genome.fa.s12676.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012676.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127687, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  300401

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 132 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874--1049	23	7.6	22	72	17	108	12	22	20	44	1.85
877--999	46	2.6	46	83	5	140	13	22	19	44	1.85
874--1049	71	2.5	67	80	12	194	12	22	20	44	1.85
2323--2380	21	2.8	21	83	0	62	60	1	1	36	1.17
2357--2408	26	2.0	26	88	0	77	46	3	3	46	1.39
9816--9872	11	5.2	11	76	0	51	15	3	14	66	1.38
9824--9906	36	2.4	33	82	6	85	21	6	10	61	1.50
11586--11632	19	2.5	19	82	0	58	61	0	31	6	1.21
12406--12474	21	3.3	20	78	15	70	28	27	15	27	1.96
18358--18386	13	2.2	13	100	0	58	31	27	0	41	1.56
27701--27733	17	1.9	17	93	0	57	12	0	18	69	1.18
54334--54367	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
54889--55107	29	7.6	29	77	8	196	44	19	18	18	1.87
54903--55107	57	3.6	57	85	0	248	44	19	18	18	1.87
54988--55077	28	3.2	28	76	14	94	47	16	18	16	1.82
55147--55385	29	8.3	29	82	1	257	46	22	10	20	1.82
55147--55336	86	2.2	87	85	1	249	47	23	10	19	1.79
55149--55312	57	2.9	57	87	1	213	48	21	9	19	1.77
62489--62529	10	3.9	10	87	6	55	0	21	0	78	0.76
63112--63165	17	3.1	17	78	5	63	55	11	11	22	1.66
63122--63165	18	2.5	18	85	3	63	56	13	9	20	1.64
64402--64428	6	4.5	6	100	0	54	18	14	0	66	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64983--65201	50	4.4	50	69	16	137	43	3	8	44	1.52
64855--65513	148	4.4	149	85	5	794	42	3	9	44	1.53
64923--65548	148	4.2	147	85	5	803	43	3	9	44	1.52
66542--67011	240	2.0	239	90	2	739	36	7	14	41	1.74
67609--67865	85	3.0	85	85	2	338	27	26	19	26	1.99
67609--67865	43	6.0	43	87	0	320	27	26	19	26	1.99
79152--79592	42	10.5	42	85	0	578	20	17	25	36	1.95
80471--81267	149	5.4	147	82	7	945	42	3	9	44	1.54
80507--81267	295	2.6	288	85	7	998	42	3	9	44	1.54
83373--83526	43	3.6	42	86	3	218	26	28	20	24	1.99
86694--86735	20	2.1	20	82	8	50	71	0	14	14	1.15
95820--95897	36	2.2	36	88	0	111	37	26	10	25	1.88
95967--96623	23	28.6	23	88	0	864	46	14	4	35	1.64
97902--97942	20	2.0	22	90	9	68	21	24	21	31	1.98
100773--100996	26	8.7	26	76	4	168	27	14	26	31	1.95
101740--101781	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
104452--104476	13	1.9	13	100	0	50	48	8	16	28	1.74
108828--108893	26	2.6	25	80	7	69	31	10	21	36	1.87
110391--110416	7	3.7	7	100	0	52	15	0	38	46	1.46
110390--110424	14	2.5	14	85	0	52	22	0	34	42	1.54
118030--118107	31	2.5	31	81	2	95	26	8	12	51	1.70
118329--118447	57	2.1	55	78	7	123	57	9	9	24	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120549--120597	24	2.0	25	84	4	64	63	6	2	28	1.30
124078--124104	5	5.4	5	100	0	54	22	18	18	40	1.91
125588--125615	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
127619--127657	20	2.0	20	94	0	69	35	10	12	41	1.77
127627--127669	20	2.2	20	87	8	61	37	11	13	37	1.82
129393--129691	115	2.6	116	82	5	388	48	16	11	23	1.78
130462--130508	24	2.0	24	82	0	58	34	6	0	59	1.23
137484--137522	18	2.1	19	90	4	62	35	10	2	51	1.50
137753--137812	17	3.6	17	79	16	63	53	5	6	35	1.49
141433--141476	20	2.3	20	85	11	58	59	6	2	31	1.36
141682--141742	13	4.6	13	76	15	63	75	1	4	18	1.06
141682--141741	4	14.8	4	73	16	52	75	1	5	18	1.07
141680--141726	17	2.8	16	84	9	67	76	2	4	17	1.04
146171--146311	58	2.4	58	84	9	180	24	11	2	62	1.39
146198--146291	28	3.3	27	71	19	73	25	11	1	61	1.36
