGTCCAAATAGTTAGTCTTTTT
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * ** *
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*
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* * ** *
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* ** * * *
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66 TGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGA-TTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTAT
* * * * **
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* * * * * * *
7768 TGGTTCAAATAGTTTTTAATTTTGTATACAACTGTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTG
193 TGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTG
* * * * * * * *
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258 AGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGCA-GAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT
* *
7898 ATAACTTCGGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCTGAGCACTCCA
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* **
7963 TGCTCGGGGAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTGGTTTT
381 T--TC-----A--GCATAATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTT
* * * * *
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1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCT
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
8200 TGGTCAAAATAGTTTCTCATGTTGTACACAACTTTTGGTCTTTGATTT-AGAACTAATTTATGTG
193 TGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTG
* *
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258 AGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGCA-GAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT
* * *
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322 ATAAC-TCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCG-AGCAA-TTTTCAGAACATTC
* **
8392 --CAT--TCTTGGT--AAATCGCATCATTTGGTCCAAATT
384 AGCATAAT-TTGGTCCAAAT---A--GTTT-GT-CATTTT
** * * * * * * *
8426 GT-TTCTCACTTTTGGTTTTTGAGTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTTTTTGTCAATTTGTTC
1 GTAAAC-AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTC
* * * *
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Alignment explanation
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3839 TCCATGCTTG
* * * * * *
3849 GTAAACAAGTATTGGTCTTTGAGTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTTTTTATCAATTGGTTCT
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* * * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *** * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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830 ATTTT
*
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* * *
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* * * **
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* ** * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* *
5072 -CATAATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGATCTTTGAATTAAAAAATT
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* ** * *
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* *
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*
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* **
5393 TTCCAAACTTGTCAAACTTGTACGAGTTATTGAATAACTTTAGTTCCTTAAAGTATTCA-AGAC-
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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452 TACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGATT
** * * * * * * * * ** *
6045 TCTTAAATAACTTCGGTTCGTTAAAGGATTCAAGATGGTCCAGTCCTTCGAGTAATTTCCCGAAC
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* * * *
6110 ATTCCATGCTC-GAGAAATTGCATCATTTTGTCCAAATAGTTAGTCGA-TTTGTAAAAAACTTTT
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*** * * * *** *
6173 GGTCTTCGGTTTAAAAAGTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGTTGAATTTCC
642 GGTCTTTAATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGATTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTCC
* * ** * ** * * *
6238 AAACTTGT-ACAACTTTTCCGAGTTCTTCTATAACATCGGACCCTTAAAGCAAT-AGAGACGTTC
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*** * * * * * *
6301 ---C-ATTTT-ATTGA-GCAATTTTCAGAACATTCTCATAATTTGGTCCAAAATAGTTTATCATT
771 AAGCAATTTTCAAACATTCAATGTTCGGGA-A-TCGCATCATTTGGT-CAAAATAGTTTATCATT
