genome.fa.s12547.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012547.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127556, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  170779

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2635--2680	20	2.4	19	96	3	83	28	4	10	56	1.53
3322--3612	98	3.0	98	91	1	460	39	16	15	29	1.88
3919--4008	29	3.1	29	74	16	80	35	5	26	32	1.80
3947--4412	30	15.9	29	79	8	432	34	4	26	34	1.77
3948--4412	59	8.0	57	80	11	439	34	4	26	34	1.77
6648--7422	78	9.9	78	84	2	892	25	19	28	26	1.99
6609--7411	39	20.6	39	70	13	456	25	19	28	26	1.99
19018--19313	97	3.1	96	91	1	468	38	15	15	30	1.88
19550--19607	28	2.0	29	83	9	75	32	3	29	34	1.74
19700--20048	29	12.0	28	74	11	188	35	3	25	35	1.72
19673--20036	86	4.2	86	73	11	215	36	3	24	35	1.72
19655--20018	116	3.1	115	76	9	325	35	3	25	35	1.74
19742--20013	59	4.6	57	76	13	200	36	2	25	35	1.71
19711--20019	29	10.6	28	78	10	248	34	2	26	35	1.72
19746--20035	30	9.9	29	78	9	189	36	3	24	35	1.72
21860--21962	6	18.0	6	71	13	74	54	3	0	41	1.19
21862--21970	17	6.4	17	85	3	130	55	4	0	40	1.21
21866--21963	52	1.9	51	87	2	142	55	4	0	40	1.19
22021--22049	15	1.9	15	100	0	58	6	37	0	55	1.27
24907--24931	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
25781--25835	16	3.3	16	78	14	58	67	1	20	10	1.30
25792--25838	18	2.7	18	83	3	60	65	2	23	8	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27662--27745	44	1.9	44	87	0	123	30	28	11	28	1.92
30683--30730	15	3.2	15	71	11	53	29	27	20	22	1.99
32029--32077	17	2.9	17	87	3	73	69	0	0	30	0.89
36019--36070	21	2.5	21	81	6	61	32	9	21	36	1.86
41358--41409	26	2.0	26	100	0	104	53	3	15	26	1.59
43849--43909	19	3.3	19	77	13	65	32	3	0	63	1.10
43849--43909	9	6.7	9	76	10	61	32	3	0	63	1.10
43856--43908	27	2.0	27	85	7	72	32	3	0	64	1.12
43891--43981	45	2.0	46	85	10	125	26	4	4	64	1.31
49513--49542	15	2.0	15	93	0	51	56	10	0	33	1.32
49662--49708	15	2.9	15	79	14	58	40	2	0	57	1.11
51426--51467	14	2.9	15	82	13	52	40	4	2	52	1.35
52146--52187	15	2.6	16	85	7	59	54	0	2	42	1.13
52346--52492	58	2.5	58	84	3	188	24	16	11	47	1.79
52336--52492	59	2.7	59	83	4	194	24	15	12	47	1.79
52731--52867	31	4.5	31	75	13	133	45	12	16	24	1.82
52675--52867	89	2.2	90	85	4	257	44	12	16	25	1.84
53954--53983	14	2.1	14	100	0	60	40	0	0	60	0.97
54067--54123	17	3.4	16	71	9	51	61	1	0	36	1.07
54102--54151	23	2.3	23	86	6	68	64	0	0	36	0.94
54879--54920	18	2.3	18	88	8	59	47	0	4	47	1.23
61379--61536	69	2.3	69	86	0	226	37	4	13	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61382--61536	23	6.7	23	84	0	193	37	4	12	45	1.63
61601--61701	36	2.8	36	90	0	157	30	12	20	35	1.91
63328--64164	419	2.0	418	96	0	1541	42	13	16	27	1.86
67600--67637	18	2.1	19	85	5	51	34	13	2	50	1.55
