Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01001268.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_112650, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2625
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.22, T:0.30
Warning! 2 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1007 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 768--1344 Score: 685
Period size: 59 Copynumber: 9.8 Consensus size: 58
758 GTTCGGAATG
* * *
768 AAAAATAGAATTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATCCGAGG-T
1 AAAAATAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
*
825 CAAAATAGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
1 AAAAATA-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
* * *
884 AAAAATAGGATTTTTGGAAGTTTGGGAGGTAAAATGGTAATTTTTAGAA-AGTTCGATGTC
1 AAAAATA-GATTTTTGGAAGTTCGGG-GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGA-TTCGAGGTT
** * *
944 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTTGGGGTT
1 AAAAAT-AGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
* * * * * * * *
1003 AAAAATGGACTTTTTGGGAGTGCGGGGATAAAACGGTAA-TTTTAGAAGTTTTGGGGTT
1 AAAAATAGA-TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
* * *
1061 AAAAATGTGGTTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAGATTCGAGGTT
1 AAAAAT-AGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
* * * *
1120 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGATTCGAGGTT
1 AAAAAT-AGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
* * * *
1179 AAAAATAGGATTTTTGGAAGTGCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGAGGCT
1 AAAAATA-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
* * * * * **
1238 AAAAATGGGATTCTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTCGTGGCC
1 AAAAAT-AGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
*
1297 AAAAATAGGA-TTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG
1 AAAAATA-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG
1345 GTTTAGGGAC
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 60, Indels: 23
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
57 6 0.01
58 131 0.29
59 259 0.58
60 51 0.11
61 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
AAAAATAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTT
Found at i:1077 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 768--1344 Score: 770
Period size: 177 Copynumber: 3.3 Consensus size: 174
758 GTTCGGAATG
* * *
768 AAAAATAGAATTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATCCGAGG-TCAAAATA
1 AAAAATAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTTAAAAATA
* * *
832 GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTTAAAAATAGGATTT
66 GGATTTTTGGAAGTGCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTTGAGGTTAAAAAT-GGGTTT
*
897 TTGGAAGTTTGGGAGGTAAAATGGTAATTTTTAGAA-AGTTCGATGTC
130 TTGGAAGTTCGGG-GGTAAAATGGTAATTTTT-GAAGA-TTCGATGTC
* * *
944 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTTGGGGTTAAAAAT
1 AAAAAT-AGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTTAAAAAT
* * * * *
1009 -GGACTTTTTGGGAGTGCGGGGATAAAACGGTAA-TTTTAGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGTGGT
65 AGGA-TTTTTGGAAGTGCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTTGAGGTTAAAAATG-GGT
* *
1072 TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAGATTCGAGGTT
128 TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTTGAAGATTCGATGTC
* * *
1120 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGATTCGAGGTTAAAAAT
1 AAAAAT-AGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTTAAAAAT
* *
1185 AGGATTTTTGGAAGTGCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGAGGCTAAAAATGGGATT
65 AGGATTTTTGGAAGTGCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTTGAGGTTAAAAATGGG-TT
* * *
1250 CTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTCG-TGGCC
129 TTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAGATTCGAT-GTC
1297 AAAAATAGGA-TTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG
1 AAAAATA-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG
1345 GTTTAGGGAC
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 37, Indels: 24
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 158 0.45
177 163 0.46
178 31 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (174 bp):
AAAAATAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTTAAAAATA
GGATTTTTGGAAGTGCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTTGAGGTTAAAAATGGGTTTT
TGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAGATTCGATGTC
Found at i:1352 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 778--1344 Score: 258
Period size: 29 Copynumber: 19.3 Consensus size: 28
768 AAAAATAGAA
778 TTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATGGTAAT
* *
807 TTTTAGAAGATCCGA-GGTCAAAATAGG--AT
1 TTTTGGAAG-T-TGAGGGT-AAAAT-GGTAAT
*
836 TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATGGTAAT
* *
865 TTTTAGAAGATTCGAGGTTAAAAATAGG--AT
1 TTTTGGAAG-TT-GAGGGT-AAAAT-GGTAAT
*
895 TTTTGGAAGTTTGGGAGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAG-TTGAG-GGTAAAATGGTAAT
* *
925 TTTTAGAAAGTTCGA-TGTCAAAAAT-G-AGAT
1 TTTT-GGAAGTT-GAGGGT--AAAATGGTA-AT
*
955 TTTTGGAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATGGTAAT
* *
984 TTTTAGAAGATTTG-GGGTTAAAAATGG-ACT
1 TTTTGGAAG--TTGAGGG-T-AAAATGGTAAT
* * *
1014 TTTTGGGAG-TGCGGGGATAAAACGGTAA-
1 TTTTGGAAGTTG-AGGG-TAAAATGGTAAT
* **
1042 TTTTAGAAGTTTTG-GGGTTAAAAAT-GTGGT
1 TTTTGGAAG--TTGAGGG-T-AAAATGGTAAT
*
1072 TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATGGTAAT
* * *
1101 TTTTTGAAGATTCGAGGTTAAAAATGG-GAT
1 TTTTGGAAG-TT-GAGGGT-AAAATGGTAAT
*
1131 TTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATAGTAAT
1 TTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATGGTAAT
*
1160 TTTTGGAAGATTCGAGGTTAAAAATAGG--AT
1 TTTTGGAAG-TT-GAGGGT-AAAAT-GGTAAT
* *
1190 TTTTGGAAGTGCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGT-TGAGGGTAAAATGGTAAT
* * *
1219 TTTTAGAAGGTTTGAGGCTAAAAATGG-GAT
1 TTTTGGAA-G-TTGAGGGT-AAAATGGTAAT
* *
1249 TCTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTTGA-GGGTAAAATGGTAAT
* **
1278 TTTTGGAAGATTCGTGGCCAAAAATAGG--A-
1 TTTTGGAAG-TT-GAGG-GTAAAAT-GGTAAT
1307 TTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATGGTAAT
*
1336 TTTTAGAAG
1 TTTTGGAAG
1345 GTTTAGGGAC
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 67, Indels: 116
0.69 0.11 0.19
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.00
27 11 0.03
28 62 0.15
29 154 0.37
30 126 0.31
31 53 0.13
32 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.29, T:0.34
Consensus pattern (28 bp):
TTTTGGAAGTTGAGGGTAAAATGGTAAT
Done.