6360 TT
833 TT
* * * * *
6362 GTAAATAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGATTCTCTCTTGGTTTT
1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCT
* * * * * *
6427 TGGACAAACTTCCGAACTTGTCAAACTTGTACGAGTTCCTAAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTAT
66 TGGACGAACGTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTAATAACTTCGATTCCTTAAAGTA-
* * * * * * *
6492 TCAAGATGATCCATTTCTTCAAGCAATTTTCCAAACATTCCATGCTCGGGGAATCGCATCATATG
130 TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCAAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATC-TTTT
* * * *
6557 GTCTAAATAGTTTATGATATTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTACGTGA
194 GTCCAAAAAG-TTATCAT-TTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGA
**
6622 GAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGATGAAC-TTCTGAACTTGTCAAACTTTCACAAGTTCTTTT
257 GAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTC-GAACTTGTCAAACTTTCACAAGTTCTTTT
* * * *
6686 ATAACTTC-GATACCTTAAAGTA-TCATGACGATCTATTCCTTCA-GCAATTTTTC-GAACATTT
321 ATAACATCTG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCATGCAA-TTTTCAGAAC----
** * * *
6747 TATGCTCGGGAAATCGCATCTTTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTTATAAAAAAGCTTTTGGTCT
380 -AT--TC-----A--GCATAATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA-CTTTTGGTCT
* * * * * *
6812 TTGATTTAAAAACTTATTTATGTGAGATTTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCAAACT
434 TTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACT
* *
6877 TGTCAAACTTTTACGATTTGTTTTATAACATCAGTTT-CTTAAAGTATTCAAGACGATCCGTTCC
499 TGTCAAACTTTTACGATTTCTTTTATAACATC-GTTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCC
* * *
6941 TTCATGCAA-TTTTCAAA-A--CA--TT-A-G-CAT--AATC--TAGTCCAAATAGTTTGTCATT
563 TTCA-GCAATTTTTCAAACATTCATGTTCAGGAAATCGCATCTTTTGTCCAAATAGTTTGTCATT
* * *
6993 CTATAAACAACTTTTGGTCTTTGAA-TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGT
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* * * * * *
7057 TCTTGGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTAAATAACTTTGGTTCCTTAAAG
691 TCTTGGACAAACTTCCAAACTTGTCAAACTTGTACGAGTTCTTGAATAACTTCGGTTCCTTAAAG
* * * * * * * *** *
7122 TATTCAAGACGGTCCATTCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTCCATGCTCAATAAATCACATCAT
756 TATTC-AGA--G---A--CATTCAAGCAATTT-TCAAACATTCAATGTTC-GGGAATCGCATCAT
* * *
7187 TTTGTCCAAATAG-TTAGTCTTTTT
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* * * * * **
7211 GTAAAAAAACTTTTGGTCTTCGATTTAAAAAGTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCCCTTGGTTC
1 GT-AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTC
** * * * *
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* * * *
7339 CAAT-AGAGACGTTCCATT-TTATCTAGCAATTTT-CAGAACATT-C-T-C-------AT---A-
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* * * * *
7387 ATTTGGTCCAAAATAGTTCGTCATTTTGTAAACAACCTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCA
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* * * * * * * * *
7452 CCTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGACGGACTTCCGAACTAGTCAAA-TATTTACGAGTT
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** * * * ** *
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* * *
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** * * * *** *
7619 ACTTATTTACGTGAGAATCATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTTGAACTTGTTAAACTTT
445 ACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTT
* * * * * *
7684 TACGAGTTATTTTATAACTTCAG-TTCCTTAAAGT-TTACAAGATGATCCATTCCGTCAAGTAA-
510 TACGATTTCTTTTATAACATC-GTTTCCTTAAAGTATT-CAAGACGATCCATTCCTTC-AGCAAT
* * * * * * *
7746 TTTTCTAAACA---A---TC---ACATCG----GTTGGTTCAAATAGTTTTTAATTTTGTATACA
572 TTTTC-AAACATTCATGTTCAGGAAATCGCATCTTTTGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA
* * * * * * * **
7798 ACTGTTGGTCTTTGAA-TTAAAAACTTATTTATGTGAGAAATGTTTTTTTTTTGGTTCTTGGATG
636 ACTTTTGGTCTTT-AATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGATTCTCTCTTGGTTCTTGGACA
* * * * ** *
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* * * * * * *
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* **
7992 ATAGTTTGTGGTTTT
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* * * * *
