genome.fa.s12565.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012565.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127574, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  341411

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161--212	25	2.0	25	81	11	59	23	5	5	65	1.36
595--623	9	3.2	9	100	0	58	34	0	0	65	0.93
4762--5205	52	8.6	52	91	1	678	35	24	15	24	1.95
10957--11116	81	2.0	81	98	0	311	33	20	25	21	1.97
16087--16128	21	2.0	21	95	0	75	30	7	23	38	1.82
17991--18065	21	3.6	21	81	3	71	34	12	26	26	1.91
20122--20155	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
28286--28318	15	2.1	16	94	5	59	12	9	6	72	1.26
29208--29393	93	2.0	93	90	0	291	25	30	13	30	1.94
31299--31339	10	3.9	10	84	9	55	78	0	21	0	0.76
32665--32744	39	2.1	39	100	0	160	28	15	15	41	1.87
35041--35116	21	3.6	21	80	3	73	30	11	27	30	1.92
46397--46422	8	3.2	8	100	0	52	23	11	0	65	1.25
56766--56796	15	2.1	15	100	0	62	22	38	6	32	1.80
62769--62823	6	9.3	6	78	9	51	3	21	0	74	0.97
64955--65009	28	2.0	28	88	0	83	20	40	10	29	1.86
73107--73134	9	3.1	9	100	0	56	21	10	10	57	1.63
77525--77621	48	2.0	48	93	0	167	25	19	23	30	1.98
93735--93782	20	2.5	19	86	6	62	6	20	0	72	1.05
105360--105517	78	2.0	78	100	0	316	35	21	8	34	1.85
106108--106171	21	3.0	21	95	4	112	32	32	9	25	1.88
106319--106503	92	2.0	92	98	0	361	36	17	17	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115316--115358	21	2.0	23	86	9	63	9	23	2	65	1.34
115333--115385	25	2.2	25	80	6	65	7	15	3	73	1.20
121271--121301	14	2.1	15	94	5	55	77	3	6	12	1.08
133415--133476	18	3.5	18	77	4	72	17	16	16	50	1.79
134334--134376	13	3.3	13	100	0	86	30	16	9	44	1.79
142401--142447	24	2.0	24	84	12	62	27	12	4	55	1.56
142446--142503	28	2.1	28	100	0	116	27	17	13	41	1.87
154135--154215	29	2.8	29	83	3	83	40	14	14	29	1.86
155796--155859	25	2.5	24	75	9	58	25	15	23	35	1.94
161508--161563	26	2.2	26	84	6	71	30	16	25	28	1.96
164111--164158	20	2.3	21	79	13	55	27	4	8	60	1.44
165054--165078	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
176471--176500	13	2.2	14	94	5	53	26	6	0	66	1.16
176528--176585	25	2.4	25	80	11	68	20	15	1	62	1.42
180324--180475	42	3.6	41	79	10	166	37	10	25	26	1.88
181611--181654	21	2.1	21	95	0	79	38	4	15	40	1.68
182962--183177	26	8.3	26	77	3	220	27	14	22	35	1.94
182962--183177	52	4.2	52	82	4	249	27	14	22	35	1.94
183116--183189	26	2.8	26	85	2	85	29	17	24	28	1.97
211196--211323	26	4.9	26	85	4	159	25	16	21	35	1.94
213637--213808	29	6.1	27	74	12	98	65	2	4	28	1.23
213693--213808	28	4.1	29	78	11	91	65	2	4	27	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214130--214193	16	3.9	16	87	8	85	10	7	7	73	1.25
214236--214292	21	2.7	20	83	8	69	8	1	8	80	0.97
214820--214887	10	6.8	10	79	3	75	33	1	1	63	1.13
214902--214965	10	6.7	10	73	10	53	34	0	0	65	0.93
214902--214965	19	3.4	18	79	16	76	34	0	0	65	0.93
215090--215272	89	2.1	84	86	6	242	37	9	15	37	1.80
215134--215328	89	2.2	89	80	8	218	36	9	13	40	1.76
218743--219010	143	1.9	143	82	6	346	28	18	18	33	1.95
219035--219194	50	3.2	50	72	5	144	26	20	16	35	1.94
219012--219373	100	3.6	101	78	8	335	27	18	17	35	1.94
219043--219265	50	4.4	49	71	10	130	27	19	18	33	1.96
219043--219373	101	3.3	100	78	6	287	28	19	18	34	1.95
220229--220255	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
221495--221524	12	2.6	11	90	10	51	0	10	0	90	0.47
221516--221614	44	2.2	45	89	1	146	14	20	13	52	1.74
228447--228495	6	8.2	6	86	0	62	48	2	28	20	1.60
233738--233788	18	2.7	20	81	6	70	41	0	0	58	0.98
236760--236809	9	5.3	9	79	9	55	80	2	2	16	0.91
236839--236930	46	2.0	46	100	0	184	36	19	6	36	1.78
238192--238248	27	2.1	27	96	0	105	17	8	29	43	1.79
246313--246361	25	2.0	25	83	0	62	65	6	6	22	1.38
246328--246384	28	2.0	28	89	0	87	70	3	8	17	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248766--248901	37	3.6	37	78	1	146	34	30	20	14	1.93
248760--248900	74	1.9	75	89	1	221	34	29	20	14	1.93
256413--256450	17	2.1	19	85	9	53	34	21	0	44	1.52
272250--272315	15	4.4	15	74	14	64	71	0	27	1	0.95
272280--272313	13	2.6	13	80	0	50	76	0	23	0	0.79
275371--275410	19	2.0	20	85	4	55	32	17	0	50	1.47
277401--277463	32	2.0	30	84	6	81	44	17	4	33	1.70
281793--281856	32	2.0	32	84	3	83	40	17	4	37	1.70
286913--286975	30	2.1	31	84	3	83	46	1	7	44	1.42
287402--287434	16	2.1	16	88	11	50	27	3	15	54	1.55
294314--294338	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
295086--295133	23	2.2	22	85	7	62	41	2	8	47	1.45
298274--298312	20	2.0	20	84	0	51	35	30	0	33	1.58
300541--300696	26	6.0	26	79	5	154	32	21	18	26	1.97
300550--300739	78	2.4	78	85	5	240	34	21	18	25	1.96
307595--307629	17	1.9	19	88	11	56	65	5	2	25	1.28
309384--309413	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
309498--309571	36	2.1	36	85	10	98	35	8	18	37	1.81
309793--309818	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
322349--322374	5	5.2	5	100	0	52	42	57	0	0	0.98
332542--332852	170	1.8	170	95	0	568	28	19	15	36	1.92
341063--341109	17	2.8	17	86	0	67	14	21	12	51	1.76

Tables:   1

The End!