genome.fa.s12649.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012649.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127659, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  205193

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8625--8680	28	2.0	28	82	6	69	58	3	8	28	1.45
10725--10785	27	2.2	28	91	2	97	29	9	24	36	1.88
10883--11109	30	7.7	29	67	20	98	35	3	23	37	1.72
10859--11122	59	4.5	58	77	7	230	35	4	25	35	1.75
10887--11053	30	5.6	30	71	11	112	37	2	23	36	1.68
10860--11111	119	2.1	117	82	7	289	35	3	24	36	1.74
12274--12309	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
12991--13059	6	11.8	6	77	10	72	52	4	1	42	1.30
13006--13059	23	2.3	23	93	0	90	53	1	1	42	1.22
13029--13073	17	2.6	18	89	3	65	55	2	4	37	1.32
13006--13067	23	2.7	23	87	5	72	56	1	3	38	1.25
12976--13038	17	3.7	17	83	6	74	50	4	1	42	1.32
13883--14015	70	1.9	67	83	4	167	31	12	12	43	1.79
14868--15144	71	3.9	71	87	3	371	36	18	12	31	1.89
14868--15138	141	1.9	142	86	3	386	36	18	13	31	1.89
16411--16673	71	3.7	70	82	3	294	34	17	15	32	1.91
18114--18720	225	2.7	222	90	1	937	30	19	14	34	1.92
18532--18917	197	2.0	198	87	1	560	32	21	15	31	1.94
18307--19394	427	2.6	423	87	2	1556	30	20	13	34	1.92
21088--21205	59	2.0	57	95	3	209	41	5	14	38	1.70
21542--21605	6	10.8	6	94	3	87	9	0	73	17	1.08
21835--23438	197	8.0	196	83	6	1033	32	18	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21863--23689	406	4.5	398	82	7	1802	32	18	13	35	1.90
21863--23689	204	8.9	202	84	6	1959	32	18	13	35	1.90
21641--23689	812	2.5	805	81	7	2288	32	18	13	35	1.90
23279--23719	228	1.9	228	91	0	722	30	19	12	38	1.88
26373--26406	6	5.7	6	92	0	59	14	0	82	2	0.79
26424--27637	206	5.9	205	88	3	1778	32	16	12	38	1.87
26424--27670	615	2.0	617	88	3	1869	32	16	12	38	1.86
27721--29204	208	7.1	208	83	5	1578	32	15	12	39	1.84
27721--29204	423	3.6	418	84	6	1839	32	15	12	39	1.84
29642--29709	34	2.0	34	100	0	136	26	29	14	29	1.95
31796--31920	65	1.9	64	83	4	162	48	8	15	27	1.74
32143--32204	28	2.3	27	81	13	74	48	0	1	50	1.10
32143--32201	26	2.2	26	82	11	66	49	0	1	49	1.11
44091--44165	17	4.4	17	85	8	98	42	0	4	53	1.19
44091--44165	35	2.2	34	85	7	98	42	0	4	53	1.19
44879--44921	3	15.0	3	90	4	63	67	0	0	32	0.91
45854--46133	29	9.5	30	80	5	295	35	28	3	32	1.74
45854--46217	59	6.2	58	77	9	307	34	29	4	31	1.76
48166--48223	29	2.0	30	89	3	91	37	0	41	20	1.53
48207--48247	19	2.1	20	90	4	66	51	0	24	24	1.49
54174--54525	29	12.1	30	74	13	136	38	24	3	33	1.74
54350--54506	57	2.8	57	82	5	194	38	26	3	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54288--54482	29	6.8	29	81	7	202	37	26	4	30	1.77
56428--56538	24	4.6	24	82	0	132	25	20	18	36	1.95
56428--56541	48	2.4	48	86	0	147	25	20	17	36	1.94
62924--63085	81	2.0	81	100	0	324	46	19	1	32	1.58
63894--63943	16	3.2	16	88	5	68	50	10	14	26	1.73
64161--64212	20	2.4	21	84	12	70	28	0	5	65	1.16