8007 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTGAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTTTATTTGTTAT
1 GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCT
* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
8200 TGGT-CAAAATAGTTTCTCATGTTGTACACAACTTTTGGTCTTTG-ATTTAGAACTAATTTATGT
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* * ** * * *
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* *
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8371 GAAGAAATTT
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852 3 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (834 bp):
GTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCT
TGGACGAACGTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTAATAACTTCGATTCCTTAAAGTAT
CAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCAAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCTTTTGT
CCAAAAAGTTATCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
TGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTCACAAGTTCTTTTATAAC
ATCTGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCATGCAATTTTCAGAACATTCAGCATAA
TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
TGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGATTTCTT
TTATAACATCGTTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAGCAATTTTTCAAACATTCA
TGTTCAGGAAATCGCATCTTTTGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAA
TTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGATTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTCCAAACTTGTC
AAACTTGTACGAGTTCTTGAATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAGAGACATTCAAGCAATTTT
CAAACATTCAATGTTCGGGAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTATCATTTT
Found at i:6328 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 5924--7381 Score: 1042
Period size: 217 Copynumber: 6.9 Consensus size: 216
5914 CATAATCTGC
* * *
5924 TCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTACGTGAGA
1 TCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTCGAATTTAAAACTTATTTACGTGAGA
* ** *
5989 ATTTTTTCTGTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAAATA
66 ATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAAATA
* ** * * * * * *
6054 ACTTCGGTTCGTTAAAGGATTCAAGATGGTCCAGTCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTCCATGC
131 ACATCGGACCCTTAAAGCAATCAAGACGGTCCAGTCCTTCGAGCAATTTCCAGAACATTCCATGC
6119 TCGAGAAATTGCATCATTTTG
196 TCGAGAAATTGCATCATTTTG
* *
6140 TCCAAATAGTTAGTCGA-TTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTCG-GTTTAAAAAGTTATTTACGTGA
1 TCCAAATAGTTAGTC-ATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTCGAATTT-AAAACTTATTTACGTGA
** * * **
6203 GAATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGTTGAATTTCCAAACTTGT-ACAACTTTTCCGAGTTCTTCT
64 GAATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTAA
* ** * *
6267 ATAACATCGGACCCTTAAAGCAAT-AGAGACGTTCCA-TTTTATTGAGCAATTTTCAGAACA-T-
128 ATAACATCGGACCCTTAAAGCAATCA-AGACGGTCCAGTCCT-TCGAGCAATTTCCAGAACATTC
*
6328 --T-CTC-----A-T--A--ATTTGG
191 CATGCTCGAGAAATTGCATCATTTTG
* * * * *
6341 TCCAAAATAGTTTA-TCATTTTGT-AAATAA-CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACAT
1 TCC-AAATAG-TTAGTCA-TTT-TGTAAAAAACTTTTGGTCTTCGAATTTAAAACTTATTTACGT
* * * * * * *
6403 GAGAATTGATTCTCTCTTGGTTTTTGGACAAACTTCCGAACTTGTCAAACTTGTACGAGTTCCTA
62 GAGAATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTA
* ** * * * * * * *
6468 AATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTTCTTCAAGCAATTTTCCA-AACATTC
127 AATAACATCGGACCCTTAAAGCAATCAAGACGGTCCAGTCCTTCGAGCAA-TTTCCAGAACATTC
* * * * *
6532 CATGCTCGGGGAATCGCATCATATGG
191 CATGCTCGAGAAATTGCATCATTTTG
* * * *
6558 TCTAAATAGTTTA-TGATATTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTC-AATTAAAAACTTATTTACGTG
1 TCCAAATAG-TTAGTCAT-TTTGTAAAAAACTTTTGGTC-TTCGAATTTAAAACTTATTTACGTG
* ** * ** * * **
6621 AGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTCACAAGTTCTTTT
63 AGAATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAA
* * * * * * * * *
6686 ATAACTTC-GATACCTTAAAG-TATCATGACGATCTATTCCTTC-AGCAATTTTTC-GAACATTT
128 ATAACATCGGA-CCCTTAAAGCAATCAAGACGGTCCAGTCCTTCGAGCAA-TTTCCAGAACATTC
* * *
6747 TATGCTCGGGAAATCGCATC-TTTTCG
191 CATGCTCGAGAAATTGCATCATTTT-G
* * * *
