Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01012635.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127644, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2544
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.19, T:0.34


Found at i:888 original size:11 final size:11

Alignment explanation


    Indices: 871--949  Score: 88
    Period size: 11  Copynumber: 7.2  Consensus size: 11

        861 TATTGGACTT

                 *     
        871 TTTAATTTAAA
          1 TTTAAATTAAA

                    *  
        882 -TTAAATTCAA
          1 TTTAAATTAAA

                    *  
        892 TTTAAATTTAA
          1 TTTAAATTAAA

                    *  
        903 TTTAAATTTAA
          1 TTTAAATTAAA

                        
        914 TTTAAATTTAAA
          1 TTTAAA-TTAAA

                   *   
        926 TTTAAATCAAA
          1 TTTAAATTAAA

                  *    
        937 TTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTAAA

              
        948 TT
          1 TT

        950 AAAAAAAGGC


Statistics
Matches: 59,  Mismatches: 7, Indels: 4
        0.84            0.10        0.06

Matches are distributed among these distances:
  10    8  0.14
  11   41  0.69
  12   10  0.17

ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.00, T:0.48


Consensus pattern (11 bp):   
TTTAAATTAAA

Found at i:899 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 874--942  Score: 85
    Period size: 6  Copynumber: 12.3  Consensus size: 6

        864 TGGACTTTTT

                               *                                   
        874 AATTTA AA-TTA AA-TTC AATTTA AATTT- AATTTA AATTT- AATTTA
          1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA

                              *           
        918 AATTTA AATTTA AA-TCA AATTTA AA
          1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AA

        943 ATAAATTAAA


Statistics
Matches: 55,  Mismatches: 4, Indels: 8
        0.82            0.06        0.12

Matches are distributed among these distances:
   5   23  0.42
   6   32  0.58

ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.00, T:0.46


Consensus pattern (6 bp):   
AATTTA

Found at i:910 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 874--952  Score: 99
    Period size: 17  Copynumber: 4.8  Consensus size: 17

        864 TGGACTTTTT

                            *
        874 AATTTAAATTAAA-TTC
          1 AATTTAAATTAAATTTA

                      *      
        890 AATTTAAATTTAATTTA
          1 AATTTAAATTAAATTTA

                   *         
        907 AATTTAATTTAAATTTA
          1 AATTTAAATTAAATTTA

                     *       
        924 AATTTAAATCAAATTTA
          1 AATTTAAATTAAATTTA

               *         
        941 AA-ATAAATTAAA
          1 AATTTAAATTAAA

        953 AAAAGGCCCA


Statistics
Matches: 54,  Mismatches: 8, Indels: 2
        0.84            0.12        0.03

Matches are distributed among these distances:
  16   20  0.37
  17   34  0.63

ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.44


Consensus pattern (17 bp):   
AATTTAAATTAAATTTA

Done.