67725--67814	44	2.0	44	85	4	119	38	11	3	46	1.56
73857--73887	13	2.3	13	94	5	53	67	0	0	32	0.91
74825--74882	26	2.1	28	84	6	75	53	0	3	43	1.17
76546--76632	39	2.2	40	91	6	142	35	21	4	37	1.74
81088--81123	18	1.9	19	88	5	56	55	19	13	11	1.68
85211--85244	17	2.0	17	88	0	50	52	11	17	17	1.73
90076--90108	17	1.9	17	100	0	66	51	18	18	12	1.76
95178--95508	158	2.1	158	87	2	477	29	24	23	22	1.99
95365--95792	132	3.1	132	81	7	415	30	25	22	21	1.99
95205--95792	286	2.0	288	85	2	788	29	24	23	22	1.99
95495--95782	154	1.9	154	90	1	461	30	25	23	21	1.99
115512--115956	194	2.3	194	86	0	613	26	17	27	28	1.98
118161--118482	100	3.2	99	84	4	405	38	20	17	23	1.93
118422--118642	50	4.4	50	73	8	160	37	17	18	26	1.93
118497--118639	51	2.8	50	73	12	123	37	18	16	27	1.93
118446--118639	101	1.9	101	85	4	266	37	18	17	27	1.92
119707--119763	30	1.9	29	89	3	87	50	3	10	35	1.54
119706--119769	29	2.2	29	83	5	85	56	3	9	31	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121891--122021	30	4.4	30	74	6	122	36	25	3	35	1.72
121889--122023	60	2.2	60	81	5	157	35	25	3	35	1.74
121891--122052	60	2.7	61	77	11	149	34	25	3	35	1.74
122333--122446	56	2.0	56	100	0	228	29	14	15	40	1.87
124007--124067	33	1.9	33	84	15	85	62	0	3	34	1.12
123968--124215	77	3.3	75	82	6	302	56	2	10	30	1.48
124008--124056	15	3.3	14	80	11	53	61	0	4	34	1.15
123968--124215	76	3.3	75	83	6	302	56	2	10	30	1.48
126881--126917	18	2.1	18	90	10	58	35	5	0	59	1.20
127720--127771	15	3.5	15	75	19	63	36	19	0	44	1.51
127710--127775	30	2.2	30	97	2	123	34	19	0	45	1.51
129491--129531	20	2.0	20	100	0	82	65	4	4	24	1.32
136105--136280	52	3.4	52	94	0	298	25	14	25	35	1.93
136823--136862	21	1.9	21	94	0	71	37	20	10	32	1.85
139971--140030	33	1.9	31	83	16	79	40	1	8	50	1.43
141284--141345	28	2.3	27	80	8	72	51	1	1	45	1.20
145464--145496	3	11.7	3	87	12	52	72	0	27	0	0.85
146258--146317	27	2.2	27	84	0	75	48	11	18	21	1.80
146606--146686	21	3.8	21	81	1	81	11	18	32	38	1.86
149213--149277	33	2.0	33	90	0	103	49	20	4	26	1.68
149342--149390	18	2.6	17	79	17	53	69	18	4	8	1.30
149841--149931	47	1.9	47	86	4	130	64	14	2	18	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149841--149913	6	12.5	6	78	9	62	67	15	1	16	1.31
154349--154425	11	6.9	11	75	5	66	41	1	1	55	1.16
154359--154438	6	14.0	6	74	19	73	43	2	2	51	1.28
154349--154424	33	2.3	33	86	2	107	40	1	1	56	1.16
154352--154438	17	5.1	17	84	9	106	43	2	2	51	1.26
156158--156598	59	7.4	59	86	1	558	34	30	2	31	1.73
156158--156603	178	2.5	177	86	2	615	34	31	3	31	1.74
156158--156692	178	3.0	171	80	9	538	33	30	4	31	1.77
158493--158520	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
158723--158763	21	2.0	21	85	9	57	26	4	7	60	1.43

Tables:   1

The End!