6773 TCCAAATAGTTTGTCATTTTATAAAAAAGCTTTTGGTCTTTG-ATTTAAAAACTTATTTATGTGA
1 TCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAAAAA-CTTTTGGTCTTCGAATTT-AAAACTTATTTACGTGA
* * ** * * * **
6837 GATTTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGATTTGTTTTA
64 GAATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAAA
* *** * * * * *
6902 TAACATCAGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCC-GTTCCTTC-ATGCAATTTTCAAAACATT--
129 TAACATCGGACCCTTAAAGCAATCAAGACGGTCCAG-TCCTTCGA-GCAATTTCCAGAACATTCC
*
6963 A-G--C-A-TAA-T-C-T-A----G
192 ATGCTCGAGAAATTGCATCATTTTG
* * * * * *
6975 TCCAAATAGTTTGTCATTCTATAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
1 TCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTCGAATTTAAAACTTATTTACGTGAGA
* * * * *
7040 ATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTAAATA
66 ATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAAATA
* * ** * * * * *
7105 ACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGGTCCATTCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTCCATGC
131 ACATCGGACCCTTAAAGCAATCAAGACGGTCCAGTCCTTCGAGCAATTTCCAGAACATTCCATGC
* * **
7170 TCAATAAATCACATCATTTTG
196 TCGAGAAATTGCATCATTTTG
* *
7191 TCCAAATAGTTAGTCTTTTTGTAAAAAAACTTTTGGTCTTCG-ATTTAAAAAGTTATTTACGTGA
1 TCCAAATAGTTAGTCATTTTGT-AAAAAACTTTTGGTCTTCGAATTT-AAAACTTATTTACGTGA
* * **
7255 GAATTATTTCTCCCTTGGTTCTTGG-CTGAATTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTCT
64 GAATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGAC-GAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAA
* * ** * *
7319 ATAACATCGGTCCCTTAAAGCAAT-AGAGACGTTCCA-TTTTATCTAGCAATTTTCAGAACATTC
128 ATAACATCGGACCCTTAAAGCAATCA-AGACGGTCCAGTCCT-TCGAGCAATTTCCAGAACATTC
7382 TCATAATTTG
Statistics
Matches: 988, Mismatches: 184, Indels: 139
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
201 139 0.14
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203 24 0.02
204 2 0.00
205 1 0.00
206 3 0.00
207 5 0.01
208 3 0.00
210 3 0.00
211 4 0.00
212 4 0.00
214 19 0.02
215 152 0.15
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217 247 0.25
218 2 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (216 bp):
TCCAAATAGTTAGTCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTCGAATTTAAAACTTATTTACGTGAGA
ATTGTTTCTCCCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAAATA
ACATCGGACCCTTAAAGCAATCAAGACGGTCCAGTCCTTCGAGCAATTTCCAGAACATTCCATGC
TCGAGAAATTGCATCATTTTG
Found at i:6830 original size:215 final size:215
Alignment explanation
Indices: 6340--7594 Score: 1191
Period size: 217 Copynumber: 5.9 Consensus size: 215
6330 TCATAATTTG
* * *
6340 GTCCAAAATAGTTTATCATTTTGTAAATAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGA
1 GTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGA
* * * * * *
6405 GAATTGATTCTCTCTTGGTTTTTGGACAAACTTCCGAACTTGTCAAACTTGTACGAGTTCCTAAA
65 GAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTATA
* *
6470 TAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTTCTTCAAGCAATTTTCCAAACATTCCAT
130 TAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCCAAACATTCCAT
* * *
6535 GCTCGGGGAATCGCATCATATG
195 GCTCGGGAAATCGCATC-TTTT
* * * * *
6557 GTCTAAATAGTTTATGATATTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTACGTGA
1 GTCCAAATAGTTTGTCAT-TTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGA
* * * * * * *
6622 GAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTCACAAGTTCTTTTA
65 GAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTATA
* * * * * * **
6687 TAACTTCGATACCTTAAAGTA-TCATGACGATCTATTCCTTC-AGCAATTTTTCGAACATTTTAT
130 TAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCCAAACATTCCAT
6750 GCTCGGGAAATCGCATCTTTT
195 GCTCGGGAAATCGCATCTTTT
* * *
6771 CGTCCAAATAGTTTGTCATTTTATAAAAAAGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTATGTG
1 -GTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAA-CTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTG
* * * * * * * *
6836 AGATTTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGATTTGTTTT
64 AGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAT
* * * * * *
6901 ATAACATCAGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCGTTCCTTCATGCAATTTTCAAAACATT--A
129 ATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCCAAACATTCCA
* *
6964 -G--C-----AT--AATC--TA
194 TGCTCGGGAAATCGCATCTTTT
* * *
6974 GTCCAAATAGTTTGTCATTCTATAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
1 GTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
* * * *
7039 AATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTAAAT
66 AATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTATAT
* * * * * *
7104 AACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGGTCCATTCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTCCATG
131 AACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCCAAACATTCCATG
*** *
7169 CTCAATAAATCACATCATTTT
196 CTCGGGAAATCGCATC-TTTT
* * * * *
7190 GTCCAAATAGTTAGTCTTTTTGTAAAAAAACTTTTGGTCTTCGATTTAAAAAGTTATTTACGTGA
1 GTCCAAATAGTTTGTCATTTTGT-AAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGA
* * * * *
7255 GAATTATTTCTCCCTTGGTTCTTGG-CTGAATTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTCT
65 GAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGAC-GAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTAT
* * * * * * *
7319 ATAACATCGGTCCCTTAAAGCAAT-AGAGACGTTCCATT-TTATCTAGCAATTTT-CAGAACA-T
129 ATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCA-AGACGATCCATTCCT-TCAAGCAATTTTCCA-AACATT
* *
7380 ---T-CTC-----AT---A-ATTTG
191 CCATGCTCGGGAAATCGCATCTTTT
* * * * * * *
7392 GTCCAAAATAGTTCGTCATTTTGTAAACAACCTTTG-GTCTTTGAATTAAAAACTTATTCACCTG
1 GTCC-AAATAGTTTGTCATTTTG-TAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTG
* * *
7456 AGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGACGGACTTCCGAACTAGTCAAA-TATTTACGAGTTCTTA
64 AGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACT-TTTACGAGTTCTTA
* * **
7520 GATAACTTCGGTTCCTTAAATTATTCAAGATAATCCATTCCTTCAA--AATTTTCCAAACATTCC
128 TATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCCAAACATTCC
7583 ATGCTCGGGAAA
193 ATGCTCGGGAAA
7595 CAGCTTTTGG
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 152, Indels: 91
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
200 10 0.01
201 139 0.16
202 140 0.17
203 29 0.03
204 3 0.00
205 6 0.01
206 1 0.00
207 4 0.00
210 1 0.00
211 2 0.00
212 4 0.00
213 4 0.00
214 12 0.01
215 154 0.18
216 71 0.08
217 264 0.31
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (215 bp):
GTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
AATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTATAT
AACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCCAAACATTCCATG
CTCGGGAAATCGCATCTTTT
Found at i:7734 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 7424--7756 Score: 429
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
7414 GTAAACAACC
** * *
7424 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCACCTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTGGACGGACT
1 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCACCTGAGAATCATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACT
* * *
7489 TCCGAACTAGTCAAATATTTACGAGTTCTTAGATAACTTCGGTTCCTTAAATTATTCAAGATAAT
66 TCCGAACTAGTCAAATATTTACGAGTTATTAGATAACTTCAGTTCCTTAAATTATACAAGATAAT
*
7554 CCATTCCTTCAA-AATTTTCCAAACATTCCATGCTCGGGAAACAGCT
131 CCATTCCGTCAAGAATTTTCCAAACATTCCATGCTCGGGAAACAGCT
* * * * *
7600 TTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATCATTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACT
1 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCACCTGAGAATCATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACT
** * * ** *
7665 TTTGAACTTGTTAAACT-TTTACGAGTTATTTTATAACTTCAGTTCCTTAAAGTT-TACAAGATG
66 TCCGAACTAGTCAAA-TATTTACGAGTTATTAGATAACTTCAGTTCCTTAAA-TTATACAAGATA
*
7728 ATCCATTCCGTCAAGTAATTTTCTAAACA
129 ATCCATTCCGTCAAG-AATTTTCCAAACA
7757 ATCACATCGG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 21, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 117 0.89
177 3 0.02
178 12 0.09
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCACCTGAGAATCATTTCTCTATTGGTTCTTGGACGAACT
TCCGAACTAGTCAAATATTTACGAGTTATTAGATAACTTCAGTTCCTTAAATTATACAAGATAAT
CCATTCCGTCAAGAATTTTCCAAACATTCCATGCTCGGGAAACAGCT
Found at i:7951 original size:201 final size:205
Alignment explanation
Indices: 7592--8381 Score: 720
Period size: 216 Copynumber: 3.8 Consensus size: 205
7582 CATGCTCGGG
* * * * *
7592 AAACAGCTTTTGGTCTTTGATTTAAAAACTTATTTACGTGAG-AATCATTTGTCTATTGGTTCTT