146213--146312	29	3.4	29	74	13	105	24	9	1	66	1.27
155945--155970	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
165591--165629	14	2.8	14	81	14	53	15	17	0	66	1.25
167969--168040	17	4.1	18	75	8	60	16	11	16	55	1.68
171854--171879	6	4.3	6	100	0	52	34	15	34	15	1.89
184490--184537	23	2.1	23	100	0	96	37	16	8	37	1.79
185204--185342	46	3.0	46	87	3	183	35	28	15	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185204--185384	93	2.0	92	80	5	204	35	24	16	23	1.95
188806--188980	90	1.9	90	95	0	314	41	10	18	28	1.84
192621--192914	53	5.6	53	77	6	283	34	20	14	30	1.92
192644--192894	105	2.4	105	86	0	349	34	19	13	31	1.91
198998--199049	21	2.5	21	87	0	68	36	21	13	28	1.91
199269--199329	30	2.0	30	87	0	86	22	18	21	37	1.94
204130--204207	39	2.0	39	94	0	138	32	8	33	25	1.87
204806--204843	3	12.7	3	100	0	76	34	31	0	34	1.58
206658--207207	35	15.3	35	79	6	532	36	14	22	26	1.93
206658--207735	36	29.5	36	74	10	617	35	15	22	25	1.94
206658--207207	71	7.6	71	79	6	538	36	14	22	26	1.93
207185--207229	22	2.0	22	100	0	90	44	13	17	24	1.85
207207--207735	36	14.9	36	87	2	705	34	16	23	24	1.95
207116--207300	93	2.0	93	86	0	262	38	15	22	23	1.92
207207--207735	70	7.5	71	86	2	697	34	16	23	24	1.95
215542--215595	26	2.1	26	82	6	65	42	24	11	22	1.85
218374--218401	5	5.6	5	100	0	56	57	42	0	0	0.99
221048--221084	18	2.0	19	94	5	67	48	16	10	24	1.77
222404--222430	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
224470--224581	42	2.7	42	78	8	113	19	25	16	38	1.93
224588--225274	147	4.7	147	80	2	648	23	25	13	36	1.92
224616--225274	49	13.4	49	81	3	547	23	26	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225111--225277	48	3.5	48	91	0	244	22	27	10	38	1.87
226100--226151	4	12.8	4	84	15	63	0	19	0	80	0.71
226093--226151	22	2.9	21	82	10	77	0	18	0	81	0.69
226093--226151	18	3.3	17	88	9	82	0	18	0	81	0.69
226095--226151	11	5.1	12	74	21	61	0	17	0	82	0.67
230242--230272	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
231236--231321	37	2.3	37	85	0	109	22	15	32	30	1.94
232230--232403	92	1.9	92	98	0	339	27	18	21	32	1.97
234769--234816	15	3.1	15	85	11	53	70	4	2	22	1.15
237319--237356	18	2.1	18	90	0	58	50	7	7	34	1.61
237643--237675	16	2.0	17	88	5	50	33	3	12	51	1.54
238475--238553	11	7.2	11	79	0	86	18	5	7	68	1.33
238475--238553	33	2.4	33	82	0	95	18	5	7	68	1.33
241462--241561	46	2.2	45	89	1	146	42	15	24	19	1.89
241523--241581	28	2.1	29	87	9	86	44	10	22	23	1.83
242140--242281	53	2.7	53	81	3	151	30	32	14	22	1.93
244799--244845	24	2.0	24	95	0	85	31	23	19	25	1.98
245314--245522	107	2.0	107	93	1	357	31	7	23	37	1.83
246952--247063	58	1.9	58	90	0	179	40	12	17	29	1.87
246955--247047	29	3.2	29	69	11	91	39	12	17	30	1.87
247037--247088	25	2.2	24	82	6	61	40	11	21	26	1.87
247114--247203	36	2.5	36	92	0	153	36	34	5	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247698--247788	41	2.2	41	88	3	130	32	32	14	19	1.92
247762--247849	41	2.1	41	87	4	124	27	31	18	22	1.97
247741--247974	94	2.5	93	80	9	260	29	34	14	21	1.93
247896--248013	53	2.2	55	84	3	150	27	35	16	21	1.94
247821--247995	96	1.8	95	80	7	210	29	35	14	20	1.93
263743--263867	62	2.0	62	100	0	250	16	14	40	28	1.87
263743--263881	62	2.2	62	94	2	235	15	13	39	31	1.86
264173--264224	19	2.7	19	79	8	52	61	1	11	25	1.40
270148--270207	17	3.5	16	77	20	59	40	1	41	16	1.58
270567--270620	27	2.0	26	85	3	72	25	27	14	31	1.95

Tables:   1   2