71381--71565	47	3.9	47	83	0	217	30	18	17	33	1.94
71381--71553	94	1.8	94	86	0	247	30	18	17	33	1.94
72814--72851	14	2.5	16	87	8	53	57	0	2	39	1.12
77519--77600	42	2.0	41	81	11	96	28	14	23	34	1.94
79665--79772	37	3.0	34	78	18	112	55	3	0	39	1.24
79697--79772	11	6.8	11	70	24	52	55	2	1	40	1.22
81007--81037	16	1.9	16	93	0	53	67	9	12	9	1.41
82585--82609	8	3.1	8	100	0	50	36	36	0	28	1.58
83500--83528	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
84476--84523	22	2.2	22	84	0	60	35	2	12	50	1.52
84483--84524	22	1.9	22	95	0	75	30	2	14	52	1.54
85774--85808	18	1.9	18	88	0	52	31	8	20	40	1.82
85892--85938	22	2.1	22	81	14	53	25	25	0	48	1.51
85914--85972	29	2.0	30	90	3	93	20	30	0	49	1.49
86648--86687	20	2.0	20	100	0	80	50	15	20	15	1.79
89551--89576	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102733--102774	18	2.4	17	84	4	57	35	2	0	61	1.09
116974--117010	19	1.9	19	89	10	58	37	8	5	48	1.56
119709--119751	23	1.9	23	90	4	70	65	2	2	30	1.18
120193--120252	31	1.9	31	86	0	84	58	1	1	38	1.18
120259--120304	23	2.0	23	86	4	65	41	4	0	54	1.20
121619--121670	27	1.9	27	84	7	70	44	5	0	50	1.26
122419--122490	25	3.2	25	64	32	70	27	2	9	59	1.43
122412--122493	43	1.9	43	97	0	155	30	2	9	57	1.44
125114--125300	98	1.9	98	87	2	277	33	6	12	46	1.69
136043--136084	16	2.6	16	81	7	50	66	4	9	19	1.38
136733--136776	19	2.2	19	84	8	52	52	6	2	38	1.41
136880--136923	21	2.2	20	84	8	54	47	9	2	40	1.48
136683--137182	142	3.5	143	84	4	612	46	8	3	42	1.48
137620--137662	3	14.3	3	82	0	50	55	0	6	37	1.27
137620--137662	21	2.0	21	90	0	68	55	0	6	37	1.27
139865--139983	61	2.0	61	98	0	229	30	17	13	38	1.88
140095--140272	52	3.4	51	92	3	284	27	12	21	37	1.90
140238--140305	33	2.0	35	91	8	113	25	14	22	38	1.92
140181--140357	85	2.0	88	89	4	270	28	14	19	37	1.91
140286--140421	52	2.6	52	84	3	186	30	15	20	33	1.94
140152--140405	137	1.9	137	87	3	377	28	14	20	36	1.92
141050--141102	21	2.5	21	100	0	106	20	13	26	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142369--142416	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
142419--142448	13	2.2	14	94	5	53	26	0	10	63	1.26
147284--147318	17	2.1	17	88	0	52	28	0	17	54	1.43
152821--152845	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
160654--160709	24	2.3	24	87	6	78	7	3	21	67	1.30
169047--169080	15	2.1	17	89	10	54	26	2	14	55	1.53
180398--180424	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
181754--181849	18	5.3	19	74	14	103	57	10	28	4	1.51
181746--181857	36	3.1	36	90	0	170	58	8	29	3	1.46
181757--181874	36	3.3	35	89	2	155	58	6	30	4	1.43
181734--181887	72	2.1	72	82	5	186	58	9	29	3	1.45
181757--181890	18	7.4	18	73	9	85	58	7	29	3	1.43
197686--197883	58	3.4	59	85	10	239	37	26	2	33	1.68
197685--197883	29	6.8	29	79	9	199	37	26	2	33	1.68
197956--198016	28	2.2	27	82	2	77	36	24	8	31	1.85

Tables:   1

The End!