1 AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAAT-GTTTTTCTTTTGGTTCTT
** ** * * *
7656 GGCCGAACTTTTGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACTTCAGTTCCTTAAAGT-TT
65 GGATGAACTTCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATT
* * * * **
7720 ACAAGATGATCCATTCCGTCAAGTAATTTTCTA-A-A-C-AATCACATCGGTTGGTTCAAATAGT
130 -CAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCTACACATCGAATCGCATCATTTGGTTCAAATAGT
*
7781 TTTTAATTTTGT
194 TTCTAATTTTGT
* * * *
7793 ATACAACTGTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAAATGTTTTTTTTTTGGTTCTTG
1 AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAATGTTTTTCTTTTGGTTCTTG
* *
7858 GATGAACATCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTTCTTAAAGTATTC
66 GATGAACTTCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTC
*
7923 AAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCTGAGCACTCCATGCTCGGGGAATCGCATCATTTGGT
131 AAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCT-A-CA---CA---TC---GAATCGCATCATTTGGT
* * **
7988 CCAAATAGTTTGTGGTTTTGT
185 TCAAATAGTTTCTAATTTTGT
* * *
8009 AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTGAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTT-TATTT-GTTAT
1 AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAATGTTT-TTCT-TTTGGTTCT
* * * * *
8072 TGGCTGAACTTCTGAACTTGTAAAACTTTTAC-ATGCTCTTTTATAAGTTCGGTTCATTAAAGTA
64 TGGATGAACTTCCGAACTTGTAAAACTTTTACGA-GTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA
* * * *
8136 TTCTAGAGGATCCATTCCTTCCAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTT
128 TTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAA-TTTTC-TACA---CA---TC--G-AATCGCATCATTT
* *
8201 GG-TCAAAATAGTTTCTCATGTTGT
182 GGTTC-AAATAGTTTCTAATTTTGT
* * * * * * * *
8225 ACACAACTTTTGGTCTTTG-ATTTAGAACTAATTTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTG
1 AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAATGTTTTTCTTTTGGTTCTTG
* * * *
8289 GATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTATATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTC
66 GATGAACTTCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTC
* * *
8354 AAGACAATCCATTCCTTGAAGAAATTTT
131 AAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTT
8382 TCGAACATTC
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 76, Indels: 41
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
201 131 0.27
202 6 0.01
204 1 0.00
208 1 0.00
212 1 0.00
214 7 0.01
215 109 0.22
216 219 0.45
217 11 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.16, T:0.41
Consensus pattern (205 bp):
AAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAATGTTTTTCTTTTGGTTCTTG
GATGAACTTCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTC
AAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTCTACACATCGAATCGCATCATTTGGTTCAAATAGTTT
CTAATTTTGT
Found at i:8150 original size:216 final size:214
Alignment explanation
Indices: 7767--8534 Score: 836
Period size: 216 Copynumber: 3.6 Consensus size: 214
7757 ATCACATCGG
* * * *
7767 TTGGTTCAAATAGTTTTTAATTTTGTATACAACTGTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGT
1 TTGGTCCAAATAGTTTCTAATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGT
* * * *
7832 GAGAAATGTTTTTTTTTTGGTTCTTGGATGAACATCCGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTT
66 GAGAATTGTTTTTTATTT-GTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTT
* *
7897 TATAACTTCGGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAA-TTTTCTGAGCACTC
130 TATAACTTCGG-TTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTC-GAACATTC
*
7961 CATGCTCGGGGAATCGCATCAT
193 CATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* ** * *
7983 TTGGTCCAAATAGTTTGTGGTTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTGAAAACTTATTTACGT
1 TTGGTCCAAATAGTTTCTAATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGT
* * *
8048 GAGAATTGTTTGTTTATTTGTTATTGGCTGAACTTCTGAACTTGTAAAACTTTTAC-ATGCTCTT
66 GAGAATTGTTT-TTTATTTGTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTAAAACTTTTACGA-GTTCTT
* * * *
8112 TTATAAGTTCGGTTCATTAAAGTATTCTAGAGGATCCATTCCTTCCAGCAATTTTTCGAACATTC
129 TTATAACTTCGGTTC-TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTC
*
8177 CATGCTCAGGAAATCGCATCAT
