genome.fa.s12630.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012630.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127639, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  279347

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
563--596	13	2.6	13	90	0	50	32	11	23	32	1.91
2938--2990	24	2.2	24	83	6	63	20	9	43	26	1.82
14291--14407	58	2.0	59	96	1	218	39	6	11	41	1.69
14663--14872	29	7.2	29	79	5	172	45	2	17	35	1.61
14726--14890	59	2.8	59	86	2	181	48	2	13	35	1.56
14732--14890	29	5.4	29	74	8	106	49	2	12	35	1.54
16218--16302	6	14.8	6	71	9	61	55	4	1	38	1.29
16219--16304	17	5.1	17	82	0	109	55	4	1	38	1.28
16219--16304	34	2.5	34	86	0	127	55	4	1	38	1.28
16783--17395	117	5.2	114	76	10	454	22	19	32	25	1.98
16899--17256	156	2.3	154	83	3	432	22	21	31	24	1.98
16950--17311	156	2.3	156	84	3	462	22	20	32	25	1.98
16783--17394	39	15.7	38	72	13	331	22	19	32	25	1.98
17268--17433	78	2.1	78	84	2	208	27	18	29	24	1.98
18691--18789	10	9.9	10	76	14	80	2	18	0	79	0.82
18686--18779	18	5.5	17	76	16	88	1	18	0	80	0.76
18680--18788	25	4.3	26	80	11	111	1	19	0	78	0.83
18686--18779	7	13.3	7	73	20	72	1	18	0	80	0.76
18698--18789	42	2.3	40	85	9	125	2	17	0	80	0.81
22749--22785	19	2.0	19	89	5	58	32	18	13	35	1.90
24267--24367	29	3.5	28	77	5	76	30	2	29	36	1.72
24267--24400	30	4.6	29	74	8	94	32	2	27	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24409--24557	60	2.5	61	86	3	205	46	2	17	34	1.60
24415--24585	29	5.8	29	78	11	152	46	2	14	35	1.60
25913--25998	17	5.1	17	82	2	111	55	3	1	39	1.24
25915--25998	34	2.5	33	88	5	132	55	3	1	39	1.25
25965--26013	7	6.7	7	81	9	62	57	2	0	40	1.10
36997--37038	17	2.4	17	84	11	50	21	26	2	50	1.61
37681--37714	17	1.9	18	88	5	52	61	8	0	29	1.26
37970--38047	10	7.7	10	71	21	56	37	2	1	58	1.20
38087--38146	21	2.9	21	78	14	70	35	3	1	60	1.23
38551--38597	22	2.1	22	88	7	69	25	4	6	63	1.36
38584--38672	31	2.8	31	93	1	142	25	13	8	51	1.70
39281--39323	18	2.4	18	84	7	52	41	4	9	44	1.57
40552--40613	17	3.6	17	72	23	67	38	3	38	19	1.68
40537--40609	34	2.1	34	94	0	128	41	2	36	19	1.66
50374--50447	33	2.2	34	90	2	114	44	2	33	18	1.64
51476--51520	25	1.9	24	86	13	67	33	13	8	44	1.75
51719--51778	17	3.7	17	75	18	65	56	0	3	40	1.16
63119--63156	13	2.7	15	80	16	53	57	2	5	34	1.35
69477--69589	51	2.2	51	87	0	154	33	12	21	32	1.90
80717--80824	26	4.2	26	87	0	135	26	14	12	45	1.82
97935--97982	18	2.6	19	80	9	55	0	41	0	58	0.98
121627--121695	7	10.0	7	77	3	77	17	23	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121637--121719	20	4.1	20	77	11	71	16	16	26	39	1.90
121628--121719	41	2.3	40	81	7	105	17	18	26	38	1.93
121685--121738	26	2.1	26	89	0	81	20	11	20	48	1.80
124106--124160	26	2.1	26	100	0	110	47	7	30	14	1.71
124459--124501	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
125287--125316	8	3.8	8	90	0	51	53	10	0	36	1.35
126180--126292	56	2.0	56	100	0	226	32	15	23	28	1.95
131064--131099	9	4.0	9	85	0	54	19	41	0	38	1.52
131066--131105	18	2.2	18	100	0	80	15	40	0	45	1.46
131802--132163	23	15.7	23	85	0	490	34	4	12	48	1.60
136941--136988	25	2.0	24	84	12	62	58	8	0	33	1.28
137452--137546	28	3.4	28	71	11	70	55	2	3	38	1.27
137453--137535	28	3.0	28	75	7	71	59	2	3	34	1.28
142105--142155	18	2.9	17	81	16	52	60	1	1	35	1.19
151461--151501	17	2.4	17	91	0	64	53	12	12	21	1.70
153719--153748	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
156249--156287	18	2.1	19	86	13	55	56	2	2	38	1.27
157340--157377	16	2.4	16	87	12	60	71	0	18	10	1.14
174107--174146	18	2.2	18	86	8	55	70	2	0	27	1.01
176108--176215	36	3.0	36	98	0	207	17	22	18	41	1.90
182169--182198	14	2.1	14	100	0	60	73	0	6	20	1.05
182189--182220	11	2.9	11	90	0	55	65	3	0	31	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182879--183198	82	3.9	82	82	4	403	34	23	15	25	1.95
182882--183198	164	1.9	164	87	1	465	34	23	16	25	1.95
190248--190483	82	2.9	82	87	0	310	33	23	17	25	1.96
192122--192206	40	2.1	41	84	2	109	27	20	16	36	1.93
192122--192221	41	2.5	40	81	4	121	26	19	20	35	1.96
197004--197051	7	7.3	7	88	11	75	0	25	0	75	0.81
197005--197056	27	2.0	27	85	7	72	3	25	0	71	1.03
198587--198723	69	2.0	68	98	0	256	30	21	16	31	1.95
210958--210988	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
213603--213653	21	2.4	21	80	9	59	29	27	13	29	1.94
216609--216658	24	2.1	24	100	0	100	34	18	16	32	1.92
221049--221089	19	2.1	20	86	4	57	53	21	9	14	1.70
224873--224914	21	2.0	21	100	0	84	42	0	23	33	1.55
226516--226657	25	5.6	25	76	7	101	26	16	24	32	1.96
226516--226657	50	2.8	50	80	3	151	26	16	24	32	1.96
226619--226687	26	2.7	26	86	0	84	26	20	26	27	1.99
235135--235179	20	2.2	20	84	7	56	26	0	2	71	0.98
237582--237639	25	2.3	25	90	0	89	39	20	15	24	1.91
238746--238804	30	2.0	29	83	3	73	35	0	13	50	1.42
248676--248790	42	2.7	42	76	6	124	36	11	26	25	1.90
248676--248837	85	1.9	85	81	8	199	40	12	23	23	1.88
250989--251050	13	4.8	13	84	2	63	37	3	19	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250994--251050	26	2.2	25	87	3	78	40	3	21	35	1.70
251401--251440	21	1.9	21	100	0	80	50	15	5	30	1.65
251455--251496	18	2.4	18	92	4	68	23	11	16	47	1.80
251830--252231	201	2.0	200	87	1	572	27	17	13	41	1.87
255464--255532	28	2.4	27	73	20	68	46	8	11	33	1.71
257514--257544	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
270973--271157	71	2.6	71	85	0	226	27	17	21	33	1.96
271099--271421	114	2.8	114	90	2	470	33	12	23	31	1.91
274015--274073	29	2.0	30	86	3	84	50	13	5	30	1.63
276888--276912	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
277422--277489	28	2.4	29	78	11	77	42	0	7	50	1.30

Tables:   1

The End!