193 CATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* * * * * * *
8199 TTGGTCAAAATAGTTTCTCATGTTGTACACAACTTTTGGTCTTTG-ATTTAGAACTAATTTATGT
1 TTGGTCCAAATAGTTTCTAATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGT
* * * *
8263 GAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTT-TCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTT
66 GAGAATTGTTT-TTTATTTGTTCTTGGATGAACTTCT-GAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTT
* * * *
8327 ATATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACAATCCATTCCTT-GAAGAAATTTTTCGAACATT
129 TTATAACTTCGGTT-CTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCG-AGCAATTTTTCGAACATT
* * *
8391 CCATTCTTGGTAAATCGCATCAT
192 CCATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* * * *
8414 TTGGTCCAAATTGTTTC--------T---C-ACTTTTGGTTTTTGAGTTAAAAACTTATTTACGT
1 TTGGTCCAAATAGTTTCTAATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGT
* * * *
8467 GAGAATT-TTTTGTCAATTTGTTCTTGAACGAACTT-TCGAACTTGTAAAACTATTACGAGTTCT
66 GAGAATTGTTTT-T-TATTTGTTCTTGGATGAACTTCT-GAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCT
8530 TTTAT
128 TTTAT
8535 TCTTTGAAAA
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 70, Indels: 34
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
202 1 0.00
203 16 0.03
204 68 0.14
207 1 0.00
214 1 0.00
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217 11 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.16, T:0.42
Consensus pattern (214 bp):
TTGGTCCAAATAGTTTCTAATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGT
GAGAATTGTTTTTTATTTGTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTT
ATAACTTCGGTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCAT
GCTCGGGAAATCGCATCAT
Found at i:12725 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 12717--12747 Score: 62
Period size: 3 Copynumber: 10.3 Consensus size: 3
12707 TTCAACTAGC
12717 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT T
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT T
12748 TTTTATACAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.32, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:15072 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 14986--15122 Score: 177
Period size: 48 Copynumber: 2.9 Consensus size: 48
14976 GTTGTTTATT
* *
14986 TATGCTTCATTAAGTGTTTT-TTTGTTAAAGGCATCTTTGTTTAATAA
1 TATGCATCATTAAGTGTTTTGTTTGTTAAATGCATCTTTGTTTAATAA
* * * *
15033 TCTGTATCATTAAGTGTTTTGTTTGTAAAATGCATCTTTGTTTAGTAA
1 TATGCATCATTAAGTGTTTTGTTTGTTAAATGCATCTTTGTTTAATAA
* * * *
15081 TATGCATTATTAACTGTTTTGTTTATTAAATGCATATTTGTT
1 TATGCATCATTAAGTGTTTTGTTTGTTAAATGCATCTTTGTT
15123 AAATGCCTTG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 13, Indels: 1
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
47 17 0.22
48 59 0.78
ACGTcount: A:0.26, C:0.08, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (48 bp):
TATGCATCATTAAGTGTTTTGTTTGTTAAATGCATCTTTGTTTAATAA
Found at i:15074 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 15050--15087 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
15040 CATTAAGTGT
15050 TTTGTTT-GTAAAATGCATC
1 TTTGTTTAGTAAAATGCATC
*
15069 TTTGTTTAGTAATATGCAT
1 TTTGTTTAGTAAAATGCAT
15088 TATTAACTGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.41
20 10 0.59
ACGTcount: A:0.26, C:0.08, G:0.16, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTTGTTTAGTAAAATGCATC
Found at i:15668 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 15564--15720 Score: 233
Period size: 80 Copynumber: 2.0 Consensus size: 79
15554 TCAATAAGAA
* * * * *
15564 GAAATGCCATGTCTTTTCAGCTACATCAGATCCTAACAAAGAGACATGGCTCATTGGCTTTCCTA
1 GAAATGCCATGCCTTTTCAACTACATCAGATCCTAACAAAGAGACATGACTCATTAGCTTCCCTA
15629 CAAGAGTTAAAAAC
66 CAAGAGTTAAAAAC
* **
15643 GAAATTGCCATGCCTTTTTAACTACATCAGATCCTAATGAAGAGACATGACTCATTAGCTTCCCT
1 GAAA-TGCCATGCCTTTTCAACTACATCAGATCCTAACAAAGAGACATGACTCATTAGCTTCCCT
15708 ACAAGAGTTAAAA
65 ACAAGAGTTAAAA
15721 TGAAATTAGT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 8, Indels: 1
0.88 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
79 4 0.06
80 65 0.94
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (79 bp):
GAAATGCCATGCCTTTTCAACTACATCAGATCCTAACAAAGAGACATGACTCATTAGCTTCCCTA
CAAGAGTTAAAAAC
Done.